毛的方法是鼓动上海的主要报纸发表一篇对吴晗及其剧本进行猛烈攻击的文章：把吴晗的剧本描述为“毒草”（用的是1957年反右派的语言）。这篇文章是以姚文元的名义发表的，姚是当地一名以刻毒而闻名的文学评论家，不过该文初稿经毛修改过几次。在林彪的要求下，该文章迅速在《解放军报》上转载，从而使在京的党中央面临抉择：要么公然反对党的主席，要么向他屈服。由于邓小平外出视察，处理这个问题的责任就落在了代理书记彭真的身上。他试图妥协，在《人民日报》的学术版和《北京日报》上刊登了这篇文章，并加了按语，说明这篇文章只是对当前学术问题的讨论。毛的反应是召彭到上海。在上海，毛严厉地告诉彭，他认为在吴晗的剧本中，英雄和反面人物影射的是彭德怀和他自己，他现在想对吴进行公开的批判。但是彭并没有被吓住。返京后，他召集了一次文革小组会议，拟定了《关于当前学术讨论的汇报提纲》。这份“提纲”反对公开的点名批评别人，并引用了彭去年秋天在毛泽东面前说过的原则，强调“真理面前人人平等”。在由刘少奇召集的一次扩大会议上，这份“提纲”被通过，并作为中央委员会的一个文件下发全党。
这件事究竟是如何发生的，至今仍是一个谜，在该“提纲”下发之前，邓小平及有关人员曾当面向毛请示过。毛可能说过模棱两可的话。因为他知道，假如没有他的明确表态而把“提纲”下发出去，那么他将沦为名义上的领导人，再也无法掌握实权了。或许是邓和其他人想对他进行挑战，因为他们知道，一旦最后摊牌，政治局常委的大多数人将支持刘的决定。或许，双方都在试探对方。
不管真相如何，是毛赢得了后来的胜利。最晚在3月中旬，他决定彭必须辞职，为此他派康生带着指示到北京，旨在孤立彭，并把他置于攻击之下。康生完成了使命。4月2日，留在北京的周恩来（刘少奇在国外）用电话或电报告诉毛，他同意康生带来的指示。几天以后，彭发现他自己在书记处的会议上处于受审的地位。会议由邓小平主持，但周恩来、康主和陈伯达也出席了。第一回合胜利后，毛在杭州召开了一次政治局常委会议，会议决定罢免彭真。
接着，在京召开的政治局扩大会议也采取了行动。会议由出访归来的刘少奇主持。刘或是不愿意阻止，或是无力阻止康生按照从毛那里得到的另一套指示采取的行动②。5月16日，会议批准了一个党内通知，其内容完全符合了毛主席的所有要求。该通知对彭的报告进行了批判，也对彭进行了指责，并解散了他所领导的文革小组，取而代之的是在中央委员会（不是书记处）之下成立的一个由十八人组成的文革小组，并威胁说要对“混进党里、政府里、军队里和各种文化界的资产阶级代表人物”采取进一步的行动。
这样，毛控制了局势。但是林彪在这次会议上制造了一起轰动事件。就在会议结束之前，他控告党的宣传部长陆定一和书记处成员杨尚昆阴谋策划“反革命政变”，并要求对他们的行为进行一次彻底的调查。他宣称，为了挫败他们的阴谋，他已征得毛的同意，把军队开进首都的各电台和“公安系统”。几个月后，毛在给江青的一封信中说他对林彪所说的话吃了一惊。或许他真的大吃一惊，但这并没有使陆、杨免遭几乎是立即被捕的命运。
对彭真和书记处的斗争已取得了胜利，毛泽东在此时返京似乎是合乎逻辑的。但他决定仍呆在杭州，让刘少奇和邓小平去发动这场文革。对这件事他们两个人都不愿意做，但又不得不去做。是毛想给他们一个机会以弥补自己的过失，还是仅仅给他们一根绳子让其自缚手脚，这是另一个谜。这个谜或许永远也解不开。即使他们想弥补过失，但他们的做法也错了。他们不是去努力取悦毛，相反，他们计划实施一项政策，其做法几乎是刘少奇在社会主义教育运动中起草的“后十条（修正案）”的翻版。他们派遣了数百个工作组到北京的中学和大学，要求他们建立文化革命委员会，并指导文化革命委员会调查、搜集学校教师和管理人员过去和目前有无修正主义的倾向，但并没想把群众卷进去。
但这项措施从一开始便遭到林彪、康生和陈伯达的破坏。通过在民事机构政治部门中的军代表和中学、大学里宣传队的工作，这三个人阴谋把自上而下由党委控制的清理工作变成自下而上的对领导和教师的揭发攻击。他们鼓动学生示威来反对他们的师长，并要求把“牛鬼蛇神”揪出来批判，即使是党内高干也不例外。到了6月初，由“好”的阶级背景的学生（非资产阶级的）组成的一队队红卫兵遍布北京的大街小巷，并开始与工作组发生冲突。在幕后，林彪和他的同伙也异常活跃，他们重新改组了北京市委，并派军宣队员控制了《人民日报》。
