上独运神智，坐以照之，垂拱而天下治矣。（奏疏三《进职官书屏疏》）
在职官方面，明代定都北京以后，南京六部诸寺，实际成为赘疣。嘉靖、隆庆间已经开始裁革了。万历三年二月裁南京官，以后再经过九年的裁革，除了养望的大官和必需的属官以外，差不多已经调整，这都是居正任内的成绩。
三年四、五月间，居正上《请饬学政疏》，这是一个极大的改革。明朝的学制，两京国子监是直辖中央的国立大学，与地方无干。各府、州、县有府学，州学，县学，都有一定学额，归各省提学官管辖。乡村之中又有社学，民间子弟自由入学，不受学额底限制，但是没有强迫入学的规定。当时的问题，集中在地方学制的府、州、县学。
太祖洪武年间规定，府学四十人，州学三十人，县学二十人，日给廪膳，称为廪膳生员。洪武十五年定令，廪膳生每人每月领米一石，鱼肉盐醯，由官供给。宣宗宣德三年规定，府、州、县学各设增广生员，学额与廪膳生员相同，他们没有领米的权利，但是和廪膳生员一样，一家之内，除本身外，优免二丁差役。换一句话，就是家中只要一人入学，可以三人免役。以后增广生员以外，又添附学生员，现代术语称为特别生，他们当然更谈不到廪米，但是免役的权利，还是一样。廪膳生员，增广生员，附学生员，简称廪生、增生、附生；有时只称廪、增、附。通常人用汉朝科日秀才异等底名称，称为秀才。这些秀才，有米可领，遇役可免：文理通顺，学问优长的，当然还可以考取举人、进士底出身，为国家做事；但是大多数永远只是秀才，做一世的府、州、县学主员，领米免役，成为地方的特权阶级。这一群特权阶级人物多了，发生连带关系，在地方上隐隐成为一种势力，可以欺侮一般民众，同样地也可压迫地方官吏。他们尽管满口孔子、孟子，圣经、贤传，讲道德，说仁义，但是事实上只是地方的祸害。这便是所谓学霸。嘉靖十年题准：“生员内有刁泼无耻之徒，号称学霸，恣意非为，及被提学考校，或访察黜退，妄行讪毁，赴京奏扰者，奏词立案不行，仍行巡按御史拿问。”（万历本《明会典》卷七十八）便指的这些人。
万历二年，特敕吏部“慎选提学官，有不称者，令其奏请改黜。”去今已经一年了，但是还没有看到成绩。居正认定惟有控制各省提学官，才可以控制生员，疏称：臣等幼时，犹及见提学官，多海内名流，类能以道自重，不苟徇人，人亦无敢干以私者，士习儒风，犹为近古。近年以来，视此官稍稍轻矣，而人亦罕能有以自重。既无卓行实学，以压服多士之心，则务为虚谭贾誉，卖法养交；甚者公开幸门，明招请托；又惮于巡历，苦于校阅，高座会城，计日待转。以故士习日敝，民伪日滋，以驰骛奔趋为良图，以剽窃渔猎为捷径，居常则德业无称，从仕则功能鲜效，祖宗专官造士之意，骎以沦失，几具员耳。去年仰荷圣明，特敕吏部，慎选提学官，有不称者，令其奏请改黜。其所以敦崇教化，加意人才，意义甚盛。今且一年矣，臣等体访各官，卒未能改于其故，吏部亦未见改黜一人。良以积习日久，振蛊为艰，冷面难施，浮言可畏，奉公守法者，上未必即知，而已被伤于众口，因循颓靡者，上不必即黜，而且博誉于一时：故宁抗朝廷之明诏，而不敢挂流俗之谤议，宁坏公家之法纪，而不敢违私门之请托。盖今之从政者大抵皆然，又不独学校一事而已。（奏疏四《申旧章饬学政以振兴人才疏》）
疏后附列十八款，日标都在振饬当时的学风，列四款于次：
一、圣贤以经术垂训，国家以经术作人，若能体认经书，便是讲明学问，又何必别标门户，聚党空谭！今后各提学官督率教官生儒，务将平日所习经书义理，著实讲求，躬行实践，以需他日之用；不许别创书院，群聚徒党，及号召地方游食无行之徒，空谭废业，因而启奔竞之门，开请托之路。违者：提学御史，听吏部、都察院考察奏黜；提学、按察司官，听巡按御史劾奏；游士人等，许各抚、按衙门，访拿解发。
一、我圣祖设立卧碑，天下利病，诸人皆许直言，惟生员不许。今后生员务遵明禁，除本身切己事情，许家人抱告，有司从公审问，倘有冤抑，即为昭雪，其事不干己，辄便出入衙门，陈说民情，议论官员贤否者，许该管有司申呈提学官，以行止有亏革退。若纠众扛帮，聚至十人以上，骂詈官长，肆行无礼；为首者照例问遣；其余不分人数多少，尽行黜退为民。
