尔蒂埃说：“这些俄国人宁愿像机械人一样战死，也不愿活着当俘虏，这对我军是极为不利的。这些要塞都要用炮火夷为平地。”
一天激烈的战斗终于结束了。夜里，拿破仑得到报告说，他的47位将军被打死或打伤，3万名士兵献出了宝贵的生命。第二天清晨，拿破仑开始巡视整个战场。这天的天气极其恶劣，雨下个不停，风刮得很猛，拿破仑看着堆积如山的人和马的尸体，沉默了，脸色显得阴沉可怕。一些尚未断气的伤员极力从地上仰起身子，想引起人们的注意，以便他人前来抢救。拿破仑听见伤员的喊声，勃然大怒，大声指责那些负责撤走伤员的人磨磨蹭蹭。巡视完毕，拿破仑默默掉转马头离开战场。这天夜里，他辗转反侧，久不成眠。虽然俄军在这次战斗中也伤亡惨重，22名高级军官和4万多名士兵或死或伤，但拿破仑清楚地意识到：法军未能给俄军主力以歼灭性的打击，战略任务远未完成。事后，他曾感叹地说：“博罗迪诺一战，法军表现出最大的勇气，却获得了最小的胜利。”
莫斯科大火
9月9日，拿破仑进入莫日艾斯克。在这里，他让军队稍微休息了一下，然后继续进军。9月14日，一个阳光灿烂的早晨，拿破仑和他的随行人员登上了一个名叫斯巴罗山的山顶。他们立即被眼前的美丽景色震惊了：一座巨大的城市在阳光的照耀下闪闪发光。那就是拿破仑早就渴望占领的莫斯科。自从会战以来，拿破仑总是缄默不语，难得同身边的幕僚们说上几句话，可此时莫斯科就在眼前，迫使亚历山大缔结和约的目标马上就要实现，拿破仑那忧虑的心情一扫而光，博罗迪诺的可怕的情景也被眼前美丽的景色和美好的展望遮掩了。拿破仑信心百倍地说：“和平就在莫斯科。一旦我军胜利地进占他们的首都，就会迫使我的兄弟亚历山大看清形势，同时也逼迫俄国的大贵族们正视现实。他们将会重新考虑是否要把战争拖延下去。倘若我解放俄国的农奴们，那将使俄国的巨大财富遭到毁灭！”
这时，走在大军最前列的缪拉派人送来一个消息：敌人正在撤出莫斯科，俄军要求在他们穿过莫斯科城时停止敌对行动。拿破仑同意了敌人的要求，同时命令缪拉紧紧跟踪俄军，迫使俄军尽可能地远离莫斯科。他还要缪拉尽快召集城中的名流，组成一个代表团，他将在城门口接见他们。他又指示迪罗斯内尔将军充当莫斯科城的总督，让他挑选足够的宪兵随他进城，在城中建立秩序，占领公共建筑，并特别强调要警卫好克里姆林宫。现在，拿破仑的心情好极了，他似乎已看到了代表团手捧莫斯科的钥匙、对他俯首贴耳的样子，如同在柏林和维也纳所发生的那样。
9月15日6时，拿破仑到达护城河的栅栏边，在那下马等候代表团的到来。两个小时过去了，代表团毫无踪影。拿破仑越等越不耐烦，几乎每隔一分钟就派出一名军官前去接代表团或社会名流。就在拿破仑焦急万分之时，缪拉和迪罗斯内尔将军送来了报告：莫斯科城内一位社会名流也没有，甚至连一个长期住户也找不到。大街上除了几个社会下层的人之外，几乎是阒寂无人。这一消息犹如晴空霹雳，深深地震惊了拿破仑，他那平时显得十分冷淡的脸上立刻浮现出痛苦和失望的表情。手捧莫斯科钥匙的代表团不可能出现了，亚历山大主动求和更是毫无指望，拿破仑又一次陷入了严肃的思考之中。
