朝的文武官员迎出5里地以外。多尔衮在武英殿升座，接受了众官的拜贺，宣布定北京为都城。随后，他派兵先后夺取了河北、山东、山西等省，大大稳定了北京地区的社会秩序。多尔衮采纳降臣洪承畴、范文程的建议，下安民告示，为明帝后发丧，给予隆重葬礼，免除明一切苛捐杂税以及扰民不便民诸事，重用降臣，不加派田赋。这一些措施，很快稳定了局势。这一年九月，皇太后和福临在济尔哈朗护送下，从沈阳出发，前来北京。
顺治元年九月九日，济尔哈朗统率一支骑兵部队，簇拥着一辆黄盖车，像一股滚滚洪流驶进山海关，向北京方向涌去。黄盖车中坐着神采奕奕的布木布泰太后。她的身旁，是清世祖爱新觉罗·福临。他们不时透过帘布的缝隙，眺望车外的壮丽山河，惊叹不已。九月十六日，福临车驾到达通州（今北京通县），多尔衮率诸王、贝勒、文武群臣前往行殿朝拜。十九日，福临从正阳门进入皇宫。二十五日，多尔衮诸王及满汉官员上表，劝福临即皇帝位。十月初一日，福临前往南郊，祭告天地，并派遣官员祭告了太庙和社稷，正式即皇帝位，成为清王朝入主中原、君临全国的第一代皇帝。从此，中国历史进入清朝统治时期。
7岁的福临没有能力处理朝政，国家大权实际上掌握在多尔衮手中。早在崇德八年十二月，多尔衮就宣布自己“身任国政”。他要求各部尚书、侍郎和都察院听命于他，否则决不宽恕。他规定各衙门办理事务，凡是向皇帝上奏或要记入档案的，一律先启知于他。这样，多尔衮便独掌了朝政，称“摄政王”。辅政大臣之一的济尔哈朗也只好退居第二。为了尊崇多尔衮的地位，顺治元年一月，初步议定了摄政王的各种礼仪，规定其他各王不得平起平坐。多尔衮实际上享有了皇帝的尊荣和权力。他掌理国政，权高望重，天下只知有摄政王，不知有顺治帝。他如果要废顺治自立，易如反掌。他没有这样做，其中也许是受了布木布泰太后的影响。
多尔衮以摄政王之尊，出入内宫，和太后接触频繁。时太后年方31岁，正值盛年，一种成熟的美丽更惹人爱慕。多尔衮比太后大两岁，常常为太后之美所吸引，而太后也颇欣赏这位年轻的小叔子。另一方面，为了维护儿子顺治帝的地位，她对多尔衮也特别礼敬、殷勤，日久情生，难舍难分。太后为了笼络和控制多尔衮，巩固自己和福临的地位，便按照满族父死则妻其后母、兄死则妻其嫂的习俗，下嫁给多尔衮。但在太后下嫁之前，必须先去掉摄政王妃——太后的亲妹妹。摄政王妃在这种情形下，一夕暴崩，成了这件事的牺牲品。
公元1646年，即顺治三年，经过多尔衮与范文程密计，范文程在上朝时说：“摄政王功高望重，谦抑自持。我皇上虽想报答，将什么来报答呢。虽然王是皇上的叔父，今日之事，犹如父传其子。王既然以子视皇上，则皇上也应当以父视王。怎么样？”众人议说可以。范文程接着说道：“今听说王失去王妃，而我皇太后又寡居无偶。皇上既然视王像父亲一样，今不可使父母异居，宜请王与皇太后同宫。”众又说可以。于是，群臣上贺表。当时，以顺治帝的名义颁发了一篇皇帝的文告，宣示天下：
“太后盛年寡居，春花秋月，悄然不怡。朕贵为天子，以天下养，乃独能养口体，而不能养志。使圣母以丧偶之故，日在愁烦抑郁之中，其何以教天下之孝！皇叔摄政王，现方鳏居，其身份容貌，皆为中国第一人，太后颇愿纡尊下嫁。朕仰体慈怀，敬谨遵行。一应典礼，着所司预办。”
