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但是战事已经决定，没有徘徊的余地。应聘调兵十万，积极进行，居正只是说：“不谓其怙恶不悛，敢行称乱如此，则天讨所必加，虽费财动众，亦难中止矣。一切剿处事宜，公所画俱当，惟公自裁便宜行之，不敢中制。”（书牍五《答郭华溪》）就在这一年，怀远兵事结束，广西平定。居正主张彻底荡平。他说：“兵己深入，须尽歼之，毋使易种于斯土，又烦再举也。”（同卷《答广西抚院郭华溪》）
万历元年，四川方面发生平定都掌的军事。都掌“蛮”盘据叙州府高、珙、筠连、长宁、江安、纳溪六县地方。“蛮”首据九丝山、鸡冠岭、都都寨、凌霄峰、四出掳掠，成为四川心腹之患。四川巡抚曾省吾决心进兵，居正也认为“都掌为害多年，不容不除”。（书牍五《与蜀抚曾确庵计剿都蛮之始》）省吾调兵十四万，奏留总兵刘显统兵出发。刘显在福建平倭，和俞大猷、戚继光齐名，但武官底积习太深了，贪赃行贿，不守法纪，一切的事都有，这时正被劾罢。居正和省吾说：“若其人果可用，不妨特疏留之，立功赎罪；如不可用，则当别授能者。公宜以此意明示刘显，俾鼓舞奋励；如玩寇无功，必将前罪并论诛之，不敢庇也。地方大事，唯公熟计之。”（同上）三月中，刘显准备完成，一举击破凌霄峰；居正再寄书省吾，督促追击：凌霄既破，我师据险，此天亡小丑之时也。宜乘破竹之势，早收荡定之功。计蛮众不过数千，我师当数倍之，无不克者。攻险之道，必以奇胜，今可征兵积饷，为坐困之形，而募死士，从间道以捣其虚。……若不奋死出奇，欲以岁月取胜，此自困之计。兵闻拙速，未睹巧之久也。惟公熟计之。刘帅功名，著于西蜀，取功赎过，保全威名，在此一举。其一切攻围之计，宜听其自为便利，勿中制之，唯与之措处军前赏功募士之费。计军中一月当费几何，与其旷日迟久，不若暂费速罢之为愈也。（书牍五《与蜀抚曾确庵计剿都蛮》）
九月中，刘显平定都掌。捷音到京，居正说起：“十月十四日，闻九丝捷音，不觉屐齿之折。殄此巨寇，不惟蜀民安枕，且国家神气，借此一振，四方有逆志感纪之人，亦将破胆而不敢恣睢矣。”（同卷《答蜀抚曾确庵》）这里看出他心中的喜悦。
居正对于国事的计划，是在稳定中求进展。他整顿赋税，节省支出，为国家安定经济的基础。对于北边的国防，他是一面分化鞑靼，一面整理军实。对于南方的动乱，他用最大的努力加以镇压，劳师费财，一点都不顾惜。这些动乱的原因，他明明知道是由于政治的不良，因此他底责任应当是努力改进当时的政治情况，但是他底措施，止是对于起义农民和少数民族的无情镇压。居正是封建社会的统治者，这里完全暴露了封建统治者的凶狠面貌。
第九章 初步的建设（下）
万历元年，居正进《帝鉴图说》，第二年就发生效力。神宗这时才十二岁，他和吏部尚书张瀚，都察院左都御史葛守礼说，要召见廉能官员，面加奖谕。居正随即请定面奖廉能仪注，他在疏中说：“臣等窃惟致理之道，莫急于安民生；安民之要，惟在于核吏治。前代令主，欲兴道致治，未有不加意于此者。”（奏疏三《请定面奖廉能仪注疏》）二年正月，神宗在会极门，召见廉能官员浙江布政使谢鹏举等二十五人，特加奖励，各赐金币，便是这一次的结果。
九月间，刑部秋审，判定重囚应处死刑的，一概上奏。这是一件例行的公事，但是困难从宫内发生了。
“慈圣太后底销旨，吩咐概行停刑，”神宗在文华殿和居正说，“先生以为怎样？”
“春生秋杀，天道之常，”居正说，“皇上即位以后，停刑已经不止一次：稂莠不去，反害嘉禾；凶恶不去，反害善良。愚臣看来，还是不必停。”
神宗听了以后，奏明太后，应处死刑的，一概准予执行。
这一点牵涉到古代统治阶级的政治思想问题。不负实际责任的人常常主张宽大，但是负担实际责任的人，便认为这是一个难题。郑子产临死的时候和子太叔说：“我死后，国家大政是你底事了。有德的人，也许能够以宽服民，其次莫如猛。火底威焰，人人看到都害怕，所以烧死的人不多；水性懦弱，人人都觉得可爱可近，偏偏死在水中的人多了。所以宽大不是一件容易的事。”
