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拿破仑现在非常得意。西班牙波旁王族如此天真，自投罗网，以致他不费一枪一弹便得到了伊比利亚半岛。一切进行得太顺利了。正当拿破仑为自己的胜利自鸣得意时，一场风起云涌的反抗法国侵略者的人民武装斗争迅猛掀起。5月2日，马德里人民举行起义。尽管起义被镇压下去，但起义的火种已遍撒全国。人们到处袭杀法军士兵，凡涉及拿破仑和戈多伊同党嫌疑的人都被诛杀。在加的斯、塞维尔、卡塔里纳，尤其是在巴仑西亚，街道全被鲜血染得通红。
拿破仑并不把人民起义放在眼里，因为展现在他面前的是用砍刀武装起来的阿斯图里亚斯的农民；是身穿破烂衣服、手拿生锈猎枪的摩林纳山上的牧人；是手拿铁棍和长剑的卡塔洛尼亚的手工业工人。拿破仑轻蔑地称他们为“流氓”。他是欧洲的主宰，他把拥有炮队、骑兵、皇帝和元帅的俄国、奥国和普鲁士的军队打得大败而逃，他的一句话能使所有王国的国境线全在地图上摇晃起来，难道他还怕这些“流氓”吗？这时的拿破仑万万没有想到，正是这些“流氓”，最先挖掘他的大帝国的坟墓。
拿破仑仍然若无其事地行事，他相信驻在西班牙的10万大军一定会迅速扑灭各地的反抗烈火。马德里恢复平静后，他下令召集卡斯提尔议会，吩咐议会选举一位新的君主。不言而喻，选出的新君主正是约瑟夫·波拿巴。然后，93名西班牙知名人士在巴荣纳拜见了拿破仑，宣誓效忠于他和一部新宪法。
西班牙人民的反法斗争尽管遭到法军的残酷镇压，但只要一息尚存，他们就要与法军拚到底。法军几乎每天都受到西班牙人的疯狂报复。一次，法军进入一个村庄寻找食物，在一位年轻妇女的家里找出了一些食品，饥饿难忍的士兵很想将这些食品立即吞下，可又怕食品里被人下了毒。于是，法军指挥官命这位年轻妇女先吃一些，她毫不犹豫地吃了。法军还不放心，又命她将这些食品喂她的孩子，她立即照办了。士兵们开始狼吞虎咽地吃下这些食物。没过多久，那位年轻妇女、孩子和进食的士兵全都痛苦地死去。
西班牙强烈的爱国情绪受到了海岸上英军将领的鼓励，他们不待本国的训令，就公然支持西班牙群众的壮举。7月4日，英王就此事向国会致词说：“西班牙民族这样崇高地同法国的篡夺和暴政搏斗，再不能看作是大不列颠的敌人，我承认它是一位天然的朋友和盟国。”于是，西班牙战俘被释放出来，并发给他们衣服和装备，送他们回国。英国还与伊比利亚半岛上的两王国正式签订了攻守同盟条约，武器和金钱源源不断地运往西班牙和葡萄牙。
面对如火如荼的西班牙抵抗运动，法军陷入了困境。迪埃梅斯军被卡塔洛尼亚山民围困在巴塞罗那无法出战；蒙塞军被巴仑西亚的居民打得直往后退；杜邦军则损失更为严重，他们在拜兰受到卡斯塔尼奥斯将军领导的一支西班牙军的猛袭，几经激战，法军伤亡惨重，杜邦只好率军投降。西班牙最富庶的部分从法军手里解放出来了，卡斯塔尼奥斯的轻装部队继续推进，势如破竹，所向披靡。不及10天，新国王约瑟夫就在马德里坐不住了，他收拾起行装，向北逃到了维多利亚。
法军战无不胜的神话被打破了，拿破仑大为震怒，他要把杜邦交付军事法庭受审。在他看来，一切不道德事情中最不道德的就是去做不能胜任的事，如果一位没有才干的将军去担任军事指挥，那么，这种不道德的行为就已变成滔天罪行了。必须要让杜邦受到惩罚。
1808年8月8日，阿瑟·韦尔斯利爵士率领一支1万人的英国部队在蒙德戈湾登陆成功。接着，立即向里斯本进军。17日，在罗里萨附近与法军遭遇。经过一阵刺刀肉搏之后，法军被迫退却。不久，朱诺率领44000名军队向英军发起攻势，双方展开了一场血战。结果，朱诺损失了13门炮和2000多人，被迫撤往里斯本。正当阿瑟·韦尔斯利准备乘胜猛追法军时，英国政府突然派休·达尔林普斯爵士代替他的司令职位。休·达尔林普斯没有对法军进行追击。几天后，朱诺派克勒曼前去请求休战，他提出只要英军把他的士兵及随身武器运到罗什福尔和洛里昂之间的任何法国口岸，并允许他们带走个人财物，则法军愿意交出弹药、粮秣和战舰。尽管这时约翰·穆尔爵士又率领1万名英军前来海岸附近增援，但休·达尔林普斯还是同意了朱诺的要求。8月30日，双方签订协定，法军按规定方式全部撤出葡萄牙。这样，葡萄牙从法军的统治下解放出来了，英军在伊比利亚半岛获得了永久的立足点。
