冬十月，车驾还京师。诏以加纥部为瀚海府，仆骨为金微府，多滥葛为燕然府，拔野古为幽陵府，同罗为龟林府，思结为卢山府，吐谷浑为皋兰州，斛薛为高阙州，奚结为鸡鹿州，阿跌为鸡田州，契芯为榆溪州，思结别部为蹛林州，白窸xi为置颜州，各以其酋长为都督、刺史，各赐金银缯帛及锦袍。
铁勒各部得赏大喜，捧着官服欢呼礼拜，且奏道：
“臣等既为唐民，往来天至尊所，如诣父母，请于回纥以南、突厥以北开一道，谓之‘参天可汗道’。”
太宗依允，乃于途置六十八驿，各有马及酒肉以供过使，同时派能文的汉人代各酋长写典疏表，以加强中央与各部的往来。不久，太宗又置燕然都护府，统领瀚海六都督、皋兰等七州，调任才能卓著的扬州都督府司马李素立为都护。李素立以恩信安抚铁勒人，各部感其德，牵牛马以献，李素立惟受其酒一杯，其余全部退还。
时铁勒北部骨利，也遣使入贡，西域结骨部酋长也万里迢迢来到京师，请天可汗授给一官，诏为坚昆都督。
每当节日朝会时，夷落往往数百上千人，服色各异，语言参差，俱都入殿趋跄，山呼万岁，大唐王朝进入了一个全盛的时期。
太宗一路北巡，风寒劳累，水土不服，回到长安后，又闹起病来，从前箭伤处隐隐作疼，时时泄肚子。为了好好保养身体，太宗传旨，一切军国机务并委皇太子处决。
太医进了多次药，太宗吃了总觉不大管事，他见尉迟敬德年龄比自己大，同在沙场上冲杀了半辈子，老了以后精神头却比自己好，于是召来尉迟敬德问他养生的法子。尉迟敬德自从致仕回家，不问政事以后，对一切事情也渐渐看开了，答道：
“与世无争的人才能长寿，臣操心的事少了，自然身体轻健。”太宗知道自己不可能与世无争，便又问道：
“听说你在家炼丹药，吃丹药有效吗？”尉迟敬德老老实实地答道：
“臣是炼丹药，也吃了一些，但有效没效还不敢断定，圣上万金之躯，臣不敢妄言。”
太宗有些不相信尉迟敬德的话，有效没效先炼些吃吃再说。太宗吃丹药的心一起，乃遣人把国内一些有名的炼丹之人召进皇宫，在御苑中安下丹炉，点火炼丹。
丹药大多是辰砂、毗素、乳石一类的东西，再加上少量金铜炼制而成，毒性很大，往往对治病也有一些效果。每一炉丹炼成后，太宗小心翼翼服了一些，觉得身上发热，原先该疼的地方也不大疼了，精神疲顿的状况也改善了许多，因之对服食丹药可致长生的说法渐渐信服。
贞观二十一年正月，开府仪同三司申国公高士廉因病去世，卒年七十。当年高士廉识太宗而非常人，因将长孙氏许之。高士廉病逝，太宗极为伤痛，传旨要亲去高府临吊。房玄龄以主上卧病新愈，极力阻谏。太宗说道：
“高公非徒君臣，兼以故旧、姻亲，岂能闻其丧而不往哭乎？公勿复言！”
长孙无忌正在舅父家中守丧并襄办丧事，闻听主上要来临哭，忙飞马赶来，在午门外遇到了太宗领数百骑正要出来，长孙无忌站在马前拱手谏道：
“臣舅临终遗言：”深不愿以臣下北首、夷衾辄屈銮驾。‘陛下饵药后，方中切嘱：“不得临丧’，奈何不以宗庙、社稷为重？”
太宗不听，令人拽开长孙无忌，麾驾起行，长孙无忌见劝谏不住，只得投身伏卧道中，流着泪水，阻挡圣驾，太宗见状，长叹一声。拨马回宫，径入东苑，面向南边高士廉家的方向痛哭，诏赠高士廉司徒、并州都督，谥曰文献，陪葬昭陵。
