基督教的这一宗教抉择，彻底地与犹太教划清了界限，因而使基督教与犹太教之间的矛盾更加尖锐激烈。公元56年年底，保罗带着各地教会所收到的捐款上缴耶路撒冷教会，临行前，“保罗就说：'我素常在你们中间来往，传讲神国的道，如今我晓得你们以后都不得再见我的面了。我凡事给你们作榜样，叫你们知道，应当这样劳苦，扶助软弱的人，又当记念主耶稣的话，说施比受更为有福！'保罗说完了这话，就跪下同众人祷告。众人痛哭，抱着保罗的颈项，和他亲嘴，叫他们最伤心的，就是他说以后不能再见。有一个先知名叫亚迦布，就拿保罗的腰带，捆上自己的手脚，说：'圣灵说犹太人在耶路撒冷要如此捆绑着腰带的主人，把他交给外邦人手里。'”
果然，保罗来到耶路撒冷以后，就遭到犹太教教众的围攻，身上的衣服几乎被撕成碎片，差一点重蹈当年司提反的覆辙。幸亏保罗拥有罗马帝国的公民权，在罗马帝国行省总督的干预之下，才保住了性命，但却在该撒利亚被监禁了两年。保罗一再提出向罗马皇帝上诉的要求，最后才被押解到罗马，住在一间自己租来的房子里面，由一名士兵看守，每天在罗马城里传教。与此同时，耶路撒冷的基督教教会也遭到犹太教会堂的攻击，并且借助于傀儡王与罗马行省当局之手进行迫害，一时间，基督教中从使徒到教徒纷纷逃离，不少人受到监禁。
使徒之首的彼得也曾经被小希律王抓进监狱，出狱之后离开耶路撒冷，前往罗马传教。彼得原名西门，是个渔民，后来受到弟弟的影响，也跟从耶稣作了门徒。有一次，“耶稣就问门徒说：'人说我人子是谁？'他们说：'有人说是施洗的约翰，有人说是以利亚，又有人说是先知里的一位。'耶稣说：'你们说我是谁？'西门彼得回答说：'你是基督！是永生神的儿子！'耶稣对他说：'西门·巴约拿！你是有福的，因为这不是属血肉的指示你的，乃是我在天上的父指示的。我还告诉你，你是彼得，我要把我的教会建造在这磐石上，我要把天国的钥匙给你。'”这是因为彼得一词在希腊语里面就是磐石的意思。
从此，彼得也就成为众使徒之首，基督教的领袖人物，至于说到“四福音书”均加以记载的，在被犹大出卖以后，基督耶稣关于彼得三次不认自己的预言，其实并非是所谓彼得因贪生怕死而动摇，害怕受耶稣的连累，否则，在耶稣被大祭司带人来抓走的时候，就不会发生“西门彼得带着一把刀，就拔出来，将大祭司的仆人砍了一刀，削掉他的右耳”这样的对抗；而是基督耶稣再次以神迹显示的方式，暗示彼得不要暴露，以便在自己殉难以后，由彼得来完成基督教教会的建立，所以，最后“彼得想起耶稣所说的话'鸡叫以先，你要三次不认我'，他就出去痛哭”。
随着保罗、彼得等使徒先后来到罗马，基督教在罗马城里的影响越来越大，而基督教教徒的人数也越来越多，成为一种越来越不容小视的社会力量。就在保罗、彼得来到罗马之前的公元54年，罗马皇帝尼禄继承了其叔父的皇位。此时年纪还不到17的尼禄，一方面禁止流血丧命的角斗之类的竞技比赛，一方面取消死刑，同时减轻赋税，颇得人心。然而，成年以后的尼禄逐渐变得骄横残暴，据说也许是因为从小心理压力太大而多少有点精神失常的缘故，此时的尼禄，似乎有些疯狂起来。于是，从公元59年开始，尼禄在杀死了自己的堂弟，即叔父的儿子布里塔尼库斯，并逼迫自己的老师塞涅卡自杀身亡之后，又连续地杀害了自己的母亲，与先后娶来的妻子。
尼禄酷爱希腊文化，特别爱好希腊的音乐、诗歌，与体育竞技。公元64年夏天，罗马城中发生大火，烧毁了罗马城的一半，罗马市民们纷纷传言，说这是因尼禄唆使人纵火造成的，以便将罗马重新建成一个具有他自己所钟爱的希腊风格那样的城市。尼禄害怕民心有变，于是就扬言这是基督教教徒干的，随即开始对基督教教徒进行大迫害，使徒彼得也因此被捕入狱，与早已划地为牢的使徒保罗一样，先后死于这场一直延续到公元68年，时间长达5年之久，遇害人数达数千人之多的大迫害之中。尼禄在迫害基督教教徒的同时，还在公元67年，于罗马城中举行了一届奥林匹克竞赛，尼禄本人也亲自参加了战车竞跑，似乎天下太平。
