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多尔衮与吴三桂紧追，追到永平，李自成向吴三桂求和。吴三桂要他交出崇祯皇帝的太子朱慈烺与三太子定王朱慈炯、四太子朱慈灿。李自成照办，吴三桂却设了埋伏，弄得李自成又败了一仗。
李自成逃同北京，烧了宫殿，向南走。吴三桂准备送崇祯的太子入京即位，多尔衮不旨，叫吴三桂也向南走，去追李自成。吴三桂去了，多尔衮却把清军开进北京，加以占领。
吴三桂追击李自成，打一次胜一次，追到真定（清朝改为正定），李自成经由娘子关旁的故关，遁入山西。吴三桂回师北京，看多尔衮已经收降明朝的大小官吏，成立了新的朝廷，而且不久便封他为“平西王”，也就不再说什么了。
李自成遁入山西，多尔衮派镶红旗的固山额真叶臣去追赶。这李自成听信他丞相牛金星的谗言，杀掉左右之中最有政治远见的李岩（原名李信，河南杞县举人，曾经因散粮救济贫民而入狱，后投奔自成）。李岩被杀以后，李自成的团体无形中瓦解，从此不堪一击。山西全部入于叶臣及降清的巡抚马国柱之手。李自成逃回陕西。
多尔衮又派遣多铎与阿济格二人，分别由东路北路夹攻，多铎带了索浑、图赖、阿山等人的女真兵作为前锋，以毛文龙旧部孔有德的兵作为后援，攻打潼关。守潼关的是当年在北京掳了陈圆圆的刘宗敏（陈圆圆到了真定，被吴三桂抢回）。刘宗敏守不住潼关；李自成来救，也被清军打败。潼关入于多铎之手。同时，阿济格率领吴三桂与毛文龙的另一旧部尚科喜，已由大同榆林进入陕北，占了李自成的故乡，威胁李自成的都城西安。
这一个国号大顺、年号永昌、在崇祯十七年（1644年）四月匆匆忙忙即位于北京的皇帝，丢了他的都城，出武关，向襄阳逃去，改以襄阳为都，取名“襄京”。不久，明朝的雄踞武昌的左良玉，率军东下，要到南京去“清君侧”，和福王朱由崧的左右拼命，武昌成为空城。李自成也就乐得跟踵而来，拿了武昌。
阿济格在他的后面穷追，追到武昌城边，李自成于是奔到九江，又由九江奔去通山县的九宫山，在九宫山扎下大营。
有一天，李自成异想天开，单枪独马，跑到玄帝庙去烧香，也许是为了求签。他少年时候当过驿站的站夫，又当过杀猪的屠户，有江湖术士告诉他“必为天子”，这才投到舅舅高迎样那里。现今天子算当成了，却遇到鞑子对头，所以，求求签，问个前程也好。然而老百姓看到他那瞎了一只眼的样子，就不分青红皂白，刀棍锄头齐下，把他杀了，杀得血肉模糊。杀了以后，剥开外农，看见内衣上绣的有龙，怀中又有金印一颗，才知道原来是他。
李自成留下的队伍五十余万，其中一部分于郝摇旗、李过、高一功等人的率领之下，开到湖南，想抢长沙，被湖广总督何腾蛟说动，情愿效忠明朝。何腾蛟把郝摇旗的名字改为郝永忠，李过的名字改为李赤心。李过是李自成的过房儿子，李自成本人无子。高一功改为高必正；高必正的姐姐是李自成的“皇后”，也投了降，被隆武皇帝（唐王）赐名为“忠义走人”。
多尔衮在阿济格打平李自成，班师回朝之时，特地坐在“午门”，盛设仪仗，当众斥责他一顿：说他不该未奉旨令，擅自班师，又不该未知李自成确实已死，就谎报李自成的死讯。阿济格低头认罪，多尔衮把他由亲王降为郡王。
