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在此后的两年中，也就是1938年和1939年，刘邓致力于根据地建设和军队建设，避免同日军遭遇。他们巩固了太行山根据地，并且在山西的中部山区创建了另一个根据地。随后又在日本人控制的平汉铁路以东的华北平原上建立了两块根据地。在各个根据地，他们招募和训练了两种后备军：一种是脱产的地方部队，但就在当地活动；另一种是半脱产的民兵，配合地方武装打游击。这些地方武装也为129师提供了兵源。
1940年，刘邓发动攻势，首先抗击国民党军，然后抗击日本侵略军。3月他们抗击了进犯太行根据地的国民党军队。这些军队奉蒋介石之命试图在除共产党控制的陕甘宁以外的许多地方重建国民党政权。刘邓击退了他们，然后又击退了配合中央军行动的地方军阀阎锡山的部队。这些胜利在边区内外给他们在政治上提供了更多的自由活动的空间。
刘邓的胜利也为在山西的所有共产党指挥员抗击日军侵略创造了条件。不管有无延安毛的军事委员会的指示，他们制定了攻击华北铁路沿线日军据点的计划，并且封锁和分割了日军占领的铁路线。这个攻击计划在8月底开始实施，持续了三个多月。开始时共产党投入了二十二个团，大约四万人的兵力，后来当战役规模扩大到包括进攻其他日本驻军，以及日军开始发动反攻时，中国共产党投入的兵力增加了五倍。
这就是著名的“百团大战”。它产生了双重的后果。百团大战导致山西、河北日军的通信中断了几个星期，中共部队占领了几个城镇。当许多坏消息（自从1938年秋日本人占领汉口和广州后，国民党军队在华中和华南一直处于守势）充斥一时的时候，它使得全国的民心为之一振。但是，它也把八路军的实力暴露给了日军，日军必然要报复。同时也把自己暴露给了国民党，使国民党了解到共产党在根据地和军队建设方面取得了相当的成功。在延安的毛泽东看到国民党的报纸上公开宣传这一战役时，反应不佳。据传，他对这次战役行动大为不满。此役八路军前线指挥员彭德怀在回忆录中写道，他比原计划提前十天下达了战斗命令，因此没有征得延安方面的同意。这一做法令毛很生气。毛认为像彭以及其他有关人包括邓在内，在战役第一阶段取得成功后扩大战役规模，投入二十万兵力实施中心进攻是过于鲁莽。彭还写道，当我们胜利的消息传到延安时，毛发给他一封贺电。但这封贺电可能是庆贺他们第一阶段取得的胜利。五年后，1945年夏天，在延安的一次会议上，彭德怀还是因此事受到了批评。今天对百团大战是肯定的。在官方出版的邓的传记中关于此战役有两句话：
“同年8月起，刘伯承和邓小平率领所部38个团（未包括地方部队）参加“百团大战”，进行大小战斗529次，给日、伪军很大打击，鼓舞了全国人民的信心。”不过，接下去的第一句话却是：“1941年华北敌后的抗战进入了最艰苦的阶段，日本侵略军将侵华重点转到敌后”⑤。文中并没有把这种转变归咎于这次战役，但也没有作其他任何解释。
随后的两年，对华北所有的根据地来说的确是最困难的两年。1941年12月太平洋战争爆发后，日军并没有减少他们在中国的军队，反而决定要消灭根据地内所有中国共产党的军队，消除共产党的影响。在“杀光、烧光、抢光”的军令下，日军在扫荡地区一次呆上几个星期或几个月，不管你是共产党人还是普通老百姓，一律格杀勿论。日军在这些地区进行多次大屠杀，把田里的庄稼放火烧掉，储藏的食物不是被毁就是被抢，到了1942年底，华北平原地区的根据地，包括129师创建的两块，已经没有共产党控制的任何武装了。在山区，共产党在百团大战中占领的许多城镇也丢失了。
正是生活在山西东部荒秃的山区的这个时期，最先构成了邓小平成熟形象的清晰画面。他的一些演说与文章，开始出现在中共公布的档案记录中。从他留学法国以来，第一次出现了许多有关他的轶闻故事。
