赜鹊牟牧稀�12月，周恩来为了贺龙能正常工作和休息，帮他移住国务院新六所。月底，江青煽动群众造贺龙的反。
1967年1月9日。林彪亲自攻击贺龙。接着，贺龙家被抄。周恩来把贺龙移住到中南海西花厅。不久，中南海也分成了两个群众组织。周恩来对贺龙说：现在中南海也不安全，我另外给你找个安静地方，休息一下，秋天再接你回来。他把贺龙移住到西山某处。对外，他不断嘱告国家体委“造反派”：总理不同意批斗贺龙同志。2月22日，江青要周恩来表态“把贺龙揪出来”。遭到周恩来严辞拒绝。但后来林彪、江青侦知了贺龙藏身之处，把他作了转移，周恩来再也找不到他了。直到林彪摔死，周恩来才得知贺龙已去世；他派人专程接回贺龙夫人薛明，失散五年的孩子们也团聚了。彭德怀是1966年12月被江青指使“造反派”从成都劫往北京的。彭德怀所在单位向中央请示，周恩来下达二条指示：（一）由成都军区派出部队与红卫兵一道护送彭德怀同志到北京。沿途不许任何人截留，不得对他有任何侮辱性的言行，绝对保证他的安全。（二）不坐飞机，由成都军区联系火车来京。（三）由北京卫戍区派部队在北京站等候，并负责安排彭德怀同志的住宿和学习。红卫兵把彭德怀劫持到北京火车站后，立即向戚本禹报告，成本禹眉飞色舞地在“文革”碰头会上通报这个消息，恰好周恩来在场。他立即站起来说：这事由我来处理，由我派人去接。随后他就离开会议室，亲自去安置。彭德怀暂时被“监护”期间，从年底到1967年7月由专案组管理之前，他没有受到后来那种非人的折磨和摧残。
对其他老帅，周恩来也倍加关注。在“文化大革命”混乱期间，他曾在夜深人静的时候，带着傅崇碧等，到几位老帅的住地，视察那里的警卫工作。1967年2月上旬，“造反派”在三座门闹事，矛头指向徐向前。周恩来对此极为重视，并通报给聂荣臻、叶剑英，杨成武、肖华、傅崇碧等。林彪、江青一伙反“二月逆流”，抓“军内一小撮”，一些群众组织要冲击老帅们住地。周恩来专仍找卫戍区领导人研究保护措施，要他们把老帅们安排在安全地方，加强警卫，并研究了万一老帅们受威胁时需要采取的应急措施。这年八一建军节，林彪、江青等坚决反对徐向前、聂荣臻、叶剑英出席招待会，周恩来决定直接向毛泽东请示，得到毛泽东同意，三位老帅仍旧出席了招待会。周恩来为了避免意外，还布置了老帅从住处到人民大会堂的行车路线。10月，老帅们都住在西山，江青指使群众组织去搜山。周恩来知道后，马上指示傅崇碧派两个团前去劝阻、警卫。
1966年12月，当周恩来得知彭真、刘仁、万里、夏衍等被揪走后，立即令傅崇碧、周荣鑫把人找回。他说：“不能开这个先例，不能随便把人抓走”。并指示要保护好他们。后来，卫戍区找回了人，报告了周恩来，周恩来批评了抓人的组织。当一些人要揪斗薄一波时，周恩来批示薄“休养六个月”。去了广州。12月下旬，国家经委“造反派”赴广州揪薄一波，中共广东省委报中央办公厅，周恩来指示：应由军区派队伍按彭德怀的三条，乘火车护送来京。后来，薄一波在被“监护”期间，备受折磨，周恩来指示把他送进医院，进行治疗和保护。当康生煽动一些人制造所谓“六十一人叛徒案件”时，周恩来亲自起草电报给中共中央西北局和吉林省，指出刘澜涛、赵林的出狱问题中央是知道的，同时写信给毛泽东，明确提出他们的出狱确为“中央所决定，七大、八大又均已审查过，故中央必须承认知道此事”。
“文化大革命”中林彪、江青煽动群众打倒刘少奇、邓小平，周恩来则千方百计关怀他们，花了大量的精力。1966年8月召开的中共八届十一中全会，原定从1日到5日开五天。到8月4日，决定延长，开中央政治局生活会。江青在底下布置要大家批判刘少奇、邓小平。生活会一开始，打头阵的是谢富治，几次会上只有周恩来、陶铸始终不发言。9月间在北京先农坛体育场召开的红卫兵万人大会上，周恩来正在讲话时，会场的一角突然喊出了“打倒刘少奇”的口号。周恩来听到后，立刻转过身去，背向会场，表示反对。直到会场平静下来他才继续讲话，说：即使是犯了路线错误的同志，也不能说他是不革命的，更不能说他是反革命的。10月中旬，有的学生在天安门张贴“打倒刘少奇”的大字报，周恩来派童小鹏等去布置劝阻。这时，清华大学“造反派”要王光美去听取批判，周恩来批示：“我准备派人去录音，带回给王光美同志，而不要她去参加会议。”