这时，拿破仑不断地收到有关奥国在秘密重整军备的报告，再加上法军在伊比利亚半岛上的军事失利，他开始意识到处境的危险。为了不使法军陷入两面作战的困境，拿破仑觉得有必要利用一下新结交的盟友俄皇亚历山大。他邀请俄皇前来爱尔福特会晤。
两国皇帝的会晤在德意志引起极大的反响，各王公纷纷前往爱尔福特参加盛会，车驾为之塞途。9月27日，拿破仑到达会晤地点，亚历山大却还没到，拿破仑立即亲自前去迎接。两人一见面就热烈拥抱，当众接吻。此后两周之内，这种动作不断重复。两人天天一起去阅兵、出席宴会和舞会、打猎、骑马蹓跶，相互表达着最诚挚的“友谊”和最深切的“信任”。巴黎喜剧院的演员为两国皇帝和王公贵族上演了高乃依、拉辛和伏尔泰的名剧。当伏尔泰的《奥狄浦斯》一剧念出了一句台词：“和大人物结交，真是上帝恩赐的幸福”时，亚历山大握住拿破仑的手说：“我在此每天都深深感到这一点。”拿破仑则以同样的语言向亚历山大大献殷勤。两国皇帝都在极力表现出他们的亲密无间，其目的就是要演给第三者看。对拿破仑来说，观众就是奥地利，对亚历山大来说，观众则是土耳其，如果奥地利和土耳其没有看到他们的亲吻和拥抱，这些亲吻和拥抱就会失去其愉快的感觉。
然而，两国君主心里十分清楚：自己需要对方，但不能相信对方。特别是亚历山大已明显看出，拿破仑只是以答应给他“东方”、自己要“西方”的诺言来诱惑他，拿破仑根本不会让他占领君士坦丁堡，甚至拿破仑宁愿让摩尔达维亚和瓦拉希亚留在土耳仆人手中。所以，当拿破仑提出让亚历山大在奥国开始军事行动前积极反对奥国时，亚历山大却不想去履行这一义务。这时，法国前外长塔列兰在爱尔福特出卖了拿破仑。他与亚历山大暗中勾结，劝告亚历山大抗拒拿破仑的霸权，他提醒亚历山大注意：俄国支持拿破仑反对奥地利并帮助他扩张势力，毫无利益可图。俄国应遏制拿破仑，这样对法国对欧洲都有好处。他说：“俄国的君主是文明的，而俄国的人民不文明。法国的君主不文明，而法国人民是文明的。必须使俄国的君主与法国的人民结成联盟。”他一再对亚历山大说：“您应该拯救法国。”在塔列兰的怂恿和规劝下，亚历山大最终没有在拿破仑所要求的对奥作战的条款上签字。
10月14日，爱尔福特会晤结束。拿破仑没有取得预期的成功，闷闷不乐地回国了。现在同盟在形式上依然有效，但不能再指望它了，拿破仑相信奥国及其他附庸国在他们热烈拥抱和亲吻的背后已看出了这个同盟的脆弱性。他必须尽快地解决西班牙问题，并在第二年春天把帝国大军开赴易北河前线。
拿破仑决定亲自率领一支足以扫平整个伊比利亚半岛的大军翻越比利牛斯山脉。在此之前，拿破仑禁止法国报刊上披露在西班牙所发生的一切，现在形势迫使他打破这种高傲的沉默。他宣布：西班牙的农民对他的王国造反，一个军团由于叛变而被消灭，另一个军团为英军所骗撤出葡萄牙，他必须再征召两批各为8万人的新兵。他想把20万久经沙场考验的老兵部队从德意志和意大利方面抽调出来增援西班牙，而以新兵补充德意志和意大利的各个军营。
10月26日，拿破仑离开巴黎。11月3日，抵达巴荣纳。8日，到达维多利亚。在这里，他听取了有关法国和西班牙两军阵势的详尽报告，他立刻起草了继续作战的计划。几个小时之内，整个战争机器又重新运转起来。
这时，西班牙人的部队状况给拿破仑的反攻提供了良好机会。西班牙各种正规的和非正规的部队已达到11。5万人，但其装备恶劣，纪律欠佳。他们的兵力分成五、六个独立单位，没有任何集中的指挥或参谋机构。各地方指挥官彼此妒嫉，难以合作。拿破仑相信凭着自己那支训练有素的大军，一定能把西班牙的“流氓”部队打得落花流水。拿破仑的第一步就是收复马德里以及确保普通过维托里亚和圣希巴斯坦到法国的交通线。他命维克托、苏尔特、勒菲弗尔三个军向西作宽广的扫荡，把西班牙人全部赶出去。这三军果然不负拿破仑的重望，一路上如秋风卷残叶般地横扫过去，西班牙军纷纷溃退。12月4日，法国终于攻下了马德里。
