幸惟原谅。（同卷《答山西徐巡抚》）
整顿驿递，当然不是一年的事。最感觉棘手的是内监和衍圣公。内监是宫内的亲信，轻易干涉不得。居正只得吩咐他们底领袖去设法。（见书牍十二《答南京守备枢使乔诚斋》）衍圣公是孔子六十四代孙尚贤。大圣底后人，因此更应为世表率，偏偏尚贤忘去这一点。每年衍圣公自曲阜入京朝贡，沿途骚扰不堪。山东布政据实直告居正。居正说：承示大监、圣公横索驿递。今内官、勋臣小有违犯，动被绳治，而圣公所过，百姓如被虏贼，有司亦莫之谁何，以其为先圣之后也。夫圣人秉礼为教，志在从周，假令生今之时，亦必斤斤守朝廷之法，不可逾越，况其后裔乎？后若再行骚扰，亦宜一体参究，庶为持法之公也。（书牍十二《答藩伯徐中台》）
这是万历八年的事。次年，衍圣公家庭发生风波，尚贤底庶母郭氏攻歼尚贤，朝廷派员查勘。一面由居正和山东巡抚何起鸣把衍圣公每年入朝底故事，重行商定。居正说：中间处分孔氏朝贡一节，极为得中。然仆窃以为今亲王俱不朝贡，孔氏何必亲行？朝廷亦不必借此为重。渠每岁一行，族人佃户，科派骚扰，不胜劳苦，沿途生事百端，军民避之，无异夷虏，及至京师，淹留数月，待私货卖尽，然后启行，此岂为观光修贡者耶？窃以为宜如王府例，每岁只差人进马入贺，不必亲行；或当朝觐之年，预期奏请，得旨而后行，亦为简便。公如以为可，疏请之。若今岁，则彼听勘未结，自不宜来矣。（书牍十三《答山东巡抚何莱山》）
商定底结果，衍圣公入朝定为三年一次。这样一来，对于衍圣公底走私夹带，当然不免发生稍许的不便，但是交通干线附近的居民，却减少了不少的惊惶。
万历三年，发生了水利问题；这一年旧事重提，再行发动疏凿泇河和胶莱河，这两件事，居正都尽了最大的努力，但是都没有成功。本来明朝的水利问题，集中在黄河，这不是因为明朝人对于水利有特别的兴趣，而是因为政治和军事的关系，不能不着重漕运；着重漕运，便不能不着重黄河。明朝的京城在北京，整个的国防形胜，也着重在北边，因此每年由南而北的漕运四百万石，成为国家底生命线。隆庆六年，居正曾和港运总督王宗沐说过：今方内乂安，所可虑者，河漕为最。兹赖公之力，经理十七，江、淮之粟，方舟而至，来岁新运，又已戒期，计三年之后，京师之粟，将不可胜食矣，欣慰欣慰。（书牍四《答河漕总督王敬所》）
万历元年，四百万石又安稳地北上，居正又说：
四百万军储江、海并运，洪涛飞越，若涉平津，自仆有知以来，实未见有如是之盛者。一日侍上，语及今岁漕事，天颜喜悦，殿上侍臣，咸呼万岁。仆因推言，此皆督臣之功也，宜加懋赏，重任之。上深以为然。（书牍五《答河漕王敬所言漕运》）
次年，漕运还是如期北上，居正说起：
辱示知：运艘已于三月十一日，尽数过淮，无任忻慰。闻度江遇风，谅无大损，若前途通利，则额赋可以毕达，国储可以日裕矣。今计太仓之粟，一千三百余万石，可支五、六年。鄙意欲俟十年之上，当别有处分，今固未敢言也。（书牍六《答河漕王敬所》）
居正方作国储充实以后的计划，就在这一年，黄河在邳州决口，淮河也决口。万历三年，黄河又在砀山决口，黄水不断南流，一部分由淮安入运，直灌长江，淮、扬一带因此发生极大的恐慌。但是当局底注意还是集中运道。这时从宿迁到韩庄的运河还没有，从淮安到宿迁，再从宿迁到徐州茶城，黄河就是运河，明朝人称为“借黄为运”，在借黄为运的情形下面，黄河底通塞，和漕运有关，也就和国防有关。明朝人治河有几条牢不可破的原则。第一，黄河到开封以后，不许向北，因为向北便不能向南，淮、徐一线的漕运便发生问题。第二，黄河到徐州以后，不许向南，因为向南便影响明朝凤、泗一带的祖墓。第三，即使在这个范围以内，也不许轻易改道，因为改道便会发生浅滩，必然妨碍粮艘向北，空船回南的路线。在这几个原则之下，明人对于洪水横流，挟沙俱下的黄河，只有夹岸筑堤以防黄水底溃决。他们筑堤的技术非常发达，单就堤岸的名称，便有遥堤、缕堤、月堤、格堤底不同，但是最后总有横溃的一日。黄河屡次决口，河水流入运河，复在高邮决口。事态严重极了，种种的主张都提出，一切等待居正解决。
居正只有给河道总督傅希挚去信。万历二年，他说：
