城内的守将深受谟罕默德畏敌怯战情绪的影响，为了保住自己的身家性命，主动向蒙古的军队投降。他们组织了一个代表团，携带着许多礼物，特别是进献了许多食品和钱币，欢迎蒙古军队进城休息。
者别和速不台根据成吉思汗“对归顺者可予奖励”的原则，对城里居民没有伤害，只给他们派了一名“沙里纳”，负责管理这个城市。然后又从城里找了一名向导，派一名将领作先锋，继续追击谟罕默德国王去了。
原来，者别等在接受追击谟罕默德的命令时，成吉思汗曾命令他们沿途不得围城，不能拖延和贻误追击的任务，一切都要服从追击谟罕默德的目标。
接着，者别、速不台的兵马便进入呼罗珊地区，经过连续几天的奔驰，他们来到了尼沙不儿城下，派人把城内主事的人找来，向他们面交了成吉思汗的公告。
这公告是用维吾尔文写的，上面说：“远近各地守将、领主和百姓须知：老天爷已经派我主管这个从东到西的大帝国。凡是臣服于我这个大帝国的人，都可以免于死亡，凡是胆敢抵抗我蒙古大军的人，连同其妻儿家小及全体属民，全将成为刀下之鬼。”
者别与速不台拿着这张咄咄逼人的公布，因而也就拥有生杀大权。不过，为了避免耽误追击行程，他们没有攻城，然后兵分两路，继续去追击谟罕默德去了。
后来，速不台的队伍到达哈维地区展维城时，城上的守将领着士兵敲着战鼓，高声大骂：“鞑子兵人人该杀，个个该死，你们绝无好下场！你们到处杀人放火，破坏文明，是一群该诅咒的魔鬼！”
速不台的兵马立即开始攻城，连续打了三天，才攻破城，然后屠城焚烧，全城军民无一幸免，死尸遭焚后，腥臭数十里外。
者别、速不台的大军每到一地，坚持对反抗者进行报复，然后掠取粮草和衣服，并将当地的良马、牲畜驱赶着，继续前进，一直到达刺夷城，两支人马才得以会师。
后来兵至乌达城时，者别、速不台派人去城里索求粮草，但是，城内居民关闭了城门，不理睬他们，拒绝供应任何东西。由于急着追击谟罕默德，没有在那里停留，大军便驰马而去。乌达城的居民见蒙古军队已经走远了，便在城上敲锣打鼓地庆贺自己的胜利。
者别与速不台得知这一信息，十分恼火，以为这是对蒙古大军的不敬之举，便领兵返回，将云梯架到城墙上，一鼓作气把乌达城攻下来。
为了惩罚那些人，蒙古军队一气之下，把全城居民全部杀掉，忠实地执行了成吉思汗的训令：对那些流露出不屈服和反抗情绪的人，一举消灭掉。
这次杀戮像是一个大地震，震撼了整个呼罗珊地区，听到这个消息，人们无不恐怖失色。
于是，蒙古追军迫近的消息，很快传到了谟罕默德的住地，他急忙收拾行囊准备逃跑。
此时，谟罕默德早已离开雷什特，在里海南岸的吉里阳住下来，每天都到礼拜寺去，做五次祈祷，让教长为他诵诺古兰经。
为了躲避蒙古人的追击，谟罕默德又从吉里阳转移到里海的一个小岛上。
谁知者别与速不台得到消息，以为是谟罕默德躲在哈伦堡，便不顾跋山涉水，终于来到了哈伦堡，将秃儿根可敦等全部俘获，并立即派兵马将她们送到成吉思汗那里。
后来，谟罕默德得知母后被捉，几个幼子死于刀剑之下，女儿被成吉思汗赐给了他的儿子，嫔妃们遭到士兵们的凌辱，这位国王当即神智错乱，昏迷了过去。
等到他醒来时，一直泪流不止，连饮食也忘了，不久便卧病不起了。这时候，他躺在病床上，仍在眼泪汪汪的忏悔，坚持每天祈祷五次。但是，尽管后悔，也无助于复国，更不能阻止蒙古人来追杀他。
公元一二二一年的七月，谟罕默德因患病，加上亡国之悲，哀恸而死，死后便草草埋葬在这个小岛上。
不过，谟罕默德在临死之前，终于决定，废去软弱无能的斡思剌黑，另立勇敢的札兰丁为国王，亲解佩刀，系于札兰丁腰间，命令儿子们立誓效忠于札兰丁，这一决定，不失为亡羊补牢之举——尽管为时已晚。
者别、速不台领着人马，一路招服，昼夜穷追，终于得到谟罕默德已死的确实信息，二人商议之后，便决定回师。
不料，成吉思汗又传来命令道：“里海北面有钦察部，当年曾收留过蔑儿乞人的溃卒，望你们速往征讨，不必班师。”
于是，两人不好违令，只得重整兵马，又向西北方向继续驰去。他们的队伍绕过里海，来到太和岭，只见山峦重叠，无路可走，便命令士兵凿山开道，勉强通过。
