张居正以父丧去位，帝手诏慰留之。吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝、邹元标等，交章劾居正忘亲贪位。居正大怒。上俱杖谪之。居正在丧次，凡阁中事，令吏赍奏，就拟处分，手诏称元辅，称太师，称先生，慰谕甚至。六年五月，帝始冠。三月，立妃王氏为后。十年六月，大学士张居正卒。上震悼辍朝，遣司礼太监张诚监护丧事，赐赙甚厚。两宫太后及中宫，俱赐金币。赐祭十六坛，赠上柱国，谥文忠。未几，废司礼监冯保南京闲住，冯保每裁抑中贵，毋与朝政，内侍多怨之；又每辅上以正，上亦恨之，故坐贬。
时潞王婚礼，所需珠宝未备，太后以为言，上曰：“办此不难，年来廷臣无耻，尽献张、冯二家耳。”于是御史羊可立追论居正罪恶。一时攻之者锐气不可解。诏夺张居正封诰赠谥，籍没其家。家财不甚丰，株连颇多，荆州骚动。其长子敬修不胜刑，自缢死。其弟张居易，次子张嗣修，及张顺、张书等，俱发烟瘴地面充军。刑部尚书潘季驯上言：“居正家产奉旨抄没，国法已正，众愤已平。但其八旬老母衣食不周，子孙死亡相继，殊失罪人不孥之意。”上恻然，乃诏有司保全之。自是大臣无敢实心任事者矣。以申时行、王锡爵入阁办事，天下亦治。及张位秉政，奸人史锦、王君锡等请开矿。二十四年冬，张位以为天地自然之利可益国，无病民，采之便，于是遣太监张忠往山西，曹金往两浙，赵钦往陕西，鲁坤往河南，一时各遣内官四出开矿。编富民为矿头，而矿实无银，勒民间纳银以代税，违者即破其家。遣内监采木于川、贵、湖广间，又遣内监开皇店于各处。又命内监采珠于广州，兼征市舶，又设福建市舶，又命采云南大理石。诸内监各处肆虐，民不堪命。临清民变，殴税使马堂几死。税监陈奉勒居民黄金，拷及妇人，并拘钟祥知县邹尧弼，远近大震。武昌民变，逐陈奉。奉匿楚府中，从执奉左右六人投之江。有旨降知府、知县为民。太监孙隆采税浙江，驻苏州，激变市人，饥民倡义，杀其委官七人。
抚按诘乱民有葛成者，独引服，不及其余，下狱论死。云南矿务太监杨荣，恣行威福，杖毙数千人。榜掠指挥樊高明等，指挥贺世勋、韩光大倡众杀荣，焚其署，徒众辎重皆为灰烬。事闻上，怒不食，曰：“荣不足惜，何纪纲顿废至此。”于是世勋下狱死，光大戍边。御史况上进、王立贤，给事中杨应文、包见捷、田大益，刑部侍郎吕坤，礼部侍郎冯琦、郭正域，户部尚书赵世卿，辅臣朱赓，皆上章极言矿使之为害。勿听。凤阳巡抚李三才上疏，言：“矿税繁兴，万民失业，千里之区，中使四布；加以无赖亡命，附翼虎狼，沿途掘坟，得财方止。奸淫子女，侮官虐民，圣心安乎？不安乎？试观朝廷有如此政令，天下有如此景象而不乱者哉？”不报。
历来朝鲜国（即高丽国）与辽东接壤，舆地六千里，饶庶有华风，时国王李日公，湎于酒，而倭酋关白平秀吉、起人奴篡立，以枭雄据六十六州。倭酋，即日本，关白，犹华言宰相也。
