主任周恩来亲自领导。由于周恩来积极领导共产党人全力经营，英勇战斗，才使黄埔党组织成为愈战愈强的革命堡垒。
军校创立时，前来就学或任教的共产党员，都是凭党的组织关系到粤区委报到，然后转到军校中去的。在党支部的领导下，有组织地投入军校的教学与学习及斗争中去。随着共产党员不断发展和增加，党的领导机构也逐步扩大与健全起来，经历了中共黄埔直属支部、中共黄埔特别支部和中共党团3个发展阶段。无论是直属支部，还是特别支部或黄埔党团，都设干事若干人，组成干事会，相当于支委会和总支委会党团核心，实行集体领导。干事会设书记一人，有组织、宣传、社会、统战等干事若干人。
北伐军部分政治工作人员合影。前左二郭沫若，左三朱克清，左四李富春。后左二李一氓，后左三林伯渠。
中共黄埔党团建立后，粤区委还派出特派员常驻军校，以普通职员的身份秘密协助党团书记工作。主要职责是沟通党员与支部、军校与粤区委的关系，传达党的号令，报告党的信息，加强了粤区委对军校共产党组织的领导，促进了党员在学习、行军、打仗中起先锋作用，并带动广大师生并肩前进。
以周恩来为首的黄埔共产党组织，其主要领导成员，在3年多的时间中曾连任或首任的约有20余人，其中担任军校领导和教官的8人。他们大部分都是曾留学于法、苏、德、日的留学生，博学多才，风华正茂。恽代英虽未出国，却是全国知名的理论家，他每次向学生作政治演讲都是座无虚席，被人们称为“青年模范，人民英雄”。蒋先云是众所公认的黄埔杰出代表，周恩来曾赞誉：“蒋先云是个将才。”后来的著名的红1军军长许继慎，湘鄂西革命根据地创始人周逸群，洪湖苏维埃主席鲁易，继任军校政治部主任熊雄，以及解放军元帅聂荣臻，大将陈赓及周士第，作家阳翰笙，等等。正是这些青史留名的人物，组成了黄埔共产党声威显赫的领导班子。他们高举旗帜，进行忘我战斗，因而能为黄埔军校建立不朽的殊勋。
军校中共产党组织所担负的政治任务，是随着前期和后期革命形势不同而灵活变化的。前期任务，主要是贯彻国共两党赞同的反帝反封建的政治纲领，指导共产党人与国民党人团结战斗，努力进行复兴国民党的工作，也就是既要帮助国民党，也要发展共产党。以实际行动促进国共两党革命青年通过在军校学习军事与政治，早日成为英勇投身反帝反封建斗争的革命军官，为实现孙中山“建立革命军，挽救中国的危亡”的军校宗旨而努力。正如黄埔第1期毕业生、共产党员韩浚所说：“在第1期学生中基本上没有党派之争，第2期萌芽，第3期才激化。”这是符合历史事实的。因此，中国共产党在前期的任务也得以顺利执行，并取得了显著成效。
同时，在许多革命优秀青年投奔黄埔之际，随着军校名声日著，师生日众，也有各色人物闻风而来。在师生中虽是精英云集，却也龙蛇混杂，造成军校出现左、中、右3种思想和势力错综复杂、扑朔迷离的斗争形势。特别是右派势力挑起事端，使师生内讧，国共相争，甚至公然制造反共分裂的事件。于是，以军校共产党和革命师生为一方，以国民党右派和反共分子为一方，形成了对立斗争，互为敌对，势如水火的局面。严重的分裂和斗争形势，使共产党人在军校中的既定目的和任务难以顺利进行。相反，却迫使共产党人必须起而迎击反共的挑战。
军校共产党组织的后期任务，是为适应军校出现了反共分裂的形势而制定的。根据粤区委的指示，党的中心任务是：“团结左派，争取中间势力，反对极右势力，积极宣传孙中山先生联俄、联共、扶助农工三大政策和国民革命运动，加强军校政治教育工作，培养配备国民革命军的军事政治骨干和后备力量。”这个任务的实质，是坚持国共合作的决策，巩固和扩大革命统一战线，更好地培养革命骨干，把反帝反封建的斗争进行到底。这是当年国家民族处在生死存亡的危急之秋，为挽救祖国于危亡的惟一正确的革命路线，代表着国家民族及国共两党的最高利益。这不但得到共产党人的全力支持，并且得到军校全体师生的竭诚拥护。因此，共产党人首先闻风而动，革命师生群起响应。于是，“实现总理遗志！拥护三大政策！坚持国共合作！孙文主义万岁！列宁主义万岁！国民革命成功万岁！世界革命成功万岁！革命的左边来，反动的滚出去！”等有针对性的标语口号，张贴在军校的里里外外，劝勉反动派悬崖勒马，以革命大局为重，团结战斗。