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林碧潭底提议推翻了，居正一切听从季驯的主张。后人称居正为偏执，倘使认识居正对于河工的处理，也许不至认为偏执吧！经过这一度论定以后，季驯对于工事，著著进展，万历七年秋后，大功完成，季驯致函居正，推功当轴。居正复书道：比闻黄浦已塞，堤工渐竣，自南来者，皆极称工坚费省，数年沮洳，一旦膏壤，公之功不在禹下矣。仰睇南云，曷胜欣跃。追忆庀事之初，言者蜂起，妒功幸败者，旁摇阴煽，盖不啻筑室道谋而已。仰赖圣明英断，俯纳瞽言，一举而裁河道，使事权不分，再举而逮王、杨，使冥顽褫魄，三举而詘林道之妄言，仆异议之赤帜，使无稽之徒，无所关其说，然后公得以展其宏猷，底于成绩，皆主上明断，属任忠贤之所致也。公乃举而归之不谷之功，惶愧。（书牍十一《答河道潘印川论河道就功》）
季驯于河工告成以后，上疏神宗，这是一篇洋洋洒洒的大文，最后他说起：
臣等乃思欲疏下流，先固上源，欲遏旁支，先防正道，遂决意塞决以挽其趋，筑遥堤以防其决，筑减水坝以杀其势而保其堤。一岁之间，两河归正，沙刷水深，海口大辟，田庐尽复，流移归业，禾黍颇登，国计无阻，而民生亦有赖矣。盖筑塞似为阻水，而不知力不专则沙不刷，阻之者乃所以疏之也：合流者似为益水，而不知力不弘则沙不涤，益之者乃所以杀之也。旁溢则水散而浅，返正则水束而深：水行沙面，则见其高；水行河底，则见其卑；此既治之后，与未治之先，光景大相悬绝也。每岁修防不失，即此便为永图，借水攻沙，以水治水，臣等愚昧之见，如此而已。至于复闸坝，严启闭，疏浚扬河之浅，亦皆寻绎先臣陈瑄故业，原无奇谋秘策，骇人观听者。偶幸成功，殊非人力。实皆仰赖我皇上仁孝格天，中和建极，诚敬潜孚而祗灵助顺，恩威并运而黎献倾心；念转输乃足国之资，轸昏垫切儆予之虑，宵旰靡皇，丝纶屡饬：其始也，并河、漕以一事权，假便宜以任展布，故臣等得效刍荛之言；其既也，逮偷惰以警冥顽，折淆言以定国是，故臣等得尽胼胝之力：俯从改折之议，国计与民困咸纾，特颁赏赉之仁，臣工与夫役竞劝；致兹无兢之功，遂成一岁之内。今两河蒸黎，歌帝德而祝圣寿者，且洋溢乎寰宇矣，臣等何敢贪天功以为己力哉！
季驯上疏以后，工科给事中尹瑾奉命踏勘。万历八年二月，勘毕奏报，降旨加季驯太子太保，升工部尚书兼都察院左副都御史。季驯对于居正的感激，真是彻底，直到居正身后，全家被祸的时候，他还冒着神宗盛怒，上疏请求降恩有释，终于季驯也得到革职为民的处分。这是季驯党庇居正吗？不是。他认识，倘使在万历六、七年间，没有居正底支持，他便没有完成河工，报效国家的机会。
万历五年九月十三日，居正底父亲逝世，到万历七年十二月，已经二十七个月了。神宗询问吏部，居正何时服满；吏部复称扣至万历七年十二月二十四日期满。明代，亲丧守制二十七个月，自闻讣日起算，不计闰月。居正九月二十五日闻讣，所以扣至是日期满。十二月二十三日，神宗派文书官孙斌捧手谕到居正私宅，内称：谕元辅张少师先生：在京守制，忠、孝两全，今当服满，朕心忻慰，特赐玉带一条、大红坐蟒、蟒衣各一袭、金执壶一把、金台盏一副，用示眷知。念五日早朝毕，候朕于平台召见，以后朝参经筵，俱照旧行，先生钦承之。（见奏疏九服阕谢降敕召见赐衣带金器疏》）
居正复疏中言：“臣敢不益摅丹悃，仰答隆施！倘筋力之未疲，远道宁忘于驱策；如发肤之可效，微生何爱于捐糜？”一切指明这是他那“以其身为荐蓐，使人寝处其上”的志愿。
二十五日早朝以后，居正到文华殿，听候召见。他叩头谢恩以后，跪奏道：“臣前奉钦依，在京守制，服满朝见。”
“先生全忠尽孝，万古留名，”神宗说。
