出现了党争的事端。
“两会”的斗争与解散
黄埔军校建立后，由于中国共产党领导的反帝反封建斗争的迅猛发展，其影响迅速扩大，统一战线内部资产阶级与无产阶级争夺领导权的斗争日益明显复杂，反映在军校内部革命势力与反动势力的斗争也随之尖锐起来。军校内部的斗争，集中反映在“青年军人联合会”和“孙文主义学会”两大组织之间的斗争问题上。
“青年军人联合会”的前身，是1924年八九月间成立的以团结青年军人、挽救时局为宗旨的“中国青年军人代表会”，会址设在国民党中央党部。这是针对广州商团反动势力日益强大的形势，由黄埔一期“状元”、共产党员蒋先云提出来的。1925年1月23日，“中国青年军人代表会”改组成“青年军人联合会”（简称“青军会”），2月1日召开成立大会，宣告“青军会”正式成立。“青军会”的宗旨，是以团结广大革命军人，坚决执行孙中山的三大革命政策，积极巩固革命统一战线，配合军校的中心任务，开展各种革命活动。“青军会”是在周恩来指导下的，由共产党员和社会主义青年团员为核心，组成的革命群众组织。黄埔军校有8名学生当选为“青军会”干部，其中李之龙、蒋先云、王一飞等6人是共产党员。当时“青军会”最主要的负责人，是常务委员蒋先云。他们把所有驻扎在广州的、倾向于革命的青年军人联合起来，以联合的革命军人，来对付联合的反革命商团。在打击陈炯明的斗争中，“青军会”得到广大青年军人的热烈支持和拥护，参加者甚众，迅速发展壮大，成立1年多时间，会员发展了2万余人，还把教职员中的左派和共产党员金佛庄、郭俊、茅延桢、鲁易等人发展成了会员。
由于共产党员在“青军会”中起了主要领导作用，蒋介石有了危机感。黄埔军校中的右派分子，慑于“青军会”的声威，对共产党员、国民党左派在“青军会”中占据主导地位更是极为不满，于是开始筹备一个与“青军会”分庭抗礼的右派组织。在蒋介石的指使与支持下，于4月间由王伯龄、冷欣、贺衷寒、杨引之等人成立了“中山主义研究社”，当时社员只有30多人。12月底正式召开成立大会，改名为“孙文主义学会”，会员发展至400多人。1926年2月，正式选举出领导机构，冷欣、杨引之、陈诚等9人为执行委员，贺衷寒等5人为候补执委，王伯龄为其后台，躲在幕后操纵指挥。后发展会员5000多人，教职员中的右派何应钦、林振雄、张叔同等人也成了会员。
“孙文主义学会”是以国民党中反共分子为骨干，以反对共产党，反对国共合作，反对三大政策为宗旨的一个右派组织，是蒋介石打击排挤共产党人，篡夺黄埔军校、第1军乃至整个国民革命军党权军权的先锋和工具。它的成立，形成以“青军会”为一方，以“孙文主义学会”为另一方，围绕着是否坚持统一战线和三大政策等问题，开展了争论。
两个组织的出现，使黄埔岛上结成了相互对立的阵营。两个组织的学生不时争吵摩擦，甚至恶语相向。在那时的黄埔军校，如果看到两伙学生吵架斗嘴的场面，不用问就知道，这是“两会”的人又碰到一起了。后来发展到整天剑拔弩张，甚至动刀动枪，轰动黄埔军校的枪击事件就在这时发生了。
黄埔军校时期的许继慎1925年5月的一天，军校政治部秘书、共产党员、中国青年军人联合会成员李汉藩、陈作为持一张清单，奉命到军校管理处领取办公用品。一名办公室人员看过后，把清单送到军校管理处长、孙文主义学会执委会成员林振雄面前，请他过目。林振雄拿起领物清单，带有情绪地说：“你们政治部，又要领这么多彩色纸回去做什么，难道能当票子花？”李汉藩不想多与他纠缠，便说：“我们要印刷传单，过几天开会用。”林振雄又追问：“印什么传单？”李汉藩不客气地说：“印什么传单，这是政治部的工作机密，没有必要告诉你！”“什么工作机密，还不是统统用做赤化宣传了！”林振雄“哗”的一声将领物清单撕得粉碎，扔在地上。
李汉藩一拳砸在桌子上，厉声道：“林振雄，有意见到校长跟前去提，别在这里撒野！”“老子今天还要揍你们这些专搞赤化的共产党崽子！”林振雄说着，一拳打在李汉藩的胸脯上。李汉藩回手给林振雄脸上就是一拳。气恼之下，林振雄趁李汉藩不备，突然拔出随身佩带的手枪，对着李汉藩就是一枪。李汉藩身子一侧，躲过了子弹。待林振雄举枪再要射击时，陈作为和办公室里其他人员从后面一把抱住林振雄持枪的右手，第二颗子弹这才没有打出去。
