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这段时间，苏加诺总统在同苏哈托将军的频繁接触中，发现苏哈托有其自己的见解，不轻易接受他的命令。有一天，苏哈托曾对总统说，“伯，如果我们犯了错误后能后退一步该多好。我们后退是为了胜利。退一步是为了再前进好几步。”
但苏加诺总统在解散印尼共产党的问题上寸步不让。他不愿解散或取缔印尼共产党。他借口担心印尼共产党一旦被取缔，它会转入地下活动，那就更不好办。况且总统曾向世界各国兜售“纳沙贡” 体制，怕取缔印尼工产党后会被世人所耻笑。后来苏哈托虽建议由他宣布解散印尼共产党，而不以总统的名义，但总统仍不松口。
苏加诺总统迟迟不解散印尼共产党的暧昧态度引起一些人的更大不满。而苏哈托将军支持群众反对共产党的态度则受到一些人的拥护和欢迎。
3月11日上午，苏加诺总统在独立宫召开内阁会议。在会议进行中，总统的副官萨布尔准将向总统报告，来历不明的部队包围了独立宫。总统听了之后，借口有急事，便同苏班德里约和盖鲁尔·萨勒两位副总理一起匆匆离开会场，乘直升机飞往茂物。面对这一形势，苏哈托委托苏加诺的家属和好友做苏加诺的工作，劝说总统把权力移交给苏哈托将军。于是，苏加诺签发了一份《命令书》。《命令书》说，苏加诺总统命令苏哈托将军可以总统的名义采取一切必要的措施，以维持治安和社会稳定，保证政府的正常工作，确保苏加诺的人身安全和权威。
苏加诺总统签署这份《命令书》，标志着他大权旁落，他的总统、武装部队最高司令、伟大的革命领袖等桂冠已有名无实，而真正的实权却已紧紧地握在苏哈托将军的手中。
苏哈托将军接到苏加诺总统的《命令书》之后，并不喜形于色。他是善于克制自己的人。有了这一《命令书》，苏哈托将军第二天便迫不及待地作出“解散印尼共产党”的决定。
印尼共产党被取缔后，苏哈托将军紧接着宣布不准其他政党或群众组织接受原印尼共产党成员，并要求印尼共产党成员向就近的政府机构报到。
1966年3月，苏加诺总统再次被迫改组内阁，清除内阁中的印尼共产党成员，同时把人民代表大会中的印尼共产党代表由支持新秩序的人物取代。6月，临时人民协商会议召开全体会议推选纳苏蒂安将军为主席。同时，确认了《3月11日命令书》，这意味着苏哈托将军获得“临时人民协调会议”的委托，其地位更加合法化了。会议还批准通过解散印尼共产党，并决定禁止马列主义和共产主义在印尼土地上的存在。
会议撤销赋予苏加诺的“伟大的革命领袖”和“终身总统”的头衔。并责成苏加诺向临时人民协调会议报告他在九三O事件前后的所作所为。
会上，苏哈托指责苏加诺违背国家和民族的利益，不仅不对九三O运动和印尼共产党的主要领导人采取措施，反而保护九三O运动和印尼共产党的领导人。当时在会外有许多示威者，他们对苏加诺总统的谴责越来越激烈，要求苏加诺辞职。
这次会议大大地加强了苏哈托将军的地位和权力。会议虽然仍保留苏加诺的“总统”头衔，但“总统”已名存实亡。实际上他已被推到被告的席位上了。
1967年元旦，掌握国家最高领导权的苏哈托将军，以内阁主席团主席的身份向人民作了年终报告。报告着重谈经济问题，谈政府关于改善人民的生活状况。这同过去苏加诺在这个时候大谈政治或意识形态问题形成鲜明对比。苏哈托朴实无华的报告也使人耳目一新。苏哈托的报告受到群众热烈的欢迎。
在尖锐的政治冲突的气氛中，政界和军方许多人督促苏哈托出来当总统。他们希望苏哈托能马上接管国家政权。但苏哈托拒绝采取简单的办法接管国家政权。
当苏加诺决定交出领导权时，苏哈托却建议希望苏加诺保留“总统”的头衔，但他不再掌握实权。那就是说让苏加诺在其位，但不谋其政。苏加诺开始不干，但在几位军区司令的说服和压力下，只好接受这个建议。
当时紧张的政治气氛仍未见缓和。支持和反对苏加诺的群众的对立日益白热化，政治冲突有一触即发的危险。这时一些政界和军界人士又向苏哈托重提总统的职务问题，他们说服苏哈托接受当总统的建议。苏哈托的背景人们都了如指掌，他从未受过当总统的那种教育，但他们完全信任苏哈托能胜任这一重担。经过同军政人士的反复商讨和讨价还价，苏哈托终于表示可以“试一试”，先担任为期一年的“代总统”职务。苏哈托说，在这一年期间，大家再考虑考虑，他是否能胜任这一职务，或者在这段时间发现更为合适的人选。
