是年秋季，冷战全面开始。美国的政界人士竞相活动以便从冷战中获取最大的好处。共和党责难民主党人主持的国务院措施不当以致“丢失中国”，原因可能是政府内部有一小撮颠覆分子，由此掀起了一场内部清洗运动。国务院内最后一批新政分子被清除了出去，美国的外交政策进一步向右转。
苏联的原子弹更加使人胆战心凉。原子弹试验的强光一闪，似乎美国的核保护伞——美国人用以抗衡苏联重兵的唯一手段一下子破裂了。其实，人们忘记了多年来美国的原子科学家对人民的不断提醒：苏联拥有原子弹只是一个时间问题。冷战斗士们坚持认为，这里面有间谍活动，必须把原子弹间谍搜寻出来。媒体更是推波助澜，大肆渲染各种谣传。一时间，对赤色分子及其同情者可以任意指责并罗织各种罪名。
到1950年的时候，随着世界上事态的发展以及国内反共潮流的高涨，大多数自由主义者转而接受一套新的、更加“强硬”的信条。然而，鲍林却依然故我，既不改变自己的主张，也不调整宣传自己主张的方式。他坚持说，中国人有权决定治理自己国家的方式，包括必要时通过革命来实现自己的选择。他坚持说，苏联的原子弹不是一种威胁，而是“对全世界人民的一次警告，有利于推动各国政府通过联合国组织恢复谈判，以便对原子能技术建立一套有效的国际监控机制”。
更多的人从原来的立场上退缩，鲍林则成了众矢之的。加州特尼委员会保存的有关鲍林的案卷越来越厚，里面满是他关于原子弹和公民权利讲话的剪报，其中很多来自共产党报纸。例如，作为特尼委员会重要情报来源的《工人日报》，对于鲍林发表的每次演讲和参加的每次抗议集会，都要在显著版面加以报道。到1949年下半年，特尼委员会已把鲍林定性为“加利福尼亚煽动分子”的领导人。
联邦调查局和反共报纸也充分利用了这份鲍林档案。鲍林的名字经常出现在右翼势力编制的赤色嫌疑分子的名单中。然而鲍林对这一切都置之不理，他顽固坚持独立立场，我行我素，并坚信自己是正确的。
注意分寸
然而，加州理工学院院长杜布里奇却不能置之不理。杜布里奇的父亲来自中西部，是基督教青年会的体育教师。按照一位科学史专家的说法，杜布里奇是一个“生活简朴、精力充沛和一味渴望从事重要工作”的人。他相对比较年轻——与鲍林年龄相仿，身材瘦削，长着一副娃娃脸，擅长募集资金，有出色的行政管理能力，与华盛顿方面有着密切的联系。他的自信心甚至可与鲍林媲美。举例来说，谈及他在大战期间指导的雷达实验室取得的成就时，他常挂在嘴上的一句话是：“原子弹仅仅结束了战争，而雷达却赢得了战争。”
杜布里奇在锣鼓声中来到了加州理工学院，立即全力投入了使学院现代化的工作中。他首先向学院过时的行政管理机构开刀，解散了鲍林在其中担任重要职务的教师一董事联合委员会，代之以相互独立的董事会和系主任委员会。对鲍林来说，这既是一件憾事，又是一件幸事。一方面，鲍林自战后在学校里的影响力被削弱了，但另一方面也使他摆脱了大量他所不喜欢的行政事务。杜布里奇大力精简机构，改造密立根过时的工资体系，几乎使每个教师都长了百分之三十的工资。他的这一举措深得人心。正如理工学院一位化学教授回忆时说的，这是学院“黄金时代”的开始。
鲍林却对此不置一词。他从20年代起就认识杜布里奇，当时这位青年物理学家以国家研究委员会成员的身份到理工学院访问工作了两年。两人的关系说不上密切，但相互称呼时可以略去姓氏，在社交场合经常见面，各自都仰慕对方的学识。
然而，在杜布里奇到理工学院任职后不久，两人之间原有的一点感情却开始冷却起来了。鲍林与新院长就是合不来。其中部分原因可以归之于学校建设方面的分歧。杜布里奇是物理学家，在老朽的密立根的领导下，理工学院物理系已经失去了原先的领先地位，因此他投入大量的精力和经费来重振物理系。他对化学系，特别是对鲍林的学科建设方向不太满意。也许密立根和许多年长的校董们已经告诉他关于鲍林在诺伊斯去世时的不当行为，也许新任院长已经与托尔曼、尤斯特和其他诺伊斯时代的老教授们谈过话，这些人对鲍林竭力发展化学生物学的做法不满，认为鲍林的个人迷恋使化学系远离了它在物理化学方面的根基。大家觉得鲍林努力争取资助的目的仅仅是为了他所珍爱的那些项目，而化学工程和无机化学得益甚少。杜布里奇也许还听说了鲍林在免疫学研究和试制人工抗体方面进展缓慢的议论。