平秀吉闻朝鲜驰备，遂攻陷之。李日公奔辽东求救，上以其修贡谨，遣总兵祖承训率兵渡鸭绿江援之。攻平壤，失利。上复遣宋应昌为经略，李如松为大将，援之，遂败倭酋于平壤，而明师精锐亦多丧。会倭酋遣使请朝贡，于是群议急图休息，遂撤兵还。朝廷以李宗城充正使，杨方亨为副使。封日本平秀吉为王。宗城经行之处，在在索赂，次对马岛，太守义智饰美女更番纳行幄中，宗城安之。宗城闻义智妻美，必欲淫之。义智大怒，诳其左右曰：“倭将有变。”宗城惧，遂弃玺书逃回。事闻，下宗城于狱，乃改杨方亨为正使，沈惟敬为副使。倭酋复攻陷朝鲜，上复命邢玠为经略，杨镐为经理，以麻贵、刘綎为将军讨之。凡三年，平秀吉死，倭酋陆续遁归。麻贵、刘綎等分道进兵追击，破之，擒乎秀、政平、正成等。二十六年，南海遂平。
二十七年，四川播州宣慰司杨应龙（即北宋扬业后也） ，置关据险，劫掠州县，令诸苗对父奸女，面夫淫妻，或令妇女裸体高卧，用团头箭射中其阴，以为乐；或烧蛇入妇女阴中，使之号叫踊跳，以至人蛇俱毙。蜀臣奏闻，上命将军刘綎等发兵讨之。刘綎率将士，分道并进。应龙子杨朝栋，统苗兵数万迎敌，官军夹攻，大败之，退守关险。刘綎从间道攀援直入娄山关，营火烛天。应龙大惧，遂同二爱妾阖室缢死。擒其妻子，献俘阙下，遂以其地为遵义、平越二府。时有姚安知府李贽，寄居麻城，谓大道不分男女，作观音问，引诱士人妻女归教，用邪术掩人耳目，诡言入房中传道，白日行淫。诏逮系狱，贽自经死。又有凤阳人刘天叙，与其党抬一小佛像，历乡村募化，妄言有法术，能指天天开，画地地陷，且能积压人生三世事。
引诱愚人妇女为徒，择美少妇女，声言传道，即携去行淫。聚徒万余人，遂谋反，将据城僭号。有司捕擒之，诏为首者磔，为从者斩。
初，申时行为相，性宽平，所斥必旋加拔擢。至是沈一贯为相，以才自许，不为人下。文选司郎中顾宪成，以言事被谪，归讲学于东林，故杨时书院也。孙丕扬、邹元标、赵南星等，以蹇谔自负，每与政府相持，皆附之。而宪成讲学，天下趋之。
结淮抚李三才党，更相倾轧，垂五十年。上晚年，因有足疾，高居深宫，惟宠郑贵妃，全置国事于不理。于遥执朝政，号东林党。而沈一贯持权求胜，附一贯者，科道亦有其人，号为浙党。其后二奏疏，概留中，无所处分，惟言路所纠，其人不待旨，竟罢去。于是台省之势，积重不返，有齐、楚、浙三方鼎峙之名。诸臣结党相攻，章奏日烦，上皆不理，甚至告老乞休表章亦不发。诸臣不待命，竟归。诸司员缺，皆不补官，镇抚司缺理刑官，日久无人问断。监犯淹系死亡，家属中百余人，聚哭长安门。辅相不问是非贤否，俱为言官所劾，乃以摸棱为工。群臣但为己私，不复为国，南北科道互相攻诋，纷如聚讼。
户部库银，现存止八万两，国事大坏，天下将亡。
大清太祖高皇帝崛起东方，戊午正月，改万历四十六年为天命元年，帝王历数，已有所归。今且将明朝之事叙完。
大清兵入抚顺，大败明师。明以杨镐为兵部右侍郎，经略辽东。明神宗恐师老财匮，下廷议。于是大学土方从哲，兵部尚书黄嘉善，兵科赵兴邦等，发红旗，趋杨镐进兵。镐不得已，分四路出师，计胜兵十余万。命马林督金台失兵攻北路；命杜松攻西路；李如柏攻南路；刘綎督朝鲜兵攻东路。时蚩尤旗现，长竟天；又彗见东方，星陨地震，识者知为败征。四十七年正月十九日出兵，值大雪，兵不前，师期泄。杜松欲立首功，越五岭关，先期抵浑河，既渡遇伏，杜松血战，力竭而死，兵无存者。马林由三岔堡，抵二道关，闻松败，结营自固。清兵乘胜攻之，林败，游击麻岩死之。刘綎独领兵，由马家寨口深入三百余里，克十余寨。清兵冒作杜松兵，为响导，诱入重围，众溃，綎没于阵；惟清河一路，李如柏以经略令撤回，获全。