11月中，中央政法学院群众组织要开会批中共北京市委第一书记李雪峰，从他上追刘少奇、邓小平。周恩来得知后通知新华社：刘、邓问题中央已经解决，不要在群众中搞，中央不支持他们开这样的会，新华社、人民日报社、广播电台都不要派人去参加。他给邓小平打招呼，要他尽量少出中南海。12月，清华大学的群众组织又提出要揪王光美回清华检查，请示“中央文革”。“中央文革”回答：凡是革命的行动都支持。周恩来知道后嘱咐，如来要人时必须向他请示，他们揪王光美就与刘、邓联系起来，对刘、邓不宜采取揪斗办法。1967年1月，在江青怂恿下，蒯大富用谎言企图把王光美诓出中南海，周恩来得知后迅速驱车到刘少奇家，可惜王光美已被劫持到清华园。周恩来立即打电话批评蒯大富，指令他迅速送回王光美。蒯大富无视周恩来的指示，周恩来就派秘书到清华坐催，终于接回了王光美。同月，北京“造反派”在中南海各门外叫嚷要揪斗刘少奇、邓小平和其他负责同志，被周恩来断然拒绝。7月，江青、康生、陈伯达等趁毛泽东不在北京之机，策划了100多个群众组织共1。5万余人在中南海西门外安营扎寨，要把刘少奇揪出中南海，几百个高音喇叭对准中南海日夜狂吼。在这滔滔恶浪袭击中，周恩来独撑危局。他亲自打电话批评群众组织头头说：“你们如果冲中南海，就是错误的，错误的，错误的。”他坚定地说：“我就是大炮轰，也不能离开中南海！中南海是党中央所在地，你们要想冲进中南海，除非从我身上踏过去。”他对身边的人说：“只要我住在这里，高音喇叭只能喊，”造反派“不敢冲。我要一走，他们冲进来怎么办？中南海住着的老同志怎么办？”他拼着一身，保护了刘少奇、邓小平和许多掩藏在中南海的领导干部。1968年刘少奇病重，周恩来还动员了北京医院的医护人员去护建。他在当时环境下做了自己能够做到的一切。
周恩来在“文革”中保护干部，是写不胜写的。他以高超巧妙的斗争艺术，保护很多人过关：他在惊心动魄的风浪里，使很多人得到安全。他一批又一批地接被批斗的领导干部住进中南海或者安置在可靠地方：他一次又一次他说服红工兵和“造反派”要尊重宋庆龄等著名人物；他劝“造反派”不要揪斗，要文斗不要武斗，他指示要保护政协机关、民主人士，并对一批上层民主人士直接采取了保护措施。他保护了班禅等宗教界领导人。他亲自写电报稿叫对少数民族代表人士赛福鼎等采取保护方针。他对不少著名的科学家如钱学森、季四光、华罗庚等也都想方设法保护过去。许多知识分子、国家干部甚至普通党员、一般群众，都深深记得在那惊涛骇浪中周恩来对自己的关怀和爱护。对于被揪被斗甚至被“罢官”的党内外干部，他批示工资待遇一律不变，保证了他们的生活。有时候，他根据毛泽东叫保护某人的批示，开列名单保护了一大批；有时候，他采取的保护干部措施事后得到毛泽东的支持。例如，周恩来要傅崇碧把李井泉、王任重、江渭清等20多位大区和省、市委负责人送到安全住所保护起来，严格保密。江青一伙当着周恩来的面追问傅崇碧这些人的下落，追得紧了，傅说了句：“上面知道。”周恩来则坚持不允许他们批斗。当天，傅崇碧见到毛泽东时报告了此事，毛泽东赞同说：“总理做得好。”第二天，江青一伙又拍桌子追问，傅祟碧就说，“你们去问主席吧。”江青一伙不敢再问了，后来，傅崇碧把见毛泽东的情况报告了周恩来，周恩来爽朗地大笑起来。
但是，尽管这样，在“文化大革命”中，党政领导干部被林彪、江青两个反革命集团视为异己，仍受到了很大的损失。周恩来不可能一一顾到，顾到的也不可能一一如愿。到批判所谓“二月逆流”以后，中共中央政治局停止了活动，“中央文革”取代了政治局，军委办事组取代了军委常委会，林彪、江青等攫取了党、政、军的极大权力。幸而政治局常委和“文革”碰头会还有周恩来参加，他在内部力排众议，据理力争，尽可能地减少损失，保护力能保护的一切，保存党和国家的元气。
“文化大革命”起初是在文化教育战线进行的，但很快就波及经济战线。周恩来既要应付“文革”带来的种种冲击，又要应付各部门各地方“造反派”的种种纠缠和林彪、江青反革命集团的阴谋暗箭，还要不分昼夜地了解和处理经济方面出现的各种问题。他曾对余秋里、谷牧等说：“经济基础不乱，局面还能维持。经济基础一乱，局面就没法收拾了。所以，经济工作一定要紧紧抓住，生产绝不能停。”
