隆庆六年十月，一切烦杂的事，都有了头绪，居正实行派遣大臣巡边的计划：第一，兵部左侍郎汪道昆巡视蓟、辽；第二，兵部右侍郎吴百朋巡视宣、大、山西三镇；第三，兵部侍郎协理京营戎政王遴巡视陕西四镇。这三位都是嘉靖二十六年进士，恰恰是居正底同年。这一次阅视的成绩，并不十分完满，在居正和百朋、王进的私交上，更发生了不小的裂痕。
汪道昆到蓟、辽去，事情很简单。临去的时候，居正给戚继光一封信：汪司马知足下素深，相待之礼，必从优厚，顷已面嘱之，然渠亦自不俟嘱也。但足下自处，又且务崇谦抑，毋自启侮。昔李愬属櫜键谒裴度于道，唐史美之。盖重命使，所以尊朝廷也。司马此行，于蓟甚有关系，幸留意焉。（书牍四《与戚继光》）
道昆去后，一切很顺利；事毕上疏，议额饷，议增设墩台，都是些例行公事。居正给他去信说：“敷奏明切，文辞粹美，读之再过，叹挹弥襟。”（书牍五《答汪司马南溟》）道昆本来只是一个文人，文人底才能，只有在文辞方面表见；所幸蓟辽是谭纶、戚继光经营的局面，居正没有什么不放心。
王遴和居正本不十分融洽，到陕西去后，把巡阅的事情办妥，不久便告病还乡，这个当然是有些不满了，居正去信说：唐虞之世，九官十二牧，师师济济，各效其能，岂必人为禹稷，位皆百揆，而后惬于心哉？诚欣于时世之遇也。方今尧舜在上，属任忠贤，仆躬履贯鱼之行，寤寐孜孜，用天下贤者，效之于上。士生于今，义无所逃，以其时则可矣。公乃独傲然远引，慨慕巢由，嘲哂禹契，欲自越乎不可逃之分，而背乎不易得之时，此愚蒙之所未譬也。虽然，人各有志，何可相强？聊为道其区区如此，惟高明裁之。（书牍五《与王继津论君臣之义》）
吴百朋到宣大、山西去的时候，便发生困难。宣大总督王崇古惟恐百朋要来掣肘，百朋底朋友又认为这是一种贬滴，居正无法，只有向双方解释；比者奉翰教，薄冗未能随答，然诸所请者，一一具如尊指，属所司复行矣。尧山少司马（吴百朋）行时，已屡嘱之云：“宣大事体，与他镇不同，北门有寇公，诸无足虑者，归来但可告成事耳。无烦刻核，徒乱人意。”然此公爽朗阔大，必能成也。（书牍四《答王鉴川》）
辱教，满纸皆药石之言，但谓仆骄抗，轻弃天下士，则实未敢，然因此而益加警惕，无不可也。吴尧山奉命阅视宣大，仆数年以来，经营此地，颇费心力，今以托之，属望匪浅，不知肯为国家措一臂否也？（同卷《答参议吴道南》）
百朋去后，着实做出一番成绩。他以（一）粮饷、（二）险隘、（三）兵马、（四）器械、（五）屯田、（六）盐法、（七）番马、（八）逆党，一共八项考核边臣。他对于宣大总督王崇古、宣府巡抚吴兑，以及山西总兵郭琥这一群人，都分别指出功过，奏请升黜。同时他对于大同总兵马芳，严重地提出弹劾。他认定马芳行贿，当然非严加惩处不可。百朋是阅视大臣，这一点完全没有做错；但是居正是首辅，便不免有无限的迟疑。明代的军队，久已是一个腐化的机构，从下层到上层，是层层的剥削。总兵官是最上层的了，他再把剥削所得，分润京官。科道受贿，兵部受贿，有时大学士也受贿。舞弊贪赃，成为一般的风气。遇到清明的高级长官，谈不到贿赂，总兵官便和长官底家丁联络，高级长官也难免受到一些嫌疑。