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所谓十三个府州是：山东的临（临清州）、沂（沂州府）、曹（曹州府）、济（济宁府），河南的归（归德府）、陈（陈州府）；江苏的淮（淮安府）、徐（徐州府）、海（海州府），安徽的庐（庐州府）、凤（风阳府）、颍（颖州府）、泗（泗州府）。换句话说，直隶他不愿管。湖北、陕西以及苏、鲁、皖、豫的其他州府，他也不愿意管。
清廷当然不准曾国藩推辞，仍叫他干。
所好，黄河以北的直隶省已有楚勇的首领刘长佑当总督，李鸿章也派遣淮军鼎字营十营，交给这十营的主将潘鼎新带去增援。
李鸿章而且加派刘铭传所统率的淮军到直隶去。曾国藩主张把这一支淮军留在山东济宁，与僧格林沁的残余部队（陈国瑞部）合力；倘若捻众渡黄河向北，才能让这一支淮军追到直隶去，否则以留在济宁为妥。不久，他又留下潘鼎新的十营淮军，不让他们去直隶。
曾国藩首先决定了战略：以有定之兵，制无定之“贼”。然后，他根据这个战略，定下一步一步的实施方针。他选定徐州、济宁、周家口、临淮关四个据点，作为“四镇”，分别由张树声、潘鼎新、刘铭传、刘松山负责。这四位中前三位属于淮军，最后一位属于老湘营（王錱的旧部）。
有了这四镇，曾国藩准备把捻众限制在颍河、运河、黄河、贾鲁河。
但是，贾鲁河仅存了一个空名，必须大规模挖濬（挑沙），才能名副其实，用来作为防堵捻众之用。河南省的巡抚与人民，却很不愿意作这件挑沙的工作。
由于曾国藩坚持，刘铭传与潘鼎新二人卖力，贾鲁河的沙竟挑了一大部分，运河的长堤也筑了。沙河的堤，却不曾如期筑好。
曾国藩在同治四年五月初接到“节制直、鲁、豫三省”的谕旨，到八月初四才慢慢地乘船来徐州。这一次，正如当年他丁忧假满，清廷叫他“东山再起”之时，清廷越着急，他越是有意无意地行动迂缓，求稳而不求快。
他认为，要打捻必须有马队。捻军一人数马，决非以步兵为主的湘军淮军所可对付的。僧格林沁是来自今日辽北省的蒙古人（科尔沁的郡王），所部以马队为主，因此才能够追奔逐北于豫、鄂、皖、苏、鲁五省；其后失败一半也是由于丢掉成千的马骡，一半由于行军太猛。
曾国藩并不希望把湘、淮的步兵大规模地骑兵化，但很想：（一）接收僧格林沁所遗留下的马队；（二）调来鲍超的骑兵十二营（鲍超共有步兵二十营、骑兵十二营）；（三）叫李昭庆编练新骑兵若于营。
僧格林沁所留下的马队，不足一千人；不久又被清廷调走，去剿办奉天（辽宁）的“马贼”。鲍超的“霆军”（起初称为“霆字营”）在湖北金口哗变，其中的很多人南走广东，找残余的太平军合伙，鲍超本人也带了整理后的霆军南去，帮左宗棠对付汪海洋。于是，曾国藩所能指挥的骑兵，仅有李昭庆的若干人马而已。（刘铭传等人的军队也各有其马队，但是不多。）
当曾国藩到达徐州之时，捻众一部分已经去了河南南阳一带（由张宗禹率领），另一部分已经去了皖北、豫东，又回到了鲁南（由任柱率领），任柱是毫州人，被太平天国封为“鲁王”。
跟任柱在一起的，有遵王赖文光。（赖文光是太平军的“老兄弟”。）从此，任、赖二人并称。
任、赖于击溃僧格林沁以后，曾经随同张宗禹，围攻清军于雉河集，志在恢复原有的根据地。清方守雉河集的，先后为安徽布政使英翰与道员史念祖（英翰守了二十五天，史念祖续守二十天）。淮军的名将周盛波来援，才解了围。
曾国藩到徐州不久，因为鲍超及其部对无法调来，决定改用刘铭传一军担任“游击”。原定的“只迎击而不追剿”的战略，也不得不略加改变。实际上，张宗禹的一支捻军，已经越过曾国藩的“四镇防堵圈”。
在同治四年的冬天，张亲禹由豫西南进入鄂北；任柱、赖文光也由鲁南经皖北、皖西、豫东南，进人鄂北。湘军的成大吉部，又在麻城叛清。
负有追捻责任的刘铭传，于次年正月二十八日在黄陂打了一个胜仗，抢回该县县城。
捻众行动迅速，随即转向北进．在二三两月经由河南的汝宁（汝南）、安徽的颍州（阜阳）、河南的陈州（淮阳），又来到山东的曹州（菏泽）。
捻众企图冲过运河河堤，没料到曾国藩已有准备（曾国藩本人来了济宁）。在冲不过去以后，捻众转而向南，由淮、徐入豫，进攻开封，开封攻不下，再回到鲁南。此后，在七八两月之间，捻众又回豫东与鲁南一次。