或曰：李如柏因前日游击李永芳已降清朝，阴通结纳，故得全也。是役也，军士死者四五万。事闻，京师大震。
于是清兵克辽东诸城邑卫所。明起前御史熊廷弼经略辽东，逮杨镐、李如柏进京听勘，皆论斩。初，明神宗自即位以来，立王皇后，无于，王恭妃生皇长子，郑妃生皇三子，上宠郑妃，进封贵妃。给事中姜应麟，主事孙如法等上言，以为恭妃诞育元嗣，五年未闻进封，郑氏一生子，即封贵妃，天下不能无疑。
上大怒，俱谪为典史。自后沈鲤、申时行、许国、王锡爵、王家屏等九卿科道，交章请立太子不休。上恶其激聒，愈置不理，迨皇子十三岁，辅臣王锡爵坚请，始命与皇三子同出阁，讲学读书。河南大饥，人相食，上与郑贵妃览奏侧然，郑贵妃请出私蓄五千金发赈，上喜。亦给内帑五千金，河南赖之。诸臣日请立太子，至二十九年，始立长于常洛为太子，时年已二十二矣，始冠。福王、瑞王、惠王、桂王俱冠。始册立郭氏为太子妃。有粘匿名书于各处，其书一夕间自宫门迄于衙巷皆遍，大约言郑贵妃欲危太子。题曰：《续忧危垃议》。竑者，宋宁宗嗣于名。宋宁宗欲立竑，及宁宗崩，史弥远矫诏杀竑而立理宗也，事闻，上大怒。中外危疑，下令捕妖书甚严，长安中无敢偶语。
吴江人沈令誉，以疑似捕治，并捕高僧达观弃市，株连甚惨。
最后得暾生光，生光不胜刑，遂自诬服。侍郎李廷机、尚书赵世卿劝辅臣沈一贯、朱赓力持之，狱始具，磔生光于市，妻子戍边。然妖书实非生光所为，其后中书舍人赵士征疾笃，自言为此，肉碎落如磔而死。四十一年，群臣合辞请福王之国。武人王日乾，讦奉好人孔学与郑贵妃宫中姜内相歃盟，请妖人王三诏至家，咀咒太子。上大怒，彷徨莫知所处，至掀翻御案。
辅臣叶向高具密揭奏曰：“王日乾、孔学等皆京城光棍，此事大类往年妖书。但妖书匿名，无可究治，今告者与被告者皆在。
一审其情立见。“上默然霁容，遂不复问。向高因密请速令福王之国。上纳之，令福王之国河南。
四十三年五月，蓦有男子闯入东宫，以挺掊仆守门内侍一人。众共执之。皇太子亲奏送部鞫审。是犯名张差，御史刘廷元疏言：“其迹涉风魔，貌似黠猾。”刑部郎中吴士相等定为风癫。提牢官王之采重加诘问，言有马三道诱至庞、刘二太监处，教之行事。语多涉郑贵妃弟郑国泰。科臣何士晋上疏，请穷究其事。于是群臣纷纷劾奏不已。上大怒，传旨只将本犯张差即时凌迟处死，不许波及一人。寻毙太监庞保、刘成于内庭，事遂寝。四十八年夏四月，王皇后崩。五月，上不豫。七月，上疾大渐，召阁臣方从哲，托以后事。遂崩。太子常洛即位，是为光宗贞皇帝。诏以明年为泰昌元年。令停止矿税，撤回诸内监，简补诸废官，发帑银一百万两，以赈九边，天下称庆。八月，上不豫，内医崔文升下通利药，上一昼夜三四十起，支离床褥间。封元妃郭氏、才人王氏为皇后，又谕选侍李氏，侍朕勤劳，着封为贵妃。鸿胪寺丞李可灼进红铅丸，上服之，不愈；可灼复进一丸，九月朔，上崩。在位一月，寿三十九岁。或曰郑贵妃用泄药所鸩也。内急宣召诸臣。诸臣趋进，给事杨涟曰：“李选侍非可托少主者，急宜请见嗣主呼万岁，以定危疑。”