刚才翻过山头，正遇到钦察部头目玉里洁以及河速、撤儿柯思等，领着人马来阻止他们入境。
者别与速不台商议以后，便乘机向玉里洁的军队发起了猛扑。
玉里洁的军队吓得惊慌失措，他们的部队正想回头反抗时，不料人头已经落地了。
蒙古的骑兵善长在野战中的拼杀，玉里洁的前队尚处在莫名其妙之中，等到弩箭飞来，长枪戳入，才知道敌人杀来。
正想弯弓拔箭，人头早已落地，顿时慌作一团，只好拍马扬鞭，四散奔逃去了。
玉龙杰赤是花剌子模国的旧都，因此又称为花刺子模城，它位于咸海南岸，横跨阿姆河。
由于这里地处阿姆河流入咸海的三角洲附近，便形成了一个肥沃的绿洲，加上布局巧妙的渠道系统，使这块本是沼泽和沙漠互相侵袭的荒凉地区变成了拥有大片肥田沃土的绿洲。
这座花剌子模的旧都城，是当时中亚伊斯兰教的中心，据史书记载：它是世界众王子的宝座所在，人类诸名人的驻地……你期望的一切，精神的，物质的，都在其中。
因为城跨阿姆河两岸，沿河是绿色的田野，两岸芦苇丛生，湖泊遍布，水路四通八达，再远便是沙漠所包围了。
从地形上看，这里不利于蒙古骑兵的机动作战，是个易守难攻的城市。
自从谟罕默德的母后秃儿根可敦走后，城中没有留守这座旧都的将领，立刻陷于一片混乱之中。
公一二二○年的春天，花剌子模的名将守卫忽毡城的帖木儿灭里冲破蒙军的重重包围来到玉龙杰赤，立即整顿军备，组建了一支守卫队伍，使旧都的秩序才安定下来。
谟罕默德死后，札兰丁兄弟们以及众多的将领，又从里海的小岛上逃回玉龙杰赤，全城军民见到新继位的国王与亲王将领们回到了旧都，大家无不欢喜异常。
大将帖木儿灭里主动向札兰丁建议说：“立即整顿兵马，加固防御工事，准备抗击蒙古人的来攻。”
札兰丁听后，连连摇头说道：“谈何容易！城里的兵马能听从我的指挥？”
原来，玉龙杰赤已汇集了九万余人的军队，但是这支军队掌握在前太子殿下斡思剌黑及其母舅不只一别黑列旺等人手中，他们多是康里人出身，早就与札兰丁不和，开始他们与秃儿根可敦合谋，立札兰丁之弟斡思剌黑为太子，想利用这个太子的软弱无能，进一步实现他们的野心。
谁知谟罕默德在临死前废掉前太子斡思剌黑，改立札兰丁为国王，这完全出乎他们的意料之外。
札兰丁意志坚强，武艺出众，又有才能，自然不甘心大权旁落，这对以不只一别黑列旺为首的康里人将领十分不利。
于是，他们密谋杀害札兰丁，然后再让前太子斡思剌黑复出，得以继续掌握军权。
面对康里人众多的将领，帖木儿灭里也觉得棘手，二人苦苦思索着夺取军队的机会。好不容易争取到了五千人。
次日帖木儿灭里领兵出城，向哥吉干城进军时，他马上就觉得这些康里人出身的士兵，因为平日养尊处优，缺乏训练，怕苦怕累，纪律松弛，战斗力一定极差。
凭着多年带兵的经验，帖木儿灭里利用行军的空隙时间，通过言传身教，真情感染，很快团结了军中的大小头目，才使这五千人马慢慢走上正规，成为一支像样的队伍。
正当帖木尔灭里准备用突然袭击的方法，攻占哥吉干城时，札兰丁派人送来了不好的消息，使这位智勇双全的将领十分恼恨起来。
原来，帖木尔灭里领着五千兵马前脚刚走出玉龙杰赤，不只一别黑列旺便立即召开会议商讨暗中杀死新国王札兰丁的办法。不料“门外有耳”，他们的谈话被一个护卫听到了，此人大吃一惊，他心里说：“新国王是我的救命恩人，我应该立刻去向他报告，好让他有个准备。”
这个护卫名叫尤底功曷，有一次被毒蛇咬伤，无人过问，札兰丁知道后，亲自替他用刀割开伤处，挤出毒液，又用烧红的烙铁去烫灼伤处，救了他一条性命。
尤底功曷知恩报恩，悄悄跑到札兰丁的寝宫里，把斡思剌黑说的，准备暗杀他的计策一一说与他听，又叮咛道：“这可是千真万确之事，绝不能大意啊！”
札兰丁听后，想了一会儿，觉得帖木儿灭里又不在自己的身边，兵马被不只一别黑列旺独自控制着，又没有力量跟他们斗，连这个空有其名的国王也当不成了，何不早走？
他见到尤底功曷在这里未走，便对他说：“你干脆别留在城里了，替我送信给帖木儿灭里，让他有个准备吧。”尤底功曷自然愿意，二人立刻计议妥当，天黑之后，他们借着夜色的掩护，骑上快马，驰出城去，各奔目的地绝尘而去。