然而，好景不长，正当尼禄自我感觉良好的时候，他的倒行逆施终于激起了罗马帝国各地的反抗与反叛，使整个罗马帝国一时间陷入风雨飘摇之中。这时候，罗马帝国各军团首脑决定推举加尔巴为罗马皇帝，尼禄本人则被元老院判处死刑。尼禄怆惶出逃，最后死于逃跑的途中。与此同时，罗马大军分别开赴帝国各地，对所有的反抗者与反叛者进行血腥镇压。公元70年，罗马大军抵达耶路撒冷城下，向试图反抗罗马帝国统治的犹太人发起进攻，一场空前的大屠杀与大毁灭终于降临到了犹太人的头上。
这是近百年以来，在耶路撒冷城下第二次出现的罗马大军——公元前37年，那个曾经想杀害耶稣的希律为了自己能够成为犹太人之王，不惜一切手段，甘愿做罗马人的傀儡王，于是引来罗马大军攻占了耶路撒冷，登上了王位。随后，希律王为了显示自己的权威，开始在耶路撒冷旧城以外进行建筑，修建了第二道城墙，耶路撒冷新城出现。公元前20年，希律王又开始重建圣殿，工程浩大，弥时长久，直到耶稣到耶路撒冷传道的时候，还没有建成，但整个工程的修建规模已经是蔚为壮观。公元42年，小希律王将修建规模更加扩大，不仅在耶路撒冷新城之外又修建了第三道城墙，而且终于用雪白的大理石与耀眼的纯金建成了圣殿。整个建筑群雄伟壮丽，气象非凡，远远望去，“如同一座山顶上覆盖着白雪”！
然而，如此坚固的耶路撒冷城，在罗马大军的围攻之下，仅仅在短短的百来天之内就化为一片废墟！这并不只是由于罗马人的军力太强大，而是因为早在罗马大军陈兵耶路撒冷城下的时候，犹太人就由于争权夺利而发生内讧。此外，罗马人到达耶路撒冷城下的那一天，正好是逾越节期间，结果，刚刚建成不久的第三道城墙，很快就被攻破。到攻城的第134天，耶路撒冷城内火光冲天，房屋被焚毁，城墙被拆除，至于圣殿就更为凄凉：因为小希律王为了显示圣殿的华贵，竟然在大理石缝隙处用纯金作装饰，以至罗马士兵为了获得黄金，将每一块石头都翻了个遍，以刮取石头上面的黄金，最后留下满地大大小小的石块。
罗马大军除留下三座塔楼供驻军使用外，还留下耶路撒冷城西北角的一段残墙，以显示罗马大军的军威。这是耶路撒冷城的空前灾难，更是犹太人的空前浩劫，一共有将近100万犹太人丧命在耶路撒冷城的战火之中。半个世纪以后，约瑟夫斯在《古犹太志》中写道：“荒凉寂静毫无生气，不见一点儿人烟的耶路撒冷啊，犹如死寂荒芜的坟场！”公元132年，罗马人重建此城，但改名为哥罗尼亚，并且建立了一座罗马神庙，同时禁止犹太人进入，违者处死。一直到公元313年“宽容敕令”颁布以后，才恢复了耶路撒冷这一城市名称，犹太人亦被允许进城。
看起来，这似乎是犹太人在为杀害基督耶稣而付出血的代价：“他的血归到我们，和我们的子孙身上。”从此以后，犹太人流落他乡。实际上，耶路撒冷的陷落，固然是一个民族及其宗教的不幸，值得同情，不过，在客观上却更加有利于基督教的发展，不仅彻底地斩断了犹太教与基督教之间千丝万缕的联系，而且彻底消除了犹太人自恃神的选民的狭隘意识，进而使他们最终成为了众多民族之中的一员，从而加快了基督教向着世界宗教发展的进程。从公元326年到336年，罗马皇帝君士坦丁的母亲及他本人，先后在耶路撒冷修建礼拜堂，取代了罗马神庙，随着基督教开始走上成为罗马帝国国教的道路，所有的耶路撒冷居民都必须接受洗礼，由此出现了持续200多年的基督教兴旺景象，直到公元613年波斯人再度攻陷耶路撒冷城！
战争与和平，都同样直接地影响着基督教的发展。公元324年，罗马皇帝君士坦丁战胜了东罗马皇帝李锡尼，从政治上统一了罗马帝国，然后立即着手进行基督教的统一，以便与大一统的政治秩序相适应，为帝国提供精神信仰的有力支撑。于是，在第二年，君土坦丁亲自出面召集近300名罗马帝国各地教会的主教，在尼西亚举行会议，来解决教义及教会体制争端，促使基督教走向规范化，为其成为国教铺平道路。这就是著名的尼西亚会议，它是基督教历史上的第一次“基督教普世主教会议”，同时也开启了由罗马皇帝来裁决教义争端的先例，这正是国教化对于基督教发展的负面影响：以皇权来压制、甚至剥夺教权，特别是对《圣经》的阐释权。
