以人类的名义，到底有什么必要再试验？
但是，鲍林此时明显与公众舆论脱节了。大多数美国人认为，肯尼迪在核试验问题上的耐心是有目共睹的。尽管俄国人在大气中爆炸了大规模杀伤性核武器，总统仍坚持美国只进行地下核试验；整个冬天原子能委员会一直在叫嚷美国落后了，总统仍拒绝将核试验搬到地面上进行。在宣布4月份恢复大气层试验时，总统指出美国的试验将在高层大气中进行，这样粉尘就可以少吸收一些，从而会减轻放射性尘埃的影响。尽管做了那么多事情，苏联人却仍要拖延日内瓦谈判的进程，也许，美国恢复大气层试验可以让他们的头脑清醒些。
肯尼迪的决定在政治上受到各方面广泛的支持。甚至原子能科学家协会这个历史悠久的反对核武器组织也公开站出来支持。汉斯·贝思就是一例，他是一位德高望重的物理学家，也是政府的顾问，以前他一直是大气层试验的坚决反对者。健全核政策全国委员会此时也哑口无言了，仅仅表示了遗憾而没有抗议，这也反映了和平人士普遍持有的看法：为了迫使苏联人更加认真地对待日内瓦谈判，恢复试验虽然是令人遗憾的，但这是迫不得已的一步。
鲍林孤身一人坚持自己的立场，成了唯一的一个猛烈抨击和公开反对总统决定且具有全国性影响的人物。他在苏联停留的一个月，还有那封给肯尼迪发去的火药味很浓的电报，使他成为背景各不相同的专栏作家和读者群起攻击的目标——“我建议，你最好先充实一下你在化学方面的知识，而不要去对总统的决定指手画脚了。”“你应当跪下来，爬到莫斯科去吧。”这是寄到他办公室的信件中使用的典型的语句——当然，偶而也有一两封信支持他。
但是，鲍林挺得住。在3月和4月这一段时间里，他单枪匹马地向当局发动了愈来愈激烈的进攻。鲍林和爱娃在美国友人服务委员会的安排下，马不停蹄地出访和演说。开汽车，乘火车，搭飞机，几乎跑遍了全国，排得满满的日程使他们精疲力竭了。他们寄出了上百封信件，试图在基层发动一次运动，让肯尼迪重新考虑那一个决定。但是，响应者寥寥。鲍林和森特一哲尔吉还曾游说过国家科学院，希望他们采取反对重新试验的立场，也没有成功。
还是肯尼迪作出了反应，他邀请鲍林夫妇作为客人参加一天晚上举行的宴会。这次宴会是专门为全国最优秀也是最有创造性贡献的知识界人士举办的。预定日期是4月四日——也就是美国计划恢复大气层核试验后的几天——这将是肯尼迪宴请规模最大的一次，总共有157位客人，其中有49名诺贝尔奖得主，7名普利策奖获得者，还有许多出类拔萃的作家、演员、大学校长、社会名流和媒介巨子。这位年轻的总统和他的夫人，不但邀请了如奥本海默和鲍林那样出了名的左翼分子，而且决定将许多政治家——罗伯特·肯尼迪。副总统林登·约翰逊和几名白宫工作人员则是例外——排除在外，这在华盛顿着实使人们吃了一惊！鲍林夫妇急于利用首次应邀进入白宫的机会，因此愉快地接受了总统的邀请。
他们的确利用了这一机会。赴宴前一天，鲍林和三千名纠察队员一起，参加了由妇女争取和平罢工委员会组织的示威活动。他们绕着白宫转了好几个圈子。一位记者拍下了现场的一张照片，并通过传真将照片从纽约发送到洛杉矶，在报纸上登了出来。照片上，鲍林身着衬衫，未穿外衣，脸上浮现着他那种商标式笑容，手中高举着一位游行妇女交给他的一块木牌，上书：“肯尼迪先生，麦克米伦先生，我们无权试验。”他以后将会明白，用这样一种方式表达自己的情感，乃是一种令人遗憾的选择。
第二天上午，他又到白宫附近参加示威的活动，然后回到下榻的旅馆，休息了片刻，换上了参加晚宴的礼服，又返回白宫赴宴。
如果说，在肯尼迪时期的白宫曾经发生过可以称得上是“肯尼迪王朝”的神话，那就是那天这个光彩夺目的夜晚了。
鲍林夫妇是在迎宾线首先看到肯尼迪夫妇的。“非常高兴能见到您，”肯尼迪对鲍林打招呼，一面微笑，一面打趣地说，“我知道您在白宫周围打转已有两天时间了。”鲍林咧着嘴笑了，回答道：是的。此时，肯尼迪又潇洒地补充了一句：“我希望您能继续发表自己的看法。”两人握了握手。鲍林又弯身托起肯尼迪夫人的手向她致意。后者身穿露肩薄毛呢长裙，手上戴着长长的白色手套，给在场的所有客人留下了深刻的印象。她对鲍林露出了灿烂的笑容，不无幽默地问道：“鲍林博士，举着一块标语牌在白宫前面来回奔跑，您认为合适吗？”在迎宾线的这一端，谈笑声戛然而止；鲍林一时间不知如何回答才好。接着，她又加了一句，“卡罗琳看见了您，她问我：‘妈妈，爸爸近来到底干了什么啦？’”在场每一个人都大笑起来。