次日，不只一别黑列旺发现札兰丁不辞而别，知道泄漏了消息，立刻怀疑是斡思剌黑所为，但是，这位过去的太子矢口否认。
不只一别黑列旺做贼心虚，暗杀札兰丁不成，反让他跑了，他担心帖木儿灭里一旦知道这事，此人更不好对付，怎么办呢？他与汪丹在守一商量，决定一不做，二不休，不如派人去把帖木儿灭里诳回来，用伏兵把他杀死，岂不干脆利落？
次日，不只一别黑列旺派人以札兰丁的名义送信给帖木儿灭里，说有要紧事商量，要他急回玉龙杰赤。
两天后，帖木儿灭里在去哥吉干途中一前一后，同时接到札兰丁的两个“信息”，这位大智大勇的将军，立刻带上五千余部前去追随新国王札兰丁，参加收复失地的复国战争。
为了尽快赶上新国王，他们马不停蹄地昼夜兼程，于是用了十六天的时间，横越花剌子模、呼罗珊两地的沙漠，到达奈撒才赶上了札兰丁，两人亲热地拥抱在一起，决心立即召集兵马，同赴国难，发动一场复国战争。
这时，驻在奈撒的一支蒙古军队发现了他们，便派人来向他们劝降。帖木儿灭里笑着对札兰丁说道：“在我的字典里，还没有见过‘投降’二字呢！让我们去打一个漂亮的歼灭战，为我们的复国战争举行一个奠基礼罢！”
札兰丁兴奋地点点头，二人立即上马挥刀，指挥那五千康里人的队伍，如一阵旋风似的冲向蒙古人的军队，这支七百人的蒙古巡逻兵立刻崩溃了，四散奔逃。
札兰丁与帖木儿灭里领着这五千人的队伍，冲过蒙古人的层层围追，奔向哥疾宁而去。
为了攻下玉龙杰赤，成吉思汗派遣次子察合台率领兵马三万人，前去征讨，又派长子术赤从毡的调兵马二万人，前去支援。
成吉思汗这次派兵时，他忽略了术赤与察合台兄弟二人一直心存龃龉，处于仇恨不和之中。
起初，兄弟二人合兵一处，一起领着将领们去视察玉龙杰赤周围地形，回营后制定作战方案时，两人便产生了分歧意见。
术赤首先说道：“父汗已经说了，这玉龙杰赤占领以后，将是我的封地的一部分，因此，应使全城免遭破坏，还是以智取为主，可以派人进城去劝降，不可强攻。”
察合台却针锋相对地说道：“玉龙杰赤城横跨阿姆河两岸，湖泊多河网多，城墙又高又固，壕沟也深，城内敌人不会接受投降的，非强攻不可！”
刚一开始，兄弟俩之间便发生了争执，在许多将领调和之后二人表面上才缓和一些。大将博尔术说道：“在玉龙杰赤的城南面，有一块平整的地面，可以采取诱敌出城，在那块平地伏击，这样可以充分发挥我们骑兵善长野战的特长，这样打远比攻坚战要有利得多。”
于是，两人都同意这种打法，一场兄弟阋墙的纠纷总算平息下来了。此时，玉龙杰赤在新国王札兰丁被排挤出城之后，一度陷入群龙无首的混乱局面，后来只好共推国王的近亲，不只一别黑列旺的弟弟马儿的斤担任全军的统帅，抗击蒙古军。
次日，马儿的斤带领六万人马出城，察合台、术赤与博尔术等一见城里兵马出城迎战，立即前去挑战，马儿的斤果然上当，他见蒙古骑兵怯战，便领兵紧追，不久，早已埋伏好的蒙古大军突然出现，切断马儿的斤的进退之路，将其包围起来。
于是，蒙古骑兵这才开始闪电般的冲击，他们以雷霆之势，轮番冲击敌人的队伍，在马儿的斤的军队中横冲直撞，乱砍乱杀。不到半个时辰，马儿的斤的六万人马已被切成几段，有的已被聚歼。这时，好大喜功的马儿的斤才猛然醒悟，知道蒙古骑兵果真厉害无比，眼看自己的兵马被歼，他急忙奋力拼杀，领着一支队伍拼命突围，才捡了一条性命，逃回城里去。
回到城里，马儿的斤一看身后的军队，只有不到一万人回城，其余的五万多人大部分被歼灭了，被蒙古人俘去也不少。
从此，马儿的斤再也不敢领兵出城了，便在城里搬石运木，加固城防。又在城上遍置射击台，安装射石机等，增强防御能力。
次日，蒙古军队开始劝降。
可是城中另一大将斐弗敦古里坚持抗战，他一怒之下，杀死术赤派去的劝降使者，依靠坚固的城墙和工事，紧闭城门，扬言要与蒙古人决战到底。察合台不顾长兄术赤的意见，坚持强攻，他亲率大军攻城。因为玉龙杰赤附近没有山石，察合台接受博尔术建议，用桑木代替炮石。先将桑树干锯成木块，渍在水中增加重量，然后投射出去。在察合台一声命令之后，攻城开始了，蒙古士兵高声叫喊着，