训练预备队，建立民众武装约20万，分布在莫斯科周围活动。面对俄国民众的武装斗争及其坚壁清野的措施，远离本土的法军陷入粮荒之中，即使在莫斯科，也找不到干草和燕麦，大批军马死亡，许多大炮因无马匹驮运不得不毁弃。在附近乡下征收粮秣的法国人不断遭到当地农民的激烈反抗，一无所获。法军面临着饥饿的威胁，士气极为低落，拿破仑正由莫斯科的占领者逐渐变为莫斯科的囚徒。
与此同时，坏消息一个接着一个传来：瑞典王储贝尔纳多特与俄皇在芬兰的阿波会见，他积极支持俄国抗法，自动归还了所借的20000俄兵；俄皇的战略顾问斯坦因极力策动英国和瑞典军队在德意志登陆，切断法军后路；俄国还给普鲁士宰相哈登堡发函，希望普鲁士和奥地利共同抗法；在西班牙作战的马尔蒙元帅被打败，约瑟夫被英军赶出了马德里；法国国内开始出现一些不稳定因素。面对恶劣的形势，拿破仑清楚地认识到自己的处境危险，他的头脑中开始有了撤出莫斯科的念头。不过，他仍幻想着和谈能实现，他要等待，他不能这样无功而还，他不相信一直对他吉星高照、使他一帆风顺的命运之神会在此刻抛其他。这时，莫斯科的天气仍是很温和的，他认为他还有时间等下去，严酷的冬季、御寒物资的匮乏在他看来还算不上什么致命的困难。科兰古曾苦口婆心地忠告他说：“冬天是一个巨大的困难。首先我们缺少仓库；您的炮兵缺少马匹；您的伤病员缺乏运输的车辆；您的士兵穿得也很可怜，每个人都需要一张羊皮，一副结实的皮毛手套，一顶有护耳的帽子，暖和的袜子，结实的靴子，这样，士兵才能免于冻伤。这一切，您都缺乏。我们的马还没有一匹掌上钉了防滑铁，它们怎么能拉大炮呢？还有您的通信联络问题。陛下，我还能举出许许多多的项目。现在天气还好，但是，一个月后会怎么样呢？半个月后会怎么样呢？天气转冷也许还不要那么长的时间呢。”可拿破仑听不进去这些意见，他固执地说：“你不了解法国人，他们将会得到他们所需要的一切，一种物资也可以代替另一种物资……严冬不会在24小时内突然降临。尽管我们在适应气候方面比不上俄国人，但我们的人比他们体质更壮健。我们还没有过秋天呢，在冬季到来前，我们还会有足够长时间的好天气。”
9月24日，莫日艾斯克大道被俄国的一个骑兵团和哥萨克部队切断，拿破仑派出几营骑兵和近卫军的龙骑兵前去打击敌人。尽管士兵们十分英勇地作战，但仍被优势敌人包围，不得不放下武器，马瑟上校和另外几名军官及部分近卫军全都被俘。这次不算很大的损失给了拿破仑当头一棒，他看到他的骑兵战斗力在下降，他与法国的交通线已受到严重威胁。不久，通往斯摩棱斯克道路上的另外几处也被敌军占领了，莫斯科与法国的一切通信联系均被切断，维尔纳、华沙、美因兹、巴黎再也不能收到法兰西皇帝签发的各种命令。在莫斯科，拿破仑只是徒然地等待他的大臣们的信件、政府报告和欧洲的消息。他的脾气更加暴躁了，他周围的人为此吃尽苦头。