一、廪膳、增广，旧有定额，迨后增置附学名色，冒滥居多。今后岁考，务须严加校阅。如有荒疏庸耄，不堪作养者，即行黜退，不许姑息；有捏造流言，思逞报复者，访实拿问，照例发遣。童生必择三场俱通者，始行入学，大府不得过二十人，大州县不得过十五人，如地方乏才，即四、五名亦不为少。若乡宦势豪，干托不遂，暗行中伤者，许径自奏闻处治。
一、生员考试，不谙文理者：廪膳十年以上，发附近去处充吏，六年以上，发本处充吏；增广十年以上，发本处充吏，六年以上，罢黜为民。
这是居正整饬学风的计划；他要打倒游谈之士，所以不许创建书院；他要肃清学霸之源，所以裁减学额；至于禁止纠众，考验文理，固然是明初以来的遗规，但是居正有考成法在手，一切都得实行，因此尽管只是旧话重提，但是重提的旧话，到了万历初年，便增加新的意义，不能再当具文看待。关于书院一方面，到万历七年诏毁天下书院，局势的推演，更加积极：在学额方面，因为考成底关系，有司奉行，也是非常严格。《明史》（卷六十九）《选举志》言：“嘉靖十年，尝下沙汰生员之命，御史杨宜争之而止。万历时张居正当国，遂核减天下生员，督学官奉行太过，童生入学，有一州县仅录一人者。”大致这不是一句诬蔑的话。
假如居正为自己底政治前途打算，关于整顿学风的事，也许还要重行考虑。各个时代有各个时代的领导阶层，得罪这个阶层，往往会发生极大的风波。周武帝灭高齐，统一北方，对于南方的陈国，随时可加扑灭，只因为沙汰沙门，得罪当时的领导阶层，这一群僧侣消极反抗，武帝死后，不过数年，整个的国家移转到一个委琐平庸的杨坚手里，智识阶层，不曾提出一句反抗的呼声。明朝以来，秀才成为当时的领导阶层，政府的官吏，出身于这个阶层，地方的舆论，也操纵在这个阶层底手里。他们固然压迫一般民众；然而一般民众没有机会也没有能力喊出反抗的呼声，民众中的优秀分子，又往往因为知识发展的关系，随时为当时的领导阶层所吸收；因此秀才们不但没有受到民众底反对，反而出乎意外地受到民众底拥护。人民大众的认识没有提高以前，有时会把骑在头上的恶霸，看作领导的人物，何况在居正的时代！居正以前，世宗主张沙汰生员，但是毕竟没有沙汰。居正以后，思宗时，大学土温体仁又提出同样的主张，刑科都给事中傅朝祐立即提出弹劾，疏言体仁“又议裁减茂才（即秀才），国家三百年取士之经，一旦坏于体仁之手，此谓得罪于圣贤。”（《明史》卷二五八《傅朝祐传》）温体仁固然是一个庸人，但是主张裁减生员，何尝得罪于圣贤？孔子尝为乘田、委吏，盂子也说“往役、义也”。孔子、孟子没有造成特权阶层，也没有提出领米免役的要求，为什么主张裁减生员，为民众减轻负担，为公家平均劳役，就算是得罪圣贤呢？傅朝祐底议论，只是拥护特权阶层底既得权利，不肯放弃。
居正提出整顿学风的计划，正是抱了最大的决心。万历八年，他曾经说起：
秉公执法，乃不谷所望于执事者，欲称厥职，但力行此四字足矣。至于浮言私议，人情必不能免。虽然，不容何病！不容然后见君子。不谷弃家忘躯，以徇国家之事，而议者犹或非之，然不谷持之愈力，略不少回，故得少有建立。得失毁誉关头，若打不破，天下事无一可为者，愿吾贤勉之而已。（书牍十二《答南学院李公言得失毁誉》）
这封信中，大致也是关于整顿学政的事，居正抱定宗旨，打破得失毁誉关头，所以能有当日的成功，也正因为他不顾人情物议，所以不免招致身后的诋毁。
万历三年五月，还有一次辽东报警的事。“属夷”传来的消息，鞑靼武士又出动了。这一次的主谋是土蛮，他纠集青把都，率同二十余万骑土，准备向辽东开发。消息紧张的了不得。辽东巡抚立刻申报兵部，敌人已经开到大宁，所以请兵请粮，一刻也缓不得。兵部尚书谭纶随即上奏。神宗虽然只有十三岁，但是对于国家大事，不容他不关心。惊惶极了，他问居正怎样办。
“请皇上宽心，”居正说。“暑天不是敌人猖狂的时候，大致不会有什么大事。”