休养了一段，太宗的疾患渐渐转好。转眼又到了十二月二十二日，为太宗的诞辰，长孙无忌奏道：“今日乃陛下诞辰，当召臣等宴乐。”太宗听了，好半天才长叹一声说：
“今日为我生之日，世俗之人以生日为乐，在朕反成感伤。今朕君临天下，富有四海，而承欢膝下，永不可得，此子路所以有负米之恨也。诗曰：哀哀父母，生我劬劳，奈何以劬劳之日更为宴乐乎？”
太宗说完泣下数行，长孙无忌等侍臣见皇帝以九五之尊，仍追念父母不已，功成名就，子欲养而亲不在。侍臣们想到这里，也跟着悲泣起来。
太宗居病中时，心中不快，因一件小事谴房玄龄归第，不令朝见。今值太宗生日，褚遂良想趁此为玄龄说上几句话，拱手奏道：“玄龄因微谴在家，今圣上诞辰，可召来朝会。”
见太宗沉吟不语，褚遂良上前一步，侃侃言道：“玄龄以义旗之始，赞翼圣功，武德之季，冒死决策；贞观之初，选贤立政，人臣之勤于国事者，以玄龄为最。自非缙绅同尤，罪在不赦，不可遐弃。陛下若以其衰老，亦当讽谕使其致仕，退之以礼；不宜以浅鲜之时，弃数十年之勋旧。”
褚遂良一番话说得入情入理，由不得太宗不动情，当即下诏道：“即刻宣玄龄入朝！”
房玄龄任事一段时间后，怕再惹皇帝不高兴，于是以老病为由，避位在家。这天，房玄龄正在后园给花草剪枝浇水，闻听不远处的芙蓉园隐隐有鼓乐声，家人报说皇帝幸芙蓉园，房玄龄忙走到前厅，换上衣服，命子弟赶快洒扫门庭。子弟见不年不节，老爷又一身郑重装束，有些奇怪，问：“洒扫门庭？今天有什么事吗？”
“銮舆且至。”房玄龄弹了弹衣服说。
果然是君臣同心，数十年的相处，房玄龄最知皇帝的心情。庭院刚刚洒扫完毕，大门外即车马喧腾，圣驾来到。房玄龄恭恭敬敬把太宗迎进家里，太宗略坐片刻，命载房玄龄一同回宫。中书门下三品宋公萧瑀是后梁明帝之子，九岁时即封新安王，隋炀帝时，其姐萧氏又贵为皇后，事唐后萧瑀官居宰相，常常摆摆老资格，看不惯其他寒门出身的宰相，常常在太宗跟前说：
“房玄龄与中书门下众臣，结伙拉帮，抱成一团，陛下若不详查，恐以后会出大问题。”
太宗听了这话有些反感，说：
“卿言有些过分，人君选贤才以为股肱心膂，当推诚任之。不能求全责备，而当舍其所短，求其所长。朕虽不能聪明，也不至于连忠奸善恶也看不见。”
萧瑀认为皇上偏信原先秦王府的人，心里不高兴，常常借口足疾不上朝，数次忤旨，太宗以其忠直居多，一直忍着没有处分他。
太宗一直对把尊佛崇佛挂在嘴上的人表示反感，一次上朝一位大臣又“佛，佛”说个不停，太宗反问他：“卿既事佛，何不出家？”
那大臣一听，默默无语，萧瑀不知上了什么劲，上来请道：
“佛使人为善，臣崇之至深，臣年已老，时刻渴望出家。”
“这是好事。”太宗当着众臣的面笑着对萧瑀说，“亦知公雅好桑门，今不违公意，允你马上出家！”
萧瑀一听，拱了拱手，真个的转身出了朝堂，大步走了。群臣以为萧宰相真的出家了，唏嘘不已，没想到一会儿萧瑀又转了回来，对太宗说：
“臣又思之，还有许多事需要臣做呢，现在还不能出家。”
太宗以萧瑀对群臣发言反覆，十分生气，手诏数其罪道：
