韦昌辉也死，负责守城的韦俊（韦昌辉的侄儿）无心再守，也在三个月以后撤了出去（咸丰六年十一月）。
从此，太平军不再能打到武汉与其外围。就整个的局势来说，这是太平军走向下坡的开始。
杨秀清之所以被杀，是由于专权太过，不但引起洪秀全的猜忌。而且引起部下普遍的不满。论能力，他显然比洪秀全强；这一点，洪秀全自己是知道的。
金田起义之时，杨秀清是“左辅，正军师”。与他地位相同的有箫朝贵，萧是“右弼，又正军师”。永安州建国之时，杨秀清是东王，地位已高于西、南、北、翼四王，而仅次于天王及天德王。其后，天德王被俘，西王萧朝贵战死，杨秀清便成了无可制衡的权相。到了南京，洪秀全叫部下称杨秀清为九千岁，一切章奏均由他转呈（实际上由他代行批示），于是洪秀全只剩有天王的虚名，实权全部入于杨秀清之手。
杨秀清甚至又扮演“天父下凡”的活剧，当众叫洪秀全跪地挨骂。对天王他尚敢如此，对别人如何更不难想象了。
结果，他在咸丰六年（1856年）八月初三日死于北王韦昌辉之手。
《细说清朝》八四、石达开
韦昌辉之杀杨秀清，有人说是奉了洪秀全的密旨，也有人说是出于自动。
韦昌辉替太平天国除了“权奸”本是好事，但不该在杀了杨秀清以后，又杀掉与杨秀清有亲戚与部属关系的人两万以上。石达开在武汉前方听到杨秀清被杀，赶紧回到天京来。他企图化大事为小事，挽救太平军阵营的分裂。他回来以后，才知道韦昌辉滥杀了许多人，便责备韦昌辉。韦昌辉因此又想把石达开杀掉，弄得石达开只得出京逃避，韦昌辉一面派人追捕他，一面毫不留情，把他留在天京的家属杀光。
十月间，石达开带了四万精兵来到泾县，准备进攻天京，以清君侧。洪秀全便设法除了韦昌辉，以安慰石达开，召他回京。
此后的七个月，石达开是洪秀全的唯一辅佐。他为人公正廉洁，颇得军民拥戴。外国人有到过南京、亲眼见到他的政绩的，称他为英明的青年独裁者。（这时候，他的年纪只有三十六七岁。）
洪秀全对他十分猜疑、嫉妒，暗中命令洪仁发与洪仁达掣他的肘，又封仁发为安王，仁达为福王，分他的权。这两人是秀全的胞兄，不学无术而且贪污成性、贿赂公行。
最后，石达开感觉到留在天京不仅无法施展抱负，生命也随时可能发生问题，决计率兵出京，另创局面，但仍对秀全忠贞到底。
他在咸丰七年五月十一日出走，通知全城军民，愿留者留，愿随他去者去。结果，有十几万人跟随他走。
有一张他的五言韵文告示，被贴在安徽某地，其后成为珍贵的史料。这告示字字血泪，值得我们传诵：“真天命太平天国圣神电通军主将翼王石：为沥剖血诚，谆谕众军民，自恨无才智，天国愧荷恩。惟矢忠贞志，区区一片心，上可对皇天，下可质古人，去岁遭祸乱，狼狈赶同京，自谓此愚忠，定蒙圣君明。乃事有不然，诏旨降频仍，重重生疑忌，一笔难尽陈。用是自奋励，出师再表真，力酬上帝徒，勉报主恩仁。精忠若金石，历久见真诚，惟期妖灭尽，予志复归林。为此行谆谕，遍告众军民，依然守本分，照旧建功名。或随本主将，亦足标元勋，一统太平日，各邀天恩荣。”
这年（咸丰七年）八月，他离开安庆，经由景德镇到抚州（府治在南昌东南的临川县）。洪秀全因天京吃紧，派人到抚州向他求援；他顾念旧情，立刻转向东进，深入浙江，以缓和清军对天京的压力。
其后，他苦战十浙江、江西、福建三省之间，终于在闽西、赣南建立了一大片领域。
偏偏有曾国藩指挥萧启江等湘军将领，用稳扎稳打的碉堡政策，把他逐步围逼，使得他终于不得不在咸丰九年二月间放弃这领域，西向湖南。
这时候，清方在湖南的军力十分单薄。
到了五月间，石达开不仅攻占了很多州县（包括道州），而且扩充兵力到三十万人以上，把清方的总兵周宽世围困在宝庆（邵阳）城内。
他围了宝庆两个月，受挫于湘军的两个将领。这两个湘军将领是刘长佑与李续宜。刘、李二人的兵不多，每人仅有一万名左右，但均是久经战阵的乡勇，背后又有湖南巡抚骆秉章与湖北巡抚胡林翼作全力的支援。
石达开生平以闪电战擅长，不长于攻坚，兵太多，反而成了累赘。况且，清方早已实行了“清野”的政策，弄得石军粮食发生问题。
因此，石达开就动了思乡之念，转而向南，回师广西。他围攻桂林攻了两个月，向西占领庆远（宜山）。