鲍林几乎认识在场的每一位客人，许多人还是他的朋友。客人一个个被迎进了国宴厅。佳肴满台，供客人随意取用，美酒盈筋，让来宾开怀畅饮。根据安排，夫妇一般都分开就座，以保证大家都能无拘无束地交谈聊天。不知是故意的安排还是偶然的巧合，爱娃正好在原子能委员会的利比旁边落座——在宴会上，两个人自始至终都有意避开放射性尘埃这一话题——鲍林则坐在米子·纽豪斯的旁边，她是圣路易斯《全球—民主党人报》业主的夫人。那时，鲍林正在和该报打官司，要求赔偿。一位饶舌多嘴的专栏作者第二天写道：“鲍林对纽豪斯夫人的漂亮装束赞不绝口，特别还夸奖了她的首饰。他察看了她的项链，然后转向鲍林夫人说，‘亲爱的，我一定要为你买一根这样的项链——等我赢了这场一百万美元的官司我就马上去买。’”鲍林坚持说，这完全是虚构出来的故事。
宴会快要结束，肯尼迪起身祝酒。他说，有一位记者将这次宴会称为“总统的复活节学者宴”，满场一片笑声。随后，他接下去说，“我不赞成这一叫法，我将此看作是我进入白宫之后在这里举行的最尊贵也是最重要的国宴。我还认为，许许多多年以后……我们都会记住，一批才华横溢、知识渊博的精英在白宫济济一堂，举行了历史上最不寻常的一次集会——也许，只有杰弗逊①曾经孤身只影在此用餐的情景可以与这次集会媲美。
①杰弗逊（Thomas Jofferson，1743—1826），美国第三任总统（1801—1909），《独立宣言》主要起草人，民主共和党创建者。
宴会结束，客人们前往东厅诵读海明威的作品。大家穿行在大厅走廓上，空军管弦乐队演奏着宴会音乐。爱娃问肯尼迪夫人能不能跳舞，得到的回答是不可以，但《科学美国人》杂志出版人吉拉德·皮埃尔的夫人埃莉娜·皮埃尔已经挽起了鲍林的手臂，开始和他在大理石地面的大厅里跳起了华尔兹舞。又有好几对舞伴加入了临时性舞会的行列。《生活》杂志的一位摄影记者将这个场面拍摄了下来。精英的聚会，美好的场景，优雅的氛围，隔阂的消除——这一切，发生在肯尼迪入主的白宫，发生在灯光辉映的夜幕下。
在宴会上，鲍林成了惹人注目的人物。“白天，在白宫外游行和示威，同一天晚上，又在白宫里品尝美酒和佳肴，确实吸引了不少人的注意，”鲍林在给施韦策的信中这样说。“我想，大概美国的每一家报纸对此都作了报道，而且几乎都持赞许的态度。”
说他受到人们的注意，没有错；但他对性质所作的估计，无根据。许多评论者认为，像鲍林那样，刚刚还在强烈抗议总统的政策，转眼之间又在与总统祝酒交杯，实在是令人不可思议的事情。有一位专栏作者将鲍林的行为称之为“疯子的行动”。
甚至鲍林在白宫外手持标语牌一事也招来了误解。遗传学家马勒曾经表明，X射线会诱发更多的遗传变异，他也因这一成果获得了谱贝尔奖。这一研究结果，为鲍林的论点提供了十分重要的论据，也即核试验产生的放射性具有有害的影响。马勒先前也是禁止核试的支持者，但在最近加入了贝思和另外许多人的行列，不无遗憾地认为有必要恢复核试验。5月和6月，马勒在好几家杂志上公开发表自己赞成试验的意见。他对读者说，放射性虽然是危险的，但要是美国不显示自己的强硬，那么与苏联开战的危险就要大得多。马勒自喻是一个温和派，他曾批评特勒低估了放射性尘埃的危害，另一方面他又批评鲍林主张美国单方面禁止核试验。“美国非常幸运，”他写道，“肯尼迪总统既不倾向于特勒，也不倒向鲍林的一边。”
鲍林被激怒了。他写信给马勒，指出他从未主张美国要采取单方面行动，他一直推动各方签订一项国际性条约。他要求对方致歉。马勒回答说，他是根据他看到的一张传真照片来断定鲍林的立场的，在这张照片上，鲍林手持的标语牌上称，只有西方领导人才无权进行核试验。两个人在私下里又交换了一系列信件，双方又都给发表马勒文章的那家杂志编辑写了许多话。一直到最后，马勒得出结论说，“毫无疑问，我认为再这样公开地争下去，将是非常愚蠢的，”随后他就公开道了歉。