明朝中叶以后，武人在社会中底地位，正在逐日地低落。当他们到兵部领取公文的时候，三军司命的总兵官，都要长跪，这是奴才，不是长官。他已经取得奴才底身分，那么和大官底家丁联络，也正是恰巧适合，整个国家底命运，付托给这一群人物，不能不算是前途的大虑。居正看到这一点，所以到万历元年便有西北边用书生为将的意念。（书牍五《与王敬所论大政》）书生受的文化陶冶多了，自然会比较地注重名节和操守。这是后话。但是隆庆六年，居正还是迟疑。吴百朋弹劾马芳的奏折到了，言官们又在弹劾宣府总兵赵奇，居正只是说：仆与马、赵，素不识面。异时当国者之家奴，率与边将结拜，鲜不受其啖者。自仆任事以来，内外隔绝，幸门尽墐，朝房接受公谒，门巷间可张罗，亦无敢有以间语谮言，入于仆之耳者，又何所私庇于人。即此两人之狡猾无状，仆岂不知？第以其俱嚄唶宿将，部下又多犷少，代者未必能驭，即有瘢纇，犹可驱策而用之。贡市羁虏，本难久恃，猝有缓急，无可使者，故为保全，徒以为国家耳。土大夫乃独不谅鄙心，谓之何哉！（书牍五《答蓟镇巡抚言优假将官》）
但是居正保全不得了。吴道南正在攻击居正，认定他是包蔽马芳，忽略吴百朋。怎样办呢？马芳免职了，同时居正再给百朋去信：马帅褫职，国法已彰。仆以浅薄，谬肩重任，虽不足以当天下事，然一念公虚平直，则可以告于天地祖宗之灵，不敢措一毫私意于其间也。乃昨吴少参（指吴道南）有书，甚为公不平，其辞怨愤，使人难堪。今九边之事，宣大为重，不以付之他人而托公者，以公为心知故也。又面请于上，特赐命服以宠其行，公视仆此心为何如哉！渠乃以仆为厚猾帅而薄故旧，岂不厚诬我哉？区区之心，惟公垂鉴焉。（同卷《答阅视司马吴尧山》）
居正底一番苦心，没有得到同僚底谅解，但是他对于北边的布置，始终是着着不懈。对于九边重镇，他派人巡阅；对于九边督抚，他注重人选：这是对内的事。他对外的策略，也是不断筹措。北方的鞑靼，除了土蛮一支以外，俺答这一个系统，已经通过封贡手续，和明朝处在停战状态中了。俺答对于几个重要的领袖，如他底胞弟昆都力哈，胞侄永邵卜、吉能，以及他底儿子黄台吉，本来是可以指挥的，但是因为那时的鞑靼，是一个组织不健全的部族，实际不能合作。居正底计划是要尽量地使他们分离为无数的单位，单位底增加，便是力量底减小。鞑靼没有联合向北边进攻的能力，国家底安全便增加一层保障。
隆庆五年，谣传昆都力哈（即把都）和吉能死了，居正准备扶植把都底儿子青台吉，使他和黄台吉对抗。他说：把酋之子，不知何如。仆料黄酋必思东并，今当扶植青把都，使之力抗黄酋。黄酋若有东并之志，只可责之以大义，亦不必力禁之。待其两敝而归命于我。（书牍四《咎总督王鉴川计处黄酋》）
把都、吉能，一时俱殒，黄酋亦且病发，天之亡彼，于兹见矣。但在我处之，须以恩信。其子但能管束其部落，即令告于顺义，奏请袭职，不必择贤。要令其势分而衅构，则我可因其机而制之，数十年之利也。（同卷《答王鉴川论东运之衰》）