苏哈托一再推辞出任总统，并说出了许多谦虚的客套话，无非想表明他并没有当总统的野心，他出任总统职务是鸭子上架出于无奈。1967年3月，临时人民协调会议召开特别会议，会议一致推选苏哈托将军为印度尼西亚代总统。
苏哈托任代总统，标志着苏加诺时代的结束，苏哈托时代的开始。从此后，苏加诺不仅从权力顶峰一落千丈，成为平民，而且还成了阶下囚，对他进行“政治隔离”。
苏哈托代总统一年的任期即将结束之际，政界人士和各军种司令又向他表示，请他担任总统职务。在1968年3月临时人民协商会议上，苏哈托当选为总统。这样，苏哈托将军在镇压九三O运动两年多的时间后顺利地走向总统的宝座，成为印尼共和国第二任总统。
自此之后，尽管有人批评治国权力过于集中，令苏哈托一家在商界享有极大的影响力，但一直没有人敢挑战苏哈托的地位。而苏哈托亦在无任何对手下，无惊无险成功六度连任总统。
印尼在苏哈托治理下，虽然贫穷落后，贪污盛行，但近年经济发展迅速，政局稳定，社会秩序良好，苏哈托因此获得推崇，深受政府官员、商人、年轻知识分子以至一般百姓的爱戴和支持，更获得“微笑将军”的称号。
苏哈托标榜五个原则治国，即信仰真主、民族主义、人道主义、社会正义及民主，但民主方面无疑是最弱的一环。
印尼人民没有组织政党的自由，没有游行示威的自由，连工人罢工亦不许可。印尼原本有十多个政党，大部分被下令解散，目前连执政党在内仅保留三个，不容许新政党出现。
自苏哈托上台后，印尼经济发展迅速，近几年年均增长率为6。8％，1995年达到8。1％。在经济持续高速增长的同时，印尼保持了国内政局的相对稳定。作为东南亚大国和东盟主要成员国，印尼的发展令世人瞩目。印尼总统苏哈托1996年《国情咨文》全面总结了印尼新秩序时期国家建设的成就及当前面临的挑战与困难。
虽然苏哈托备受拥戴，然而，印尼在最近数月遭逢巨变，首先遇到大旱，令农作物失收，继而受到席卷亚洲的金融风暴冲击，印尼盾贬值70％，政府削减必需品补贴，导致物价飞涨，在经济受压下，国内到处出现学生抗议浪潮，达致失控地步，最终导致军警开枪血腥镇压，使苏哈托走上了一条不归路。
苏哈托曾被称为印尼的“发展之父”，他把印尼从一个穷乡僻壤变成欣欣向荣的经济体，从70年代起直至去年为止，印尼享有每年至少6％的经济成长率。在他领导下，国内生产总额从平均每人50美元跃升到1000美元。
自1966年苏哈托掌权后，印尼的贫穷人口急剧缩减，西方纷纷把他的经济政策捧为发展中国家的榜样。苏哈托实施经济多元化政策，将石油和天然气的重点开发转向制造业和纺织。到了1984年，印尼的稻米已能自给自足，不仰赖进口。
苏哈托以铁腕治国，紧密控制媒体，他强调内政稳定和追求经济成长为要务，将军方和政治结为一体，允许军人参与部分政治，做为稳固政权的护身符。同时任用优秀的技术官僚和经济专家。另一方面则极力压抑异议团体，反对派人士常无故失踪。
在盛极一时的强势下，苏哈托的儿女掌控印尼数百家企业，从银行业、百货公司到航运、船运等无所不包，据估计其家族财富达400亿美元之高。《福布斯》杂志去年将苏哈托列名世界排行第四的富人，资产达160亿美元。
然而时至今日，30多年的持续发展顷刻间烟消云散，印尼的外债总额近1400亿美元。他的家族统治、不断加剧的经济危机和暴力对抗，终于将他抛向波谷，不仅学生和反对党强烈要求他下台，而且过去一向支持他的军队和国会领导人也公开发出了要求他辞职的呼声。
印尼不再需要苏哈托了，国民的反抗情绪感到前所未有的程度。苏哈托这位铁腕人物在众叛亲离的情势下，只好黯然下台。如今有关他的消息全被封锁了。
苏哈托政治生涯1921/8/6 在爪哇中部日惹市附近一个乡村出世。1940/6/8 小学毕业后加入荷兰殖民统治者的东印度军团。