军校革命刊物如《士兵之友》的总编洪剑雄，《青年军人》总编胡秉锋，《中国军人》主笔蒋先云，《黄埔日刊》主编安体诚和校领导人及教官恽代英、熊雄、阳翰笙、萧楚女等共产党人都出马上阵，口诛笔伐，形成了坚强的宣传阵势，还击右派势力的反共挑战。在军校中尽管逆流、妖风此起彼伏，但以共产党人为中心的革命势力仍长期占据优势，立于不败之地。正如第4期学生、共产党人王世英追忆所说：“革命旗帜在党一边”，“在公开场合的斗争中，我们（共产党人）多数是胜利的。”这不能不说是军校党组织的方针政策得到了共产党人的忠诚贯彻和广大革命师生热烈拥护的结果。
共产党人在军校中所采取的革命斗争策略，是根据军校共产党组织处在秘密状态，各项革命活动尚未能畅通无阻的环境下制定的。军校建立以后，由于右派势力作祟，因而国共合作与反共分裂的矛盾现象自始至终交织出现在一起。只是早期以国共合作为主流，后期以反共分裂为主流。为此，军校内中共党组织在一开始就采取了公开与秘密相结合的革命两手策略，以两种活动，两重身份，两个组织的灵活运用，领导共产党员在革命征途中向前挺进，既抵制了反动派对共产党活动的阻挠与破坏，也有力地推动了革命势力的迅速发展，壮大了党的威势，极大的发挥了共产党人的作用。如聂荣臻所说：“共产党人在军事工作上和政治工作上发挥了先锋作用”，“在国民革命军和黄埔军校中都担负了繁重的任务。”这都是共产党人的策略运用成功的结果。
毛泽东主编的《政治周报》本期
刊登东征战役第一，两种活动。共产党人在军校中采用秘密与公开两种活动方式，是根据不同工作性质决定的。秘密方式是粤区委通过军委进行具体领导所采用的。周恩来曾亲自选定意义深远的“明星”二字作为粤区委军委的代号，用以向党员传达号令，布置任务，听取汇报。军校党的核心成员每当听到“明星”的呼唤，便知道是粤区委、军委的指示来了。同样，共产党员也用“君伟”代指“军委”，向党送发书面报告。在秘密书函的字里行间，还使用“本校”代指“共产党”，“少校”代指“共青团”，“民校”、“KMT”代指“国民党”，有效地避开了党外人士的耳目，准确地传达了党的信息。至于党员听报告、开大会等活动，则往往要在星期天从黄埔岛回市区才能举行。一般是干事会的核心成员回粤区军委汇报、开会，普通党员到其他地点活动、开会。由于党的活动地点常有变动，所以党内又有“革命俱乐部ABC”的命名：A是指广州农民运动讲习所，B是指省港罢工委员会，C是指国光书店。以此作为党员确定到广州集合地的代号。至于校中突发事件的紧急通知，则只能在夜深人静或晨光曦微之时刻，零星分散的耳语相传，来去无踪。这样做，使党的活动保持秘密状态，保证了党的活动的安全发展。
公开的方式，是指著名的共产党人公开为党办事，为党宣传。如周恩来、蒋先云等，曾充当校内国民党和共产党之间，共产党与蒋介石之间的沟通桥梁。他们可以随时挺身而出，商讨两党合作，解决纠纷。在第二次东征末期，蒋介石曾向周恩来提出“要将军校和军中的共产党人的名字告诉他”，周恩来则以“此事关系两党，须请示中央才能决定”为理由，婉言拒绝。军校出师北伐之后，国共两党裂痕日益扩大，蒋先云也奉命从南昌前线专程回校，以求妥善处理国共两党和黄埔同学会的纠纷。他对军校师生发表苦口婆心的演说，要求黄埔同学“无条件地团结起来”。还有一批党的积极分子，一般都既积极宣传孙中山新三民主义，也积极宣传共产主义。他们公开散发党机关刊物《向导》、团机关刊物《中国青年》等宣传品，促进党的思想的传播，反共势力对此也无可奈何。
这种公开与秘密两种活动的成功运用，曾有效地使中共党员的正常政治活动畅通无阻，指导党员在各个岗位上发挥了作用，推动了军校的革命活动蓬勃发展。
第二，两重身份。军校早在筹办时期就有“全校员工师生加入国民党”的决议。如黄埔一期生徐向前所说：“第一期开学第一课就填表参加国民党。”在此之前，中共中央对各级组织也曾发出“有国民党组织之地方，同志们立时全体加入”的指示。这两者都为共产党员在军校参加国民
1925年1月，中国青年军人联合会第一次代表大会合影，前左五是周逸群。