过了一些时候，多尔衮重新把他由郡王升为亲王。这一降一升之间，可以见到多尔衮驾驭全朝文武的手段：恩威并施，变化莫测。
李自成既死，剩下尚有张献忠、多尔衮不派别人去打，却偏要派豪格。豪格已在顺治元年（1644年）正月间被废为庶人，多尔衮又在十月间把他再封为肃亲王，并且加了“和硕”二字（和硕”的意思，是“大”）。
顺清三年（1646年）正月，多尔衮发表豪格为“靖远大将军”，叫他带领多罗衍禧郡王罗洛宏、贝勒尼堪、贝子屯齐喀、满达海，去肃清陕西（包括今天的甘肃）的群“盗”与四川的张献忠。 豪格欣然就道。
这时候，张献忠据有四川全境（秦良玉的石硅除外），力量相当雄厚。豪格花了几个月工夫，先把陕甘群“盗”一一予以消灭或招安，到了十一月间便移军汉中，准备入川，找张献忠打。 恰好有一个刘进忠，原是张献忠的川军头目听说张献忠就要把他自己和所带的川军，一齐抓去屠杀，便着了慌，跑到汉中来向豪格投降。
豪格把他的川军编为先锋，向四川进发，替大批的“满洲兵”开路。
张献忠本已把成都定为“大西国”的京城，却不耐烦在成都久住。他烧了成都宫殿，把军队向北移动，颇想打进陕西，返回老家。
捌进忠引清军进来。一直开到剑阁以南的盐亭县，如入无人之境，在盐亭与西充之间的凤凰坡，遇到了张献忠。张献忠还以为有刘进忠替他守住川北，清军无论如何进不了四川。
结果，张献忠被一个叫做雅布兰的清兵一箭射中头部，跑到一个草堆子里躲藏。清军把他拖出，慢慢地一刀一刀割死。
《清史稿·豪格传》说他是豪格亲手射死的。这可能是传闻之谈，或豪格自己“冒功”。
张献忠死后，几个能干将领（孙可望、李定国、刘文秀、白文选）投了桂王。但是四川的大部分土地，暂时均入于豪格之手。 豪格于顺治五年（1648年）二月班师回朝。回朝不久，便被多尔衮关起来，罪名是纵容部下冒功，等等。关了一月左右，豪格死在牢里。他的妻子被多尔衮接去，作为侧室。
《细说清朝》二七、掳福王
多尔衮命令多铎由潼关转师东向，顺着黄河、淮河、运河，攻打南京。
南京原是明太祖的京城。明成祖定都北京后，称南京为“留都”，“留”了若干官吏如各部尚书之类在南京，以备万一北京出了问题之时，“留都”能有一个现成的“作战政府’，主持一切。成祖以后的明朝历代皇帝，保存了这个制度。
因此，当北京被李自成占领、崇祯皇帝上吊以后，“留都”的南京兵部尚书史可法，南京户部尚书高弘图，南京翰林院詹事府詹事姜曰广，便在崇祯十七年（顺治元年，1644年）五月初三日，会同“勋臣”魏国公徐弘基（徐达之后）、诚意伯刘孔昭（刘基之后），公推明神宗的一个孙儿、崇祯皇帝的堂兄弟福王朱由崧，担任“监国”，代行皇帝职权。
十二天以后，他们奉朱由崧进一步即皇帝之位，“次年为弘光元年。
这时候，山西的一部分与陕西及今日甘肃的全部属于李自成，四川属于张献忠。山东与河南两省的情形十分混乱（有不少县份于投降过李自成以后受清朝安抚，但也有不少县份始终为明朝死守）。
湖北属于左良玉。左良玉号称有几十万兵，对李自成之攻陷北京，与多尔衮之窃取北直隶、河南与山东的一部分，视若无睹，对福王也极冷淡。
