地方割据势力，其中以吴三桂实力最强。从顺治朝开始，清廷的军费开支浩大，每年入不敷出。以顺治十七年（1660）为例，国家正赋收入银八百七十五万两，而云南一省就要支出银九百多万两。尽全国财力，也不足一藩之需求，到康熙初年，这种财政困难仍未见好转。圈占土地，掠夺人口。平西王吴三桂还自行选派官员，由此，除去鳌拜后，三藩成了康熙最大的心病。
在这一年，尚可喜上书想归老辽东，以其子尚之信袭爵，留在广东。康熙帝批准尚可喜告老还乡，但不让他儿子接替平南王爵位，这一来触动了吴三桂、耿精忠（耿继茂之子）。他们也上书告老，假惺惺地主动提出撤除藩王爵位，试探朝廷。康熙于是抓住时机，决定三藩倶撤。当时，朝廷上下主张不可撤藩的占绝大多数，认为撤藩将促使三藩反叛，支持撤藩的只有兵部尚书明珠、户部尚书米思翰等少数官员。年轻的康熙帝力排众议，说：“三桂等蓄谋已久，不早除之，将养成患，今日撤亦反，不撤亦反，不如先发制人。”
果然，吴三桂见偷鸡不成，首先公开举起叛旗，耿精忠、尚之信等也纷纷啸众而起。随即，东南西北，一石激起千层浪。京城里有杨起隆举事，察哈尔有阿尔尼叛乱，京师又发生地震，太和殿又失火，康熙爱后赫舍里也崩逝。朝里与朝外，外叛与内变，天灾与人祸，一齐击到青年天子的身上。一时间人心惶惶，京师不少官员甚至把家眷送归了老家乡里。
沉着冷静是杰出政治家的基本素质。康熙帝在危急时刻，坚持镇定，心静不慌，原来主张不可撤藩的大臣索额图等提出要处斩建议撤藩的大臣，康熙帝义正词严地说：“撤藩是朕的主意，他们何罪之有？”
这就坚定了平叛大臣的决心，康熙帝首先下诏削去了吴三桂的官爵，公布其罪状，不久又将留居京城的吴三桂的儿子吴应熊、孙子吴世霖等逮捕处死。进而一方面调兵遣将，集中兵力讨伐镇压吴三桂；一方面又下令停止撤销尚之信、耿精忠的藩王称号，以便把他们稳住，尚之信、耿精忠一看形势对吴三桂极为不利，便带兵投降了。
吴三桂开始打了一些胜仗，后来清兵越来越多，越打越强，吴三桂渐渐支撑不下去了，最后连悔带恨，生了一场大病后就断了气。吴三桂死后，其孙吴世Ъ绦毂旆础？滴醵辏�1681），清军分三路攻进云南昆明，吴世ё陨倍馈�
这样，经过八年的平叛战争，康熙终于取得了削平三藩的胜利，统一了南方。
2。澎湖海战，统一台湾
早在康熙元年五月郑成功病逝，其弟郑世袭与其子郑经为争继承权火拼的时候，清廷就派人招抚过郑经，但未成功。不过与此同时，清廷派兵相继收复了厦门、金门等郑氏控制的沿海五省主要据点。康熙六年和八年，清廷又派官员赴台招抚，均遭拒绝。郑经企图继续割据独立，要求像朝鲜、琉球一样保持藩属关系，结果这些谈判不能进行下去。康熙认为台湾皆闽人，不能和其他地区相比，坚决不许台湾独立。这显示出康熙在政治上的高瞻远瞩和雄才大略。三藩之乱，郑经乘机出兵攻占福建、广东沿海七府，但清廷仍将他与三藩区别对待，命前线指挥官对耿精忠宜用剿，而对郑经则用抚，并对招抚的条件作出重大让步。