不久，刘和邓意识到，他们面对的是由毛最亲密的同事们所组织的造反。因此，他们去见仍在杭州的毛，并请他作指示。毛只是建议他们不要过份依赖工作组或把它当成革命的工具，其余的事让他们自己想办法。他们不能拒绝承担进一步的责任，因为那样做将意味着破坏他们自己赖以成长的党的纪律。所以，唯一可能采取的方法是：返回北京，并对红卫兵宣战。他们下达了两项命令，禁止教师和学生秘密集会，并宣布所有的红卫兵组织为非法组织。这项措施取得了效果，工作组深受鼓舞，重新反击，阻止红卫兵上街游行。但由于军队控制在别人手里，刘和邓则无力制止他们。
在这种情形下，毛最终返回了北京，在返京的路上。他在武汉横渡了长江。长江的这段江面约有一英里宽，从照片上看，他是浮在水上涉水过江而不是游过长江的。对一位七十二岁的老人来说，这是一个了不起的举动。紧接着，大众传媒把他描述成了一个超人。经过陈伯达及其下属宣传人员多年来不懈的努力，人们对毛的崇拜达到了顶峰。他被认为是具有神奇力量的人。在艺术形式中，其形象被塑造得比周围的人都要高大，他成为人民心中“最红最红的红太阳”。
在北上的途中，毛对他决意实施，而现在又能很快实施的设想准确地作出了决断。7月18日，在他到达北京后的一两天里，他告诉党的领导人，当他们进入社会主义以后，他们还应使自己经受住严峻的考验；同时他还对另一群人发出这样严厉的警告：假如你们不革命，那么革命将指向你们。他坚持解散刘和邓的工作组，并特意给红卫兵战斗队写了一封信： （你们的）两张大字报（激进分子们最喜欢的一种表达方式——作者注）……说明对一切剥削压迫工人、农民、革命知识分子和革命党派的地主阶级、资产阶级、帝国主义、修正主义和他们的走狗，表示愤怒和声讨，说明对反动派造反有理。我向你们表示热烈的支持。③在春季，毛在书记处会议、政治局常委会和政治局委员会议上均取得了胜利。＊现在他想在中央委员会（已经他自己只出席了政治局常委会议。——原注四年没有开会了）上取得胜利。他实现了他的愿望，但主要是靠大批“高校革命师生代表”参加会议，并指挥他们为他和林彪欢呼，嘲笑那些胆敢对他们质问或有抵触的发言者。邓小平发言时他们就发出嘘声。邓坚持认为林一再指控彭真和其他人阴谋政变是毫无根据的。经过十二天紧张愤怒的辩论，会议通过了《中国共产党中央委员会关于无产阶级文化大革命的决定》（简称《十六条》）。由于《十六条》对革命的作法规定得含糊不清，使江青和其他一些人日后有机可趁，但《十六条》却明确提出，革命的政治对象是那些“党内走资本主义道路的当权派”④。从文化方面来说，它要求彻底清除“四旧”（即：“旧文化、旧思想、旧风俗、旧习惯”）。当时未宣布的其他决定把政治局常委会闹了个底朝天。林彪的地位从第七位升至第二位，刘少奇则由第二位跌至第八位，陈伯达和康生成为常委，地位比刘少奇、朱德和陈云还高。邓处在第六位，并保留书记处书记的职务。在他的朋友中地位比他高的现在只剩下周恩来了。尽管周本人未受攻击，但从这次会议看，周似乎不准备为刘、邓在过去两个月中处理事情的方式辩护。
8月5日，在会议期间，毛采取了一项令人吃惊的措施：他自己写了一张大字报，标题为“炮打司令部”，这比他以前所说过的或所写过的任何东西都更为明确地表示：他希望红卫兵把下列人视为自己的敌人。他写道： 从中央到地方的某些领导同志……站在反动的资产阶级立场上，实行资产阶级专政，将无产阶级轰轰烈烈的文化大革命运动打下去，颠倒是非，混淆黑白，围剿革命派，压制不同意见，实行白色恐怖，自以为得意，……又何其毒也！⑤五天以后，他对在人民大会堂外的群众发表讲话，希望大家要关心“国家大事”。8月18日，他与林彪、周恩来、陈伯达在天安门广场参加了红卫兵大型集会，类似的集会共八次，这是第一次。