因此，尽管杜布里奇在公开场合称赞鲍林和比德尔用化学生物学方法研究生命分子基础的宏伟计划为“国内最重要的研究项目之一”，在私下对此项目却持冷漠态度。有一次鲍林给他写了一封热情洋溢的信，谋求把学校得到的一大笔遗赠用于癌症的基础研究，而杜布里奇的第一反应却是要首先确保物理化学和化学工程的拨款。鲍林很快就明白杜布里奇对他并不完全信任，于是两人之间的关系变得冷淡，甚至疏远起来。
政治也是影响院长和化学系系主任关系的一个因素。尽管杜布里奇在共和党家庭中长大，但他自认为是一个自由主义者。他竭力反对梅—约翰逊法案的早期版本，支持原子科学家联合会传播原子弹信息，公开反对各种政治迫害，通过这些实际行动，他表明了自己的政治立场。他像鲍林一样致力于和平事业，认为科学家可以为实现世界和平发挥作用。他在1947年就任加州理工学院院长时发表的就职演说中这样说道：“虽然科学家主要不是做政治家、社会学家、军队将领或宣传家的工作，”但是，“如同每个普通人一样，科学家和工程师担负著作为一个有用的社会成员的责任……他们应该对自己熟悉的每个问题发表意见，包括与其他公民携起手来共同致力于世界和平事业。”
这些话鲍林听来非常顺耳。但是，杜布里奇具有高超的人际工作能力，其政治手腕也因此而比较圆滑。作为院长，他必须周旋于各类人物之间，包括保守的校董、自由派教授以及各级政府官员和科学顾问等。他在其间游刃有余。他变成战后那种所谓的知情科学家的典范，无论在教室、会议室、实验室，还是在政府的办公室，他都能应付自如。在他看来，必须有一些规则，即便不是明文规定的也好，来指导科学家的政治活动。在战后的那几年里，美国公众对原子弹的巨大魔力感到惊讶不已，对国家安全的一系列问题充满忧虑，对发展武器的各种技术细节也十分关心，他们希望科学家给予回答。一时间，科学家被认为是高智力的超人，他们的意见受到特别的青睐。
杜布里奇认为，科学家还承担着一种他称之为“特别的责任”。他就任院长后不久在一封致全体教师的信中写道，学校不会对科学家作为公民发表个人意见的权利进行限制，这不是学校所管的事；但同时告诫他们应该努力做到准确和公平，并且要“注意分寸”。特别要注意不能把个人意见与学校立场混为一谈。如果一个教师能够遵守这些原则，那么，他写道，“学校将保护他在言论。教学和科研方面的自由权。”
这里的关键词是“注意分寸”。在冷战发展到极端的情况下，广大科学家将“注意分寸”理解为“保持沉默”。到1949年，科学家像其他人一样，对任何可能被认为左倾的政治活动都尽量回避。尽管没有经过公开讨论和正式成文，大多数科学家都努力遵守以下几条规则：只在华盛顿咨询系统内开展政治活动；只占用极少的时间进行政治活动；只在自己的专业范围内发表评论；只发表和风细雨式的意见。只要遵循这些规则，那么科技界与政府、公众之间就能保持和睦，经费就会源源而来。
按照杜布里奇的标准，鲍林是一个不讲分寸的人。杜布里奇显然也耳闻了这种情况。早在1946年，理工学院的重要校董、具有保守倾向的联合钢铁公司执行副主席泰勒就对鲍林表示不满。杜布里奇就任院长后刚一个月就收到了泰勒寄来的一份剪报，内容是由一批人签名的支持华莱士的广告。他在签名者中勾出了鲍林的名字并写上这样的意见：“一个私人捐助的学校里的著名学者公开参加支持一方的政治活动，在我看来是很不恰当的。”对此杜布里奇作了以下的答复：尽管我作为院长以任何方式直接参与政治活动是不恰当的，但“我不能剥夺任何教师以公民的私人身份参与政治的权利”。他随后向泰勒保证，“我本人完全不同意鲍林博士签名的声明内容。”
鲍林在校外的社会活动越来越引人注目，一些校董，特别是泰勒、小胡佛①、麦考恩等人均对他的政治言论表示出强烈不满，并对这些言论可能给学校带来的后果深表忧虑。于是，有人议论要处分鲍林，甚至开除他。但是杜布里奇在校董会主席佩奇的支持下不主张匆忙采取行动。他们说，看来鲍林现在是有点越轨，但是可以再给他一点时间，看他能否转变。杜布里奇把他叫到办公室进行了一次私下谈话，希望他在发表公开言论时尽可能温和一些，特别要求他在谈论政治时不得使用学校名义。这次谈话不欢而散。鲍林认为杜布里奇是用动听的言辞掩盖问题的实质，怎么讲话是他自己的权利；而杜布里奇认为鲍林政治观点激进，立场僵硬，喜欢在报上出风头。