居正重新叩头道：“臣蒙皇上天恩，委曲体悉，故得以少尽臣子之情，不胜感戴。”谢恩已毕，居正又叩头道：“昨蒙圣恩，特降手敕，恩赉殊常，尤不胜感戴。”两度叩谢以后，居正奏称：“昨奉敕谕，着臣以后照旧朝参，臣即当钦遵。但年前数日，尚在三年之内，余哀未忘，仍望皇上俯容，再宽数日，免令朝参陪论，候元旦庆贺后，照旧朝参供职。”
神宗计算年前只剩几天，因此吩咐道：“先生元旦出来也罢。”居正叩头遵旨。
神宗吩咐内监道：“与先生酒饭吃。”居正叩头道谢。
居正又奏道：“臣在制中，屡荷两宫圣母慈恩，赐赉稠叠。今服满，欲诣各宫门外，叩头称谢，未敢擅便，请旨。”
神宗说：“是。着张宏引进。”
居正跟随太监张宏先到慈庆宫外叩头。仁圣皇太后遣内监传旨道：“先生忠、孝两全了，宜益尽心辅佐。”仁圣太后赐银五十两、纻丝四表里。
张宏再领居正到慈宁宫。张宏进去，居正在外面叩头。慈圣皇太后是神宗生母，因此说话更觉亲切。她着张宏传旨：“皇帝冲年，凡事多赖先生辅佐，天下太平。今服制已满，忠、孝都全了，宜益尽心处置国事。”慈圣太后吩咐张宏管待居正三杯酒，另外特赐膳九品、金执壶一把、金台盏一副、金镶牙著一双、银五十两、彩段四表里、荤素食八盒、甜食四盒、酒十瓶。（见奏疏九《召见平台记事》，对话用原文。）
万历六年大婚，群臣一概加恩，居正因守制未预，至是吏部题请加恩。神宗降谕，加太傅，岁加禄米一百石，原荫武职伊男，升一级世袭。居正再疏辞免恩命，最后神宗准如所请，完成居正功成不居的志愿。在再辞恩命疏中，（奏疏九）居正提起神宗在日讲时候的谈话：先生功大，朕无可为酬，只是看顾先生子、孙便了。
他接受武荫进级的恩赉，但仍辞太傅加禄。他说：
夫施及于己身者，其恩犹浅，施及于子、孙者，其思为深；戴德于一时者，其报有尽，戴德于后世者，其报无穷。今蒙圣恩，怜念臣男，擢之卫司，延以世赏，藐焉弱息，荷此殊荣，斯盖前谕所谓看顾臣子、孙惓惓之意也。臣不胜感激，不胜顶戴，谨拜手祗领，仍嘱臣后嗣，世效犬、马，仰报生成。（奏疏九《再辞恩命疏》。）
万历八年正月，吏部因居正任一品官，已满九年，例应考满加恩，居正具疏力辞，更提出万历五年在京守制的心境，他说：
臣出则综理国事，尽在公之义，入则守其苴绖，执居丧之礼，是臣之不去者，报君恩也，守制者，报亲恩也。士大夫有识者，咸谓皇上之所以处臣，与臣之所以自处，于君臣、父于之情，庶几两全而无害矣。然身虽属于公家，事实殊于见任，今乃又计算前后月、日，通作实历，积日累劳，循例考满，则事同见任，礼旷居丧，君、臣之义虽全，父、子之情则缺矣。皇上昔日之所以处臣，与臣之所以自处者，岂不两失之乎？……盖事必揆诸天理之当，即乎人心之安，乃无歉恨，所谓“求仁而得仁”者。今臣自审，于理欠当，于心未安，故不得不仰控圣明，冀申情款，惟求协夫事理之中而已，非畏人之议己，而故为是喋喋也。伏望圣慈俯鉴愚诚，特停恩命，敕下吏部免臣给由，庶臣得以安心供职，而皇上曲全之仁，与微臣自处之义，终为完善，无所亏缺矣。（同卷《辞考满加恩疏》）
经过居正尽情剖白以后，神宗传旨道：卿昔为朕勉留，夙夜在公，忠勤弥笃，殊勋茂绩，中外所知。该部题请考满加恩，委系彝典。兹览卿奏，辞俸守制，与夺情起复不同，朕心更觉洞然。卿之所处，实为恩、义两尽，足以垂范万世，特允所辞，以全忠、孝大节。至于卿之勋劳，简在朕心，当别有酬眷。（见上）
万历八年二月，神宗亲耕耤田；三月奉两宫皇太后至天寿山谒陵。居正认定现在是归政的时期了，在扈从谒陵回京以后，随即上疏乞休。他说：臣一介草茅，行能浅薄，不自意遭际先皇，拔之侍从之班，畀以论思之任，壬申之事，又亲扬末命，以皇上为托。臣受事以来，夙夜兢惧，恒恐付托不效，有累先帝之明。又不自意，特荷圣慈，眷礼隆崇，信任专笃，臣亦遂忘其愚陋，毕智竭力，图报国恩，嫌怨有所弗避，劳瘁有所弗辞，盖九年于兹矣。每自思惟，高位不可以久窃，大权不可以久居，然不敢遽尔乞身者，以时未可尔。今赖天地祖宗洪佑，中外安宁，大礼大婚，耕耤陵祀，鸿仪巨典，一一修举，圣志已定，圣德日新，朝廷之上，忠贤济济。以皇上之明圣，令诸臣得佐下风，以致升平，保鸿业，无难也。臣于是乃敢拜手稽首而归政焉。且臣禀赋素弱，比年又以任重力微，积劳过虑，形神顿惫，血气早衰，逾五之龄，须发变白，自兹已往，聪明智虑，当日就昏蒙，若不早自陈力，以致折足复餗，将使王事不终，前功尽弃，此又臣之所大恐也。伏望皇上特出睿断，亲综万几，博简忠贤，俾参化理，赐臣骸骨，生还故乡，庶臣节得以终全，驾力兔于中蹶。臣未竭丹衷，当令后之子孙，世世为犬马以图报效也。（同卷《归政乞休疏》）