时人张煌言曾写过一首宫词：“上寿称为合卺樽，慈宁宫里烂盈门。春宫昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。”形象地描述了他们的婚事。到乾隆朝，史家纪昀在修史时看到这件事，认为这是件丑事，便请示高宗毁掉了这段记载。其实，太后下嫁也不是什么了不起的事。既然允许姑侄同侍一人，当然也会出现叔嫂结合了。清军入关后，汉族的封建文化对满族的影响日益深入，其中也包括传统的封建礼教。太后与摄政王多尔衮结婚，当时曾受到维护封建礼教的汉大臣的指责和反对。但皇太后断然下嫁，藐视封建礼教，是很有勇气的。
公元1649年，即顺治六年一月，多尔衮改称“皇父摄政王”，并通行于全国。
正当多尔衮志满意得的时候，顺治七年十二月初九日，他突然咯血，病死在塞外的喀喇城，时年39岁。多尔衮死后，顺治追尊多尔衮为“诚敬义皇帝”，并以“帝制礼”落葬。
但不久之后，就有大臣揭发多尔衮横行霸道、阴谋篡权等一系列悖逆罪过。顺治帝于是下令撤去多尔衮在太庙中的牌位、籍没府中所有不义之财，并将其心腹党羽处死示众。据说，当时人们还将多尔衮的尸体挖出，鞭尸砍头，以解臣民之恨。
公元1651年，年仅14岁的小皇帝福临在太和殿宣布亲政，后亲理朝政10年，并使清朝政权得以巩固，这与庄太后的全力辅佐是分不开的。
公元1651年二月，布木布泰太后诰谕皇帝说：“为天子者，处于至尊，诚为不易。民国者之本，治民必简任贤才，治国必亲忠远佞，用人必出于灼见真知，莅政必加以详审刚断。赏罚必得其平，服用必合乎则。毋作奢靡，务图远大，勤学好问，惩忿戒嬉。倘专事佚豫，则大业由兹替矣。凡机务至前，必综理勿倦，诚守此言，岂惟福泽及于万世，亦大孝之本也。”这份诰谕，既反映了我国历代治国的经验，也是针对少年皇帝的具体情况，有的放矢。既是对儿子的殷切期望，也是谆谆告诫。这份诰谕，顺治帝称为“作君之则”，作为自己的座右铭。福临遵照母后的教导，亲政后立即开始经筵大讲，宣传儒家经典。他经常到内三院与汉人文臣讨论历朝治国的得失，总结治国的经验，选贤任能，严惩贪官，对朝政进行了一系列改革，并取得了一些成就，不负母后所望。同时，太后在后宫大力支持朝政。她对汉人将领孔有德、尚可喜等，抚孤结亲，使其为清朝更好的效力。
公元1652年，入关前降清的定南王孔有德死，遗有一女孔四贞，皇太后把她收为养女，赐号四贞格格，“育之宫中，赐金万两，岁俸视同王。”
公元1656年，礼部奉圣母皇太后谕，立孔氏为东宫皇妃。孔四贞“自陈有夫”，早年已许配孙延龄。皇太后尊重孔四贞本人的意愿，放弃了立为皇妃的打算，召孙延龄入宫，令其结为夫妇，赐第东华门外。
顺治十年（1653年），皇太后将皇太极的第14女，嫁给吴三桂子吴应熊为妻。
公元1660年，她又将抚育宫中的原承泽亲王硕塞之女封为和硕公主，下嫁入关前降清的平南王尚可喜之子尚之隆。通过这些联姻，一方面联络感情，以结其心，另一方面也加强控制，留居京师的额驸，实际上成为人质。太后在后宫提倡节俭，常将节余银两赈济灾民。