1966年9月15日，周恩来在接见全国各地来京师生大会上着重讲到：“搞好工农业生产关系很大。”“广大的工人、公社社员、科学技术人员和机关、企业干部，都应当坚守生产岗位。”当时，学生免费乘车“大串连”。周恩来担心的是铁路停断和阻塞，整个国民经济瘫痪。林彪、江青等要“天下大乱”，周恩来则一再嘱咐：工农业生产绝对不能中断，否则后果不堪设想。他采取了许多措施，保证这年农村“三秋”任务的完成和城乡生产建设秩序的暂时稳定。
10月，林彪关于取消《军队院校的文化大革命在撤出工作组后由院校党委领导的规定》的批件发出后，全国掀起了“踢开党委闹革命”的浪潮，大批工交企业领导班子瘫痪了。周恩来十分焦虑，一再讲经济建设要尽可能设法继续进行，强调工交企业要业余闹革命。毛泽东在1966年10月的中央工作会议上提出“抓革命，促生产”的思想后，周恩来立即把它作为与林彪、江青一伙煽动“停产闹革命”作斗争的武器。他亲自主持讨论修改了《人民日报》11月10日社论《再论抓革命促生产》。社论说：“工农业生产稍有间断，就会影响到人民的经济生活。”“在工矿企业、事业单位和农村里搞文化革命，必须在生产以外的时间进行，利用业余时间进行，而不能占用生产的时间，不能离开生产岗位。”当时，林彪、江青一伙鼓吹什么“革命抓好了，生产自然会好”。周恩来多次申明：“我就不相信革命抓好了，生产就会自然上去。”他说：“不搞好生产，工人、农民吃什么？穿什么？我们的国家怎么办？”
11月中旬到12月初的工交座谈会，是一次重大的斗争。陈伯达。王力等企图发布他们起草的文件，否定中央关于工交企业和农村开展“文化大革命”的限制规定。为了防止把工交企业和农村全盘搞乱，周恩来决定把他们起草的文件草案拿到在京西宾馆召开的全国计划和工交工作会议上讨论。谷牧根据周恩来讲话的精神，写了一个修改稿《十五条》。这是一个防止“文革”把工交生产继续搞乱的文件，明确提出工矿企业要业余闹革命，坚持八小时工作制，分期分批进行，学生不能到工厂串连等。11月22日晚，周恩来、李富春把这个稿子向毛泽东作了汇报，得到毛泽东的肯定。但是，12月4日到6日，林彪主持召开中央政治局扩大会议，要听取谷牧关于工交座谈会情况的汇报。谷牧在周恩来的支持下准备了“汇报提纲”，系统地提出了与企图搞乱工交企业的指导思想完全对立的一系列意见和建议。“中央文革”一伙人立即围攻批判。6日，林彪对“汇报提纲”作了彻底否定的总结讲话，说工交座谈会是“错误的，思想很不对头”。这次会后，由陈伯达一伙搞了一个《关于抓革命、促生产的十条规定（草案）》下达全国，规定工人群众可以建立“革命组织”，可以串连等。12月15日，林彪又主持中央政治局扩大会议，通过了《关于农村无产阶级文化大革命的指示（草案）》，下发全国。至此，全国普遍大乱，工农业生产受到严重影响。
1966年上半年，我国经济建设的发展是顺利的，仍然保持着60年代前半期调整国民经济的好势头。下半年，经济建设开始逆转。从1967年1月到1968年，“文化大革命”恶性发展，使经济陷入全面混乱，国民经济遭到严重破坏。各级领导机关陷于瘫痪，正确的方针政策和规章制度遭到批判，经济工作处于无计划、无政府状态，工农业生产水平迅速下降。1967年的工农业总产值比1966年下降9。6％，1968年又比1967年下降4。1％。交通运输量和基本建设都大幅度跌落。1967年5月，周恩来向毛泽东汇报，说明铁路、航运关系到全国交通命脉，决不能中断。毛泽东支持这个意见。周恩来就召集李富春、李先念、叶剑英、余秋里、肖华、构成武、谷牧等讨论，决定发布不许中断铁路轮船交通的命令。尽管周恩来想尽一切可能采取的措施制止生产下降，甚至每天阅读《铁路运输日报》，亲自拟电文，打电话，直接抓生产、运输调度工作，这些都取得了一定效果，但终因动乱的全局无法扭转，他的良好愿望未能完全实现。
1968年12月，周恩来批准召开全国计划会议。这是扭转经济工作无计划无政府状态的又一次重大努力。但是，会议从12月初开始后，各地群众组织的代表在会上争吵不休、互不相让。12月27日凌晨，周恩来疲惫已极。他忧虑地对