中午，拿破仑前往克里姆林宫。被遗弃的城市笼罩着沉闷静谧的气氛，长长的街道上阒无一人。法军已在城市周围进入了阵地。下午3点钟，拿破仑跨上战马，对克里姆林宫和教养院做了一番视察，然后又巡视了该城的两座主要大桥，最后回到了克里姆林宫，住在沙皇亚历山大的房间里。
晚上8点，城郊突然窜起火舌，法军费尽艰辛才将大火起灭。可这并没引起法军的重视，他们以为这只不过是由于部队点燃篝火不慎而引起的。晚上10点，有人报告离克里姆林宫最远的一个街区发生了火灾，在强劲的北风吹动中，熊熊火焰正在向市中心蔓延，而且火势越来越猛。法军立即处于戒备状态，有几个正在往易燃物上点火的俄国警察和农民被当场捉住了，他们供认是受莫斯科市长罗斯托普钦之命，要在一夜之间烧毁全城。烈焰继续从一个街区向另一个街区扩展，而法军对此似乎毫无办法，因为敌人在撤走前把一切灭火器材都带走了。
9月16日，稍稍偏西的北风掀起了更为可怕的火浪，克里姆林宫的房屋已经燃烧起来。人们拿着扫帚和铁桶奋力扑打着从天而降的火星，用水浇湿房顶的横梁，拿破仑也亲自参加了救火战斗。在皇帝的鼓舞下，近卫军的炮兵和步兵个个奋勇争先，不惜冒着生命危险，与熊熊烈火顽强的搏斗着。
9月17日，持续了一天一夜的烈火延伸到更广阔的地区，法军进驻的北区和西区已大部分地燃烧起来。西北风继续刮着，火势有增无减，豪华的剧场和大型建筑物都笼罩在浓烟之中，人们不知道这场大火要烧到什么时候，因为人们已无法控制它和征服它。火焰开始越过了克里姆林宫的城墙。面对狂暴的火海，拿破仑面色苍白。经过长时间的沉默后，他不禁感叹道：“多么可怕的景象！这是他们自己放的火……多么大的决心！怎样的人啊！这是野蛮人！”
大火烧进了克里姆林宫，拿破仑不得不下决心把统帅部搬迁到城外的彼得罗夫宫。当他和随从人员离开克里姆林宫时，宫殿外侧的门已烧掉一半，火星不断地落在他们身上，浓烟几乎使他们窒息。拿破仑的灰色礼服多处烧糊，头发也烧焦了许多，但他已顾不上这些了，他带领着一行人，勇敢地穿过烈火、灰烬、废墟，于夜幕降临时到达彼得罗夫宫。
9月18日，城中的烈火仍以新的势头猛烧。黄昏时分，风停了，下了一场雨，火势开始减弱。其后，各处的小火又持续了几天。
大火过后，拿破仑重返克里姆林宫。莫斯科城的四分之三被烧毁，6000多幢房屋化为灰烬，莫斯科市长罗斯托普钦的住宅也被烧成焦土。在大火之前，罗斯托普钦在通往他的住宅的一个指路牌上贴出布告，布告上写着：“8年来，我建设了这块土地。在这儿，我同全家人一块过着幸福的生活。在你们到来的时候，我公寓里总数为1720位的房客正在离开这里。对我来说，我宁愿烧掉自己的房屋也不愿让它受到你们的玷污。法国人！在莫斯科，我放弃了两幢公寓，连同家具，价值共计50万卢布，但你们所看到的只能是灰烬。”当时，拿破仑并没把这张布告当回事，认为这只不过是市长的危言耸听罢了，他甚至把这张布告当成挖苦市长先生的笑料。现在回想起来，令人不寒而栗。莫斯科大火让他了解到俄国人民在同法国人的斗争中下了何等大的决心。