和谈一直没有消息。10月13日，莫斯科降落了冬季里的第一场大雪，拿破仑开始认真考虑下一步该怎么办了。他召开了军事会议。会上，众将帅意见不一，有的主张向彼得堡进军，威逼俄都，以增强俄国贵族的恐慌心理，争取媾和；有的主张固守莫斯科，等待援兵，俟明年春天再与俄军一决雌雄。拿破仑考虑再三，认为法军已成强弩之末，兵力不足，很难再组织偏远距离的进军，进攻彼得堡已无可能。若再坚守莫斯科，恐法军在俄国的困境会导致国内政局不稳。一旦俄军完全切断法军后路，坚守莫斯科，无异于自取灭亡。最后，拿破仑忍痛决定撤出莫斯科。不过，在撤出莫斯科之时，必须给库图佐夫主力以打击，使岂不敢追击，也可借此提高法军士气。
艰难的撤退
10月18日清晨，法军开始撤出莫斯科。莫蒂埃元帅奉命率近卫军10000暂留莫斯科断后，拿破仑指示他在撤出莫斯科后炸毁克里姆林宫。全部法军沿着卡卢加大道前进，准备进攻库图佐夫。此时法军兵力约10。8万人，火炮569门，以8路纵队在宽阔的大道上行军，后面跟着无数装载粮食和各种掠获物资的马车和货车。军队和车队排成了一条漫长的行列，直到夜晚，这条长长的行列仍没完全走出城门。
10月21日和22日，天气十分恶劣，地面上全结了冰。由于马匹没有事先钉上防滑铁，许多马滑倒在冰上，再也无法站立起来，士兵们只好在马匹还活着的时候就把它们宰杀充当军粮了。夜间，天气更加寒冷，许多拉车的马被冻死，法军不得不把弹药箱和马车扔掉。
10月23日，法军抵达博罗夫斯克。库图佐夫获悉这一情况后，立即将主力由塔鲁丁诺调往离博罗夫斯克不远的莫洛亚罗斯拉维茨。24日拂晓，两军前卫在莫洛亚罗斯拉维茨相遇，展开一场血战。战斗进行了好几个小时，仍不分胜负，双方还在不断地调动增援部队参加战斗。中午11时，拿破仑赶至战场，密切注视战场动向，他希望库图佐夫在这次战斗中能倾全力战斗，这样他就有机会将俄军彻底打垮。战斗持续一天，法俄两军反复争夺莫洛亚罗斯拉维茨阵地，平地易手达8次之多，双方损失极为惨重。最后，俄军撤出了阵地。
当天晚上，拿破仑与随行人员巡视了战场。拿破仑好生奇怪：库图佐夫既然牺牲了那么多的人来保卫阵地，为何不坚持到底，反而放弃阵地呢？难道其主力是在巧妙地躲避法军吗？如果法军在莫洛亚罗斯拉维茨的那一边仍找不到集结的敌军，那又该选择哪一条战线撤往斯摩棱斯克呢？拿破仑立即召开军事会议，可会议没作出任何决定，因为法军对敌人的战略一无所知。拿破仑为此极为恼怒。第二天天没亮，他就找来了科兰古，对他说：“这是一件倒霉的事情，我每一次都打败了俄国人，却总是一无所得。”他在那间小屋里来回踱步了15分钟后，说道：“我要亲自去侦察一下，敌人是集结起来准备决战，还是像种种迹象表明的那样正在撤退呢？那个可怜的库图佐夫将永远不会像样地打一仗！备马，出发！”尽管科兰古极力说服他等天亮后再行动，但他那急躁的情绪还是迫使他马上出发了。
拿破仑带着贝尔蒂埃元帅、拉普将军等几位将官和12名轻骑卫队一同前往前沿阵地。突然，一群端着枪的哥萨克人大喊大叫地向他们冲来。这时天还很黑，25码以外的地方什么也看不清，只有刀枪的碰撞声和人们的厮杀声说明走在前面的12名轻骑卫队已与敌人交上了火。战斗声离拿破仑越来越近，几位将官迅速将拿破仑围住，准备与敌人决一死战。拿破仑面临着死亡和被俘的危险。就在这千钧一发之际，波兰骑兵和近卫轻骑兵及时赶到，一阵猛烈的冲击，打退了哥萨克人，拿破仑及其周围的将官这才长嘘了一口气。这天夜晚，拿破仑命令军医尤万给他一瓶烈性毒药，以便在有被俘的危险时服用。