随拥出宫，移住慈庆为是，诸臣皆然之。大学士方从哲率群臣哭临毕，即请叩见皇长子，良久未出，诸臣力请之，皇长子始出。诸臣遂拥皇长子至文华殿，行五拜三叩头礼，呼万岁。群臣请即日登极，谕初六日即位，复拥入慈庆宫。阁臣刘一璟奏曰：“今乾清官未净，殿下请暂居。”此时李选侍犹居乾清官，御史左光斗、给事杨涟、请选侍立刻移宫，选侍不得已，乃移居仁寿殿。皇长子由校即皇帝位，是为熹宗哲皇帝。诏以本年八月起，至十二月止，为泰昌元年。以明年为天启元年。
初，光宗服李可灼药而少愈，方从哲拟旨赏银五十两，至是群臣交章论崔文升、李可灼以弑逆大罪，发法司究问，俱遣戍。立妃张氏为后。时经略熊廷弼在辽东修筑城池，训练军士，通商贾，集粮饷，竭力支撑，方得二年无事。乃御史冯三元、顾慥，科臣姚宗文等，以私忿劾其无谋而欺君，廷弼不去，则辽之存亡未可知。又嗾其党魏应嘉、郭巩、张修德、魏应科等交章前后疏论熊廷弼。诏熊廷弼回籍听勘，兵科杨涟疏救。勿听。诏廷弼革职家居，以袁应泰经略辽东。清兵克沈阳，明兵大败，总兵贺世贤、尤世功、陈策、童仲揆、石柱上官、秦邦屏等皆死之。清兵克辽东，明兵又大败。经略袁应泰、巡按御史张铨、守道何廷魁、监军崔儒秀等皆死之。事闻，京师大震。
初，辽东巡抚薛国用以病辞官，至是以参议王化贞为辽东巡抚。御史张秉谦上疏，讼熊廷弼之冤，言廷弼若在，决不使辽事败坏至此。乃诏廷弼至京，复命为辽东经略。时辽西尚未失，廷弼驻扎右屯，以为挫败之余，无兵可战，且宜固守。而王化贞误信西人之助，力主进战，以复辽东。廷议主之，遂战，令总兵刘渠移军振武，而广宁遂空。清兵至振武，大败明兵，斩刘渠。王化贞股栗，不战而逃，从者数十人，走闾阳。适经略熊廷弼自右屯引兵至，化贞、向廷弼大哭。廷弼曰：“公不召募敌骑，不撤广宁兵于振武，当无今日。此时惟有护百万生灵入关，勿以资敌足矣。”乃整众西行入关。辽西复失，明兵遂严守山海关，逮王化贞、熊廷弼听勘，而廷臣复以私忿恨廷弼，议与王化贞并坐斩，而熊廷弼反传首九边。于是忠良解体，而明事不可为矣。
时辽事紧急，征兵于四方。四川永宁宣抚使奢崇明与子奢寅素有逆志，请提兵三万，赴援辽东，遣其将樊龙、樊虎以兵至重庆。四川巡抚徐可求点核，汰其老弱，发饷，饷复不继，龙等遂鼓众反，杀徐可求，已而引兵逼成都。左布政使朱燮元悉力捍御，石柱土司秦邦屏战死于辽，其妹秦良玉掌其印，提兵赴援，与燮元大破贼于成都城下。崇明父子拔营走，遁归重庆。事闻，以朱燮元为四川巡抚。奢崇明既败，乃诱其亲党贵州水西土目安邦彦同反。邦彦据平彝、龙里等地，破乌撒，进围贵州，用诈降计，杀巡抚王三善。贼兵大炽，约三路进兵：一攻云南，一攻遵义，而奢寅专攻永宁。奢寅性凶淫，遇部下妻女有姿色者，必淫之，富于财者，勒索之，不遂，辄死。其下苗老虎、阿引等恨之，候其酣歌醉卧，刺杀之，逃降明朝。
而奢崇明与安邦彦为乱犹未已，直到崇祯年间，总督朱燮元讨平之。又有山东妖贼徐鸿儒，于万历末年，以白莲教聚众数千人。深州人王森，以救一妖狐，狐令断其