这一仗打得陈友谅大伤元气。朱元璋的声势却越来越大。陈友谅哪肯甘心，他养精蓄锐，决心要报这个仇。过了三年，他造了大批战船，又带领六十万大军，进攻洪都（今江西南昌）。
朱元璋亲自带领二十万大军援救洪都，陈友谅才撤去包围，把水军全部撤到鄱阳湖。朱元璋把鄱阳湖出口封锁起来，堵住敌人，决定跟陈友谅在湖里决战。
陈友谅的水军有大批战船，又高又大，一字儿排开，竟有十几里长；朱元璋的水军，却尽是一些小船，论实力比陈友谅差得多。双方连续打了三天，朱军都失败了。
部将郭兴跟朱元璋说：“双方的兵力相差太远，靠打硬仗不行，非用火攻不可。”
朱元璋立刻命令用七条小船，装载着火药，每条船尾带着一条轻快的小船。那天傍晚，正好刮起了东北风，朱元璋派了一支敢死队驾驶这七条小船，乘风点火，直冲陈友谅大船。风急火烈，一下子就把汉军大船全部延烧起来，火焰腾空，把湖水照得通红。陈友谅手下的将士不是被烧死，就是被俘虏。
陈友谅带着残兵败将向鄱阳湖口突围。但是湖口早已被朱元璋堵住。在陈友谅突围的时候，朱军一阵乱箭，把陈友谅射死。
朱元璋消灭了南方最大的割据势力陈友谅以后，自称吴王。
自从刘福通牺牲以后，朱元璋把小明王接到滁州，名义上还接受小明王的领导。到了这时候，他做皇帝的思想膨胀起来，觉得留着小明王对他是个障碍。公元1366年，他用船把小明王接到应天，趁小明王在瓜步（今江苏六合东南）过江的时候，派人暗暗凿沉了船，把小明王淹死。
第二年，朱元璋消灭了张士诚割据势力，接着，命令徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，率领二十五万大军北伐。过了两个月，徐达的军队旗开得胜，占领了山东。公元1368年正月，朱元璋在应天即位称皇帝，国号叫明。他就是明太祖。
明军乘胜进军，元兵节节败退。这年八月，徐达率领大军直捣大都，元顺帝逃往上都。统治中国九十七年的元王朝终于被推翻。
刘伯温求雨
明太祖在统一战争中，依靠了一批英勇善战的将领争城夺地：又吸收了一些谋士，帮他出谋划策。在这些谋士中，刘基是最著名的一个。
刘基又叫刘伯温，本来是元朝的官员，因为对元朝的政治腐败不满意，常常写点文章，讽刺时事，后来，被解职回到他的家乡青田（在今浙江）。朱元璋的军队打到浙东的时候，把刘基请了出来，当他的谋士。在打败陈友谅、张士诚的战争中，刘基出了不少计策。由于他足智多谋，得到明太祖的信任。明太祖把他比做西汉初年的张良。
刘基不但谋略好，而且精通天文。在古代，往往把天文现象跟人间的吉凶扯在一起。刘基对天下形势观察仔细，考虑问题周到，他的预见往往比较准确。但是大家都认为这跟他精通天文有关。民间传说把刘伯温看作一个“未卜先知”的人物。
朱元璋当吴王的时候，江南发生了一场旱灾。刘基掌管天文，朱元璋问他为什么发生大旱，怎样才能求上天下雨。刘基说：“天一直不下雨，因为牢狱里关押的人有冤枉。”
朱元璋信了刘基的话，派他去查牢监里关的犯人。刘基一查，果然有不少冤案。他向朱元璋奏明后，平反了冤案，把错抓的人放了。
求雨和平反本来是毫不相干的两码事。刘基也不可能有求雨的法术。不过他懂得天文，可能观测到气象要发生变化，就借这个机会劝谏朱元璋平反冤案。果然不出几天，乌云密布，接着就下了一场透雨。刘基趁朱元璋高兴的时候，又劝他制定法律，依法办事，防止错杀无辜的人。
明太祖即位以后，叫刘基做御史中丞，负责司法工作。刘基严格执法。有一次，丞相李善长的一个亲信犯了法。李善长是明王朝开国功臣，又是明太祖的同乡，势力很大。但是刘基不顾李善长的阻挠，奏明明太祖，把那个亲信杀了。这件事当然招来了李善长的怨恨。
正巧这一年，京城又逢到大旱，明太祖十分着急。刘基乘机跟明太祖说：“战争中的死亡将士，他们的妻子需要抚恤；一些在筑城中死亡的工匠，尸骨还暴露在田野上，没人收埋。
把这些事办了，说不定能下雨。“
明太祖一心求雨，当然很快批准了刘基的要求，抚恤了将士妻子，掩埋了工匠的尸骨。刘基虽然办了一件好事，但是靠这种办法劝谏，毕竟靠不住。这一次，他的预测不准，过了十天，还是烈日当空，一滴雨也没下。
这可使明太祖生了气，再加上李善长在旁边说坏话，叫刘基不能不害怕。这时候，他妻子在家乡得病死去。刘基请个假回老家了。