史可法没有兵。南京新政府所倚靠的只有凤阳总督马士英，及黄得功、高杰、刘良佐、刘泽清、刘肇基、方国安、郑鸿逵等寥寥可数的几个将领及其部队。
新政府的用人行政大权，操在马士英之手。他把史可法挤出南京，到扬州去“督师”。
史可法到扬州，高杰正在和黄得功争夺扬州的地盘。史可法用自己的真诚感动高杰，高杰跟随他北伐，稳住了苏北与豫东，把兵力推进到归德（商邱），在归德一带屯田。海州一带的防务，史可法交给刘肇基，刘肇基守得很好。
马士英在南京，却不干正经事。他荐引魏忠贤的余孽阮大铖为“添注兵部右侍郎”，不久又升阮为兵部尚书。这阮大铖只知道卖官鬻爵，为非作歹，教福王修建宫殿，广选美女。
崇祯皇帝的太子朱慈烺逃来南京，马士英、阮大铖等人硬说他是冒充，把他关起，用刑。
左良玉听到消息，便自称奉了太子密旨，起兵讨贼。马士英调黄得功的军队，开到芜湖、贵池一带来抵御；同时也召回史可法，去“西线”前方巡视。史科法刚到采石矶，多铎的清军巳渡了淮河南下。史可法只得又赶回扬州。
南京新政府曾经派遣左懋第、马绍愉、陈洪范三人作为特使，带了一千两金子、十万两银子、一万匹绸缎，到北京去向清军致谢，附带的任务是改葬崇祯皇帝，慰问吴三桂。
多尔衮收了金子、银子、绸缎，却责问这三人：为什么南京不出兵讨伐李自成，而“擅自”立了一个新皇帝。多尔衮的理论是：崇祯皇帝一死，明朝已亡，中国的天下属于清朝。南京的史可法等人无权延长明朝的生命。
多尔衮也不准左懋第等改葬崇祯皇帝，更不准他们慰问吴三桂。他们给吴三桂带来的一万两银子、两千匹绸缎，被多尔衮的兵抢走。
左懋第等三人离开北京，回南京复命，走到沧州，左懋第与马绍愉被抓了回去，陈洪范一人被放回。原来，这陈洪范已经暗中降清，把南京的内情都告诉了多尔衮。多尔衮于是知道新政府不难消灭，就命令多铎把扫荡李自成的未了之事完全交给阿济格，转师东向，打开封、归德、泗州、淮安、扬州、南京。
这时候，高杰已被睢州的守将许定国杀死（许定国投降了清军），他的部队由外甥李本身（李本深）率领，但是李本身毫无能力，全军瓦解，李自己也降清。
多铎很不费力地来到扬州城下。史可法向南京要兵，南京不给；檄调各个地方的守将，来的仅有此时守住北洋河的刘肇基一人。这一位刘肇基，是辽东人，积功升至总兵，洪承畴在关外督师，不喜欢他，把他撤离故乡。史可法很赏识他，他感恩知己，便率领麾下四千人，到扬州来帮史科法作战到底。
刘肇基向史可法建议，在郊外与多铎的军队背城一战。但是史可法主张守城。史可法以为，只要能守几天，南京与各方的援兵总有来的。于是，守了七天七夜，城破。
城破以后，刘肇基率领他的四千壮士进行巷战，多数殉国。（刘肇基本人突出重围，其后于隆武二年在湖南武冈抵抗清军，被耿仲明捕杀。）史可法自刎，被左右拦阻，未死。左右把他拥到小东门，准备护他出城．遇到清兵，史可法大叫：“我就是史可法！”清兵捉了他去见多铎。多铎劝他降，史科法说：“天朝大臣，岂肯作万世罪人！”
史可法牺牲以后，清军把城内的明朝军民屠杀了十天。（有一位王季楚，侥幸未死，写下一部《扬州十日记》。这一部书在清朝末年被革命同盟会翻印，成为极有力量的反清宣传品。）