子产死后，政权落到子太叔手上，这是一位官僚主义的统治者。被压迫的人民大众得到这个机会，发动起来，争取他们的自由。子太叔懊恨极了，他认为早听于子的话，一定不至于此，这才调动军队，把起义的人民镇压下去，仍走上反动统治者的老路。
居正是主张猛的，他曾说过：“使吾为刽子手，吾亦不离法场而证菩提。”他看到元末的大动乱，完全因为当局的宽纵，以致演成不可收拾的惨剧。所以他认定“君子为国，务强其根本，振其纪纲，厚集而拊循之，勿使有衅，脱有不虞，乘其微细，急扑灭之，虽厚费不惜，勿使滋蔓，蔓难图矣。”（文集十一《杂著》）他又说过：“盗者必获，获而必诛，则人自不敢为矣。”（书牍八《答总宪吴公》）关于捕“盗”的事，在考成法也有明文规定。后来万历七年，因为“盗犯”中途脱逃的事，他说：张国用查系三月初间，已属顺天府着长解押发，乃至今尚未到，此必中途贿逃矣。顷已令该府捕长解家属监候，又行逐程挨查，于何处脱逃，务见下落，事系考成，期限已迫。若此时尚未到，执事亦宜上疏自白，请旨缉拿，务令得获正罪，庶足示惩。若已到，则照在京例，尽法处之，不可纵也。（书牍十一《答河漕姜按院》）
居正底主张是“盗”者必获，获则必“诛”，这是考成法底规定。但是如《明史》所载，居正当国之时，“大辟之刑，岁有定额，”（《明史》卷二二〇《赵世卿传》）又称“居正法严，决囚不如额者罪”，（《明史》卷—二九《艾穆传》）都难免有些以讹传讹。每年死刑，要有一定的名额，就在当时，也不能不算是一件不可思议的事。但是《艾穆传》称艾穆为刑部员外郎，到陕西复审的时候，艾穆决定只有两个人处死刑，同审的人惟恐太轻了，要受到政府底处分，艾穆慷慨地说：“我可不会拿别人底生命保障自己底地位。”
在居正大权在握的当中，地方官吏奉行过甚，也是不免的事。
二年十月辽东大捷，除了辽东总兵官李成梁进左都督以外，蓟辽督抚以及内阁诸臣一体加恩，居正具疏力辞，神宗亲笔下谕：敕谕元辅张少师：朕以幼冲嗣位，赖先生匡弼启沃，四方治安，九边宁靖。我祖宗列圣，亦鉴知先生之功，就加显爵不为过。乃屡辞恩命，惟一诚辅国。自古忠臣，如先生者罕。朕今知先生实心，不复强，特赐坐蟒衣一袭、银钱五十两，以示优眷，申成先生美德，其钦承之。（奏疏四《御札奖励疏》）
自从俺答封贡事定以后，战事底中心逐渐东移。东部的鞑靼，在土蛮底领导下，继续和朝廷作战，最困难的问题是“属夷”。喜峰口、宣化境外有朵颜卫，锦州、义州、广宁境外有泰宁卫，沈阳、铁岭、开原境外有福余卫，这是所谓大宁三卫；迤东还有建州卫。在名义上他们都服属中国，所以称为“属夷”，但是事实上泰宁部长速把亥、炒花，朵颜部长董狐狸、长昂，以及建州卫都指挥王杲都和土蛮相通，成为蓟辽一带的边患。要对付土蛮，第一便得对付“属夷”，所以万历元年，居正就认定处置“属夷”之策，为国家大事，急宜经理。（书牍五《与王敬所论大政》）这一次辽东大捷，李成梁斩建州部落一千一百余人，后来连王杲也杀了，当然是对付“属夷”的一次“成功”。
战事中心到了蓟辽，但是蓟辽最大的遗憾，便是地形的缺陷。整个三卫，盘据在热河和辽宁底西边，蓟州和辽东两镇，失去应有的联系。居正底计划，是遵守杨博固守边墙的遗策，一面整理蓟州一带的边墙，（书牍六《答蓟辽督抚吴环洲言虏情》）以备鞑靼底进攻；同时也计划反攻。他联络辽东、宣府、蓟州三镇，主张由蓟州坚守，由辽东、宣府双方夹击。他给方逢时说起：比者辽左之功，固为奇绝，朝廷赏功之典，亦极其隆厚，然仆于此，蓄意甚深，谨密以告公。今九边之地，蓟门为重，以其为国之堂奥也。自嘉靖庚戌以来，虏祸日中于蓟，至罢九边之力以奉之，而内地亦且困敝。然所以酿此祸者，皆属夷为之也。国初弃大宁之地与之，冀其为吾藩屏，而今乃如此！故属夷不处，则边患无已时。然欲处之非加之以威，彼固未肯俯首而服从也。今西虏为贡市所羁，必不敢动，独土蛮一枝，力弱寡援，制之为易。今拟于上谷练得战士二万，辽东二万，多备火器，却令蓟人平时将内地各城堡，修令坚固。视三镇士气已振，度其可用，则属夷求抚赏者，一切以正理处之；凡额外求讨，及捉军要赏者，悉正以军法。