他的一部分军队，由石镇吉率领，从桂林向西南走，走到永安州，也走到武宣、贵县。然而故乡已不像金田起义之时，拜上帝会的会友一个也找不到（大多数早就跟随太平军北伐了；不曾走的已被清方搜捕净尽）。结果，石镇吉无法发展，想在广西的西部立足也不能成功，到咸丰十年三月被清军活捉于百色。
次月，石达开离开庆远，在广西中部迁江县一带活动，仍旧没有什么收获。他转而向北，想进贵州，却进不了贵州。
此后，有一年六个月的时间，石达开转战于广西、广东、湖南三省，行踪飘忽，弄得清军疲于奔命。但是石达开本人也始终建立不了一个据点。
在同治元年的正月二月，他进入湖北，由湖北进入四川。于是，攻石砫，攻涪州（涪陵），攻綦江，攻叙永，大战于宜宾西南的横江场，又白花了一年多的时间，终于败退云南。
同治二年（1863年）四月，石达开率领剩下的四万多兵，企图在越雋县境内，抢渡“大渡河”，被清军的总兵唐友耕打退。跟着，他就被清军与土司岭承恩的兵所包围。包围了将近两个月，石达开吃完粮食，吃完野草，也吃完了战马，只得带了七干左右的残部突围，逃到“老鸦漩”，又遇着清兵挡住去路。
两天以后，四月二十七日，他为了顾全七千残兵的性命，自动走至唐友耕处受缚。
唐友耕把他押解到成都。这时候，四川总督正是那当过湖南巡抚的骆秉章。骆秉章杀了他，也杀了七千残兵之中的三千，将其余的四千释放。
民间有种传说，说石达开不曾死。走到唐友耕处去受缚的，是石达开的一个干女婿。这传说甚不可靠。民间也流行一首诗，说是石达开的遗作：“投鞭慷慨莅中原，不为仇雠不为恩。只缘苍苍方瞶瞶，莫凭赤手拯元元。三年揽辔悲羸马，万众梯山似病猿。我志未成人亦苦，东南到处有啼痕。”其实，这首诗是清末的革命党人或维新志士所作，藉以造成反抗清廷的风气。
《细说清朝》八五、李秀成
在咸丰七年四月石达开既走以后，天京的政局完全处于洪仁发与洪仁达两人把持之下。洪秀全继续其自我陶醉，深信天父、天兄必能派遣天将天兵，保护他安享太平江山，于众多妃嫔的环绕之中，度其余生。
军事力而的负责人，由蒙得恩以“正掌率”的名义担任。“率”字便是“帅”字，所谓“正掌率”便星“正主帅”。此人资格甚老，当年在金田起义以前，抢救过洪秀全于花洲；但能力平常，不足以挽回大局。
地位仅次于蒙得恩的，是“又正掌事”（第二正主帅）陈玉成，其后被封为英王。清方称他为四眼狗。他是广西藤县人、极会打仗。
再其次，是“副掌率”李秀成，其后被封为忠王。他也是藤县人，于太平军初起之时在家乡加入，由行伍积功升至“地官丞相”。
另一位后期太平天国的柱石，是安庆的守将叶芸来（有人写作叶芸台）。此人不甚有名，却能坚守安庆直至咸丰十一年八月初一日城破之时，与两万多守军一齐就义。
在石达开领兵出走以前，太平军处于优势，清军处于劣势。石达开一走，太平军除了南京以外，便只剩下两个较大据点安庆、芜湖。叶芸来守安庆，李世贤（李秀成的堂弟）守芜湖。
这两大据点以外，尚有九江。但是九江已被清军围困，不能作为呼应。守九江的是贞天侯林启荣。他守到咸丰八年四月，被李续宾与杨载福击溃，与一万七千多将士同时牺牲。
清方起初妄想于劣势之中，以江南江北两个大营直捣南京，摘取太平天国的心脏。其后，向荣扎在南京孝陵卫的江南大营，于咸丰六年五月被击毁，琦善与托明阿先后所主持的江北大营也名存实亡（由于瓜洲、镇江均握在太平军之手）。
等到太平天国内哄，杨秀清被杀，韦昌辉被杀，石达开出走，清方这才由劣势转为优势。
咸丰七年五月（石达开出走以后一个月），清军的江南提督张国粱，由丹阳攻下太平军的溧水、句容。到了十一月间，张国梁又攻下镇江、瓜洲。次年二月，张国梁进占南京郊外的秣陵关、雨花台，重建江南大营。不久，托明阿的继任者德兴阿也占了浦口，在浦口重建江北大营。
两个月以后，清军李续宾、杨载福等部攻下九江。
又过了五个月（在咸丰八年的九月），陈玉成反攻浦口获胜，再毁江北大营，并乘胜收复扬州。张国梁由镇江、瓜洲北上，夺了扬州，陈玉成转趋六合，占领六合。
清廷不再设置江北大营，撤免德兴阿钦差大臣之职；令江南大营的钦差大臣和春兼辖江北清军。
从咸丰八年（1858年）二月，直至咸丰十年（1860年）闰三月，南京是一个被围的城。洪秀全坐困危城。