这次集会拉开了两年混乱的序幕：在以后的两年里，几乎所有的高级干部或有声望的人都难以逃脱红卫兵或革命造反派的攻击。关于被杀或受伤的人数，并没有官方的统计，也没有关于遭到破坏的公共纪念物和为公众拥有的艺术品、文学作品的清单，更不用说私人财产了。仅在街头暴力中死亡的人数就达几万人。许多人在相互敌对的红卫兵团体之间的械斗中丧生，更多的人死在军队手中。这些军队先是奉命支持红卫兵，最终则奉命解除红卫兵的武装以维护社会秩序。大多数的暴力事件发生于1967－1968年，其时红卫兵已夺取武器或发了武器。但是有组织地利用武器是在1966年8－9月份，其时，红卫兵被煽动起来开展破四旧运动。他们经常随意闯入私宅，粗暴地对待一些作家、艺术家和音乐家，并且撕毁或焚烧他们的图书、图片和器材。就在此时发生了第一批死亡案件。中国最著名的剧作家之一老舍在遭到毒打之后自杀身亡。傅雷也自杀了，他是一位法国文学翻译家，是著名的钢琴家傅聪的父亲。
8月18日，邓小平陪着毛、林、周以及其他人出现在天安门城楼上。他仍握有权力，他接着采取的行动表明，他当时的当务之急是防止红卫兵分裂瓦解党。他当时的处境不是无望的。他在外地有同盟者，至少有两个地方党委书记明确反对自下而上革中央的命。他还可以争辩说，中央委员会的决定丝毫未涉及红卫兵（该决定只谈到文化革命委员会），并且允许那些政治上处于被审查之中的人为自己辩护。书记处已经改组，但只有一名新成员陶铸，坚定地支持毛主义（但他很快脱离了这个阵营）。而他的政敌们只是忙于向在夏末从各省涌入北京的上百万红卫兵发指示。
但到9月底，毛意识到大多数省委党员干部对红卫兵行动均不欢迎，而且拒绝与红卫兵发生任何来往。一些地方官员甚至征集武装与红卫兵对抗。毛愤怒异常，在北京召集了一次省委书记会议。那时，他已惯于采取这种方法，并似乎认为他能很快镇住与会者。但他发现他遇到了顽强的抵抗。这次会议持续了近一个月，最后他才打破这种僵局。
邓小平处于这场风暴的中心。10月16日，他作了一个关于文革发展进度的报告，这招来了陈伯达和其他几个人更严厉的批评。陈抱怨说想与邓进行平等的讨论比“登天”还难，并认为他是“修正主义路线错误”的“急先锋”⑥。他声称，刘和邓的“思想作风”恰恰是反对毛的，而且刘和邓不会承认错误，仍然“试图反扑”，说在这两个人中邓更为顽固。林彪再次提出彭真阴谋发动政变的说法，还暗示邓可能是一名同谋。但代表们对刘和邓的同情远胜于对陈和林的同情。似乎有一两天毛失去了对会议的控制。他的反应是要求刘、邓作“自我检讨”。毫无疑问，他的估计是，一旦地方干部们看到这两个掌管中央书记处的人屈服了，他们就会放弃抵抗。不知是谁通过什么途径对这两个人施加了压力，但这种做法很见效。毛度过了危机。
邓在作报告一周后，作了一次自我检查。他神情忧郁地念他的检讨。
邓（和刘）进行了自我检查之后，毛作出了宽宏大量的姿态，他对代表们说，不能因为刘、邓过去所犯的错误而把他们说得一无是处，但他清楚地表明，他对他们，尤其是邓，对待他个人的态度是何等的不满： 我故意下放（最高权力）。他们就建立独立王国……从1959年到现在，邓小平什么事也不请示我……（1958年）我对武昌会议不满意……所以我回北京开（另一个）会。虽然你们开了六天会，但你们仍不让我开一天会。不让我完成工作没什么了不起。但我反对你们像对待死去的祖宗那样对待我。⑦他还说应该给刘和邓一个机会，以便察看他们是否真正改过。即使他真有这个意思，现在已经掌权的刘、邓的死对头也永远不会为他们提供这个机会。
在11月和12月，刘和邓在公开场合露了几次面。但此后，他们便不再露面了。对刘来说是永远地消失了。对邓来说则是事隔六年多后才在公开场合露面。此时，外界实际上根本不知道他们究竟发生了什么事。直到80年代后，才有可能重新了解他们当时的遭遇。
1967年的1－8月，从理论上讲刘和邓仍是自由的人。但是一旦出了中南海的围墙，他们便不再安全了。即使在中南海，他们也受到了骚扰。早在1966年12月初，刘和其夫人王光美身边的工作人员在他们家里开“批斗会”，批判他们二人。在大街上，红卫兵举行反对他们的游行示威。官方和红卫兵的出版物还经常刊登诽谤性的文章。刘是主要的目标，被打成“中国的赫鲁晓夫”和“中国最大的走资派”。在红卫兵的宣传品中，邓被称为“第二号走资派”，但官方报纸