当时清廷京内、京外的大官，颇有批评曾国藩的，责备他未能将捻众一鼓聚歼。事实上，曾国藩能守，已算能干。他所能指挥的兵，共计不足八万，而捻众在十万以上，并且多数是骑兵。
捻众之所以再三企图冲过运河，用意很难明了。就整个局势来说，捻众缺少有眼光的谋略家是显然的。张宗禹、任柱、赖文光均够不上自创局面。因此也就找不到、认不出能够帮他们创局面的助手。
然而，他们不愧为反清的志士、太平天国的孤臣。他们奋斗到底，有始有终。
他们在同治五年七月底，向西冲过曾国藩的贾鲁河防线，纵横于河南的中部与西南部（襄城、鲁山、南召、邓州）。
八月中旬，他们又转而向东，冲过朱仙镇与开封之间的长濠（贾鲁河新挑的北段），直扑山东，被曾国藩挡住，又回河南。 九月中旬，他们决定了一个新的战略：张宗禹率领一部分人马向西；任柱、赖文光率领其余人马向东。从此，在清朝的官方文件上，有所谓“西捻”、“东捻”。其实，他们都是“太平军”；他们的首领是太平天国堂堂正正的“梁王”、“鲁王”、“遵王”。
十月初，张宗禹在河南陕州顺利渡过黄河，进入山西平陆；由平陆进攻陕西，连克华阴、渭南；其后，与陕西清军战于西安东郊的灞上，获得全胜。这时候鲍超已经办完广东之事以后移驻襄阳，曾国藩叫他去追张宗禹，追到陕州，张宗禹渡了黄河。 清廷对曾国藩下诏切责；曾国藩从开头便不愿意干，藉此便上奏恳辞本兼各职。
十一日，清廷改任李鸿章为“钦差大臣，专办剿匪事宜”，接替曾国藩的统帅职务，叫曾国藩回任两江总督。
在曾国藩一生的事业中，这是最大的一次失败。清廷有意给他全权，曾经叫他兼顾陕西，也已经让他的弟弟担任湖北巡抚，把湖北在事实上划入他的节制范围。他不该始终怕招忌，硬说自己的能力有限，连直隶省都要推给直隶总督刘长佑去管，而且叫刘长佑负责山东省的黄河以北部分。因此之故，反对他的人便有辞可藉，说他根本不想灭捻。
清廷的实际主持者慈禧太后与恭亲王奕訢，对曾国藩原极信任，但是在张宗禹渡了黄河、深入陕西以后，也不得不切责曾国藩一番，不得不取消他的统帅职权。
曾国藩生性倔强，向清廷一再表示连两江总督的官也不要做，同时却说“断不求回籍以图安逸，仍留军营帮同照料一切，维系湘、淮各军之心，联络苏、鄂两路之气”。
毕竟，曾国藩拗不过清廷，于继续接了几道“着即懔遵”的谕旨以后，只好在同治五年十二月二十一日奏复：“即于（明年）正月初旬（由周家口）回驻徐州，暂接两江总督关防，俾（署理两江总督）李鸿章迅速交卸，驰赴前敌”。
但是，他仍认为捻众“流窜六省，纵横三千余里，剽疾如风，李鸿章一人接办，尚恐照料难周。。。。。。。李鸿章…。。。统筹全局，驻扎则以西路为主；臣驻徐州防剿，惟以东路为主。一以为李鸿章后劲之助，一以为微臣补过之资。”
清廷立即批驳他：“曾国藩既经接受两江督篆，所有察吏、筹饷及地方应办事宜均关重要，且金陵亦不可无勋望素著大员坐镇。着即回驻省城，以资镇摄。”
曾国藩挨到正月十九日，在徐州接受李鸿章交来的两江总督关防，二月十六日由徐州启程，三月初六日到达南京（在当时称为江宁）。
在这期间，“剽疾如风”的任柱、赖文光早已由山东、河南进入湖北。担任巡抚的曾国荃不是他们的对手。同治元年正月，淮军刘铭传部与湘军鲍超部，在安陆府京山县的尹隆河镇与任、赖大战一场，先败后胜。败的是，不遵守约定而提前进攻的刘铭传部。胜的是，如期赶来的鲍超部。
事后，李鸿章反而袒护刘铭传，把责任推到鲍超身上，说鲍超“后期”，不按照约定时间赶来夹击。
鲍超于战胜以后，正在扩充战果，追击任、赖于枣阳唐县一带，却接到清廷申饬他的谕旨，一气之下百病俱发，头上伤痕之旁的筋肉整天跳跃不已，左手及两腿先后麻木不仁，舌头僵硬得不能说话，“常常昏迷，动辄一二日不省人事”。曾国藩替他代上奏章，请求开缺。“霆军”步兵二十营，骑兵十二营，只留下步兵十四营交给曾国荃接管，其余的一律遣散，听任回籍归农，或转赴他营应募。
