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有的外国作家描述道：“周恩来像个绝妙的骑手试图骑在一匹脱缰之马的背上，并最终制服它。”
所谓的“文化大革命”像洪水猛兽，这时已冲击到地方党政领导机关和经济部门，红卫兵冲击机关，揪斗干部的事不断发生。8月下旬，周恩来指示中共北京市委在劳动人民文化宫成立北京市大、中学校红卫兵联络总站。联络什么呢？他是要把洪水纳入河道中去流。他以中共中央、国务院的名义在联络总站内设立办公室，及时解决红卫兵提出的问题。接着，他召开红卫兵座谈会，宣传、解释党的政策。从8月下旬到12月中这三个多月时间里，周恩来参加红卫兵的大型汇报会、座谈会等在40次以上；小型的、个别的约见谈话就更多了。有些会长达四五小时，有些会通宵达旦，他千方百计引导青少年按党的政策办事。周恩来在讲话中，一再指出建国以来的17年中，党和政府的工作成绩大于缺点，要区别两类不同性质的矛盾，对干部要一分为二；犯了方向性、路线性错误的，并不等于“黑帮”。也不是不革命，更不是反革命。他谆谆告诉红卫兵：“不能说全中国的大学、中学所有的领导都是走资本主义道路的当权派，党政机关的领导都是走资本主义道路的当权派”，“某些领导机关的某些领导同志犯了错误，而这个错误即使是某一个时期的路线错误、方向错误，也不能划等号就是‘黑帮’”。“所以，不是说一切领导机关都要‘炮打’，不是一切领导人都是路线错误、方向错误，不是一切领导人都是‘黑帮’。”
学校“停课闹革命”了，幼稚的青年们冲向社会，开始了遍及全国城乡的大串连，到处“造反”，社会动荡不安。9月中旬，由周恩来定稿的中共中央《关于县以下农村文化大革命的规定》、《关于抓革命促生产的通知》，报毛泽东后发出。其中规定：各单位凡已开展“文化大革命”的，应当在党委统一领导下，迅速组成抓革命和抓生产、抓业务等两个班子：“县以下各级的文化大革命，仍按原‘四清’部署结合进行”：“北京和外地的学生、红卫兵”，“均不到县以下各级机关和社、队去串连”：“各生产企业、基本建设单位，科学研究、设计和商业、服务行业的职工，都应当坚守岗位”，“学校的红卫兵和革命学生不要进入”；等。这两个文件发下去后，各级党委松了一口气。它们维护了生产建设战线和城乡基层单位的相对稳定，制约了“文化大革命”初期的破坏性影响。
这月下旬，周恩来主持批转人民解放军总参谋部、总政治部关于农村、工矿企业事业单位、党政机关、群众团体不成立红卫兵等组织的建议，报毛泽东同意后发出。同日。又报毛泽东后发出中共中央指示：学生和红卫兵不到医院串连，医院内部按上述总参谋部、总政治部的建议办。周恩来还专门加了一句：“已经有红卫兵组织的，不再进行发展，也不再进行内外串连”，要他们自动地取消。
这月底，周恩来在审阅《人民日报》国庆社论稿时，认为“将两类矛盾没写清楚，这对当前运动的领导会发生影响”。并亲自作了修改。10月1日，林彪在建国17周年庆祝大会的讲话中提出“无产阶级革命路线同资产阶级反对革命路线的斗争”。同月，毛泽东提出“彻底批判资产阶级反动路线”。10月1日出版的《红旗》杂志第13期发表社论，也提出“对资产阶级反动路线，必须彻底批判。”周恩来不同意这一提法，为此专门找了毛泽东，说明党内历来提路线问题都是说“左”倾右倾，并没有“资产阶级反动路线”这样的提法，这样提合适吗？毛泽东坚持自己的看法。周恩来则在后来多次接见群众代表的讲话中，反复强调“资反路线”错误是认识问题，属于人民内部矛盾。