党铺平道路，顺利地成为国民党党员，在军校里称为“跨党党员”。他们身负两重任务：既要履行国民党员的义务，也要履行共产党员的义务。在这种特殊而又复杂的环境中，坚定的共产党员就利用双重党籍的有利条件，积极促进国共合作，加速党的势力的发展。他们根据革命需要，往往一方面以国民党员身份为国民党工作，宣传孙中山的三民主义，也以共产党员身份为共产党工作，宣传马克思主义、共产主义。另一方面又采取以国民党名义为共产党工作，或以共产党名义为国民党工作，更好地扩大革命势力，加快共产主义思想的传播和影响。
除具有双重党籍身份的共产党员为党工作外，还有隐藏身份的秘密共产党员，确保党的工作的正常开展。这些秘密党员一般是进入黄埔军校之前入党的，进校后，又以秘密共产党员的身份参加国民党。也有国民党党员因向往共产主义在军校中秘密地参加了共产党，成为秘密共产党员。这两种党员，都始终保持秘密党员的身份，而只以国民党员的身份公开活动，成了“名为国民党员，实为共产党员”的特别党员。他们秘密地为党工作，作出了重要贡献。
《中国军人》杂志刊载的出席联合会代表名录，黄埔军校代表有李之龙、蒋先云、贺衷寒、曾扩情。有了公开与秘密的两类党员分别为党工作，就可以在左、中、右3类师生或工作部门中取得生存和活动的空间。他们分散在军校各处，成了党的耳目和手足。为党通风报信、出谋献策，帮助党做出革命部署，进行知己知彼的战斗。可见跨党党员和秘密党员两重身份的成功运用，都积极辅助了党组织开展革命斗争。
第三，两种组织。在军校里，国共两党的直属组织或师生群众组织曾遍布于校内各个部门进行活动，他们分别代表了左、中、右3种思想和势力，其中主要是共产党与国民党右派势力，使军校逐步形成两种思想、两种势力、两个组织的对立斗争。火星社、中国青年军人联合会与孙文主义学会等敌对组织的存在和斗争，正是这个史实的反映。
火星社，是共产党在校内所领导的一个秘密革命组织，原是要求“作为党的外围组织，来推行党的政策，扩大党的影响，并为吸收党员做准备工作”。也就是说火星社是党的助手。火星社约于1924年底在广州北校场内分校成立，以“SM”为代号，另有特定的手势作为联络信号。火星社的创立和活动不到1年，社员有100多人，先后分散到各个战斗岗位中去，其中不少人成了出色的共产党员。在它存在时期，对校内国民党右派的斗争发挥了极大的作用。
中国青年军人联合会，简称“青军会”，原是以黄埔师生为骨干的，国共合作的社会革命军人组织。它由校内发展到校外，经历了校内的“青年军人社”、校外的“青年军人代表会”等阶段发展而成。“青军会”成立后，最先以共产党人蒋先云为中共执行委员会常务委员会常委主任（主席），国民党人贺衷寒为秘书。立会宗旨以“联合革命军人，进行反帝反封建的斗争，以求救国、救民、救自己为目的。”他们英勇无畏地表示要当“人类的牺牲者”、“革命的先锋队”。因为共产党人在会里占据领导优势，于是国民党右派视之为“赤色机关”，他们公然实行退会，另立山头，自打旗帜。这样就使“青军会”成了以共产党人为核心的组织，拥有两万多革命会员，以最富有战斗性、革命性而名声大振。以黄埔军校师生为骨干的中国青年军人联合会，开办了自己的会刊《中国军人》杂志，会刊主笔是共产党员王一飞，主要领导者是蒋先云等一批共产党人。该刊创办于1925年初，停刊于1926年“中山舰事件”之后。共出版发行了9期。
孙文主义学会，简称“孙学会”，是一个打着孙中山的旗帜，专门与“青军会”对抗，矛头直指共产党的组织。他们要求从“统一战线中开除共产党”。原“青军会”秘书贺衷寒脱离“青军会”，当了“孙学会”会长，以“戴季陶主义”为精神支柱，开展了一系列的反共分裂活动。他们虽自命为孙中山的信徒，实际上为反对国共合作、分裂革命统一战线、破坏孙中山的三大政策效劳，成了全国有名的反共组织。
《中国军人》杂志刊载的图片
“青军会”与“孙学会”都以黄埔军校为基地，以黄埔师生为争取联络的主要对象，争雄斗胜。为了争取会员，扩大势力，他们各自向全国开展活动，形成了人多势重，足以左右军校和广东革命形势发展的两种政治力量。1926年3月“中山舰事件”和5月“整理党务案”先后爆发，“青军会”被迫于4月底解