任柱、赖文光于刘铭传惨败、鲍超被谴辞职以后，再加上刘松山已经带了老湘营开去陕西，就更加所向无敌，剽疾如风了。 他们由湖北回师河南，由河南再往山东，于同治六年五月在东平县境冲过清军的运河防线，弄得山东巡抚丁宝桢、河南巡抚李鹤年、湖北巡抚曾国荃，都受清廷的处分。李鸿章也被严旨申饬，“戴罪图功”。
李鸿章在同治五年十一月下旬接任钦差大臣，同治六年（1867年）正月初八日被任命为湖广总督（由乃兄李翰章署理），这时候赶紧由徐州北上，移驻济宁。
此人虽则私心颇重，但“劲气内敛”。他不慌不忙，于任、赖冲过运河以后，施展出一套“亡羊补牢”的手法来。当时很多人笑曾国藩，说曾国藩的“四镇堵剿”的妙计等于白费。李鸿章却重行布置运河防线，并且命令刘铭传、潘鼎新等人加筑二百八十里长的长墙，扼守胶州。曾国藩惟恐捻众渡过运河向东，李鸿章现在竭力不让捻众再渡过运河向西。
李鸿章想把任柱、赖文光限制在运河与胶莱防线之间，渐渐缩紧包围圈，将他们挤逼在山东半岛的尖端。于是任、赖只能局促于莱阳、即墨之间，十分狼狈。
任、赖决定，主力沿着海岸向南，以江苏为目标；分兵交给首王范汝增，沿着海岸向西，以直隶为目标。
主力于十月间顺利进入江苏境内，却被刘铭传在赣榆挡住大战一场，任柱被部下潘贵升杀害，赖文光继续向南进军。
范汝增所分领的捻众，于十一月间走到寿光，也遇到刘铭传将他们挡住。结果，全军覆没。
次月，赖文光率部进抵高邮以南的瓦窑铺，向扬州知府吴毓兰投降，被吴毓兰当作战败的俘虏看待，一律杀光。所谓“东捻”，全部消灭。
张宗禹的“西捻”于攻打西安未成后，渡过渭河打下陕北的米脂、绥德等县；转而向南，在宜川县的龙王庙，渡过黄河，进入山西；由吉州、绛州、曲沃、垣曲，进入河南；再由济源、新乡、滑县，进入直隶，于同治七年正月冲到了保定府境内。
张宗禹显然是企图直扑京城。垂死的清廷慌做一团，偏偏命不该绝，有老湘营刘松山于尾追张宗禹若干时日以后，抢先一步绕道抵达保定，挡住张宗禹的去路。
左宗棠这时位居陕甘总督，虽则被清廷“交部议处”、“革职留任”，由于指挥刘松山作如此神奇的迂回，便受任“总统前敌各路官军”。
恭亲王奕訢亲自出马，巡视天津、保定之间的各路防务。清廷的王牌“神机营”出驻天津、涿州、易州，由都兴阿以钦差大臣的名义统率。热心的丁宝桢，带了山东兵来，扼守河间（献县）。李鸿章义不容辞，也率领所有部队进驻德州。河南提督张曜奉命在汤阴设防，不让张宗禹回军。
张宗禹在进入直隶以后，因粮食问题与当地的老百姓发生冲突。老百姓这时候（于李鸿章的策动之下）纷纷筑堡立圩，实行坚壁清野，而且对捻众迎战。
于无可奈何之中，张宗禹只得实施一次“盘旋”的战略，由直隶退回豫北（张曜挡他不住），由豫北进入鲁北（李鸿章挡他不住），又由鲁北进入直隶东南，在（同治七年）四月间攻下南皮，穿过沧州、静海，直捣天津。
左宗棠取得李鸿章的合作，由李鸿章率部固守运河，把张宗禹限制在运河以东，自己率部对张宗禹追击。张宗禹到沧州以南，左、李开坝放水，把张宗禹逼到徒骇河与黄河之间，在六月底将他击溃于荏平县境内，张宗禹自杀。于是，所谓“西捻”也全部消灭。
《细说清朝》一○六、杜文秀
在清朝的官方文书上，杜文秀是所谓“云南回匪”的首领，其实此人是反清的志士。
他写了一副联语，挂在自己的门口：“天生英雄，扭转中原世界。地出豪杰，夺回胡儿乾坤。”
另有一副对联，挂在他的三和殿的殿廷：“按三尺剑以开基，重见汉高事业。着一戎衣而戡乱，依然周武功勋。”可见他的抱负，是要追步周武王与汉高祖的后尘，革清朝的命，为中国的历史另开新页。
他在咸丰五年（1855年）七月起事，于二十六日攻占云南省的大理府。起事以前，他曾经于道光末年林则徐担任云贵总督期间，帮助林则徐平定保山县的汉、回纠纷。林则徐为人公正，以“只问良莠，不问汉、回”为原则，惩办了若干肇事的回人，也惩办了若干肇事的汉人。
在林则徐以后担任云贵总督的，从道光二十九年七月到咸丰五年七月，先后有程矞采、吴文铬、罗绕典、恒春。这几人均无应变之才，以致永昌府各县的汉、回纠纷平而复起，日益恶化。不但永昌府如此，东川府也是如此。
杜文秀起事以后，自称“总统兵马大元帅”。他并未与太平天国取得联络。在他所设的官职之中，有所谓“