对于周恩来的言行，江青一伙感到十分恼火。9月底，江青让陈伯达送给周恩来一份所谓几个院校群众组织的汇报材料，里边攻击周恩来“和稀泥”。在江青、康生、陈伯达授意下，由王力、关锋执笔的《红旗》杂志社论中，提到反对“折衷主义”。清华大学大字报也指责“周总理有折衷主义”。林彪、江青一伙公然诬蔑周恩来是“救火队长”。但是，周恩来并不因此而停止采取稳定局势的措施。他又主持起草并发出中共中央文件，指出：“革命学生组织不要限制原工作组或学校当局和上级党政机关领导同志的行动自由，使他们得不到必要的休息。”“机密、要害部门、新闻、广播部门和中央局首脑部门，一律不进行革命群众的内外串连。”“不应干涉机关内部革命或妨碍机关正常工作，不应率领群众进出机关办公科室，进驻或封闭机关，搜查机关文件，或要求设联络站，特别是不许进入机关中的机要、通讯和技术保密部门。”文件指出，上述方法，可以同样适用于革命学生组织与农村公社、城市企业、事业单位和科学研究设计机构之间的革命串连，“也不应干涉他们本身的革命和生产、业务问题”。11月初，上海的“造反派”王洪文等煽动群众攻击中共上海市委，10日制造了沪宁铁路全线中断行车30多小时的“安亭事件”。周恩来、陶铸对他们进行了严肃批评。但是，“中央文革”派去上海处理这一事件的张春桥，同王洪文达成协议。同意他们的要求，为自己培植了一支篡党夺权的帮派势力。
在中央，周恩来继续努力控制局面。11月中旬，他把一批单位列为重点，不准外面的人去冲击。同月，他起草了北京大、中学校师生暂缓外出串连的通知。他还采取了其他一些措施。可是，由于林彪、江青一伙的阻挠、破坏，很多措施没有能实现。
1967年1月1日，《人民日报》、《红旗》杂志联合发表了经毛泽东审定的元旦社论，号召“向党内一小撮走资本主义道路的当权派和社会上的牛鬼蛇神，展开总攻击”。张春桥、姚文元急忙赶到上海，接见“造反派”组织“工总司”的头头们说，“当前的基本问题是把领导权从走资派手里守回来。”6日，在他们指挥下，以王洪文等为首的“造反派”篡夺了上海市党政大权，刮起了“一月风暴”。接着，山西、贵州、黑龙江、山东等省党政领导机关先后被所谓“造反派”夺权。夺权之风遍及全国，加剧了混乱的局面。1月下旬，周恩来和徐向前、聂荣臻、叶剑英等一起修改《中央军委命令》稿，形成军委“八条命令”，如一切指战员及其他工作人员不得擅离职守，必须坚守岗位，严格区分两类矛盾，不允许无命令自由抓人、任意抄家、封门，不允许体罚或变相体罚，如戴高帽、挂黑牌、游行、罚跪等。周恩来把这个文件以中共中央的名义发下去，指出八条命令“除第七条关于军队的文化大革命的部署外，其他各条，都适用于地方”，力图扭转混乱局面。2月中旬，由周恩来主持在怀仁堂召开的碰头会和稍前召开的军委会议上，谭震林、陈毅、叶剑英、李富春、李先念、徐向前、聂荣臻等对“文化大革命”的错误作法表示强烈不满，对林彪、江青、康生、陈伯达一伙诬陷迫害老干部，乱党、乱军的罪恶活动进行了大义凛然的斗争。周恩来在会上还责问“文革小组”一伙：《红旗》第13期社论发表前为什么不送阅？在2月16日碰头会的激烈斗争之后，当天晚上，张春桥、姚文元、王力就秘密整理了《二月十六日怀仁堂会议》材料，经与江青密谋，向毛泽东作了汇报。毛泽东在18日晚严厉批评了这些老同志。从2月25日起到3月18日，江青、康生，陈伯达等在中央召开的多次会议上，以“二月逆流”的罪名批斗这些同志，江青一伙指责周恩来是“二月逆流总后台”。
1966年下半年，“中央文革小组”已经通过“造反派”散布“新文革与旧政府”的矛盾，把矛头对准国务院和总理周恩来。1967年初，北京大街上连续出现打倒周恩来的标语。江青曾多次召集黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作、张春桥、姚文元在钓鱼台诽谤周恩来。周恩来巍然不动。2月18日，他接见国防工业口“造反派”代表时，继续指出：宣传、财政、外交、国防、国防工业等大权属于中央，不能夺；走资派有的地方不一定有，即使有也是少数人。3月21日，他在一个文件上加了这样一段：“要正确对待干部问题。对他们要进行调查研究，阶级分析。对犯错误的各级领导干部要根据党的政策，按其情节轻重分别处理，不要不分青红皂白，一概排斥，一概打倒。”康生给外交路线扣上了“三降一灭”的帽子，有人告知周恩来，周恩来说：“不通。”在他主持中央碰头会时，还通过了《中共中央关于禁止挑动农民进城武斗的通知》。