拿破仑察看阵地后，又一次召开军事会议。贝尔蒂埃、缪拉等人鉴于伤亡惨重，主张放弃决战，向北撤退。拿破仑考虑到既然俄军主力在像莫洛亚罗斯拉维茨这样的坚固阵地上也不愿同法军决战，那就更不可能在别的什么地方与法军作战了，于是，他同意了元帅的意见，决定向北顺着来时的路退往斯摩棱斯克。
10月28日，法军抵达莫日艾斯克。莫蒂埃元帅炸毁了克里姆林宫后也来到这里与大军会合。拿破仑命令将野战医院的伤病员都装上车，以免落入俄国人手里。可他万万没想到这些伤病员都成了他的好心肠的牺牲品。
没有喂饱的马普拉着车子，一天要行驶14至15小时。车队不能离开大道，因而无法得到补充和给养。只有在驻扎时，车夫们才带着几骑马离开大道去寻找食物和饲料。无论找到什么，他们都小心翼翼地收藏好，因为他们不知道明天能否吃上饭。外科医生和大夫们一没救命的粮食，二没治病的药品和绷带，而且他们自己也得忍饥挨饿，因此，他们无法再给伤病员看病。这些伤兵被安置在车子的上座、前部、行李后面或者草料堆里，如果车里装满了人，则被安排在马车的顶篷上。车子只要稍为一颠簸，有些伤病员就会摔下来。可是，没有人对摔下来的伤病员加以理会，因为谁也不敢停下马车，否则就会失去在滚滚车流中的位置。跟在后面的车夫只得硬着心肠让马车从摔下的伤兵身上辗过，许多伤员便葬身于滚滚车轮之下。没有摔下来的伤员，则有许多死于夜晚的严寒和饥饿。现在整个大军只能靠马肉和一点点发霉的面糊糊度日，那些因饥饿和劳累而倒在路上的马匹总是很快被饥饿的人们活生生地宰割瓜分了。由于缺少马匹，一些车辆也开始被遗弃了。
经过博罗迪诺战场时，其情景更是令人惨不忍睹。30000具无人过问的尸体躺在原野上，成为乌鸦丰盛的食物。当法军走近战场时，一群群黑压压的乌鸦腾空而起，发出刺耳的哀鸣远离而去。勇士们的尸体被乌鸦啄食得奇形怪状，面目全非，发出一阵阵恶臭。法军被眼前的景象震惊了，难道跟随皇帝到俄国来就只落得个这样的结果？士兵们开始在心里诅咒启发动这场战争的人，失望和厌战的情绪在迅速地蔓延开来。拿破仑似乎也觉察到士兵们低落的情绪，他命令部队快马加鞭，离开这阴森恐怖的地方。
10月29日，大军抵达格日阿次克。寒冷加剧了，行军更为困难。同时，哥萨克人和农民游击队不断袭击着这支撤退部队，库图佐夫也在后面跟踪追击，无法逃避的死神正从各个方面向法军袭来。
11月6日，法军到了多洛哥布什，能够作战的人数只剩下50000多。拿破仑忍受了行军中的一切艰难困苦，他像以往一样，力图作出榜样来鼓励士兵。他接连几小时在雪堆上步行，扶着一根拐杖，与并肩行进的士兵交谈。他告诉大家部队将在斯摩棱斯克冬营，到那时疲乏的日子就会结束，斯摩棱斯克有足够的物资供应军队。大家被他的话所鼓舞，每一张疲乏的脸上都因快接近斯摩棱斯克而出现了一点生气，大家幻想着到达斯摩棱斯克后的幸福时光和美好前景。整个大军行列拚命地朝前赶路。
