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其次，雍正帝还在八旗内改革选官制度，加强对八旗旗主的控制。在清朝，官员的缺额向来分为旗缺、翼缺和公缺多种。旗缺是指某一官职依照惯例只能由某旗人员充任；八旗又分左右两翼，这是努尔哈赤初建八旗时因分列不同而形成的定例。翼缺是专属于某一翼的人员的官缺；公缺则是所有八旗子弟均可担任。旗缺、翼缺有一定的检选限制，只能在某旗某翼内进行拣选，旗主、管主可以把持这些缺位，也使得各旗之人具有向心力，团结自固，但在八个旗内，各旗人才不一，因而有的旗升转较快，有的则较迟滞，这是一种不公平的现象。雍正帝即位后，对八旗内部缺职的补授也进行了更改。如对原来下五旗王公所谓公中佐领之缺，只在该王属下拣选的定规，雍正帝予以更改。雍正帝认为这样选择范围太小，不易得到合适的人选，命于该旗中挑选官员引见补授。雍正六年（1728年），雍正帝以铨法划一为由，将原为旗缺、翼缺的各堂主事、郎中、员外郎、内阁中书、监察御史、给事中、工部造库郎中等都改为公缺。这样一来，管旗诸主对旗内官员的部分任免权就消失了，雍正帝进一步弱化了八旗旗主的政治势力。
随着清朝封建制度的成熟，旗主的特权最终成为不适应时代的赘疣，为了摆脱其对中央统治的不利影响，雍正帝加强了对八旗的控制权，限制并剥夺原旗主的种种特权，从此八旗主子只有皇帝一人。这是雍正帝加强君主专制制度的一个重要步骤。
改善关系，订立制度
雍正帝削夺八旗特权，除了削夺旗主特权外，还表现在削弱王公与属下私属关系上，这就将整顿旗务与打击朋党、整顿吏治联系在了一起，适应了当时的政治形势，实在是一举数得。
雍正帝即位之前，八旗旗主势力逐渐衰微，已无力与皇权抗衡，但他们还保留着一些特权，如在下五旗中，旗下与管主的隶属关系依然存在。由于下五旗诸王中有相当一部分人与允、允集团有比较密切的关系，对雍正帝并非心悦诚服，这是雍正帝所不能容忍的。
雍正帝即位后，首先收回了王公任用属下的权力，隔断了王公大臣之间的联系。雍正王朝以前，旗人奉本旗主为主是天经地义的，旗主要求旗民为奴也是无可厚非的。任何一个旗民都是旗主的仆人，可以随意使用，也可以任意处罚。雍正帝要巩固皇权，要改善这种毫无人格尊严的隶属关系，自然不允许这种状况存在，对此，雍正元年（1723年）七月，雍正帝规定，禁止王公在所属佐领内滥派差役，只许挑选人员充任护卫、散骑郎、典仪、亲军，不许兼管家务，若用作包衣官职，或令跟随子侄，都要列名请旨，并且要知会该旗都统，由都统复奏。十月，雍正帝又降谕：自今以后，凡没有封号的诸王、贝勒等，即直呼其名。
二年（1724年），雍正帝又规定不许下五旗王公听信谗言，将属下妄加残害，或借端送刑部治罪，若有此种情况，则将这些被害者撤离原主门下。同时规定，王公属下有被问罪发遣的，不许发往该王公打牲处所，免得他们发生联系，属下也不得私自回到该王公门上，这样就意味着王公不许包庇属人。政府惩治王公属下，不容原主包庇；王公迫害其属下，政府不容其肆恶。既不许包庇，又不许妄加残害，在削弱王公权力的同时，也削弱了佐领内的向心力，完全摆脱了旧有的主属关系。
同年，雍正帝还更定了王公拥有的护军、领催、马甲数。如亲王拥有护军、领催四十名，马甲一百六十名；郡王拥有护军、领催三十名，马甲一百二十名；贝勒拥有护军、领催十六名，马甲八十名；贝子拥有护军、领催十六名，马甲六十四名；镇国公拥有护军、领催十二名，马甲四十八名；辅国公拥有护军、领催八名，马甲三十二名。从总体上看，比原来的数目减少了。雍正帝还于同年下令，诸王所属佐领，凡移出的，其内人员不得再与旧主往来，否则从重治罪。雍正帝这样做，目的有二，一是减少王公拥有的护军数量，使王公不能对旧部再发生影响，以至于聚众抗上。二是限制王公与旧属之间的联系，进一步分化八旗集团势力。