扬州城破，是在弘光元年（顺治二年，1645年）四月二十五日。十天以后，清军杀完了城内极大多数的明朝军民，渡过长江。
守着长江北岸瓜洲与仪真等处的郑鸿逵水师，抵敌不住。 七天以后，弘光皇帝（福王）不战而逃，逃到太平（当涂），进不了城，又逃到芜湖，求黄得功保护。
又过了两天，清军到达南京城下，马士英挟了弘光皇帝的庶母跑掉，阮大铖也不知去向。全城的勋臣、文武大吏，由忻城伯赵之龙、大学士王铎、礼部尚书钱谦益等人领先，排了队，出城迎接，跪地投降。高杰的儿子高元照、“广昌伯”刘良佐，也先后率领二十三万骑兵、步兵，作了清朝的奴隶。
他们倘若肯把这二十三万兵分一半给史可法，则不仅扬州可保，南京可保，中原也一定可以光复。
多铎命令清军暂时不进南京，先在南京郊外杀一个痛快，抢一个饱。可怜成千成万的老百姓，又作了无辜的牺牲品。
多铎命令刘良佐作先锋，去打黄得功。刘良佐无勇气抗清，倒颇有勇气残杀自己的同类，黄得功中了箭，不愿意再活下去，他拔出这一枝箭，刺向自己的咽喉。
那只知修宫殿、选美女的弘光皇帝，被降将田雄捆了，送给清军当俘虏。清军把他解到北京，砍头。
那兵力最强的左良玉，和刘良佐同样怯于公战，勇于私斗，不敢打清军，偏要“东下”，想到南京抢马士英的位置。他的兵在贵池与黄得功的军队遭遇，被打败。他本人病死在九江。其后他的儿子左梦庚，在阿济格追赶李自成，追至九江之时，率领十三万兵、四万条船，降了阿济格。
刘泽清在安徽，迟疑了一个多月，到了七月四日，也率领全部兵丁投降。
方国安原在南京守城，见到大势已去，退浙江支持新的“监国”鲁王朱以海。郑鸿逵在清军渡江以后，也退到浙江。
多尔衮召回多铎，另派洪承畴到南京去，“以原官总督军务，招抚江南各省”。所谓原官，是洪承畴在明朝所做的官“太子太保、兵部尚书，右副都御史”。（皇太极收降他，一时未加任用，多尔衮把他带到北京，才“给还”了他这个明朝官职，而且加上了“同内院官佐理机务”这八个重要的字，事实上叫他入了内阁。）
洪承畴到南京以后，十分卖力，把各地前仆后继的义兵，摧残净尽。
《细说清朝》二八、奈何不了鲁王
福王被掳以后，潞王朱常淓在杭州受到巡抚张秉贞拥戴，于六月初六日出任监国，方国安与郑鸿逵都带了兵来。
多铎派贝勒博洛，率领拜尹图、阿山等人的兵来打。方国安吃了一个败仗，逃去严州（浙江建德）。
郑鸿逵劝潞王不必在杭州“建都”，应该到福建去徐图大举。潞王不听，郑鸿逵于是领了他的水军，陪唐王朱聿键去了福州。 结果，这潞王当了若干天的监国，便开了杭州城门降清。 富春江以东的各府各县，如绍兴、宁波、余姚等，纷纷接受贝勒博洛的招降。连驻在定海的总兵王之仁，也几乎变成了“新朝”的“佐命”。宁波有一个绅士谢三宾，甚至亲自去杭州，拜见博洛，以出卖桑梓（家乡）为得意。
在余姚，却有孙家绩与熊汝霖，于闰六月初九日杀掉知县王元如，举起义旗，使得降清的宁波知府朱之葵无法运米到杭州，献给博洛。
两天以后，宁波、鄞县有六位被俗人称为“狂生”的秀才，以董志宁为首，召集几千人在城隍庙开会，决心起义。他们公推一位年轻进士钱肃乐招兵买马，