俺答底问题解决了，但是一个桀骜不驯的黄台吉，连俺答也无可奈何。昆都力哈之妻，又联络永邵卜，不肯进贡，事情有些棘手。隆庆六年居正当政以后，又说起：昆妇愚悍，似无来期，永邵卜虽为所牵，终贪嗜关市财物，可招而致，然皆无足为轻重，第常以大义责之，时出小利诱之，毋令东合土蛮，为蓟镇害，足矣。（同卷《与王鉴川言虏王贡市》）
就在这一年，昆都力哈提出要求来了，他要和俺答一样封王。封王只是一个名义，在中国没有什么损失，但是中国不能受他底威胁。居正明白现在不是世宗时代了，中国有的是准备。所以他再和王崇古说：辱示昆都力、黄台吉二酋事情，先已有人言之。黄酋骄悍，诚为难驯，然刚躁寡谋，部下多怨，且其于父不和，势难独逞，将来疆場小衅，或不能无，然使处置有方，亦终当归吾羁绁也。昆都老而谲，数年以来，东纠土蛮，西合俺酋，皆此人为之，比之黄酋，反为难制。然俺答既已帖服，黄酋素不附之。昨已令蓟人散布流言于边外云，“昆都与吾有约，将合兵以击土蛮”。虏性多疑，必相猜忌，则此酋亦孤立，无能为也。如再言封王事，可以好语款之云，“俺答汝兄，伦序为长，且首发归顺之端，又执吾叛人，奉吾约束，朝廷嘉其悃诚，故厚赉而王之。汝频年为患，于中国未有尺寸功，何得遂与汝兄等？我皇上并包兼容，何惜一王号而不汝畀，但于事体，有未顺耳。汝若能依汝兄之言，遵奉约束，坚守盟誓，二、三年后，当与汝奏闻朝廷，一体封王加赉。若欲借此事以启衅，则我惟有一战耳。”渠闻此言，必不敢动。量此孤虏，以上谷一镇之兵当之，东连云朔，彼虽入，亦不足畏也。（书牍四《答总督王鉴川计处黄昆二虏》）
居正对付鞑靼的计划，是充实边防，准备随时出击，同时利用一切机会，使鞑靼分裂。这样一来，北边底敌人，只是散漫的部落而不是整个的集体，无形中减轻北方的威胁，北方底军队，便随时有决胜的可能。在这一点，很有些类似帝国主义“分而灭之”的政策，但是中间有一个绝大的区别。帝国主义底目标，是对于敌人，加以奴役或剿灭；居正底目标，是容许敌人底存在，而消弭敌人底威胁。帝国主义是攻势的，居正是守势的；帝国主义只希望片面胜利，居正却希望双方共存。中国强盛的时候，对外采取的方略，经常和居正底主张一致，这是中国文化和近代帝国主义的区别。
隆庆六年过去了，次年改元万历，是年正月庚子，发生王大臣之狱。
事情本来很简单。这一天神宗在乾清宫，看到一个人，神色仓惶地走过，吩咐左右把他拿下。经过讯问之后，才知道这是王大臣，从蓟州来的一个逃兵。逃兵底处分也还简单，但是消息到了冯保，便不简单了。冯保认定这是一个机会。他想起高拱，真是恨之切骨。高拱已经卸任回籍了，但是冯保底怨恨没有消灭。惟有血、血、血，才能洗尽冯保底怨愤。王大臣送到东厂了，经过东厂底搜检，王大臣身上，果然搜出刀来。证物有了，这一定是行刺，而且在乾清宫外走过，不是谋刺皇上是刺谁呢？谁主使的？东厂所录的供词里明明写着，是高拱主使的。凶手有了，凶刀有了，主使的人也有了，冯保决定要彻查这一件案子。
彻查又怎样呢？东厂的威权在冯保手里，要杀王大臣，杀高拱，不是很容易么？但是冯保手中的东厂，和宪宗时代汪直手中的西厂，以及熹宗时代魏忠贤手中的东厂相比，差得远了。冯保底人品，不知道比汪直、魏忠贤究竟怎样，但是神宗初年的朝廷，确实比宪宗、熹宗时代高明了。居正曾经说过，“朝多长者”。在这个环境之下，即使冯保有作恶的意志，他也没有作恶的机会。“朝多长者”，一切出于居正底布置，这里更显出居正底作用。
