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支付宝的运作流程是：买家在确定购物后，先将货款汇到支付宝，支付宝确认收款后通知卖家发货，买家收货并确认满意后，支付宝汇款给卖家完成交易。买卖双方通过支付宝进行交易不收取任何费用，在交易过程中，支付宝作为诚信、中立的第三方机构，起到了保障货款安全及维护买卖双方利益的作用。
2005年2月，国内最大第三方电子支付服务提供商支付宝公司又推出了“全额赔付”制度，对于使用支付宝而受骗遭受损失的用户，支付宝公司将全部赔偿其损失。支付宝公司又将全额赔付制扩展至阿里巴巴B2B，以及所有采用支付宝支付工具的电子商务公司。这种主动全额赔付以保障用户利益的做法，在国内电子商务网站尚属首例。这一制度一方面显示了阿里巴巴解决电子商务支付问题的决心，另一方面也表现出阿里巴巴对“支付宝”产品的绝对信心。
截至2007年3月底，使用支付宝的用户已经超过3600万家，支持使用支付宝交易服务的商家已经超过30万家，涵盖了虚拟游戏、数码通讯、商业服务、机票等行业。
支付宝是一个最活跃的平台，因为马云要从这里解决物流和资金流的问题，因而，他对这个现在还只有90多人的公司投入的精力和财力是最大的。同时，支付宝公司也是阿里巴巴公司中最为活跃的一个子公司，它的谈判对象都是资金流与物流方面特别优秀的银行和企业。它甚至还吸引了阿里巴巴对手的客户。
马云表示：
当今社会，资金流是最困难的事情，如果不解决资金流，不解决电子商务的支付问题，电子商务就不知道下一步会走到哪儿。支付宝要成为中国最健康的支付平台。
我们未来几年全力投入产业建设，这个环境建立起来，这个生态链建立起来，这才能起来。感谢这两年银行的加入，特别是各个银行充分意识到电子商务的重要性，才产生支付宝这样的工具。现在支付宝已经拥有五千万的用户，最终将超过三千万的信用卡用户，我觉得这个是在银行充分意识到需求的情况下发展起来的。
挺进物流行业
在当今社会，由于生活、工作节奏的加快，人们对于简单、快捷的需求日益突出，因而出现了许多行业分工，物流就是其中之一。
物流是指产品实体从供应者向需求者流动的过程。电子商务时代，由于企业销售范围的扩大，企业和商业销售方式及最终消费者购买方式的转变，使得送货上门等业务成为一项极为重要的服务业务，从而推动了物流行业的发展。
物流涉及多个领域，主要包括仓储企业、运输企业、装卸搬运、配送企业、流通加工业等。信息化、全球化、多功能化和一流的服务水平，已成为电子商务下的物流企业追求的目标。
在解决了信息流和资金流等问题之后，阿里巴巴不排除会挺进物流行业的可能性，因为物流在电子商务产业链中将会扮演越来越重要的角色。要想让天下没有难做的生意，马云走这一步是必然的。
2006年11月22日，阿里巴巴跟中国邮政签订合作协定。中国邮政的EMS成为支付宝的推荐物流服务商，作为交换，中国邮政的绿卡和网上支付汇款业务将与支付宝挂钩。双方合作之后，阿里巴巴和淘宝以及外部千余家网店用户可轻松选用EMS标准服务（简称E标准）和e邮宝作为物流形式。其中，e邮宝是中国邮政速递公司（EMS）针对个人电子商务用户量身定做特别推出的经济型物流形式。e邮宝的价格较EMS标准服务有较大幅度下降，例如EMS标准服务国内起重资费为首重500克20元，而e邮宝的省际起重资费为首重500克15元。这将为网上卖家节约成本，使得更多用户参与到电子商务中来。同时，用户在网上交寄之后，EMS主动反馈实际接收情况和投递信息给支付宝，支付宝实时提供给用户，免除掉了用户去邮局投递和电话叫EMS的环节。
阿里巴巴和国家邮政局的合作，除了上述物流方面，还将在资金流方面展开。网上购物用户将突破以银行卡为基础进行网上支付的限制，邮政绿卡用户可以开通网上支付业务通过支付宝进行网上购物，非邮政绿卡用户也可以直接在邮政柜台交付现金生成电子商务汇款单，并在柜台预留密码，凭借汇款单汇兑号以及预留密码给支付宝账户充值，参与网上购物。用户选择支付宝作为支付工具在网上购物之后，可以实现在线向EMS下单，而EMS根据支付宝传送的信息提供上门收件服务，无须电话联系，大大方便了普通个人用户。