另一方面，林彪、江青一伙对周恩来的攻击和诬蔑不断升级。1967年5月，军队中文艺界的两派都要为纪念《在延安文艺座谈会上的讲话》发表25周年而演出。周恩来和中央军委总政治部都希望“两派同台演出”，以利于促进团结。但是林彪、叶群支持一派，挑起武斗，造成了流血事件。这月，造反派贴出炮打周恩来的大字报、大标语，并称“总理是老保”。6、7月间，“中央文革小组”一伙多次在会议上提出：中国人民解放军的创建日期不应是“八一”南昌起义，而应是“九九”秋收起义。也在这期间，江青把解放前国民党报纸上伪造的所谓“伍豪等脱离共产党启事”送林彪、周恩来、康生，说什么“他们查到一个反共启事，为首的是伍豪（周××）”。周恩来立即以事实加以驳斥，说明“纯属敌人伪造”。林彪和“中央文革”一伙企图整垮周思来的迹象越来越明显，王力、关锋、戚本禹加紧组织和操纵着反革命阴谋集团“五一六兵团”，连续抛出反对周恩来的大字报、标语、传单，他们要夺“旧国务院的大权”。王力在8月7日讲话，煽动群众夺取外交部大权，矛头直指周恩来，江青、康生、陈伯达都表示支持。随即发生了火烧英国驻华代办处那样的一系列涉外事件，严重破坏了我国的对外关系和声誉，林彪在8月9日鼓吹“要建立新的国家机器”；江青提出“文攻武卫”的口号煽动武斗，全国混乱达到顶点。周恩来把王力的讲话送给在外地的毛泽东阅，毛泽东看后指出是大、大、大毒草。8月底，毛泽东批准周恩来的报告，对王力、关锋实行隔离审查，陈伯达才被迫宣布：外交大权归中央，由周总理负责。9月上旬，周恩来在北京市革委会扩大会议上讲话，批评红卫兵对形势的错误估计和“揪军内一小撮”、“对香港、九龙的斗争”等错误作法。他在会见广州地区各派赴京代表时疾呼反对武斗，制止武斗。他对财贸口各部“造反派”要夺武器、夺金库表示强硬态度，说：“夺就是非法的，当场就要逮捕”：“如果你们组织一些人去夺金库，那你们算造反派，还是强盗？”“如果夺金库就开枪”。他在接见前往哈尔滨的调查组人员时，批评了7、8月间极左思潮的煽动，指出现在的中心问题是反对武斗，反对夺枪，抓革命，促生产，促业务。经过艰苦的工作，全国的形势逐渐稳定下来。
林彪、“四人帮”利用“文化大革命”篡党夺权，他们的首要一着，是打倒一切党政机关领导人。因此，保护领导干部还是打倒领导干部，是当时极为尖锐的斗争焦点。在这暴风雨般的年代中，周恩来身处中央岗位，他殚精竭虑，努力保护一切他力所能保护的同志。
1965年11月《人民日报》被迫转载姚文元的《评海瑞罢官》后，周恩来一而主张要说理，一面曾对吴晗说：“吴晗老，我给你换个工作怎么样？”这种保护措施，后来由于形势迅速发展而未能实现。“文化大革命”之初，周恩来就指示北京卫戍区司令傅崇碧对罗瑞卿要“保护好，要保密，不要被人抢走”。他指示吴法宪把罗瑞卿安排到空军医院，吴法宪却请示叶群后予以拒绝。罗瑞卿只好送到另一家医院。当有人要罗瑞卿参加批斗会时，周恩来指示：手术期间不能批斗。有人要把罗瑞卿揪走，周恩来说：“绝不能让抓人。”当一些人还是把罗瑞卿揪走后，周恩来反复做工作，终于把人要回。“文化大革命”中周恩来对于老帅们的保护，更是人所周知的。他很少考虑自己，但对战友们却关怀备至。从1966年12月到次年1月底的50天中，周恩来接见外交学院造反派五次，累计20多小时，其中有一半是说服他们正确对待陈毅的。12月31日。各军事院校“造反派”把几位老帅列为全军资产阶级反动路线代表，周恩来就向他们做工作，说：陈、叶两副主席和刘、徐、聂三位副主席，是拥护毛主席的，“以他们做为全军资产阶级反动路线的代表，是不符合实际的”。“反击二月逆流”后，陈伯达、戚本禹煽动群众攻陈毅，周恩来指示北京卫戍区布置保护陈毅安全的措施。他坚决反对“打倒陈毅”的标语和口号。“造反派”每次批斗陈毅，周恩来都要亲自参加，这是极有力的保护，但又等于陪斗。有一次，他在连续工作18小时后又因遭到一伙人长时间围攻，而心脏病发作。对贺龙的保护，周恩来也是作了最大的努力。1966年7月，康生诬陷贺龙等在北京“调动军队搞二月兵变”。8月，林彪指使吴法宪编造诬陷贺尤的材料。12月，周恩来为了贺龙能正常工作和休息，帮他移住国务院新六所。月底，江青煽动群众造贺龙的反