彼不遂所欲，必结虏来犯，我则据台以守，遏之边外，使之一骑不入，在我虽无所获，而在彼已为失利，亦策之上也。如其贼众溃墙而入，则亦勿遽为仓皇，但令蓟将敛各路之兵四、五万人，屯据要害，令诸县邑村落，皆清野入保，勿与之战。而上谷、辽左，不必俟命，即各出万人，遣骁将，从边外将诸属夷老小尽歼之，令大将领一万人入关，不必卫京师，径趋蓟地，伏于贼所出路。彼虽已入内地，见我不动，必不敢散抢，不过四五日，虏气衰矣。衰则必遁，然后令蓟人整阵以逐之，而宣、辽两军合而蹙击。彼既饥疲，又各护其获，败不相救，而吾以三镇全力击其惰归，破之必矣。一战而胜，则蓟镇士气既倍，土、苏诸酋，不敢复窥，而属夷亦皆可胁而抚之以为我用。蓟事举则西虏之贡市愈坚，而入援之兵，可以渐减，九边安枕无事矣。愚计如此，今先试之于辽左，盖辽人素称敢战，而李将军亦忠勇可用，故厚赏以劝之，悬利以待之，亦致士从隗始之意也。（书牍六《答方金湖计服三卫属夷》）
万历元年，居正和蓟辽总督刘应节说过，要“虚心商量，思一长策，著实整顿一番，庶为经久之计。”（见前）这便是居正底长策了。但是这一条计策，在居正手里，始终没有用过。战事底中心逐渐东移，辽东成为中国底重镇，这是后事。万历最初十年，戚继光坐镇蓟门，是当时的一重保障，土蛮不敢南侵，未必不由于此。居正对于三卫，始终设法羁縻。他用底方法，自己说过：“要在当事者随宜处置。譬之于犬，摇尾则投之以骨，狂吠则击之以棰，既棰而复服，则复投之，投而复吠则击之：而可与之较曲直，论法守乎？前有书与方公，方答书云：”耐烦二字，边臣宜书诸绅。‘诚然。“（书牍八《答吴环洲》）居正手上有的是大棒和骨头，这是他”羁縻’属夷‘“的方法。对于”抚赏’属夷‘“的段布，正和对于赏赐俺答的段布一样，居正逐件看过，都要美好经用，这是骨头。朵颜部长董狐狸、长昂，和青把都是亲戚，居正吩咐宣府巡抚吴兑：”幸公示意青酋，令其传意长昂，勿复作歹，自取灭亡。“（书牍六《答蓟镇吴环洲》。蓟镇误题，吴环洲即吴兑。）这是大棒。这一年他又说过：辱示蓟镇虏情，渊哉其言之也。已即密语彼中当事诸公，俾知所从事。属夷处置适宜，则土虏之真情可得，而两镇之贡市愈坚，当今边务，莫要于此矣。公在上谷，内修战守，外探虏情，东制西怀，自有妙用，仆复何忧。（书牍六《答吴环洲》）
居正曾经自称别无他长，但能耐烦，这是一句谦虚的话，但是耐烦确是能使居正成功的品德。耐烦的人，对于一切事务，有布置，有步骤。他不会一暴十寒，然而他也不求一劳永逸，只是一步一步，脚踏实地去干。我们所不能满意的是居正对于起义的人民，没有正确的认识，因此止知道如何去镇压；同样地他对于沿边的少数民族，除了利诱威服以外，没有采取进一步靠拢和争取的方法。
对于用人行政方面，他也是一步一步干著。万历二年四月，实行久任之法，这是他在隆庆二年《陈六事疏》中已经说过的。十二月内阁进职官书屏。居正上疏：仰惟皇上天挺睿明，励精图治，今春朝觐考察，亲奖廉能；顷者吏部奏除，躬临铨选，其加意于吏治人才如此。顾今天下疆里，尚末悉知，诸司职务，尚未尽熟，虽欲审别，其道无由。臣等思所以推广德意，发达圣聪者，谨属吏部尚书张瀚，兵部尚书谭纶，备查两京及在外文武职官，府、部而下，知府以上，各姓名籍贯，及出身资格。造为御屏一座，中三扇绘天下疆域之图：左六扇，列文官职名；右六扇，列武官职名；各为浮帖，以便更换。每十日，该部将升迁调改各官，开送内阁，臣等令中书官写换一遍。其屏即张设于文华殿后，皇上讲读进字之所，以便朝夕省览。如某衙门缺某官，该部推举某人，即知其人原系某官，今果堪此任否？某地方有事，即知某人见任此地，今能办此事否？臣等日侍左右，皇上即可亲赐询问，细加商榷，臣等若有所知，亦得面尽其愚，以俟圣断。一指顾间，而四方道里险、易，百司职务繁、简，一时官员贤、否，举莫逃于圣鉴之下。不惟提纲掌要，便于观览，且使居官守职者，皆知其名常在朝廷左右，所行之事皆得达于高聪：其贤者将兢兢焉争自淬励以求见知于上，不才者亦将凛凛焉畏上之知而不敢为非。皇上独运神智，坐以照之，垂拱而天下治矣。（奏疏三《进职官书屏疏》）
在职官方面，明代定都北京以后，