近闻淮、扬士大夫言海口益淤，以故河流横决四溢，今不治，则河且决而入于江，维扬巨浸矣。又有言前议筑遥堤为不便者。其说皆信否？从未行此道，不知利害所归，望公熟计其便，裁教。幸甚。（书牍六《与河道傅后川》）
希挚底复信来了，居正觉到游移，又去一信：
辱示《治河议》，一一领悉，但据公所言，皆为未定之论。海口既不可开；遥堤又不必筑；开泇口，则恐工巨之难；疏草湾，又虑安东之贻患。然则，必如何而后为便乎？愿闻至当归一之论，人告于上而行之。（同上《答傅后川议河道》）
最后希挚决定请求重开泇河。泇河二源，一出峄县，一出费县，称为东、西二泇河。隆庆四年，翁大立总理河道的时候，就提议开泇河，他主张上通微山、赤山等湖，中贯东、西泇河，下合沂水，过宿迁骆马湖，再人黄河。在隆庆万历年间，称为新水道，其实就是现在韩庄、宿迁间的运河水道。这一个计划《明史》称为“引泗合沂”，当然不是专指泇河本身。大立底计划没有实现，希挚重行提出。万历三年二月，希挚疏称：“治河当视其大势，虑患务求其永图。顷见徐、邳一带河身垫淤，壅决变徙之患，不在今秋则在来岁，……臣日夜忧惧，悉心讲求。禹之治水，顺水之性耳；今以资河为漕，故强水之性以从吾，虽神禹亦难底绩。惟开创泇河，置黄河于度外，庶为永图耳。”他提出工程计划，最后说，“若拚十年治河之费，以成泇河，泇河既成，黄河无虑溃决矣，茶城无虑填淤矣，二洪无虑艰险矣，运艘无虑漂损矣，洋山之支河可无开，境山之闸座可无建，徐口之洪夫可尽省，马家桥之堤工可中辍，今日不赀之费，他日所有省，尚有余抵也。故臣以为开泇河便。”奏疏上去以后，发户、工二部看议，工科都给事中侯于赵请求召集廷臣会议。居正认定会议只是虚文，一面奏派于赵和希挚会勘，一面再给希挚去信：开河之策，议在必行，但以事体重大，且此中有言其费度七、八百万乃足者，岂其然乎！故请差科臣会勘，徒以息呶呶之口耳。此事先年诸臣，亦知其便利，独以艰大之任，惮于承肩。今公赤忠，身任其责，更复何疑，愿坚持初意，勿夺群言。其中事体，亦须详慎，期在万全无害可也。（书牍七《答河道总督王敬所》。按王敬所三字误题）
于、赵勘后，认定要开泇河，势必经过良城，良城伏石实勘五百五十丈，开凿之力，难以逆料。户部又谓“正河有目前之患，而泇河非数年不成，故治河为急，开泇为缓。”居正准备承肩“艰大之任”，但是户、工二部都不赞同，希挚底态度，又不坚决，事情只得搁下。万历三年六月，奉旨：侯于赵等所奏，与傅希挚原议，大不相同。傅希挚久历河道，他当初若无的见，岂敢谩兴此役，此必该道等官，畏工久羁官，故难其说，阴肆阻挠。勘官据其所言，谩尔回奏，其言先开良城伏石，徐议兴工，都是搪塞了事之语，深负委托。今人平日都会说利道害，沽名任事，及至着落他实干，便百计推诿，只图优游无事，捱日待时，讵肯视国如家，忠谋远虑者？似这等人，如何靠得他成功济事？且泇口之议，止欲通漕，非欲弃河而不理，今他每既说治河即可以兼漕，便着他一意治河，别工不必再议。
万历三年开泇河的计划失败了。直到万历三十二年，总河侍郎李化龙、曹时聘底手里，才能完成。每年三月，粮船由泇河北上，秋天以后，空船仍由黄河南下，泇河、黄河，成为徐州、宿迁间往还分途的水道。但是居正没有看到！居正所看到的，只是一个大计划底失败。三年六月的上谕，充满焦急和愤恨，我们不难想象是谁底手笔。
开泇河的计划失败了，四百万石的漕粮，重行寄托给全无把握的黄河。国家底运命，真是非常地渺茫，居正方在踌躇着。这年九月，南京工部尚书刘应节，右侍郎徐栻上疏请开胶莱河。这两位都是居正底同年，尤其是刘应节，在他任蓟辽总督的时候，居正曾经和他有过不少的磋商。应节，山东潍县人，对于胶莱一带的情形，更应当熟悉。居正记得隆庆五年，自己曾经反对胶莱新河的计划，曾经虑到水泉难济，但是现在的情形不同。黄河屡次决口，泇河计划不成，除勘探胶莱新河以外，他没有其他的办法，而且经过几年以来的开源节流，在经费方面，他有相当的把握。所以他毅然地不待复勘，派徐栻前往山东开浚，会同山东巡抚李世达办理，一面再嘱世达极力协助。他对应节、徐栻、世达等说起：胶河之可开，凡有心于国家者皆知之，独贵乡人以为不便，皆私己之言也。读大疏具见忘私徇国之忠，已奉旨允行。又承教，凤竹公（徐栻）肯身任之，尤为难得，今即以属之。渐庵（李世达）亦曾有疏云，开泇口不若疏胶河。故宜与之会同，且委用属吏，量派夫役，亦必借其力以共济也。至于一应疏凿事宜，及工费多寡，俱俟凤竹公亲履其地，次第条奏。其河道官属钱粮，俱不必与之干涉，以破其弃河不治之说，庶浮言不能兴，大事可就也。（书牍七《答河漕刘百川言开胶河》。按题衔误。）