居正归政乞休，本来是一种谋定而动的办法，但是完全出于神宗和其他诸臣底意料，大众都有些茫然。神宗立即下旨慰留：卿受遗先帝，为朕元辅，忠勤匪懈，勋绩日隆，朕垂拱受成，倚毗正切，岂得一日离朕？如何遽以归政乞休为请，使朕恻然不宁。卿宜仰思先帝丁宁顾托之意，以社稷为重，永图襄赞，用慰朕怀，慎无再辞。（见上）
居正奉旨以后，再上第二疏。这一次他决定不再往内阁办事了，疏中备言：
念臣发迹寒单，赋才谫劣，仰承先帝顾托之重，祗荷皇上眷遇之隆，分当捐身，庶以仰酬高厚之万一，岂敢辄求引退，图遂私怀。但臣葵藿之志虽殷，而犬马之力已竭，一自壬申受事，以至于今，惴惴之心，无一日不临于渊谷，中遭家难，南北奔驰，神敝于思虑之烦，力疲于担负之重，以致心血耗损，筋力虺隤，外若勉强支持，中实衰惫已甚，餐荼茹堇，苦自知之，恒恐一日颠仆，有负重托，欲乞身于圣明之前，非一日矣。独念国事未定，大礼未完，口嚅嚅而不忍言，心依依而未能舍。今赖皇上神圣，臣得以少效愚衷，中外乂安，国家无事，诸大典礼，皆已完就，乃敢一言其私，盖亦度其时可以去而去耳。昔颜回有言，东野毕之马将败矣，步骤驰骋，朝礼毕矣，历险致远，马力尽矣，而犹求马不已。无何而东野毕之马果败。故舜不穷其民力，造父不穷其马力，是以舜无失臣，造父无失马。今臣之乞去，亦非敢为决计长往也，但乞数年之间，暂停鞭策，少休足力；倘未即填沟壑，国家或有大事，皇上幸而召臣，朝发命而夕就道，虽执殳荷戈，效死疆場，亦所弗避。是臣之爱身，亦所以爱国也。（同卷《再乞休致疏》）
但是神宗坚持不许，圣旨说：
连日不见卿出，朕心若有所失。如何又有此奏！今诸大典礼，虽已奉行，不过礼文之事。机务繁重，赖卿辅理甚切，未便是卿闲逸之时。古之元老大臣，耄耋之年，在朝辅理者不少，卿方逾五十，岂得便自称衰老，忍于言去。宜遵前旨即出，永肩一德，用成始终大忠。著鸿胪寺官，往谕朕意。（见上）
除由内阁拟旨，著鸿胪寺官传谕以外，神宗另颁龙笺手敕，著司礼监太监孙秀，文书房官邱得用，捧到居正私宅。神宗说：谕元辅少师张先生：朕面奉圣母慈谕云，“与张先生说，各大典礼，虽是修举，内外一应政务，尔尚未能裁决，边事尤为紧要。张先生亲受先帝付托，岂忍言去！待辅尔到三十岁，那时再作商量。先生今后，再不必兴此念。”朕恭录以示先生，务仰体圣母与朕惓惓倚毗至意，以终先帝凭几顾命，方全臣节大义，先生其钦承之。故谕。（见同卷《谢圣谕疏》）
慈圣太后和神宗底谕旨来了，鸿胪寺官、司礼太监、文书房官都在那里奉旨催促供职。在君臣大义的标准下面，居正没有徘徊底余地。他只有提出扈驾山陵，触冒风寒，和近闻三弟居易讣音，感伤致病的理由，请求给假数日，容其调理，少可以后，即行供职。这一次神宗俞允了，数日以后，居正仍回内阁办事。
居正书牍中，屡次提到归政乞休的故事。他说：
仆久握大柄，天道忌盈，理须退休，以明臣节。况当典礼告成之日，正息肩税驾之时，抗疏乞休，甚非得已。乃圣恩留谕再三，未忍固求私便，辄复就列，徐俟再图。（书牍十二《答贾春宇》）
正少无世韵，宿有道缘，不意为时羁绁，遭遇明主，备位台司，十余年间，负重剖繁，备极辛楚，然遵道之志，未敢少衰也。顷者赖天之灵，中外乂安，国家无事，乃稽首归政，恳疏乞骸，亦欲逖慕留侯，庶几得弃人间事矣。乃蒙圣谕谆切，朝议