其实，明太祖对刘基是特别器重的。有一次，明太祖要拜刘基为丞相。刘基连忙推辞说：“选丞相好比挑栋梁。要挑个大木材，如果用小木头当梁柱，房屋就有倒坍的危险。”
后来，明太祖撤了丞相李善长的职，又想请刘基出来当丞相。刘基说：“我性子褊急，容不得坏人：再说年纪大了，也担当不了这样重任。天下有的是人材，希望陛下好好物色。”
刘基回到青田，过着隐居生活，从来不跟人谈起他过去的功劳。青田县令一再求见，都被刘基婉言拒绝。有一次，县令换上便服，装扮个乡下人去拜访刘基。刘基正在洗脚，见来了陌生人，连忙穿了鞋子，把来人请进屋，热情地留饭。
刘基请教来人姓名，县令只好实说：“我是青田知县，特来拜见先生。”刘基大吃一惊，连忙起身作揖，自称是治下的普通百姓。打那以后，再也不跟县令见面了。
刘基住在家乡，仍旧很关心明朝的政事。有一次，明太祖派人到青田向刘基问天象吉凶。刘基说：“冬天刚下过严霜冻雪：接下来便是阳春季节。现在国家已经安定，希望陛下施政稍为宽和一点。”
胡维庸案件
明太祖是农家出身的，对农民生活多少有点了解。他即位以后，也注意实行休养生息的政策。他告诫地方官员说：“现在天下刚刚安定，百姓财力困乏，好像初飞的鸟，不能拔它的毛；新种的树，不能摇它的根。”他要官员们廉洁守法，不能贪赃枉法，加重人民负担。以后，他又招集流亡农民，开垦荒地，免除三年的劳役和赋税；要各地驻军屯田垦荒，做到粮食自给。他还兴修水利，奖励植棉种麻。所以，明朝初年的农业生产有了很明显的发展。新建立的明王朝统治也巩固下来。
但是明太祖总不放心那些帮助他开国的功臣。他设立一个叫做“锦衣卫”的特务机构，专门监视、侦察大臣的活动。大臣在外面或者家里有什么动静，他都打听得一清二楚。谁被发现有什么嫌疑，就有被打进牢狱甚至杀头的危险。
明太祖对待官员极其严酷，大臣上朝的时候惹他发了火，就在朝廷上被按在地上打板子，叫做“廷杖”，也有被当场打死的。这种做法弄得一些大臣们个个提心吊胆，每天上朝的时候，都愁眉苦脸地向家里亲人告别。如果这一天平安无事，回到家里，亲人就高高兴兴庆幸他又活了一天。
公元1380年，丞相胡维庸被告发叛国谋反，明太祖立刻把胡维庸满门抄斩，还追究他的同党。这一追究，竟株连文武官员一万五千多人。明太祖一发狠心，把那些有胡党嫌疑的人全杀了。
学士宋濂，是明朝开国初期跟刘基一起受明太祖重用过的；后来，又当过太子的老师。宋濂为人谨慎小心，但是明太祖对他也并不放心。有一次，宋濂在家里请几个朋友喝酒。第二天上朝，明太宗问他昨天喝过酒没有，请了哪些客人，备了哪些菜。宋濂一一照实回答。明太祖笑着说：“你没欺骗我。”原来，那天宋濂家请客的时候，明太祖已暗暗派人去监视了。后来，明太祖在朝廷上称赞宋濂说：“宋濂伺候我十九年，从没说过一句谎言，也没说过别人一句坏话，真是个贤人啊！”宋濂六十八岁那年告老回乡，明太祖还送他一幅锦缎，说：
“留着它，再过三十二年，做件百岁衣吧！”
胡维庸案件发生后，宋濂的孙子宋慎也被揭发是胡党，于是株连到宋濂。明太祖派锦衣卫把宋濂从金华老家抓到京城，要把他处死。
这件事让马皇后知道了。马皇后劝明太祖说：“老百姓家为孩子请个老师，尚且恭恭敬敬，好来好去，何况是皇帝家的老师呢。再说，宋先生一向住在乡下，他孙子的事他怎么会知道？”
明太祖正在火头上，不肯饶恕宋濂。当天，马皇后陪明太祖吃饭。她呆呆地坐在桌边，不沾酒，也不吃肉。明太祖感到奇怪，问她是不是身子不舒服。马皇后难过地说：“宋先生犯了死罪，我心里十分难受，在为宋先生祈福呢。”
马皇后是跟太祖年青时候共过患难的夫妻，明太祖平时对她比较尊重，听她这一说，也有点感动，才下令赦免宋濂死罪，改罚充军茂州（今四川茂县）七十多岁的宋濂，禁不起这场惊怕，再加上路上劳累，没到茂州就死了。
过了十年，又有人告发李善长和胡维庸往来密切，明知胡维庸谋反不检举揭发，采取观望态度，犯了大逆不道的罪。李善长是第一号开国功臣，又是明太祖的亲家。明太祖大封功臣的时候，曾经赐给李善长两道免死铁券。这一年，李善长已经七十七岁了，可是明太祖一翻脸，把李善长和他的全家七十几口全部处死。