“朕于佛教，非意所遵。求其道者未验福于将来，修其教者反受辜于既往，至若梁武穷心于释氏，简文锐意于法门，倾币藏以给僧祗，殚人力以供塔庙。及乎三淮沸浪，五岭腾烟，假余息于熊蹯，引残魂于雀彀，子孙覆亡而不暇，社稷俄顷而为墟，报施之征，何其谬也！瑀践覆车之余轨，袭亡国之遗风；弃公就私，未明隐显之际；身俗口道，莫辨邪正之心。修累叶之殃源，祈一躬之福本，上以违忤君主，下则扇习浮华。自请出家，寻复违异。一迥一惑，在乎瞬息之间，自可自否，变于帷扆所。乖栋梁之体，岂具胆之量乎！朕隐忍至今，瑀全无悛改。可赴商州刺吏，仍除其封。”
诏夺爵位，下除商州刺史，萧瑀反无怨言了。太宗了解其情况后，不久，又恢复其封号，加特进。后萧瑀年七十四而卒，遗命敛以单衣，无卜日。诏赠司空、荆州都督，陪葬昭陵。太常谥曰肃，太宗以其性忌，改谥贞褊。
御驾亲征高丽无功而返后，太宗心内不快，仍想在垂暮之年，再伐高丽。那盖苏文自从阻止住唐军的进攻后，更觉得了不起，对来访的唐使者倨傲无礼，与唐的文书也显得口气挺大。太宗气不过，决定再伐高丽，延臣会议军情。朝臣们一致认为：“高丽依山为城，攻之难于猝拔。前时御驾亲征，高丽人不得耕种。势必乏食，现在不如屡遣偏师，扰其边疆，令他东奔西走，无遐农事。不出数年，即会千里萧条，人心离散，鸭绿江北，可不战自定了。”
太宗以为良策，贞观二十一年（647年），令左卫大将军牛进达，为青邱道行军大总管，右武侯将军李海岸为副，率兵万人，乘楼船由莱州泛海入高丽。又遣太子詹事李祐为辽东道行军大总管，左武卫将军孙贰朗为副，率兵三千人，会同营州都督府兵，自新城道入高丽，水陆两路并进，侵扰敌人。李祐军渡过辽河，直捣南苏城，高丽兵背城作战，为唐军所破。李祐命纵火毁敌城郭。高丽兵善守，外部被毁，又固守内城，李祐率军攻打数日，不见成效，于是引兵退回国内。
牛进达这一路军倒很顺利，累战皆胜，攻克石城，又进兵至积利城下，高丽兵出城迎战，李海岸乘敌未稳，麾军猛击，一鼓作气，击败高丽兵，斩首二千级。高丽兵缩回城内，军民合力死守。牛进达料难速下，也引兵航海退回国内，与李祐军依次复旨。
此次以少量兵力侵扰高丽，虽无大功，亦无大失。太宗伐高丽之心不死，老想在垂暮之年，彻底解决高丽的问题，于是拟发第二次东征令。先敕宋州刺史王波利等发江南十二州工人造大船数百艘，预作战备。越明年，新罗女王金善德卒，太宗遣使封其妹真德为柱国，乐浪郡王。接着又命右武卫大将军薛万彻为青丘道行军大总管，右卫将军裴行方为副总管，将兵三万乘楼船战舰，自莱州泛海，以击高丽。
东师方发，在西方太宗也展开了争斗，时龟兹五伐叠卒，其弟诃黎布失毕立，时常侵扰邻国，太宗闻之大怒，诏左骁卫大将军阿中那社尔、右骁卫大将军契苾何力、安西都护郭孝恪等将兵击之。
兵都派出去了，太宗又以翠微宫依山而建，场地狭小，不足以容纳百官居住，命于宜春之凰凰谷再营一处玉华宫。玉华宫规模浩大，除内宫外，又设太子宫、百司，殿宇连山遍野，所费巨亿。数次调兵征讨四夷，又大修宫室，弄得百姓劳怨，太宗晚年脾气又不太好，群臣中无人敢切谏。这时后宫充容徐惠站出来了，接连三番上书极谏——