1943/6/1 加入日本占领军支持的“祖国捍卫军”在印尼对抗荷兰及盟军。1945/10/5 印尼同年8月宣布独立，苏加诺就任第一届总统，49年荷兰承认印尼独立，苏哈托累积军功升至中校，63年身任少将的苏哈托已控制军队中的主力作战部队。1965/10/1 叛军组织发动政变，绑架及杀害6名军方将领，苏哈托幸免于难，并随即进行军事镇压，废除苏加诺主张的“指导性民主”，数以十万计被指发动流产政变的共产党人被杀害。1966/2/21 苏哈托获委任为三军总司令，苏加诺势力亦日渐式微，印尼进入苏哈托时代。同年3月1日，苏加诺交出权力予苏哈托以恢复国家稳定。1965/3/27 经由人民协商会议确认为总统，之后在73、78、83、88及93年均连任总统，苏哈托家族自此操控印尼政经命脉。1996/7 患病远赴德国接受治疗。1997/7 金融风暴席卷东南亚，印尼盾受创最重。1998/3/10 再次连任总统苏哈托八大过失
1。入侵东帝汶——1975年东帝汶宣布独立，苏哈托下令军队开入，军事占领期间至少20000人丧生。
2。集体政治谋杀——苏哈托上台后镇压异己。
3。贪污——苏哈托以权谋私，庇荫家族生意，累积财富不计其数。
4。独裁专政——苏哈托上台后以强硬手段压制民主，回教运动、非政府组织、工会、报章和活跃分子无一幸免。
5。拘捕异己——1965年以来有100万被怀疑为印尼共产党支持者被判囚禁，大部分以“莫须有”罪名未经审讯被关牢多年。
6。剥削工人——工人薪酬极低，军队遏止罢工，令工人无处申诉。
7。破坏环境——苏哈托为了利益，容许造纸业和采矿业破坏环境，直接导致了1997年发生的严重山火，烟雾覆盖整个东南亚。
8。摧毁土著文化——苏哈托容许滥伐雨林，发展林木业和采矿业，当地原居民的土地大受破坏。
● 倾刻之间，众叛亲离猢狲散
曾被印尼人民喻为“笑面将军”的苏哈托终于宣布辞职，黯然下台，再难展笑颜。
几日前态度鲜明地拒绝下台的苏哈托，在国会领袖和各派系领袖施压下，仓卒间宣布辞去总统职位。
退任仪式在Merdeka宫举行，苏哈托发表演说，请求人民原谅他的过失。他如常戴上黑帽，放弃西装，改穿上印尼传统的灰衣，并架上眼镜，站在麦克风前，向全国2亿人民发言。
演说时间极短，在不足四分钟的演辞里，苏哈托替自己32年的统治划上了句号。
苏哈托在宣布辞职后，跟内阁及军方成员逐一握手告别，脸上“笑面”已不复在。
苏哈托执政30多年间，他的家族和亲友网控制整个印尼，造就了其商业帝国。
苏哈托当权时，他的亲信党羽飞黄腾达，担任政府和军队中的要职。其子女也沾老子的光。苏哈托的长女西蒂曾提任内阁中的社会事务部长，他有4个儿女和1个媳妇是国会议员。显赫的政治权力为家族谋私利大开方便之门，苏哈托的6名子女是最大的获益者，亲友也发了财。苏哈托家族控制着印尼的金融业、汽车业、电力、建筑业、交通运输业、森林、矿山、新闻媒介和房地产业，印尼几乎每个部门都有苏哈托家族的人。印尼人说苏哈托家族垄断了印尼的大小一切生意，控制了印尼的主要经济命脉。有个形象的说法，苏哈托家族打喷嚏，印尼就患感冒。
30年的聚敛财富，使苏哈托家族富可敌国。但究竟有多少尚有争议，因为他的家族和国家财富一时难以分清。据《国际财经》杂志分析，保守的估计是200亿美元，最高的估计是1000亿美元。另据美国中央情报局的秘密调查资料显示，10年前，苏哈托家族的资产总值已达300亿美元，去年进一步膨胀到400亿美元。苏哈托家族是世界上最富有的家族之一。但有报道说，苏哈托最近否认了这些说法，这是苏哈托首次打破沉默，公开否认。
《福布斯》杂志统计，苏哈托家族资产在全世界排名第十二位。
分析家认为，苏哈托的三子三女及其配偶和亲属，已建立庞大的商业王国，其中许多基本上依靠政府保护，苏哈托竭力保住权位，无非是要保障他的家族不会被清算。
但在亚洲金融风暴暴发下，印尼经济濒临崩溃，令苏哈托家族的商业王国备受威胁。
苏哈托倒台，家族面临清算，在印尼的一些外资企业，长久以来都押注在苏哈托身上，在未来几个月也将因为弃船不及，随时会连同苏哈托这艘“泰坦尼克号”一起沉没。
英美企业在印尼投资的，多数与苏哈托家族结成密切的商业联盟，在印尼开设的附属公司有苏哈托家族成员为董事，例如美国的凯悦酒店集团、晓斯电子通讯集团、英国的通用电力公司、德国的西门子，在印尼都有与苏哈托家族合作经营项目。苏哈托一倒，皮之不存，这些外国企业何将附从？新政府在清算苏哈托之余，会不会对外资财团算旧帐，指外资长期助纣为虐，协助苏哈托家族掠