与此同时，雍正帝还规定，诸王不得任意扰累旗分佐领。雍正帝执政之前，诸王担任旗主时，与属下旗分佐领有较强的隶属关系。改革以后，诸王早已不任旗主，但传统的习惯势力犹在。并且，诸王往往是旗中辈分最高的长者，有些旗分佐领原本即是从其附属佐领分出，这都使旧有关系一时难以摆脱。雍正帝认为“下五旗诸王，将所属旗分佐领下人，挑取一切差役，遇有过失，辄行锁禁，籍没家产，任意扰累”，此风如任其发展，“则五旗之人，竟有二主，何以聊生？”因而于雍正元年（1723年）三月十八日降谕规定，旗下官员、兵丁，不得继续在诸王、阿哥门下看守行走。“且旗下官员亦不敷用，着拨回旗下当差行走”。
雍正帝削弱八旗王公与属下的私属关系，有着深远的意义。雍正帝将整顿旗务与打击朋党联系在一起，既削夺了八旗集团的势力，又削弱了朋党集团的势力。这样就逐步废除了王公贵族享有的特权，同时又大大加强了皇帝的权威。
此外，雍正帝还严禁下五旗诸王勒索外吏。雍正帝认为，诸王门下人等一旦出任外吏，便成为皇帝手下的政府官员，其身份地位应与原来有所不同。因此，既不许旗主役使其子弟，也不许对其本人分外苛求、“肆意贪索”。他于即位前夕即降谕宣称：“下五旗诸王属下人内，京官自学士、侍郎以上，外官自州牧、县令以上，该王辄将其子弟挑为包衣佐领下官，及哈哈珠子、执事人，使令者甚众，嗣后着停止挑选。其现在行走入内，系伊父兄未任以前挑选者，令其照常行走；若系伊父兄既任以后挑选者，俱著查明撤回。或有过犯该王特欲挑选之人，着该王将情由奏明再行挑选。”元年（1723年）六月二十九日，又指出：“凡旗员为外吏者，每为该旅都统、参领等官所制。自司道以至州县，于将选之时，必索勒重贿方肯出结咨部。及得缺后，复遣人往其任所，或称平时受恩，勒令酬报，或称家有喜丧等事，缓急求助；或以旧日私事要挟。下五旗诸王不体恤门下人等，分外勒取，或纵门下管事人员肆意贪求，种种勒索不可枚举，以致该员竭蹶馈送，不能洁己自好。凡亏空公帑罹罪罢黜者，多由于此。”
在这段话中，雍正帝指出，下五旗诸王不体恤在外省做官的门下，向这些门下过分勒取钱财，或纵容管事人员向他们大肆搜求。为了除此弊端，他一方面允许这些被革职的官员上告，同时为了消除这些官员不敢上告的心理，准予他们封章密参。次年，有人上告公爵星尼勒取属人王承勋几千两银子，雍正帝得知此事后，在上谕中说：星尼不过一个公爵，而王承勋不过一个州县官，勒取数目便已达数千两之多。如果主人是王爷，属人为地方大员，则不知更要多少了。他就此事警告王公，若不悔改，必将旗内王府佐领下人“一概裁撤，永不叙用”。
严禁王公对属下的勒索行为，这是将整顿旗务与整饬吏治联系在了一起。可见，在雍正帝即位之初，之所以要急于改革旗务，是和当时的政治实际密切相关的，在打击朋党的同时，又整饬了吏治，这些都是雍正帝即位后的当务之急，从这些举措中足以看出雍正帝是一位睿智大帝。
整顿旗务，健全规章
雍正帝在削弱旗主权力、改变王公与属下私人关系的同时，还整顿了八旗旗务，这表现在对八旗的机构、体制、工作作风等方面的改革上。
第一，创设八旗衙门，集体办公。雍正王朝之前，八旗都统等官各自在家里办事，一应行文档案堆贮家中，无人登记、管理，存在很大的积弊。雍正元年（1723年）九月十五日，雍正帝谕令总理内务府事务的和硕庄亲王允禄及内务府总管来保：“现今八旗并无公所衙门，尔等将官房内，拣皇城附近选择八所，立为管旗大人公所，房舍亦不用甚宽大。”允禄等遵照皇帝旨意，创立八旗公所八处。即镶黄旗满洲、蒙古、汉军三旗都统衙门，设于拐棒胡同；正黄旗三旗都统衙门，设于石虎胡同；正白旗三旗都统衙门，设于烟筒胡同；正红旗三旗都统衙门，设于锦石坊街；镶白旗三旗都统衙门，设于东单牌楼新开路胡同；镶红旗三旗都统衙门，设于石驸马街南；正蓝旗三旗都统衙门，设于崇文门内大街西堂子胡同；镶蓝旗三旗都统衙门，设于宣武门内塘子胡同东边宽街地方。
都统衙门建立起来之后，各旗都统、副都统必须到衙门办事。随后，雍正帝又相继设立了步军统领、两翼前锋统领、各旗护军统领衙门。雍正帝下令，他们必须要像一般官员一样，到衙门办公，不得以任何理由旷工误事，有连续五天不赴衙办公者，即另由皇帝派人署理，代行其职，这就相当于罢官免职。可以看出，雍正帝在这件事上，要求是非常严格的。