“妾闻以力服人，不如以德服人。善以德服人者，逸而顺；以力服人者，劳且逆也。今陛下既东征高丽，复欲西讨龟兹，捐有尽之农功，填无穷之巨浪，图未获之他从，丧已成之我军，妾窃疑之。昔秦皇并吞六国，反速危亡之基，晋武奄有三方，反成覆败之业，岂非矜功恃大，弃德轻邦，图利忘危，肆情纵欲之所致乎？是故地广者，非常安之术也，人劳者，乃易乱之源也。……”“翠微、玉华等宫，虽因山藉水，无筑构之苦，而工力和僦，不谓无烦。有道之君，以逸之人；无道之君，以乐乐身。”
“伎巧为丧国斧斤，珠玉为荡心鸠毒，侈丽纤美，不可以不遇。志骄于业秦，体逸于时安。妾充役后宫，何敢与闻外政？但心所谓危，不敢不告，宁贻越俎之诛，勿蹈噬脐之悔。伏愿陛下俯察迩言，息事宁人，以安天下，则不胜幸甚！”徐惠写了奏疏，来到寝宫，郑重其事地递到太宗手里，恭恭敬敬立在一边，等着太宗把疏看完。徐惠才二十出头，人长得亭亭玉立，可亲可敬，而且为人简约，才华卓著，每发言都显得恳切精诣，太宗非常喜欢她，不得不认真阅读和考虑她所提的一些意见。不久，太宗做出决定，依徐惠的意思，暂将西征事搁起。此时薛万彻已渡过鸭绿江，击败一些高丽守兵，太宗亦飞诏召还，咸令休息。
太宗年已四十九岁了，感觉身体大不如以前，病病恹恹的，常觉提不起精神。朝政大事大多托付给太子，太宗只是在新建的玉华宫休养流连。
这日，太宗正在徐妃的搀扶下在后苑看山望水，长孙无忌赶来奏道：“司空房玄龄大人病笃。”
太宗一听，身子摇晃了一下，泪流了下来。指示无忌：
“玄龄乃我心腹，速召来玉华宫，朕亲自看着御医给他治病。”太宗幸玉华宫，房玄龄为京师留守，是太宗的一个老看家的，此次病的不轻，自知不久于人世，见诏后，即携同家人连夜赶来。房玄龄病得连走路的力气也没有，太宗特命肩舆入殿，至御座侧乃下。
望着房玄龄一脸病容，想想自己也垂垂老矣，太宗不由地执住房玄龄的手，流着泪说：“玄龄啊，你我君臣共处三十多年，你从来没有顶撞过我，我可数次微遣你归第啊。”
玄龄挣扎着与太宗行礼，只是口称万岁而已。回到住处，一向办事小心的房玄龄对儿子们说道：
“吾受主上厚恩，今天下无事，惟东征未果，群臣莫敢谏，吾知而不言。死有余责。”房玄龄知太宗征高丽之心不死，不定哪天又要派发大军，于是不顾病中体弱，强撑身体，提笔切谏道：
“老子曰：”知足不辱，知止不殆‘陛下功名威德亦可足矣，拓地开疆亦可止矣，且陛下每决一重囚，必令三覆五奏，进素膳，止音乐者，重人命也。今驱无罪之士卒，委之锋刀之下，使肝脑涂地，独不可悯乎！向使高丽违失臣节，诛之可也；侵扰百姓，灭之可也；他日能为中国患，除之可也。今无此三条而坐烦中国，内为前代雪耻，外为新罗报仇，岂非所存者小，所损者大乎！愿陛下许高丽自新，焚凌波之船，罢应募之众，自然华、夷庆赖，远肃迩安。臣旦夕入地，倘蒙录此哀鸣，死且不朽！“
驸马都尉房遗爱拿着父亲的上疏，亲手交于太宗的手中，太宗看后，感慨地说：
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