可以看出，引进中国邮政的速递公司作为战略伙伴，可以有效地提高电子商务的投递服务质量，同时阿里巴巴也能以规模谈判来降低物流成本。
另外，电子商务涉足物流目的是为了更好地杜绝网络欺诈，保证交易的安全性。引入物流后，在支付宝的交易过程中，物流公司将配合从事监督角色，对卖家寄给买家的货物进行验证，当买家收到假冒商品时，物流公司将配合电子商务网站提供证明。
马云这样解释他选择与中国邮政合作的原因：
物流是电子商务发展的瓶颈，与中国邮政的合作将有效弥补阿里巴巴的缺陷，从而达到优势互补的目的。
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中国有这么多的农村地区，其对电子商务的需求、对城市产品的需求非常之大，但是目前没有一个网络，能够遍布到中国的农村地区和中小城镇。
借助中国邮政遍布全国的经脉，无疑将进一步延长马云旗下产品的覆盖率。马云说：“我一直都希望，有一天能够参加中国邮政的建设，所以在阿里巴巴成立之初，我就希望能够跟国内实力最强大的物流公司——中国邮政合作。”
物流系统完善了阿里巴巴的平台架构，也使得它再次走在了时代的前头。从与中国邮政合作的举动上，可以看出马云对未来市场的巨大野心。“在未来几年之内，它一定会对中国的电子商务、电子支付产生重大的影响。”马云如是展望。
我们在物流方面跟中国邮政、民营的运输公司发展合作非常快速，只有带动整个产业链的发展，我们网商才能富起来，阿里巴巴才能做好起来，我们决定在未来几年内，对产业链做重大的改革。我们希望投资一百亿建立电子商务产业链，因为如果我们不这么做，我们今后将很难在国际上参与竞争。
支付、物流及诚信一直被认为是电子商务的三座大山，2006年国家也开始把诚信作为电子商务焦点问题来解决，这意味着电子商务的三座大山正在逐步被攻破。
在电子商务时代，电子工具和网络通讯技术是最基本的工具，这使得交易各方的时空距离几乎为零，有利地促进了信息流、资金流、物流的有机结合。通过电子商务，人们可以实行快捷的消费购物，例如通过上网浏览、查询、挑选、点击，用户可以完成整个购物过程。
阿里巴巴正逐步由为中小企业提供在线交易平台的初级服务转变成为中小企业的生态链提供服务的更高级B2B业务，不仅提供在信息流、物流和资金流上的服务，还在中小企业最急缺的线下展会、贷款融资、信息化管理等方面提供更加全面的增值服务。
马云表示，未来数年里，阿里巴巴将投入100亿元改造电子商务产业生态链，推动人们通过互联网创业，推动中小企业将自己的企业搬到互联网上。
这是让中小企业在阿里巴巴上“work”，把自己的企业搬到阿里巴巴上来。阿里巴巴融来的资金60％将用来打造“work”平台，让更多的中小企业能有更多机会在阿里巴巴的平台上做成生意，从而致富。
达摩五指
天下没有难“管”的生意
2007年，阿里巴巴的第5家分公司——阿里软件成立。马云认为，电子商务和软件配合的时机已经很成熟。他强调说：
阿里巴巴必须进入企业内部的管理，只有这样阿里巴巴才会在中小企业和全球电子商务中立于不败之地。
“阿里软件”的口号就是“让天下没有难管的生意”。而马云本人则坚定不移地相信“阿里软件３年后将成为中国最出色的软件公司”。“阿里软件”为自己的定位是电子商务和企业管理结合的软件服务领域。与传统管理软件企业相比，其最大竞争力是拥有1800万注册企业会员和数以10万计的淘宝个人大卖家。
马云坦言，进军软件业他已经等待了很久：
成立这家公司（阿里软件）我已经想了5年。当时我受了一次很大的刺激，因为有人跟我说做电子商务要走美国模式，要先做企业管理软件再做网上交易，而我们正好相反，于是不断有人说要收购我们，认为阿里巴巴一定会死。我觉得他们赢不了我们，可我当时也不知道能否赢他们。当时有几家公司问我一年营业额是多少，那时我们的营业额是一两万，就有人问是美元还是人民币，我说是人民币，有人竟然说“真不错”，我知道他们是在讽刺我们。而今天那几家公司已经不见了，我们还在继续发展。
“阿里软件”总经理王涛则用另一说法说明了阿里巴巴为什么要涉足软件业，“当电子商务领域一定要建立诚信体系时，我们就开始推出‘诚信通’服务；要有交易市场，我们就建立了阿里巴巴和淘宝网；要能安全支付，我们就推出了‘支付宝’；要能方便地找到信息，我们就收购了雅虎中国。今天做软件，则是因为市场有这个缺口，很多中小企业生意越做越大，需要软件来管理自己的企业”。