当招抚再次遭到拒绝后，清廷于是将招抚重点转向郑氏部属，正式提出“招抚条例十款”，并在漳州设“修来馆”，对投降官兵实行厚礼款待，给予高官厚禄等优待政策，结果郑军中的投诚者接踵而来。康熙十九年，仅郑氏部将朱天贵一人，就率所部两万余人和三百余艘船来降，为清军建立强大的水师奠定了基础。随后清军乘势收复东南沿海诸岛，使郑氏失去进攻大陆的前沿基地，并逐步掌握了统一台湾的战略主动权。
康熙二十年（1681）四月，郑经病逝，其内部又发生争位冲突。权臣冯锡范等杀害了郑经长子郑克牍，立次子克塽继位，台湾内部政局一片混乱。康熙帝认为武力攻台的时机已经成熟，于同年六月发动了攻取澎湖、台湾的命令。接着，又力排众议任命原郑成功部将施琅为福建水师提督，与福建总督姚启圣共同筹划攻取澎、台的方略。到康熙二十一年（1682）夏，进军的准备工作已基本就绪，但在如何攻取台湾的方式上，姚启圣与施琅发生了争执，姚启圣主张等候北风，直取台湾，然后再取澎湖，施琅则主张乘南风先取澎湖，夺其门户，台湾不攻自破。双方争执不下，施琅密奏康熙帝，请示给予专征之权，康熙帝知道施琅有海上作战经验，为避免姚、施二人相互掣肘，决定令施琅一人独掌专征台湾的指挥权，令姚启圣负责粮饷。
郑克塽得知施琅征台的消息，非常紧张。这时破获了清军间谍所写关于澎湖防备情况的密信，知道了清攻台的重点。于是命大将刘国轩为总督，率大小战船二百余艘，水、步兵两万余人，守卫澎湖，郑军在娘妈宫、四角山、中心湾、鸡笼屿等处修筑炮台，凡小船可登陆处，皆筑矮墙，分兵把守。刘国轩将座船停泊于中心湾，指挥作战。
康熙二十二年（1683）六月十四日，施琅率各种战船二百三十余艘，官兵两万多人，由铜山直扑澎湖，刘国轩原以为澎湖列岛防御坚固，六月份又是台风多发季节，施琅不会贸然出兵。因此，当十五日清兵水师突然出现在澎湖海域时，刘国轩惊慌不已，急令各岛守军严加防御。次日，施琅率水师进攻澎湖，郑军列船应战，激战中，双方开始不分胜负，后来落潮时，施琅座船搁浅，郑军乘机集中炮火向施琅座船猛轰，施琅右腿被击伤，清军旗舰遇险，余船合力进前打退围攻，救出施琅。傍晚，清军撤出战斗，退泊西屿头，第二天，施琅总结了昨日海战失败的教训，根据郑军船少、清军船多的特点，制订出五船结为一队、围攻敌一船的“五梅花”战术。十八日，清军攻取了虎井、盘桶屿，随后又以老弱骄兵之计，小船队佯攻澎湖内外堑，以分郑军兵势。
二十二日，清军强攻澎湖本岛，与郑军在澎湖海域进行了空前规模的海战，施琅将部队分为三路，命陈蟒率五十艘战船组成左路船队，自己率战船一百三十六艘组成中路船队，直攻娘妈宫炮垒。清将林贤、朱天贵率先冲入敌阵，各船也争相靠近敌船，然后以“五梅花”战术，五艘战船围攻敌一艘战船，澎湖海面炮火矢石如雨，烟火蔽天。战至下午，南风大作，清军处于上风，各船扬帆疾进，分割围歼敌船，锐不可当。经过一整天的激战，清军大胜，共击毁郑军大小战船一百九十艘，歼敌一万七千余人，而清军仅亡三百二十九人，伤一千八百余人。刘国轩见大势已去，率残部逃回台湾，自此郑军主力全部覆没。
郑克塽见澎湖失守，精锐丧尽，无力抵御清军，只得遣使赴澎湖请降，八月十一日，施琅率军到台湾受降。康熙统一台湾后，又开府设县，加强了中央对台湾的管辖，促进了台湾经济文化的发展。
3。雅克萨之战和《尼布楚条约》