①小胡佛（Herbert Hoover Jr。），美国第31任总统希尔伯特·胡佛的儿子。
在理工学院内部，鲍林把自己作为教师的职能与作为社会活动分子的职能仔细地区分开来。他上课时决不谈论政治，并要求报纸在发表他的政治讲话时不得标出他所属的学校。然而问题还是不可避免地出现了。有时候学生团体邀请他去作关于世界政府的报告，他不好拒绝。尽管他辩解说，这是利用自己的业余时间和作为学生的课外活动，但是显然难以把政治和学术截然分割开来。偶尔一不小心，他的政治性报告的海报或广告上也会写上他在理工学院的职务。
愈到后来，鲍林愈难把政治与学术分开。到40年代末，报社记者都知道他是一个新闻热点人物，因此常对他进行大量报道。这些记者提到鲍林的讲话时，总冠以理工学院教授和化学系系主任的头衔。
鲍林1949年在墨西哥城大会上的讲话就是这样报道的。当泰勒在收音机里听到一个保守的电台评论员猛烈抨击鲍林出席这次大会时，他写信质问佩奇和杜布里奇：假如鲍林不是共产党员，他怎么可能在这样的大会上发表讲话。尽管佩奇和杜布里奇再次对泰勒作了一番安抚，然而他们自己也对鲍林毫无顾忌的讲话感到不安了。批评鲍林的信件接连不断地寄到杜布里奇的办公室。一次，当地一家建筑公司的老板来信质问学院为什么允许共产党员当教师，杜布里奇对此采取了新的策略：他派鲍林去与老板共进午餐，让老板亲自体验鲍林不是一个危险的激进分子。鲍林在饭桌上尽力避免谈论政治，而把主题拉到医学研究上去，说服老板赞助。他觉得谈得很不错。后来这位商人写了一张字条给鲍林：“请记住我善意的警告：不要跟着那些‘可疑’组织一意孤行了。我们中有些人拥有锯子，说不定会用一用的。”
1950年，形势进一步恶化。一连串事件的曝光震惊了公众并进一步加剧了冷战：1月21日，希斯被判定犯有伪证罪；2月3日，英国物理学家克劳斯·福赫斯原子弹间谍案被公开；几天后，来自明尼苏达州的首位参议员麦卡锡①拿出一份记有205名据说在国务院内任职的共产党员名单，一时成为轰动全国的特大新闻，麦卡锡也由此一举成名；4月份，国家安全委员会建议进行大规模军事集结，遏制共产主义和对付日益严重的原子弹间谍活动的威胁。
①麦卡锡（Joseph McCarthy，1908—1957），美国共和党参议员（1947—1957），50年代初煽起全国性反共运动，指控有大批共产党人渗入国务院和军队，其卑劣行径受到参议院的谴责。
然而，对鲍林以及尚留在原子科学家联合会（该联合会员人数已比四年前减少了一半）内的科学家来说，最坏的消息是杜鲁门在1月份的一份声明——美国将研制一种“超级炸弹”以维护美国在武器方面的优势。炸弹的技术细节当然属于最高机密，然而鲍林根据所了解的情况马上作出推断，新型炸弹的能量不是来自于原子的裂变，如同老式原子弹那样，而是来自轻型原子的聚合；而氢是最可能的能量来源。后来这种新型炸弹很快被人们称为氢弹。在5月份的一次广播谈话节目中，鲍林告诉听众：“氢弹由一枚老式原子弹以及围绕着它的几吨甚至十几吨的氢或其他轻元素构成，这些轻元素的原子可以聚合成重原子，同时释放出大约五倍于原子弹的能量。”他还说，从理论上说，氢弹的威力是没有限制的。
在鲍林、爱因斯坦和原子科学家紧急委员会的其他多数成员看来，氢弹的出现并未改变原子战争赌博的基本规则——发展氢弹同样是荒谬和不可思议的——所不同的是，毫无必要地增加了大笔赌注。更多的金钱被用于屠杀更多的人。此时紧急委员会内部也发生了分裂。诺贝尔化学奖得主、坚定的自由主义者哈罗德·尤里①先改变了立场。他并不愉快地断言，如果美国不发展氢弹，俄国人将把它制造出来，因此，“我们不能坐视输掉这场军备竞赛。”尽管鲍林的回答非常简单——“哈罗德——你错了”《工人日报》引用了他的这个说法）——但这已损害了两人之间的关系。鲍林和西拉德考虑成立一个将尤里排除在外的新的委员会，但是要做通经过五年论战已变得十分厌倦的委员会成员的工作谈何容易。爱因斯坦希望委员会继续存在下去，