与此同时，约翰·穆尔爵士率领3万英军进入西班牙。12月10日，穆尔爵士决定向北进击守卫在布尔戈斯的苏尔特军，以切断法国交通线。当时苏尔特只有18000人，数量上处于劣势。12月21日，两国旗兵相遇，法国旗兵败北。正当穆尔准备乘胜前进时，忽然传来拿破仑已经北上的消息，穆尔害怕法军切断他与葡萄牙之间的交通线，立即命令军队向西撤退。原来，法军重新成为马德里的主人之后，拿破仑决定乘胜进至塔古斯河谷，把英国人赶出葡萄牙。就在这时，英军已进入了西班牙，拿破仑立即改变计划，向西北进军，准备把英国人赶入海中。他留下约瑟夫国王和第一、第四两军驻守塔古斯河谷，自己于12月22日，以内伊为前卫，率军42000人去支援苏尔特。内伊军团奉命开向萨拉曼卡和阿斯托尔加，穿过风雪交加的瓜达腊马山，从侧面进攻穆尔。在法军攻击下，英军加快撤退速度。1809年1月3日，拿破仑在阿斯托尔加把指挥权移交给了苏尔特，自己火速回转巴黎，因为已有确切消息表明：奥地利将在春天发动进攻。没有拿破仑的亲自指挥，战果逊色不少。苏尔特在追击英军的过程中，虽使穆尔身负重伤，但未能阻止其主力部队登船撤走。而且，英军不久又重新出现在葡萄牙。
此时的拉纳军正在围攻萨拉戈萨城。该城已坚守了几个月之久。1809年1月27日，拉纳占领了该城的外围工事，并攻入城中。但在城中，拉纳又遭到前所未有的英勇抵抗。每一栋房屋都变成了堡垒，每一间茅舍、马棚、地下室、顶楼都必须经过战斗才能占领。这种激烈的战斗在这个已被法军占领的城市中整整进行了3个星期，法军士兵不分青红皂白屠杀了一切人，包括妇女儿童。然而，只要法军士兵稍一疏忽，妇女儿童也会杀死他们。法军屠杀了2万名守卫部队和3万多名城市居民。拉纳元帅是位骁勇的骑兵，他曾参加过拿破仑指挥的所有激烈的战斗，在他的头脑中几乎没有“恐惧”二字，然而，他却被眼前可怕的情景震动了，无数具男人、女人和儿童的尸体并排躺在血流成河的街道上，整个城市死一般的寂静。拉纳不无感慨地对身边的人说：“这是怎样的一场战争啊！我们被迫要杀死这样勇敢的人们，即使他们是疯狂的人们，这场胜利也只能使人感到忧伤！”
西班牙的战争远未结束，反法烈火在1809年春仍在熊熊燃烧。英勇无畏的西班牙人民拖住了拿破仑30万精锐部队，拿破仑从此不得不承受由于自己的野心所造成的沉重负担。
第四次对奥战争
奥地利于1805年奥斯特里茨战败后，一心不忘复仇雪耻。维也纳宫廷任命查理大公为陆军部长，全面进行军事改革。经过一段时间，奥地利已编成4万常备军，24万预备军，后来又编成34万新军。军事力量已逐渐恢复的奥地利见拿破仑忙于西班牙的战争，便蠢蠢欲动。可懦弱的弗兰西斯皇帝虽受主战派的极力怂恿，还是不敢跨出开战的第一步。最后，在英国的公开要求下和俄国的暗示中，奥皇毅然决然地宣战了。不过，首先不是向法国宣战，而是向其盟国莱茵同盟宣战。1809年4月9日，担任奥地利部队总司令的查理大公向巴伐利亚法军总司令致送照会如下：“我遵照奥地利皇帝陛下向拿破仑皇帝发表的宣言，特此通知法军总司令：我奉命率领部队前进，凡是同我敌对的人都以敌人对待。”
信使将这份照会的抄件飞速送往斯特拉斯堡，再从该地以快讯传往巴黎。4月11日，拿破仑在圣克鲁接到这个消息。对此消息，拿破仑感到意外，但不惊慌。两个小时之后，他就登程去了德意志。战争的紧迫性再次激发了他的活动能力，15日，他就率军越过了莱茵河。17日，他在多瑙沃耳特设立大本营，并向该地士兵发表了一篇简短有力的宣言，他说：“士兵们！莱茵同盟的领土已遭到侵犯，奥地利将军希望我们看到他们的部队就逃跑，把我们的盟国丢失给他们，可我却像闪电般地到来了。
“士兵们！当奥地利君主上次来到摩拉维亚营地的时候，我就在你们的环绕之下，你们都曾听到这位君主哀求我宽大为怀，并且向我发誓要同我建立永恒的友谊。作为三次战争的胜利者，我们给予奥地利宽大之恩，可它三次违背了誓约！我们过去的成就是我们现在期待的胜利的可靠保证。
“因此，让我们勇敢直前，让敌人一看到我们就承认我们是他们的胜利者！”
拿破仑从未经历过如此危险的军事情况：他的30