第二，严格要求当值官员尽职尽责。雍正帝发现，有些都统、副都统，凭自己资格老、功劳大，“于旗务并不办理，唯以曾经效力为足倚恃”。因而雍正帝规定：“若有人擅自不来办公，必将派人署理，代行旗帜。而且八旗轮流，各当值一日，处理日常公务。值日大臣职名，应提前开列具奏。”
除都统、前锋统领、护军统领、副都统等旗下大臣之外，雍正帝最重视的就是参领。参领为旗与佐领之间的机构———甲喇（八旗制中的某一级组织）之长，是仅次于旗下大臣的办事之员，“所关最为紧要”，不仅管辖甲喇之事，而且副都统员缺一般都从参领中拣选补授，实系候补旗下大臣。所以，雍正帝于元年九月十月之间，一再谕令：“今观旗务甚属废弛，嗣后参领一缺，拣选能人补用。”经过认真考察，“优者留用荐举，劣者即行罢黜。”为了便于培养和提拔新生力量，雍正帝于参领、佐领中增设副职。最初每甲喇只设参领一员，因不敷用，始委署一员协理。十二月，谕令将委署参领改作副参领，秩为正五品，从兵丁出身的护军校、骁骑校中拣选引冠补用。“若参领、副参领奉有差遣，其员缺应行委署者，奏闻委署。如此则责任专，而管辖得力，由兵丁出身者，其升转之途亦不致壅滞，旗下既得人才，事务亦大有裨益。”
第三，创制八旗新例。八旗例则，年久失修，雍正帝即位后，虽然对旗制多有改革，但并未形成新例，旗员亦多不执行，因此无法律约束力，臣下处理事务散漫无羁、无所遵循。针对这种情况，雍正帝于三年令八旗大臣在原来的《现行则例》基础上，根据现实八旗情形，命允禄、鄂尔泰等人分别编写上奏，后编成了《八旗则例》《绿营则例》及《世宗宪皇帝上谕八旗》十三卷、《世宗宪皇帝上谕旗务议复》十二卷，《世宗宪皇帝谕行旗务奏议》十三卷。乾隆六年（1741年）告成的《中枢政考》三十二卷，也不是原来版本，而是经鄂尔泰等人奉雍正帝敕旨，另行纂修的。雍正五年（1727年），雍正帝又倡议纂修《八旗通志》初集，命大学士鄂尔泰、尹泰等总裁其编修工作，此书经12年努力，到乾隆四年（1739年）成书。该书长达250卷，是全面记述八旗制度及八旗人物的巨型专著，为后世研究八旗制度的宝贵资料。雍正十二年（1734年），雍正帝又修订了《户部则例》，例文规定：“八旗尺遇比丁之年，各该旗务将所有丁册逐一严查，如有漏隐，即据实报出，补行造册送部。如该旗不行详查，经部查出，即交部查议。”此例文中的“送部”、“经部察出”，均指户部而言。《户部则例》与《大清律例》有所不同：《大清律例》是祖宗成法，具有严格的修律程序，而且涉及到吏、户、礼、兵、刑、工各个方面，不可能根据变动的民事状况及时地作出补充修订，而《户部则例》所调整的对象主要是民事行为，因而有可能及时地修订、确认和调整新的民事法律关系。
新例中的条款对旗民要求甚为严格。例如，条例要求旗民重视有关服饰、用具之定例。雍正帝于元年五月初六，谕令八旗大臣、步军统领衙门、都察院衙门严行稽查，如有服饰、用具不按品级、不遵定例者，即行指参。又如对八旗都统等官要求不得对属下和外吏进行任何私自科派，有犯者按“作弊治罪”。其他八旗官员，都有明律相治。对居乡旗人如皇庄庄头、内府庄头及居住旗地的一般旗人，都有严律约束。
新例与旧例有本质的不同，即新例具有法律效力。为了使八旗旗民认真贯彻新例，雍正帝首先进行了大力宣传。雍正三年（1725年）六月，他要求八旗都统如果发现定制之内及条奏准行事件有不便施行者，可将不便施行之故声明具奏，以便谕令停止；如有没有不便施行之处，且又已经传示众人，则“必须实力奉行”。在进行大力宣传后，雍正帝要求严格落实法律，严厉打击不法旗人。在雍正五年（1727年）四月二十九日，雍正帝谕令八旗都统及内务府总管等、内府庄头及乡居统一旗人，“有窝藏逃盗在家者，地方官差役搜捕，有抗拒者，即将窝家一并拿究”。为惩治不法旗人，有司于雍正二年在京城八门各设旗人监狱，犯罪的旗人照例关押、监禁。雍正帝还于四年（1726年）八月决定：“旗人犯军流等罪者，亦照汉人之例发遣”。雍正五年，又设立重、轻和犯妇三大监牢，足以看出雍正帝对旗人的管理已经甚为严格。
第四，开设宗学。宗学是民间同一宗族之内为教育本宗族子弟而设立的学校。二年间，雍正帝下令设立宗学，按八