枪声惊动了整个黄埔军校。周逸群、杨其纲、许继慎等10余名共产党员以最快速度冲进管理处办公室，合力把林振雄按倒在地，果断下了他的枪，愤怒地找来一条长麻绳，将林振雄双手捆住，径往军校禁闭室里推去。到了军校禁闭室，李汉藩令人把禁闭室的门打开，说：“先把他关进去，听候校领导来处理。一切责任由我个人承担。”
黄埔军校内，中国青年军人联合会会员和孙文主义学会的成员都紧急出动了，双方都拿出了武器。青军会方面派出一部分人去把守军校禁闭室，孙文主义学会的成员们则集合在一处，双方的火并一触即发。
这时，蒋介石、廖仲恺、周恩来等校领导恰好都不在校内，总值日官张治中火速集中军校各部主任、学生队长开会，制止事态的进一步发展。正在广州的廖仲恺，闻讯匆匆赶回后，以黄埔军校党代表的名义，作出了对林振雄、李汉藩二人的处理决定：林振雄身为官长，公然开枪行凶，虽未造成事实，但性质特别严重，给予撤销管理处长职务交军法处查办之处分；李汉藩与林振雄发生斗殴，并在遭受枪击后，恃众擅将林振雄缚入禁闭室关押，亦属藐视法律，给予行政记大过的处分。
廖仲恺对林、李二人的处理是非清楚，轻重有别，令全校师生心服口服，事态很快平息下来。但军校中国共两党组织成员之间的斗争，并未减弱。
校长蒋介石表面上对“两会”不偏不倚，貌似公允，实际上对“青军会”怀恨在心。直到黄埔系统选举出席国民党“二大”代表，选举结果一出来，蒋介石大吃一惊，当选的几乎全是“青军会”的共产党员，而孙文学会的人几乎全部落选。蒋介石意识到了问题的严重性。1925年7月1日，中华民国国民政府在广州成立，汪精卫任主席，蒋介石除早已任黄埔军校校长外，先后任广州卫戍司令、第1军军长、国民革命军总司令，他的羽翼渐丰，开始准备了结军校内的党争问题。12月，蒋介石在第1军政治部各级党代表会议上，提出了《调和本校党争办法》，规定校内共产党员的一切活动“均得公开”。这实际上是为了加强对共产党员的控制。会后，蒋介石要周恩来把黄埔军校和第1军中的共产党员名字都告诉他，遭到拒绝。
中国共产党人与蒋介石展开了顽强的斗争。为了争夺黄埔军校的生源，中共中央在1925年11月1日发出第62号通告，对各级党组织发出号召：“广州黄埔军校正拟招收三千名入伍生，望各地速速多选工作不甚重要之同学，少校同学及民校左派同学，自备川资和旅费，前往广州投考，以免该校为反动派所据。此事关系甚大，各地万勿忽视。投考者须一律携带民校介绍证书。本校及少校同学均须由各地委直接另给介绍书于本校广东区委。”下面的署名为“钟英白”，即“中央”的谐音“告白”，文中也使用了代号，“本校”指“共产党”，“少校”指“共青团”，“民校”指“国民党”。从这份文告中，已经显露出国共两党相争于黄埔军校的激烈程度，党争的火药味也越来越浓。
与此同时，蒋介石也加快了在黄埔军校内排除共产党势力的步伐，使党争更加公开化。“孙文主义学会”成员的气焰更加嚣张，他们盗窃共产党人的文件，不断制造殴打和枪击“青军会”会员事件。1926年4月7日，蒋介石以“两会”组织破坏了黄埔的统一，“于集体化、纪律化之旨相妨碍”为借口，下达了“一律自行取消”的校令。4月10日，“青军会”被迫发表通电，宣布自行解散。21日，“孙文主义学会”也发表了解散宣言。
“中山舰事件”
就在黄埔军校“青军会”和“孙文主义学会”闹的不可开交时，1926年3月20日，当时任海军局长兼“中山舰”舰长的军校一期生、共产党员李之龙及其他共产党人遭到逮捕，军校党争问题发展到白热化状态，这就是以蒋介石为代表的军校反共势力蓄谋已久的“中山舰事件”。
黄埔军校时期的李之龙本来此时的广州革命根据地处于继续大发展时期，国共合作，正共谋北伐。1925年8月，广州国民政府将所属各军改组为国民革命军。国民政府军事委员会下设海军局，同时撤销原建国粤军总司令部航务处。海军局长为苏联顾问斯美洛夫，参谋厅长为欧阳琳，政治部主任为李之龙。此时的“中山舰”归海军局管辖。不久，正式组成广东舰队，至1926年12月，广东舰队共有60多艘小型舰船。