清军入关后，黑龙江一带屡遭沙皇俄国的侵扰。当时清政府忙于攻取江南、平定三藩、收复台湾等，无暇顾及东北黑龙江一带，给沙俄入侵造成了可乘之机，致使沙俄先后占据雅克萨、尼布楚等地。他们在这些地方修建碉堡，建立殖民地，强征当地居民的赋税，甚至向清朝发布外交文书，要清朝皇帝向他们称臣，无理要求中国每年向沙俄进贡白银四万两和丝绸等物品，这一切都遭到了康熙帝的严词拒绝。沙俄于是又增兵雅克萨，修筑更多的堡垒据点，并扩大侵略范围。
三藩平定后，国内政局基本安定。康熙帝认为应适时出兵黑龙江，给沙俄侵略者以应有的回击，以保卫国家的领土主权不受侵犯。康熙二十一年（1682），康熙帝回盛京沈阳拜谒太祖、太宗陵寝之机，亲自到边境调查情况。他乘船沿松花江北行，询问由黑龙江逃回来的百姓，打听那里的情况，听到百姓对沙俄的愤怒与咒骂，康熙知道民心思归，不为沙俄所用，这是击败沙俄、保卫边境的有力保证。经过实地了解，康熙帝对出兵黑龙江充满了必胜的信心。
回京后，为了更好地掌握沙俄的实际情况，康熙帝又派都统郎坦率领几百名健卒，化装成猎人，深入雅克萨一带侦察敌情，勘察地形交通。经过一个多月的侦察，郎坦取得了可靠的材料，绘制了地形图回到北京。
为了永保边境的长治久安，康熙认为必须在边境建城驻兵，屯田开荒，修筑水路、公路，以加强同内地的联系，这样才能从根本上加强边境地区的防御能力。康熙二十二年（1683），康熙帝派兵驻守瑷珲等地，任命萨布素为黑龙江将军，派户部尚书伊桑阿到吉林督造船只，修通水路，扩建陆路，使边境与北京的联系几天就可以通达。康熙帝还谆谆告诫萨布素，要关心和保护好边民，加强军民团结。
经过两年的准备，康熙二十四年（1685）康熙帝派彭春为都统，率领陆军水军一万五千人，浩浩荡荡开到雅克萨城下，把雅克萨围了起来，沙俄军队经过几年的准备，把城堡修得十分牢固，彭春观察了地形之后，在城南筑起土山，让兵士站到土山上往城里射箭，城里的俄军以为清兵要在城南进攻，就把兵力拉到城南。哪知清军却在城北隐蔽地方放了火炮，趁城北敌人防守空虚，突然轰起炮来，炮弹在城头呼啸着飞向城里，敌人的城楼被炮弹击中，燃起了大火。第二天清晨，清军又在城下堆起柴草，准备放火烧城，俄军头目吓得慌了神在城头扯起了白旗投降。
攻下雅克萨后，康熙帝告诫萨布素要警惕沙俄军队卷土重来。果然，沙俄军不久探听到清军拆了雅克萨城堡后，便出城回到瑷珲城的消息，马上又回到雅克萨，把城堡修筑得更加坚固。
于是康熙命令萨布素率军第二次进攻雅克萨，这次战斗进行得十分激烈，战争持续了三个月，最后沙俄头子托尔布被击毙，士兵死亡百分之九十，清军重新夺回了雅克萨。
随后，康熙致书沙皇，提出通过谈判解决边界问题，沙皇因两次受挫，看到想用武力霸占黑龙江流域毫无希望，只好答应谈判，谈判中，沙皇代表果洛文使出浑身解数，耍尽了无赖手法，清朝代表索额图义正词严不卑不亢。最后，果洛文害怕再赖下去，将失去在黑龙江一带的所有地方，只好接受了中国代表的方案。
康熙二十八年（1689）七月二十四日，中俄双方在尼布楚签订了《中俄尼布楚条约》，划分了两国边界，肯定了黑龙江和乌苏里江流域的广大地区都是中国领土。这是中国历史上同外国签订的第一个平等条约，表明了康熙帝独立自主外交的胜利。