拿破仑也为自己的想法而陶醉，他甚至已经开始设想在斯摩棱斯克如何检阅他那威武整齐的军队阵列。就在这时，信使带给他一个惊人的消息：巴黎发生了一场未遂政变。一位关在巴黎监狱的共和派将军马莱于10月23日越狱逃出，他宣布拿破仑在俄国阵亡，伪造元老院关于恢复共和政体的法令，逮捕警察总监萨瓦里，造成巴黎一度混乱。2小时后，马莱被捕，并被军事法庭判处死刑。拿破仑被这一消息震惊了，他在大骂了一通警察的无能和玩忽职守后，脑子里第一次出现了重回法国的念头，他激动地对身边的拉普将军说：“难道已经到了这个地步了吗？我的政权就那么不牢靠，一个人就能造成危害，而他还是个囚犯？如果说在我自己的首都，三个冒险分子大胆一击就能动摇我的皇冠，那么我的皇冠在我头上就没戴稳。拉普，祸不单行，这里的事最好终结，我不能到处分身。我必须回巴黎去，我到巴黎要重新发动公众舆论。我必须得到人员和金钱，几次重大的成功和胜利就能恢复一切。”
气温在继续下降，天气越来越寒冷，一路上到处都躺着一些冻死、饿死和累死的人。人们不顾这悲惨的景象顽强地走着，斯摩棱斯克的富足在诱惑着他们。离斯摩棱斯克越来越近了，人们甚至看见了城中阳光照耀下的闪闪发光的塔尖，整个大军精神为之一振。11月9日中午时分，大军进入了斯摩棱斯克。可这里的物资库存情况与拿破仑想象的大不相同，根本无法满足部队的需要。一些军官，甚至一些高级军官，因顶不住饥饿的压迫，纷纷离开自己的指挥部队，赶到纵队的前面，以便弄到一些吃的东西。
令人沮丧的消息还在不断地传来：从法国赶来增援的巴拉格·迪利尔军团奉命占领从斯摩棱斯克通往耶尔尼亚的大道上的阵地，但这个军团的前卫在奥热罗将军的指挥下只在拉彻沃占领了一个很脆弱的阵地，不久，便遭到俄军的围攻，奥热罗将军率2000多人向俄军投降了。法军不仅失去了一支急需的生力军，而且还失去了极其宝贵的粮食储藏。同时，欧仁军团在与哥萨克人的战斗中损失惨重，威特斯克被俄军占领。另外，一支南俄军队从土耳其直趋别列津纳，准备堵住法军的退路。一切噩耗都在瞬间向拿破仑压来，他不得不彻底放弃在斯摩棱斯克冬营的计划。他必须在俄军截断渡口之前通过别列津纳，否则，他就有全军覆没的危险。
逃过别列津纳河
陷入困境的拿破仑尽管内心十分痛苦和不安，可他表面仍试图给人一种乐观的印象，他对身边的人说：“我采取的每一个措施，都是为了增强部队的实力。库图佐夫在行进中很可能被拖垮，他将越来越远地离开他的预备队，他将被丢在一个已被我们用光吃光的乡村里。在我们的前面，仓库里有大批物资供应，而俄国人却会在那儿活活饿死。”他的话在严酷的现实面前是那样的苍白无力，人们再也不为其所动了。
撤出斯摩棱斯克后，法军的情况更糟，许多人跌倒后再也无力爬起来，以致活活被冻死。马匹大量死亡，整队骑兵不得不下马步行。拿破仑下令烧毁一切车辆，以便让残存的马拖运大炮，可最后大炮也不得不丢弃一部分。与此同时，游击队和哥萨克越来越勇敢地对先头部队和掉队的法军展开攻击。11月15日，法军在克拉斯诺与一支强大的俄军相遇。为了将这支俄军赶走，以保证后续部队的安全行进，拿破仑决定在夜色的掩护下进行一场奇袭。
11月16日天还没亮，罗歇将军奉命对俄军发起攻击，俄军被打退。可从被俘的俄军口中