李之龙是黄埔一期生中的佼佼者，1921年加入共产党，是中国青年军人联合会负责人。他入黄埔前曾在烟台海军学校学习，因此毕业后到海军中任职。当时，海军局下的各舰，除舰长外都设党代表，共产党员和一些进步分子也加入到海军队伍，推动了各种革命活动。苏联顾问常到海军俱乐部给官兵讲政治、军事，传播进步思想。所以，在黄埔军校中即已是出类拔萃的李之龙，得天独厚地被重用为海军局政治部主任，授少将衔。1926年2月，海军局长斯美洛夫因事返苏，由欧阳琳代局长。蒋介石的亲信、海军学校副校长欧阳格欲驱逐欧阳琳以自代，欧阳琳弃职而去，但欧阳格也未能当上局长。3月，李之龙被任命为代理海军局长和参谋厅长，并兼“中山舰”舰长，军衔由少将晋升为中将。
这时广州的国民政府、国民革命军严重的内部矛盾日益表面化、尖锐化。国民党左派和共产党力主北伐，贯彻孙中山三大政策，而西山会议派、孙文主义学会等国民党右派则背叛三大政策，排斥共产党。处于要害职位的汪精卫和蒋介石，既有政争，也有权争。在各种力量交锋中，1925年8月，著名的国民党左派人士廖仲恺被国民党右派指使的暴徒所暗杀。
当时各派力量也向“中山舰”渗透，国民党右派欧阳格曾阴谋策动舰上部分人员劫舰他驶，事为刚上任局长的李之龙所悉，带宪兵上舰逮捕欧阳格同伙13人，并调两个班的士兵驻舰设防。李之龙还查知蒋介石的同学、虎门要塞司令陈肇英的走私行为，并报告汪精卫。根据汪精卫的旨意，李之龙拘留了陈肇英的走私船，后陈受到处分。李之龙的所作所为，均使蒋介石不满，并势在必除之。
1926年3月14日，李之龙因公务繁忙，辞去“中山舰”舰长一职，由副舰长章臣桐代理舰长。此时，“中山舰”停泊于广州市区内水域，在广南船坞修理汽笛。3月18日午后6时许，在广东海边之“定安”号火轮遭海匪抢劫，停泊在黄埔上游。黄埔军校校长办公室主任孔庆睿、管理科科长赵锦雯等商议派舰前往保护。但军校本身无舰可派，军校交通股黎时雍乃向军校驻省办事处请求“速派船来”，但并未指明提出要“中山舰”支援。办事处的交通股股长兼办事处主任欧阳钟知讯后，乃亲往海军局联系派舰。恰李之龙因公外出，由作战科科长邹毅面允，即派舰前往黄埔。
此后，据欧阳钟自称，他“于是即返办事处”。而海军局的《值日官日记》则称：“因李代局长电话不通，无从请示办法，故即着传令带同该员面见李代局长，面商一切。”又据李之龙夫人报告：当夜，有3人到李之龙家，因李仍不在，由李之龙夫人接待，“中有一身肥大者”（即欧阳钟）声称“奉蒋校长命令，有紧急之事，派战斗舰两艘开赴黄埔，听候蒋校长调遣”，同时又交作战科邹科长一函，中称已通知“宝璧舰”预备前往，其余一艘，只有“中山”、“自由”两舰可派，请由此两舰中决定一
《黄埔军校史料》封面《黄埔军校史料（续篇）》封面
艘。李之龙归来阅信后，即去对门和“自由舰”舰长谢崇坚商量，因“自由舰”刚从海南回省，机件稍有损坏，李之龙决定派“中山舰”前往，即下令给该舰代舰长章臣桐。是夜10时余，黄埔军校校长办公厅秘书季方接到欧阳钟的电话，据称，向海军局交涉之兵舰，当晚可来一艘（即“宝璧舰”），约夜12时到黄埔，请嘱步哨不要误会。季方当即询问因何事故调舰，抑奉何人之命交涉。答称：系由本校黎股员时雍电话嘱咐，请保护商轮之用。
19日晨6时，“宝璧舰”出珠江口。7时，“中山舰”出珠江口。同日晨，海军局参谋厅作战科科长邹毅要求欧阳钟补办调舰公函，欧阳钟照办。公函称：“顷接黎股员电话云：奉教育长谕，转奉校长命，着即通知海军局迅速派兵舰两艘开赴黄埔，听候差遣等因，奉此，相应通知贵局迅速派兵舰两艘为要。”“中山舰”于上午9时开抵黄埔后，代理舰长章臣桐即到军校报到，由季方委派副官黄珍吾代见。章出示李之龙命令，说：派“中山舰”火急开往黄埔，归蒋校长调遣。该舰长来校，乃为请示任务。并称：若无十分重要事情，则令其回省，另换一小舰来候用。黄珍吾当即报告邓演达，邓谓并无调舰来黄埔之事，但他“公事颇忙”，让黄转知该舰长听候命令。
当时，以联共（布）中央委员布勃诺夫为团长的苏联使团正在广州考察。“中山舰”停泊黄埔期间，海军局作战科邹科长告诉李之龙，因俄国考察团要参观“中山舰”，俄顾问询问“中山舰”是否还在本地。李之龙即用电话告知蒋介石俄国考察团参观之事，请示可否调“中