公元1654年，皇太后发宫中银4万两救灾。顺治十三年（1656年），她又发宫中银3万两，赈济直隶灾民。
福临年少，血气方刚，性格急躁遇事常不冷静。公元1659年七月，坚持抗清的郑成功从厦门率舟师北伐，攻克长江的门户镇江，围困南京，震惊清廷。顺治帝举止失措，想要退守关外。皇太后斥责他说：“你怎么可以把祖先以勇敢得来的江山这样轻易地放弃呢？”福临由羞愧转为怨怒，说：“我要亲自出征，或胜或死。”他甚至拔剑击案，以示决心。皇太后竭力劝阻，又遣福临的奶母与在京的传教士反复劝说，终于使狂怒的皇帝冷静下来，放弃了御驾亲征的打算，留在北京坐镇指挥。顺治十七年（1660年）八月，福临因宠爱的董鄂妃病故，陷入极度悲痛之中，甚至要削发为僧，也为皇太后等人所劝止。制止少年皇帝的轻举妄动，尽量减少不必要的失误，这也是只有皇太后才能办到的。
顺治在太后的辅佐下，先后掌权11年，为清朝的发展奠定了基础。
公元1661年，年仅24岁的顺治帝因天花病死于养心殿，由顺治帝8岁的儿子爱新觉罗·玄烨即位，是为康熙帝，尊祖母庄太后为太皇太后。庄太后常常劝诫康熙帝要以国事为重，力争做一个勤政爱民的好皇帝。
8岁的康熙继承皇位，由索尼、苏克萨哈、遏必隆和鳌拜四大臣辅政。这四位大臣都不是出自皇族，在顺治亲政时，他们经常侍从皇帝左右，而且接近庄皇太后。皇太后有事，常通过索尼、鳌拜等传谕“启知皇帝”。有一次，皇太后患病，鳌拜等近侍卫护，昼夜勤劳，食息不暇，受到嘉奖。可见，四大臣与皇太后的关系非同一般，他们授任辅政，显然是出自皇太后的意旨。
康熙即位后，安徽桐城秀才周南，不远千里来北京请太皇太后垂帘听政。以太后的威望和能力，这是完全可以做到的，可太皇太后断然拒绝了。她谕示诸王、贝勒和大臣们说：“你们思报朕子皇帝之恩，偕四大臣同心协力，辅佐幼主，则名垂万世。你们这样，我也就放心了。”
四大臣辅政时期，仍以“效法太祖、太宗”作为施政纲领，并恢复了一部分满族入关前的旧制，思想倾向保守。不久，四大臣内部开始分化。
公元1665年，即康熙四年初，议立索尼的长子噶布喇之女为康熙皇后，鳌拜坚决反对，声称：“若将噶布喇之女立为皇后，必动刀枪。满洲下人之女，岂有立为皇后之理？”并会同遏必隆、苏克萨哈启奏太皇太后。太皇太后回答说：“满洲下人之女如何立不得皇后？我意已定，不必再议。”毫不客气地顶了回去。七月，索尼的孙女册立为皇后。索尼成为皇亲，地位提高。而同时，鳌拜权势日涨，遏必隆依附鳌拜。
公元1666年，鳌拜提出镶黄旗与正白旗更换土地的主张，理由是清初入关后，多尔衮在圈地时偏袒自己所领的正白旗，硬把镶黄旗圈占的好地拨给了正白旗，这不符合祖宗规定“八旗自有定序”的原则。四辅臣中的索尼是正黄旗，遏必隆是镶黄旗，他们明哲保身，对这一主张采取默认的态度，而属正白旗的苏克萨哈坚决反对。因换地事件，苏克萨哈与鳌拜发生冲突，积怨日深。索尼年老多病，害怕卷入他们的矛盾，于公元1667年三月，提议并会同鳌拜等共同奏请康熙亲政，他们说：“世祖皇帝是14岁掌政，今主上年德相符，特奏请亲政。”太皇太后没有同意，谕示：“帝尚年幼，如尔等俱谢政，天下事何能独揽？缓一、二年再议。”当年六月，索尼病故。七月，太皇太后考虑到鳌拜与苏克萨哈的矛盾，决定同意康熙亲政。就在这一年，康熙帝亲政。