这次会议的焦点，就是如何理解圣父、圣灵、圣子这三位一体之中圣父与圣子的关系：是“父先于子，子为被造而次于父”呢，还是“父子同质，子为道成肉身”。争论的双方各持己见，互不相让，最后由罗马皇帝出面裁定将“父子同质，子为道成肉身”，而圣灵则“从父出来”，写入作为具有宗教权威性的基本信仰纲要——普世信经《尼西亚信经》——之中，与此同时，凡是持有异议者均被视为异端，遭到政治性的放逐。此外，这次会议肯定了主教制，并按照帝国行省的行政区划设立教区，以建立罗马帝国与基督教之间的紧密关系，同时确定每年春分后第一次月圆后的第一个星期天为复活节。
随着罗马帝国的政治大一统的形成，基督教的宗教大一统也在罗马皇帝的直接指挥之下最终完成。公元392年，罗马皇帝狄奥多西以罗马帝国的名义正式宣布基督教为国教。为了确保皇权对于教权的控制，从公元325年到787年，历代罗马皇帝一共召开了7次“基督教普世主教会议”，第七次会议又是在尼西亚召开的，由东罗马皇帝与皇太后来裁决所谓的“圣像破坏”，确认圣像是道成肉身的可见之像，应该对其表示恭敬，但它也不同于对上帝的崇拜，这对于宗教艺术的发展，乃至文艺复兴都产生了不可估量的影响。
然而，皇权对于教权的控制，导致了真假信徒难分，政论与教义难辨的混乱现象，阻碍了基督教本身的正常发展，出现了主要以东方的正教与西方的公教为代表的，也就是通常所说的东正教与天主教的教会分裂。同时，这一教会的分裂更是罗马帝国政治分裂的直接后果：公元359年，罗马皇帝狄奥多西将帝国分给两个儿子，东罗马帝国以君士坦丁堡为首都，西罗马帝国以罗马为首都，因而罗马教会认为自己是使徒之首的彼得所创，加上罗马本为帝国首都，理应居于普世教会之首，罗马教会主教应以教皇的身份来统领所有的教会；而君士坦丁堡教会则随着东罗马帝国的出现，及君士坦丁堡由东都变为首都，也提出君士坦丁堡教会大主教应以普世牧首的身份来统领所有的教会。
除了教皇与普世牧首的长期之争甚至闹出互相开除教籍的笑话以外，两者在教义上的主要争端就是所谓的“和子句纠纷”：究竟圣灵是“从父出来”呢，还是圣灵“从父和子出来”。东西两方教会互不相让，同样也上演了一出出无聊的闹剧，直到最后发生彻底的决裂。公元1050年，罗马教会教皇通告立即废止意大利南部的拉丁教会所使用的希腊礼仪，与此同时，君士坦丁堡教会普世牧首却命令君士坦丁堡的拉丁教会一律使用希腊礼仪，于是，1054年，东西双方教会又一次发生了互相开除教籍的可笑事件，从而最后正式分裂成为正教与公教，也就是东正教与天主教。
东正教后来成为拜占廷帝国的国教，以及许多东方民族国家的国教。天主教随着西罗马帝国在公元476年的灭亡，在解除了国教化的约束之后，开始走上国家化的道路，到公元6世纪末，教皇已经集罗马教会主教与罗马行政长官于一身，形成了政教合一的权力格局，并且在不断扩大教皇国的领地的同时，还通过为各国皇帝加冕的方式来体现君权神授的教权，使教权凌驾于皇权之上。由此，罗马教会逐渐地向着神权国家演变。
这种教会国家化的趋向，以其世俗化的鲜明特征不断地脱离世界宗教的轨道，特别是，天主教通过大量出售赎罪券的方式来搜刮财物，使众多基督教教徒认为这是完全违背基督耶稣所传达的上帝之道的，因为每一个信徒的得救，乃是“本乎恩，也因着信”，并不需要通过天主教的神甫做为中介，就可以进行自我的忏悔，因而他们提出必须进行宗教改革，打破只有神甫才可以讲解《圣经》的垄断权，争取每一个信徒都有直接从《圣经》之中领悟上帝之道的权力。面对宗教改革运动的兴起，天主教开始进行反宗教改革的还击：1545年，罗马教皇决定必须惩罚异端，重申天主教的信条正确无误，坚持教皇为教会的唯一元首。
被视为天主教异端的各国“抗议者”，最后形成了基督教新教，并使新教成为继东正教与天主教之后的第三大基督教教派，根据在1555年明确提出的“教随国立”的宗教原则，新教以基督教的国教化来反对国家化，以便在皇权的保护之下逐渐恢复教会的宗教本质，促使教义的阐释能够充分地体现出上帝之道。
宗教改革运动之中最先出现的抗议者路德指出：“凡不以《圣经》为可靠启示、为根据的说法都只能算为意见，而没有相信的必要”：“教皇与主教都不是基督的代表，也永远不能代表基督”：“在平民信徒和神甫、贵族和主教，以及属灵的和属世的之间，确无差别”：“我们凡为基督徒的就都是祭司，都是君王”，总而言之，“大家都生活在唯一领袖基督之下”。
基督教如何才能回到世界宗教的本位上来，并不是一个纯属宗教的间题