法国军队的情况越来越糟。为了获取粮食和军需品，各种暴行和犯罪不断发生。未被大火烧毁的商店、酒窖被强行打开；未撤走的莫斯科居民遭到虐待；没有进城的部队甚至派出自己的小分队进城抢劫，纪律对他们已毫无约束力。尽管拿破仑多次严明军纪，可无济于事。面对眼前的一切，拿破仑的脾气变得更加暴躁，经常对周围的人大发雷霆，可有时又在几个钟头里保持死寂般的沉默。人们看得出此时的拿破仑忧虑重重，举岂不定。
拿破仑认为现在的最好出路是与亚历山大缔结和约，然后带着自己的军队体面地撤出俄国，而不是在莫斯科度过即将来临的严寒冬天。可是，亚历山大那边毫无音信，拿破仑为此整日坐立不安，他开始想方设法要把自己热爱和平的愿望通知沙皇。
拿破仑终于找到一位可以传话给亚历山大的人，他是莫斯科教养院院长图托尔明先生。图托尔明先生像一个优秀的父亲那样，把大部分孤儿遣散后，自己勇敢地留下来请求法军当局保护教养院的房屋和留在莫斯科的养育者。作为俄国皇后的慈善机关的一个负责人，他的话有一定的权威性，并能在彼得堡各阶层产生影响。拿破仑命令召见他，并十分热情地同他谈了许多话。图托尔明先生对法军保护了他的慈善机关表示感激，拿破仑则向他保证说进行这场战争完全是出于政治动机，而非个人仇恨，和平才是他首要达到的目标。图托尔明请求允许他写一份关于教养院的报告给皇后，拿破仑满口答应，并加上一句话：“我请你还给亚历山大皇帝写一点，我仍像以前那样尊敬他，说我希望媾和。”图托尔明的报告刚一写好，拿破仑立即下令送图托尔明的信使通过法军岗哨。
信使送往彼得堡的媾和建议被俄国人看成是拿破仑已到山穷水尽地步的证据，俄国宫廷以沉默方式答复了拿破仑。拿破仑被这种沉默震惊了，他原以为已被战争弄得精疲力尽的俄国人会抓住一切机会来结束战争，而他也习惯了在被征服国家的皇宫里下达和平命令，可这次却没有成功。拿破仑觉得有点进退两难了，他愤愤地说：“很难看出由于仇恨所产生的动机能妨碍我们双方达成谅解。我们到达了俄国古老的首都，从军事观点看，不管多么有利，可不签订一个初步和平协议就离开这里，会被人看成是一种政治上的失败。整个欧洲在注视着我们，他们会把我们在明年春天肯定会获得的胜利判断为我们今天的失败。如果那样，后果将不堪设想。”
不过，拿破仑很快又恢复了信心，他认为彼得堡之所以对他的提议没有反应，是由于害怕法国人在谈判中要价太高。现在，他表示要同俄国签订一个最宽大的、最轻松的、最光荣的、最不侮辱人的和约，他想俄国人一定会抓住这个有利时机。于是，拿破仑决定亲自给沙皇写信，并自愿做一点对方想不到的让步，好让沙皇不致在自己的人民面前丢脸。他下令在医院和俄国俘虏中寻找一位可以给彼得堡送信的俄国高级军官。
送信的人终于找到了，他是俄国驻德国外交官的弟弟。拿破仑对这位俄国军官提出了有关法俄和解及达成和平协议的想法，并抱怨说亚历山大被一些坏人包围着，不知道他的和平愿望。这位俄国军官彬彬有礼地回答说：只要法国人仍然留在莫斯科，他就怀疑双方能否达成任何谅解。不过，他保证尽量想办法把拿破仑的媾和信交给亚历山大。