然而顾命大臣鳌拜勾结党羽，不肯轻易还政。鳌拜的专权跋扈大大威胁了康熙的统治地位，庄太后与康熙于是详加考虑，定下计谋要除了祸患。为了清除鳌拜，他们挑选了一批少年侍卫，经常在宫中练习布库（摔跤）游戏，每次鳌拜上朝，他们也不回避。鳌拜只认为是皇帝年幼贪玩，并不戒备。一天，他上朝时，看到一群少年在摔跤，便走过来看。突然这群少年和他扭打起来。开始，鳌拜还以为是在和他开玩笑，直到被捆绑起来，才明白过来。鳌拜被革职拘禁，其党羽也都被处死流放。庄太后巧计擒捉鳌拜，巩固了她和孙子的地位。从此，康熙真正掌握了清王朝的实际大权，著名的“康乾盛世”拉开了序幕。
康熙实际亲政后，太皇太后更全力辅佐。她虽不干预朝政，但朝廷大事，康熙帝基本上是先告诉她，然后再办。朝中重大决策，甚至日常事务的处理，都与她的旨意是分不开的。康熙每天上朝前或下朝后，都要到后宫问安请示，有时一天多达3次，聆听祖母面授机宜。康熙赞颂祖母说：“祖母虽然处在深宫，但为国家谋划弘纲大政，勉以怀侍，惕以励精。”
公元1672年末，太皇太后谕示康熙：“如今天下太平，四方宁谧，然安不忘危，闲暇时仍宜武备训练。人君之道，诚莫如虚公裁断。”又作书以诫曰：“古称为君雄，苍生至众，天子以一身临其上，生养抚育，莫不引领。必深思得众得国之道，使四海康丰，历数于无疆，惟休。要宽厚慈仁，温良恭敬，慎言谨行，以继承祖宗大业，也无愧于我心。”次年二月，翰林院进呈刊刻满译本注释儒家经典的《大学衍义》一书。太皇太后传谕康熙说：“你要特别加意编纂，命儒臣翻译刊刻，颁赐诸臣。这样，我心欢悦。”并特发内宫白金千两，奖赏译刻有功人员。祖孙间关系十分融洽，配合默契。祖母对孙子格外慈爱，孙子对祖母极尽孝道，言听计从，躬行不怠。
公元1673年十二月，爆发了规模浩大的三藩叛乱。“三藩”是指吴三桂、耿精忠、尚可喜。这些降清的明将，为清军竭力效劳，充当镇压农民起义军和抗清力量的急先锋，从而使他们得到了保存和扩大实力的机会。他们分别封王，镇守一地，各自拥有重兵，树立党羽，割据一方。“三藩”割据势力的不断发展，严重威胁着清朝的国家统一。康熙亲政后，十分重视国家的统一和权力的集中。他说：“天下大权，惟一人操之，不可旁落。”康熙决定撤藩。撤藩令一下，吴三桂发动叛乱，自称周王、天下招讨都元帅，其他王纷纷响应叛乱，使清朝统治者大受震动。这事也日夜牵动着太皇太后的心弦。她时刻关注政局的发展，经常发宫中帑银犒赏前方将士。
公元1681年末，三藩叛乱平定。群臣要给康熙上尊号，康熙帝断然拒绝群臣上尊号的奏议，提出应给太皇太后上尊号。太皇太后再三辞谢说：“我一个妇人，无功于臣民，如受尊号，实感不安。”康熙说：“国家凡有大庆，必归美于尊亲，臣下也有光荣。”硬是说服祖母接受尊号，并大赦天下。
公元1687年，庄太后死，终年75岁，谥“孝庄文皇后”。之后，康熙遵从庄太后“于孝陵近地安厝”的遗嘱，将其安葬于清太宗皇太极昭陵（在今辽宁沈阳市）之西、顺治帝孝陵（在今河北省遵化市）之东，这样庄太后陵介于昭陵和孝陵两