在这两年又两个月期间，太平军虽则重占庐州（合肥）于咸丰八年七月，夺回浦口六合于九月，消灭进攻三河镇的李续宾部于十月，消灭屯扎庐州城西的李孟群部于咸丰九年二月，然而无补于解救南京。
而且，守滁州的李昭寿、守江浦的薛之元，先后于咸丰八年
九月及九年正月向清方投降。
李秀成于无可奈何之中，想出了一条惊人的妙汁。他在咸丰十年二月以迅雷不及掩耳的手法，带领三千精兵由皖南突袭浙西，连破广德、泗安，于三月初二日冲进杭州。
清方分出在南京围城的三分之一兵力，教给张玉良去救杭州，张玉良到了杭州，李秀成又已全师而退，退至皖南，由皖南点齐大军，突袭南京外围的清军。事前，他约好英王由庐州经东、西梁山渡江；城内的太平军，届时开城出击。
一场恶战，从闰三月十一日开始战了六天五夜。南京十三个城门，每一个城门大开，每一个城门均出来不少兵。“旌旗若长虹匝天”，“刁斗声闻数十里”。
清军江南大营的三百多座营垒全被踏平，张国粱战死，和春于受伤后逃到常州，伤重不治而死。
张玉良由杭州撤军回来，于四月初二日在常州与李秀成相遇，一战而败，退至无锡。李秀成追到无锡，张玉良的四十余营不战自溃。
李秀成占了无锡，随即到了苏州，接受苏州老百姓的迎降。在苏州的江苏巡抚徐有壬自杀，两江总督何桂清逃去上海。
李秀成在苏州，施行了极多的德政。他不杀俘虏，不杀清方的官与兵，准许他们愿留的留，愿去的去，去的他送旅费。他不像其他的太平军领袖，把清官、清兵一律视作该死的妖魔。他又让老百姓安居乐业，不强迫男女分馆，不没收田地财产。而且，他又买牛买种子给贫穷的农民，借本钱给贫穷的商人。
因此，苏、常一带的老百姓对他十分拥护。松江府的各县（除了上海县城以外）也都入于他的统治之下。
他在次年（咸丰十一年）十一月再取杭州；并且占领了浙东的极大部分（包括绍兴、宁波、台州、温州、金华、衢州）。
同治元年二月，他进军上海，前锋在徐家汇与公共租界的英军相遇，相互开火。其后，他放弃了上海不攻。
这一年的闰八月，他回师南京，包围曾国荃的兵于雨花台达四十八天之久。
清军虽则在咸丰十一年八月攻下叶芸来所守的安庆，又在同治元年四月拿下李世贤所守的芜湖，消灭陈玉成于庐州，然而，必须夺去李秀成的苏南与两浙（浙东、浙西），才能对南京施以最后的一击；恰好，上海出现了“洋枪队”，给清军大帮其忙。
《细说清朝》八六、华尔、白齐文、戈登
李秀成的军队，在攻下常州、无锡、苏州、松江以后，于咸丰十年（1860年）五月受到“洋枪队”的突袭，失掉松江。
这洋枪队的队长，是美国冒险家华尔。队员有一百名左右，全是失业的各国水手与各国海军的逃兵，其中大多数是所谓“马尼拉人”（菲律宾人）。
支持这洋枪队的，是上海租界的宁渡巨商、四明公所的董事杨坊。杨坊于获得苏松太道吴煦的同意以后，自己筹款叫华尔招募“国际滥仔”，攻击太平军以保卫租界的外围。
两个月以后，李秀成麾下郜云宫（永宽）的兵进驻上海西郊的徐家汇，与英、法两国的军队遭遇，交锋后退走。事后，李秀成写信向英、法两国驻在上海的“公使”声明，说无意与英、法为敌，希望两国继续对太平军保持友好的关系。
此后的一年半期间，太平军未再进兵上海，也不曾企图收复松江。华尔却以松江为根据地，扩充洋枪队，添募了不少华人，于咸丰十年六月及咸丰十一年二月先后进攻青浦三次，三次均被太平军击败。
同治元年（1862年）正月，李秀成终于想收复松江，在十二日派了兵来，被华尔打退，死了两千多，被俘了六、七百。
李秀成很生气，命令郜云官与谭绍光等人大举进攻上海。郜、谭等军绕到浦东，在正月下旬与华尔的洋枪队接触于浦东北端的高桥镇。有三百八十名英国正规军、三百名法国正规军，于英国海军“提督”何伯的指挥之下，也站在洋枪队的这一边，与洋枪队并肩作战，获胜。
一个星期以后，洋枪队与这小规模的“英、法联军”又在浦东
南端的南桥镇，胜了太平军一次。
捷报传到清廷，“两宫皇太后”（东太后与西太后）颁下懿旨，赏给华尔以四品翎顶，把洋枪队改名为“常胜军”，任命华尔与杨坊二人为“管带”（实际上杨坊只管筹款）。
常胜军的员额规定为三千人，其后扩充到四五千。
同治元