鲍林澄清了事实的真相，但他也再次付出了代价。马勒是美国最受尊重的遗传学家；他的认真踏实的工作曾向整整一代追随者表明，放射性会造成变异。在鲍林反对核试验的斗争中，遗传学家一直是最有力和最有效的支持者。鲍林与马勒这位性格温和、深思熟虑的遗传学家进行公开的辩论——尽管论题是政治而不是科学——毕竟有损于遗传学家对鲍林的支持，并且给人以更加深刻的印象，即认为鲍林是一个从来不肯让步的好斗者。
在同行中威信的下降，当然不是令人愉快的事，但是鲍林并不在乎这一点。他不但没有降低一点自己的调门，相反，他又帮助发起了另一场诉讼，同时控告苏联政府和美国政府继续进行核试验。他还开始筹建一个协调世界和平运动的组织，其中包括共产党内外两方面的活动人士。他显示了向公众舆论低头的姿态，注意到在激烈的程度上，对苏联的批评至少不亚于对美国的批评。
但是，他所作的努力似乎都没有成效。1962年底，美国再次在大气层里进行了试验；根据鲍林的计算，在一年里，放射性污染的程度会增加一倍；肯尼迪在古巴导弹危机中执行的边缘政策曾经冒过核战争的风险；鲍林最近对国防部提出的控告被法庭驳回；他还和另外一些和平运动的人士发生过龈龋；他要求赔偿的几个案子都没有结果；他为和平与结束核试验所做的工作受到某些人的排斥、忽视甚至是嘲弄。
这一切，毛病究底出在什么地方呢？
分子钟
鲍林对放射性的遗传学影响进行了研究，使他对遗传变异现象产生了浓厚的兴趣。特勒声称，产生一点额外的变异，也许对进化是有益的，这就更让他看到了这个问题的重要性。大多数变异现象当然是有害的——这是他反对核试验和放射性尘埃的出发点——但是，生命体在长时间里发生变化以适应周围的环境，变异现象的确是垫脚石。具有消极作用的变异，积累起来怎么就形成了具有积极意义的进化呢？鲍林思考着这一个问题。许多低级生命形式，如细菌，能靠简单的食物来维持生命，能用明胶那样最简单的食物源合成它们所需的一切。但是，人体却丧失了制造体内所需一切营养成分的能力，人需要有一种平衡的食谱来提供各种各样的维生素和氨基酸，这些成分是身体无法合成的。不知是什么原因，在人类进化的轨道上，发生了变异，合成有关物质所需要的酶也发生了变化。要是人类没有别的途径获得这类必需的营养，人就有死亡的危险。但只要在其他食物中能找到这些营养成分，那就没有什么关系了。
发生这一种情况也有其积极的一面。由于不再需要合成某些物质，节约下来的能量就可以用于其他新陈代谢的活动，这样，就有可能出现比较复杂的生命体。粗看起来像是一种“代谢性疾病”——失去了制造维生素的能力——但最后结果却是发生了具有积极意义的进化。
于是，进化可以看作为一种分子学过程。鲍林安排来自法国的博士后研究者埃米·祖凯康德尔对这一问题展开实际的研究。受试分子取自鲍林原先喜欢采用的血红蛋白。祖凯康德尔前往圣地亚哥，先是从大猩猩、黑猩猩和猕猴身上，后来又从马、牛、猫、猪和鱼身上，采集血标本。之所以这样做，其思路倒不在于识别物种是怎样进化的，而在于比较不同动物血红蛋白分子的大小和结构，从而找出其进化的规律。
1962年，鲍林和祖凯康德尔发表了他们从这一研究中得到的最为引人注目的发现，就是血红蛋白可以用作为一种生物钟。举例来说，通过对马的血红蛋白所作的详细研究，表明它与人体血红蛋白的差别是在其四根链的每一链上，大约有18个氨基酸替代物。将这一结果与古生物学家的知识相比较，就可以知道人类和马纲动物大概是何时开始分野的，从中还可以算出，平均每隔14。5百万年就会发生一次进化上有效的差异。以此为标准，比较其他动物血红蛋白的数据，鲍林和祖凯康德尔估计，人和大猩猩——两者的血红蛋白很相似——是在11百万年以前分手的，这要比大多数学者原先设想的分手时间晚了几百万年。当然，鲍林也承认，重大的变异不一定是以稳定的速度发生的，很可能有成批变异现象发生的情况，但他得出结论认为，“通过具体测定血红蛋白分子和其他分子中氨基酸排列的顺序，有可能获得有关进化过程的更多信息，从而有助于揭示物种的起源。”
鲍林和祖凯康德尔关于分子进化的基本思想，还有他们利用生物分子来研究历史进程的做法——这些内容现已变成自成一体的研究分支，不过，现在