4。三征噶尔丹，善治蒙古
《中俄尼布楚条约》签订的第二年，沙俄政府又唆使准噶尔部的首领噶尔丹进攻漠北蒙古。当时，除漠南蒙古早已归属清朝外，漠北和漠西蒙古也都臣服了清朝，准噶尔部族是漠西蒙古的一支，本在伊犁一带过着游牧生活，噶尔丹统治准噶尔部以后，又野心勃勃地兼并了漠西蒙古的其他部落，接着又向东进攻漠北蒙古。
漠北蒙古抵抗一阵失败了，几十万名漠北蒙古人逃到漠南，请求清政府给予保护，康熙帝派使者到噶尔丹那里，叫他把侵占的地方还给漠北蒙古，噶尔丹以为有沙俄在背后撑腰，十分骄横，不但不肯退兵，还以追击漠北蒙古为名，大举进攻漠南，气焰十分嚣张。
为了维护祖国的统一和民族的和睦，康熙帝决定亲征噶尔丹。1690年，康熙帝兵分两路，左路由抚远大将军福全率领，出古北口；右路由安北大将军常宁率领，出喜峰口；康熙帝自己带兵坐镇指挥。右路清军先接触到噶尔丹军，经过激烈交战，打了败仗。康熙帝又命令左路军福全进行全力反击。
噶尔丹把几万名骑兵集中在大红山下，那里地形复杂，后面有树木掩护，前方有河流阻挡，他又把上万头骆驼绑住四脚，使它们躺在地上，再在驼背上加上箱子，用毡毯裹住，摆成长长的一个驼城。叛军躲在箱子后面射箭放枪，阻止清军进攻。
但清军用炮火很快就把驼城打开了一个缺口，然后步兵、骑兵一齐冲杀过去，福全又带兵绕到山后对其进行前后夹击，直把叛军杀得七零八落，溃不成军。噶尔丹一看形势不利，就赶快派个喇嘛到清营求和，自己带领残兵到漠北去了。
回到漠北以后，噶尔丹表面向清政府表示屈服归顺，暗地里却又重新招兵买马，准备伺机反扑。1694年，康熙帝让噶尔丹前来会见，准备订立盟约。出乎意料的是，噶尔丹不但不来，还暗地派人到漠南煽动叛乱，四处扬言自己已经向沙俄政府借到鸟枪兵六万，将大举进攻清朝，推翻其统治。内蒙古各部亲王纷纷向康熙帝揭露告发。
1696年，康熙帝忍无可忍，决定第二次御驾亲征。清军兵分三路，黑龙江将军萨布素从东路进兵；大将军飞扬古率陕西、甘肃的兵，从西路出兵，截击噶尔丹的后路；康熙帝自带中路军，从独石口出发。三路军约定同时夹攻。康熙帝的中路军率先到达科图，遇到了敌军前锋。噶尔丹在山头上看见清军黄旗飘扬，军容整齐，吓得连夜拔营撤退。
康熙帝一面派兵在后面紧紧追击，一面通知西路军飞扬古在半路上截击叛军。噶尔丹带兵逃到昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南）。昭莫多原是一片大树林，前面有一个很大的开阔地带，历来是漠北重要战场。飞扬古在小山的树林茂密处设下埋伏，派四百人诱战，边战边退，把叛军引到事先埋伏的地方。随着一声号角，清军从山上向叛军发起进攻，飞扬古又派一支人马在山下袭击叛军辎重，进行前后夹击。叛军被打得惨败。最后，噶尔丹只带了几十名骑兵逃出。
隔了一年，康熙又带兵渡过黄河第三次亲征。这时，噶尔丹原来的根据地伊犁已经被他侄儿策旺阿拉布占领。他的左右亲信听说清军来到，也都纷纷投降，并表示愿意做清军的向导。噶尔丹见此时自己已是众