接着，又一次追查胡党，处死了一万五千多人。
自从胡维庸案件发生以后，明太祖觉得把军政大权交给大臣不放心，就取消了丞相职位，由皇帝直接管辖吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部六个部的尚书（官名，部的长官）；又把掌握军权的大都督府废了，改设左、右、中、前、后五个都督府，分别训练兵士，需要打仗的时候，由皇帝直接发布命令。这样一来，明朝皇帝的权力就大大集中了。
事情并没到这里结束。过了三年，锦衣卫又告发大将蓝玉谋反。明太祖杀了蓝玉，追查同谋，又有文武官员一万五千多人受株连被杀。
这两件大案，几乎把朝廷一些功臣一扫而空，明太祖的专制和残暴在历史上也就出了名。
燕王进南京
明太祖一面杀了一些权位很高的大臣，一面把他的二十四个儿子分封到各地为王。其中一部分藩王还拥有军队。明太祖认为这样做，可以巩固他建立的明王朝的统治，哪料到后来反引起了一场大乱。
明太祖六十多岁的时候，太子朱标死了，朱标的儿子朱允炆（音wén）以长孙的地位，被立为皇太孙。各地的藩王大都是朱允炆的叔父，眼看皇位的继承权落到侄儿手里，心里不舒服。特别是明太祖的第四个儿子——燕王朱棣（音dì）一向带兵驻守北平（今北京市），多次立过战功，对朱允炆更不服气。
朱棣在明太祖的儿子中是比较精明能干的。据说有一次，明太祖叫朱允炆对对子，出的上联是“风吹马尾千条线”，朱允炆对的下联是“雨打羊毛一片膻（音shān）。”明太祖嫌他对的不好，马上沉下了脸。朱棣正好在旁边，就接嘴说：“孩儿倒也想了一个下联。”明太祖叫他说来听听。朱棣说：“日照龙鳞万点金。”原来龙是皇帝的象征。朱棣的对语，无非是想讨明太祖的欢心。明太祖听了，连声夸奖朱棣对得好。朱棣也就更不把朱允炆放在眼里了。
朱允炆虽然老实，对朱棣瞧不起他，毕竟还看得出来。皇太孙的东宫里，有个官员叫黄子澄，是朱允炆的伴读老师。有一次，朱允炆一个人坐在东角门口，皱起眉头长叹气。黄子澄见他心事重重，问太孙为什么发愁。朱允炆说：“现在几个叔父手里都有兵权，将来怎么管得了他们。”
黄子澄跟朱允炆讲了一个西汉平定七国之乱的故事，接着说：“当时吴楚七国诸侯这样强大，但是到他们发动叛乱，汉景帝一出兵，他们就垮了。殿下是皇上嫡孙，将来也不怕他们造反。”朱允炆听了，心总算放宽了一点。
公元1398年，明太祖死去，皇太孙朱允炆即位，这就是明惠帝，历史上又叫建文帝（建文是年号）。当时京城里就听到谣传，说几位藩王正在互相串联，准备谋反。建文帝听了这消息害怕起来，把黄子澄找来说：“先生可记得那次在东角门说的话吗？”
黄子澄说：“陛下放心，我怎么会忘记呢！”
黄子澄退出宫门，就找建文帝另一个亲信大臣齐泰一起商量。齐泰认为诸王之中，燕王兵力最强，野心又大，应该首先削除燕王的权力。黄子澄不赞成这个做法，他认为燕王早有准备，先从他下手，容易打草惊蛇，不如先向燕王周围的藩王下手。周王朱棣（音xiāo）是燕王的弟弟，他的封地在开封。如果先把周王除掉，就好比砍掉燕王的翅膀，下一步再除掉燕王就不难了。两人商量停当，就向建文帝回奏。建文帝听了很高兴，就找个由头派兵到河南把周王朱棣抓起来押到南京，削去王位，充军到云南。接着，又查出三个藩王有不法行为，把他们一个个削去王位。
燕王早就暗中练兵，准备谋反。为了麻痹建文帝，他假装发了精神病，成天胡言乱语，有时候还躺在地上，几天不起来。建文帝派使臣去探病，那时候正是大热天，燕王却坐在火炉边烤火，嘴里还不停地叫冷。使臣一回报，建文帝也相信燕王真的病了。
但是齐泰、黄子澄却怀疑燕王装病，他们一面派人到北平把燕王的家属抓起来，一面又秘密命令北平都指挥使张信带兵逮捕燕王，还约定燕王府的一些官员当内应。不料张信是站在燕王一边的，反向燕王告密。
燕王得到消息，就把王府里充当建文帝内应的官员全抓起来，宣布起兵。燕王是个精明人，知道建文帝毕竟是法定的皇帝，公开反叛，对自己不利，就找个起兵的理由，说要帮助建文帝除掉奸臣黄子澄、齐泰。历史上把这场内战叫做“靖难之变”（靖难是平定内乱的意思）。
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