2007年4月，阿里巴巴网和淘宝网推出“阿里软件”系列免费试用版。这套软件包括内贸版、外贸版和网店版。王涛这样解释“阿里软件”的定位：把电子商务延伸到中小企业内部，提供电子商务营销工具、客户管理、进销存＋财务、供应链管理等软件工具。他说：“从中小企业的角度看，实际上把本来由企业完成的部分管理与营销功能外包给阿里巴巴。”而一些用户也这样反馈：“其实它根本就不是一个软件，而是一个虚拟职业经理人。”
与阿里巴巴B2B业务一样，“阿里软件”也从“虾米市场”切入。理由同样是中小企业所具有的巨大的发展潜力，以及中国市场对中小企业的不够重视。中国目前有2000万家企业进行电子商务，而使用管理软件的企业只占了20％，这是因为现有的管理软件操作复杂、成本较高，很难在中小企业中进一步普及应用。据信息产业部统计，我国中小企业信息化率还不到10％，有着巨大市场发展潜力。因而，制作一种低门槛的软件就成为了关键。这也是“阿里软件”诞生的原因。
“任何人都可以像登录邮箱一样进入自己的企业数据库，所有的企业信息化功能都可以轻而易举地实现。我们的使命就是‘让天下没有难管的生意’。”“马总用‘WorkatAlibaba’来概括未来5年内的总体战略。但现在来看Work的概念还不能完全概括我们正在做的事情。”阿里巴巴学院总监张璞如是说。
“阿里软件”考虑到安全的因素，因而采取了SAAS（在线软件服务）模式。这种模式因为是在不用安装客户端软件的情况下就可以使用软件，并能够帮助客户安全保存数据，因而可以防止病毒攻击，非常安全。这个模式在国内还没有成熟应用的产品，所以“阿里软件”推出正式商业化的SAAS模式的软件产品，成为软件行业第一家吃“螃蟹”的公司。
马云对“阿里软件”所做的事情给予了充分的肯定，他说：
电子商务必须跟软件配合才能走向下一步，我们必须进入中小企业的内部管理，在一个快鱼吃慢鱼的年代，企业必须加强信息管理才能提高竞争力。
马云提醒中小企业：
世界在逐渐变平，这意味着有更多平等的机会，大象和蚂蚁共舞，小虾米也可以和大鱼一起逐食，但同时意味着竞争更加残酷。变化是应对充分竞争的利器，因为在一个日趋扁平的世界里，如果墨守成规，可能的结局就是死掉。
电子商务帝国
作为中国内地第一位登上美国权威财经杂志《福布斯》封面的企业家，马云正在全力以赴经营着他的“电子商务帝国”。“市场、支付、信用和搜索是电子商务的四大基础”，这是马云对电子商务的理解。
2005年12月24日，是西方的传统节日平安夜。近300名社区版主和热心网友济济一堂，相逢在一年一度的“阿里巴巴社区大会”上，以下是马云在大会上的现场演讲；可以代表马云对电子商务的独特见解：
我们阿里巴巴成立才6年，很多的东西还没有完善，另外我们清醒地意识到我们今天做的任何事情的影响力非常大。不敢说我们能肩负起中国电子商务的重任，但我们有使命感，我们阿里巴巴的方向往哪儿去，将会影响到电子商务的决策。因为我们在企业电子商务里面还是遥遥领先的，是世界第一位的。前几年别人还认为我们在吹牛，但是2005年，很多的权威媒体和很多的机构把阿里巴巴确定为B2B老大。
2005年，我们的淘宝网打破了一个神话。（它意味着）eBay易趣战车在全世界范围内并不是不能打垮的。在中国，eBay易趣进入得比我们早，实力比我们强。当时我们淘宝是一个零，而他们（eBay）已经有很多的会员。任何的事情都是在运动变化当中，我们淘宝通过努力，今年与他们的距离也迅速拉开，我们抢占了市场。淘宝上的交易量和整个的会员数、活跃度使淘宝网成为亚洲最大的C2C网站！
我们希望再经过5年的努力，淘宝网不仅在亚洲网站排名第一，也要成为在全世界第一大的C2C网站。我们越来越有信心，我刚刚从北京回来，在北京我们见了工行和招行的行长，这几年来，在中国，网站上的支付量排名我们是第一名，第二名一直到第八名的支付量加起来也不如我们第一名大，也就是说我们的支付宝在市场上的占有率是很大的。
我们电子商务一定要有5个要素，第一个是要有诚信的体系。
没有诚信体系中国企业在做生意的过程中成本不仅不能降低，而且会越来越高，比如说突然告诉你1条信息，你说卖两元，他卖7元，你也搞不清楚