居正尽管这样地宽慰神宗，但是言官们已经惊动了。一位给事中上疏，主张防守京城，浚濠堑，掘战坑：他恨不得立刻宣布戒严。居正悠悠地回想到隆庆四年李春芳、赵贞吉那一番仓皇失措的情形。他叹了一口气，但是同时也吩咐蓟镇戚继光和宣府巡抚吴兑打听虚实。不久，继光底报告来了，据说鞑靼诸部“酋长”，久已解散，没有集合的行动。吴兑更说青把都始终没有出动，更谈不到进兵辽东。居正底估计没有错，一切只是虚报。但是北京城里的空气，从五月以来，已经紧张了好久。秋天到了，又是准备秋防的时候。居正上《论边事疏》：夫兵家之要，必知彼己，审虚实，而后可以待敌，可以取胜。今无端听一讹传之言，遽尔仓皇失措，至上动九重之忧，下骇四方之听，则是彼己虚实，茫然不知，徒借听于传闻耳，其与风声鹤唳、草木皆兵者何异？似此举措，岂能应敌？且近日虏情狡诈，万一彼尝以虚声恐我，使我惊惶，疲于奔命，久之懈弛不备，然后卒然而至，措手不及，是在彼反得“先声后实，多方以误之”之策，而在我顾犯不知彼己，百战百败之道，他日边臣失事，必由于此。故臣等不以虏之不来为喜，而深以边臣之不知虏情为虑也。兵部以居中调度为职，尤贵审察机宜，沈谋果断，乃能折冲樽俎，坐而制胜。今一闻奏报，遂尔张皇，事已之后，又寂无一语，徒使君父日焦劳于上，以忧四方，而该部以题复公牍，谓足以了本部之事耳。臣等谓宜特谕该部，诘以虏情虚实之由，使之知警。且秋防在迩，蓟、辽之间，近日既为虚声所动，征调疲困，恐因而懈怠，或至疏虞，尤不可不一儆戒之也。（奏疏四《论边事疏》）
万历三年六月命各省巡抚及巡按御史，对于有司贤否，一体荐、劾，不得偏重甲科。这也是整顿吏治的一个表现。明初用人的制度，分为三途；第一是进士，第二是举人、贡生，第三是吏员。这是所谓“三途并用”。后来因为长官都是进士出身，进土出身的官员，特别蒙到关切，举人、贡生出身的，已受歧视，更谈不到吏员出身了。于是吏员上进无门，自甘暴弃，就是举贡也决不轻易就职，他们惟一的目标，是考进土，考中了便是甲科出身，日后自有合理的发展，考不中，他们准备三年以后重考。如此一科又一科，精神才力，完全消在故纸堆中。浪费精力，埋没人材，科举制遂成为大害。隆庆年间，高拱提议，明初举人为名臣者甚众，以后偏重进士，轻视举人，积弊日甚，请求自今以后，惟论政绩，不论出身。这是一个有见地的提议，但是没有实行。隆庆四年，吏科给事中贾三近上言：“抚、按诸臣遇州、县长吏，率重甲科而轻乡举：同一宽也，在进士则为‘抚字’，在举人则为‘姑息’；同一严也，在进士则为‘精明’，在举人则为‘苛戾’。是以为举人者，非华颠豁齿，不就选人，或裹足毁裳，息心仕进。夫乡举岂乏才良，宜令勉就是途，因行激劝。（《明史》卷二二七《贾三近传》）贾三近底奏疏，穆宗也曾批准，但是实际上这个计划没有实现。这两件事，居正都在大学士任内看到，现在自己当国，更积极地要想实现，但是即在居正任内，并没有显著的效果，居正身后，当然更谈不到。科举的制度，永远成为整顿吏治的障碍。
隆庆六年六月以后，内阁只有居正和吕调阳两人，到现在三年了。万历三年八月，居正疏请增加阁员。御批，“卿等推堪是任的来看。”居正推荐吏部左侍郎张四维及马自强、申时行二人入阁。御批“张四维升礼部尚书兼东阁大学士，著随元辅等在内阁办事”，因此四维在内阁中，名为居正底同僚，其实只是居正底属员。首辅底权力，无形中又提高一层。
张四维字子维，蒲州人，嘉靖三十二年进士。他是杨博底同乡，王崇古底外甥，和居正也有相当的关系。这是一个有办法，能忍耐，而且舍得化钱的人，因此在宦途上，得到许多意外的方便。隆庆年间，是一个盛谈边务的时期，四维当然很清楚，以后俺答封贡事起，朝议未定，奔走关说，主张封贡的便是四维，因此深得高拱底器重。高拱准备引进四维入阁，以致引起高拱、殷士儋间的冲突。其后四维也因为言官弹劾，乞假家居。但他和当道要人，还是不断地连络。隆庆六年，高拱失败，这是四维潜伏的时期了，但是因为王崇古底关系，不久他和居正又发生联系。四维知道政治中枢，还有冯保和慈圣太后，于是他再连络冯保和李太后底父亲、武清伯李伟。万历二年，四维入京，以翰林学土掌詹事府，不久改吏部左待郎，三年八月，改礼部尚书兼东阁大学士，入阁办事。做官的欲望，当然满足了。至于争权，四维很清楚，在居正当国的时候，谈不到争权。吕调阳入阁三年了，除在内阁公本照例署名，以及每逢庆典，照例进官、蒙赏以外，还有什么？四维知道自己只是“随元辅办事”。这是圣旨，也不妨说是一个条件。大学士固然