胶河之可开，凡有心于国家者皆知之，乃竟为浮议所阻者，其端有二。一则山东之人，畏兴大役，有科派之扰，又恐漕渠一开，官民船只，乘便别行，则临清一带，商贩自稀，此昔年之说。一则恐漕渠既开，粮运无阻，将轻视河患，而不为之理，此近年之说也。凡此皆私己之言，非公天下之虑也。今当决计行之，无事再勘。仆尝念此，惟以不得任事之人为虑。昨奉百川公书，公雅不辞劳，审尔，大事济矣。已即面奏于上，特以属公。前得山东抚台李公书，谓开泇口不如疏胶河，意与公合，故宜会同，且委用属吏，量派夫役，亦必借其力以共济也。诸疏凿、造船事宜，及工费多寡，俱俟公亲履其地，一一条奏。其河道官属、钱粮等项，俱绝不与之干涉，以破其弃河不治之说，庶浮言不兴，大工可就也。夫世必有非常之人，然后有非常之功，然又必遇非常之时，而后其功可成。故曰，“非常之原，黎民惑焉。”今主上英明天启，志欲有为，而公以非常之才，适遘此时，可不努力以建非常之业乎？大功克成，当虚揆席以待。（同卷《答河道徐凤竹》。按题衔误）
向承教胶河事，时方议凿泇口，未逞论也。今泇口既罢，刘、徐二司空复议及此，适与公议合，故特属之。望公协恭熟计，共济此事。仆以浅薄，谬膺重寄，主上虚己而任之，自受事以来，昼作夜思，寝不寐，食不甘，以忧国家之事，三年于此矣。今朝廷大政幸已略举，惟清河、宗室，未得其理。宗室事巨，不敢轻动，清河则宜及今图之。了此一二大事，仆即纳管钥，稽首归政，乞骸而去矣。千金之裘，非一狐之腋，所望海内英哲，共助不逮。（同卷《答山东抚院李渐庵，言吏治河漕》）
万历三年，胶莱新河底开凿，是一件最迫切的事。神宗上谕：“这胶莱河议，即经行勘，俱为浮议所阻，刘应节等既的有所见，不必复勘。就着徐栻改工部右侍郎兼都察院右佥都御吏，会同山东抚按官，将开浚事宜，一一计处停当，具奏来行。朝廷屡议开河，止为通漕，与治河事务不相干涉，再有造言阻挠的，拿来重处。”在这道上谕后面，我们看到居正具了最大的决心。居正对于运河工程，不一定明白，但是他假定刘应节、徐栻应当明白，再加以李世达底赞同，他认为成功的希望，可以看到，所以排除一切障碍，集合一切力量，为国家开辟新水道，替四百万石漕粮找一条安全的交通线。
但是这一次又是一度严重的失败。山东方面，一则惟恐运河改道，对于西部的繁荣，发生影响；二则眼见开凿新河，东部的劳役，非常烦重：山东的舆论动摇了，山东巡抚李世达也动摇了，连带徐栻也起了动摇。居正立刻去信：仆闻疑事无功，疑行无名，明主方励精图治，询事考成，岂宜以未定之议，尝试朝廷哉？神禹大智，犹必亲乘四载，遍历九土，至于手足胼胝，而后能成功。方其凿龙门之时，民皆拾瓦砾以击之。盖众庶之情，莫不欲苟安于无事，而保身自便者，孰肯淹留辛苦于泥涂横潦之中，此众议之所以纷纷也。愿公主之以刚断，持之以必行，心乎为国，毕智竭忠，以成不朽之功。凡粘滞顾忌，调停人情之说，一切勿怀之于中，又亲历工所，揆虑相度，分任责成。若惮劳不亲细事，徒寄耳目于人，则纷纷之议，将日闻于耳，虽勉强图之，亦具文而已，决不能济也，幸公熟图之。若果未能坚持初意，恐拂众心，则亦宜明告于上，以谢昔建议之为非，而后重负可释耳。此国之大事，不敢不尽其愚，幸惟鉴有。（同卷《答河道徐风竹》按题衔误。）
这是万历三年冬间的事。四年正月，徐栻奏称估计凿山引水，筑堤建闸，工费该银九十余万。在国家岁出岁人，都在三百万上下的时候，这不能不算一个不小的数字。居正认定这是徐栻“故设难词，欲以阻坏成事”，这时刘应节已改戎政尚书，二月间，再着应节暂解营务，赴山东会同徐栻开河。事情似乎有了办法，但是应节到了山东以后，和徐栻发生重大的异议。同样一条胶莱新河，应节主张通海，徐栻主张引泉，关于水源方面，有了绝对不同的主张。