不幸居正和冯保的关系太密切了，而且高拱底解职，居正又是最大的收获者。“冯保底阴谋，有居正参豫吗？甚至还是他主谋罢！驱逐高拱已经过分了，现在又要杀高拱！”一般人底怀疑，又集中到居正身上。从嘉靖二十七年杀夏言以来，掌握政权的人，最后都发生身家性命底危害。严嵩当权，杀夏言，徐阶当权，杀严世蕃，八十几岁的严嵩，也被平白逼死；高拱当权，徐阶底儿子充军，徐阶也旦夕莫保。二十五年的传统了。惟有血，才是政权底代价，现在大致又是高拱支付代价的时候了。这个传统，真是又惨酷，又凶暴。大众指着居正，认定他正要压迫高拱，支付最后的血债。
大臣中最有声望最有气魄的是杨博和葛守礼。守礼约杨博一同去访居正。
“已经和他说过了。”杨博说。
“一般的舆望都在杨公，”守礼说，“认定只有杨公能不杀人媚人。目前事情更吃重了，谈不得已经说过，不便再说啊。”
他们一同拜访居正。他们替高拱辩护，他们指明东厂没有良心，他们惟恐株连大众，他们甚至于以全家百口，担保高拱底无辜。
也许他们说得太热切了一点，居正有些气愤了。他不期望一般人底谅解，然而他不能想象平生所钦佩的人也会对自己怀疑。
“两位以为我也要甘心高公吗？”他愤愤地说。
“不是的，”杨博说，“但是只有相公，才有回天之力。”
居正决定了办法，东厂底讯问只是初审，居正奏明神宗，交掌锦衣卫左都督朱希孝和左都御史葛守礼以及冯保复审。葛守礼和冯保当然责无旁贷。希孝是第二名靖难功臣成国公朱能之后，第六代成国公朱希忠之弟。明朝自成祖以后，特别看重靖难功臣，第一名靖难功臣淇国公丘福底后代削除了，所以成国公是当时的第一世家。加以希忠、希孝，自世宗以来，都是特蒙思宠的勋臣，居正提出希孝，正是看重他底资望。但是事情却把希孝难住了，他和希忠商量。遵照冯保底计划吧，他们不愿意得罪士大夫；遵照良心吧，他们又不愿意得罪冯保。希孝认定了事情底困难，他向居正请教，居正教他再和杨博、葛守礼商量。审讯底经过相当复杂，但是这件事情底结果非常简单。万历二年，希孝逝世，居正在他底神道碑记着：今上践祚之元年，有贼挟刃至官门，惊跸。捕得，下东厂治，贼冀缓死，妄言有主者。于是内外错愕，索贼甚急。然余心知其诬，乃见上，言斯事重，请令锦衣卫与东厂杂治之。上日，“可。”公既受命，即独宿外舍，燕居深念，多设方略，密侦之，如是十余日，乃得其情，趣具狱上，戮止一人，余无所问。当是时，微公，摚鸹銮也徊猓渌婊睿秽词偾艘印＃ㄎ募摹逗缶级礁蠖级街旃竦辣罚�
王大臣灌下一杯生漆酒，哑了；他不能诬赖高拱指使，也不能陈述冯保唆供，就这样胡涂地交给刑部拟罪，得到斩首的处分。王大臣底无辜的血液，洗清高拱底被诬，但是没有洗去居正底嫌疑。居正在给总理河道万恭的信中说起：昨会舍亲西石公言：顷者内狱之起，众情汹汹，独公以为朝有人焉，无足虑者。此足以见公知我之深也。今士大夫亲见仆行事，无一人知及于此者，而公乃在外