在莫斯科的日子里，拿破仑一直处在从未有过的忧虑之中。为了掩饰这种情绪，他每天花大量的时间去处理法兰西帝国及其附庸国所发生的一切事情。他大声朗读着信使从巴黎给他送来的诗篇；他用斩钉截铁的语气向各地下达着各种命令；他一连用了三个晚上来处理法兰西喜剧院的问题，发布了著名的莫斯科敕令。整个法兰西、波兰及德国无不感觉到他的脉搏的跳动，如同他仍坐在杜伊勒里宫一样。一般的人很难想象如此环境中的拿破仑竟然有心思去关心这些细小繁杂的民事问题，只有最理解他的人才知道，他这样做完全出于政治目的，他要向所有的人证明他是头脑清醒、沉着冷静的，他尤其要让巴黎人相信他在俄国的战事是很顺利的，否则他怎么会有这么多的时间来处理这些鸡毛蒜皮的事呢？
亚历山大对拿破仑的媾和建议仍没有回复，拿破仑有些岂不及待了。10月2日，他召来前驻俄大使科兰古，对他说：“你愿意去彼得堡吗？你去见沙皇，我让你带一封信，你将去缔结和约。”科兰古拒绝了这项使命，他劝阻皇帝不要这样做，因为不断重复媾和建议只能告诉沙皇法军信心不足，同时他还坦率地告诉拿破仑：俄国人牺牲莫斯科的做法就表明了他们抗战到底的决心，而且随着天气的转冷，俄国人的有利机会将会更多，沙皇不可能在莫斯科这个废墟上签订和约。拿破仑有点不高兴了，可他还想说服科兰古接受这项任务，他说从彼得堡传来的消息表明，俄国人正在惊慌失措地收拾东西，准备迁都，最贵重的东西已经送往内地，有的甚至送到英国。沙皇对形势一筹莫展，因为他的军队减员太多，而且士气低落。法军已做好了进军彼得堡的准备，沙皇已陷入十分困难的境地，他一定会同意和谈，因为只有那样，他才能以一种体面的方式爬出他为自己设置的绝境。尽管拿破仑费尽口舌，科兰古还是不愿从命。最后，拿破仑只好让步，他说：“既然不去彼得堡，那就去库图佐夫的统帅部吧！”科兰古仍不从命。拿破仑暴跳如雷，他大声嚷道：“好吧，我派洛里斯托纳去。他将要享受缔结和约以及拯救你的好友亚历山大的皇位的荣誉。”没过多久，征俄战争开始前的驻俄大使洛里斯托纳先生奉命去了库图佐夫的统帅部。
俄军主力在退出莫斯科后，先沿梁赞的大道东撤，后又溯巴赫拉河往南走。9月19日，退到河左岸、莫斯科西南的塔鲁丁诺布设阵地。缪拉率领骑兵在其南设置一道屏障，以监视库图佐夫。10月4日，洛里斯托纳来到设在塔鲁丁诺村的俄军司令部。洛里斯托纳的到来在库图佐夫的大本营中引起了轩然大波。库图佐夫本想到前哨阵地去会见洛里斯托纳，但遭到俄国将领和英国代表威尔逊的坚决反对。威尔逊严厉地告诫库图佐夫，如果他胆敢这样做，军队就拒绝服从他。库图佐夫立即改变了决定，在大本营接见了洛里斯托纳，并拒绝与他进行关于媾和或休战的谈判，只答应将拿破仑的建议转告沙皇。当然，这次沙皇仍没回音。
这时，法军的处境更加困难。俄国人民广泛地拿起武器进行游击战争，他们分股活动，四处袭扰法国的城防部队，破坏交通线，袭击野战部队的分队。巴黎的信使因沿路受到敌人的围追堵截，经常无法把信及时送往莫斯科，有些信件甚至被敌人截获。同时，库图佐夫也专门派出部队，前往斯摩棱斯克等地，对法军开展“小战争”。俄军在卡卢加、图拉、梁赞等地大量训练预备队，建立民众武装约20万，分布在莫斯科周围活动。面对俄国民众的武装斗争及其坚壁清野的措施，远离