邓的个头不高，大约在他前往法国留学时，就已经不再长高了。身高只有五英尺，他称这是因为他在那儿吃不饱的缘故。但更确切地说是因为遗传。他的父亲个头就不高，他孩子没有一个是高个头的。他还不到中年时就很粗壮，脖子虽短，肩却很宽，脸盘宽而方，坚毅的下颏和有一双上比大多数中国人更为深邃的眼睛。
和许多个头不高的人一样，邓动作敏捷，精力特别旺盛，身体也很好，除了在长征结束时患过一次伤寒外，在青年和中年时期，即使在广西和山西那些地方病流行的地区生活也从未生过病。在口些场合，他不像周恩来而像毛泽东那样烟瘾很大。但从来也没有听说过，抽烟给他带来什么副作用。
邓总是在迅速采取行动之前，作一番审慎的思考。而且只有在下级对某些决策拖着不办时，他才会公开表示不满。＇奇。ｃom书＇
邓天资聪明。在他后来多次谈到教育时，不止一次地对自己在十六岁时就中断学业表示遗憾。他是一个出色的政治与军事分析家。不论是在口头上还是在书面上，他的报告都很清楚、有条理。在《邓选》第一卷中收有九篇他40年代初期的讲话和文章，这些讲话和文章虽然很平铺直叙，并且有些平淡，但却很有说服力。这表明邓思想坚定，能很好地抓住论点，处理和解决问题不墨守成规。他重视事实和数字，并且努力学习，使自己成为贸易税收方面的专家，而这些是他从未涉及过的。但是，对于129师在1941年开辟的根据地，以及他和刘伯承在这些根据地上所建立的边区政府的生存，却是生死悠关的。他处理所有经济工作的原则是：“限制过去残酷剥削的程度……但鼓励资本主义生产，这在目前对发展国民经济是有益的。”他的这段话有两个重要特征：一个是他对（根据原文译出。——译注）“资本主义生产”没有委婉其词；第二，他在“有益的”前面加上“目前”这个词，这就清楚地说明共产主义并不会永远容忍资本主义。
1943年初，日军对根据地的压力开始减轻。共产党抓住这个机会开始向外发展，除了恢复老革命根据地之外，还开辟了新根据地，特别是在山东。邓在指导这一进程中担负了重大的责任。1943年下半年，彭德怀、刘伯承和聂荣臻这三位华北根据地的高级指挥员奉命回延安，邓接替彭担任中共北方局代理书记，同时主持八路军总部的日常工作，指挥大约三十万正规军和许多地方部队。
1944年春，日军发动了侵华战争以来最大的、代号为“一号作战”的攻势。它主要有两个企图：打通贯穿（英语“Ichigo”是日语音译，有“一回合”等意思。中共中央党校李践为主编的《中国共产党历史》人民出版社，1990年版）译为“一号作战”。此处选择“一号作战”。——译注）中国南北和西南的重要铁路交通线，以减轻日军对海上交通的依赖。美国这时对日军海上交通的攻击已经愈来愈频繁；占领西南的机场，因为美国飞虎队飞机对该机场的利用越来越多。4月，日军的攻势从河南开始，夏秋间又延续到湖南、广西。在美国陈纳德将军第14航空大队的支持下，中国军队在湖南一些地方进行了顽强抵抗，但其他地方没有抵抗。到了11月，铁路沿线的中国军队被肃清了。机场也被日军占领。蒋介石的军队损失惨重，成千上万的老百姓惨遭屠杀。日军这场攻势的结果，在某种程度上向世界暴露出，自从战争爆发以来，国民党军队的战斗力已大为降低。同时，它的中央政府也已经变得腐败和内讧不断。这对蒋介石的个人威望也构成了很大的打击，尤其是在国内，国民的信心也同样受到巨大的打击。到1944年底，引证劳埃德·依特曼教授的话说，中国已经成为这祥一个国家：“经济产品贫乏，通货膨胀加剧，在日本人面前军队倒霉，政府腐败，政治不满充满于社会的各个角落”⑥。
在“一号作战”攻势期间，共产党集中力量巩固他们在华北和华东的根据地。他们没有发起进攻以减轻蒋介石军队的压力，但也谨防攻势会波及到国民党势力已崩溃的地区，例如河南。邓的主要任务是在华北根据地打击日军的一些非主要性进攻，在根据地内坚持实施既定的社会和经济政策，特别是减租减息。到1945中春，他指挥下的正规军人数已经发展到约五十万人，他成为（抗日战争胜利时，邓小平指挥下的正规军人数约三十万人。——译注）这一方土地上的一位头面人物。
在1945年夏之前，邓小平曾经两次到过延安：一次是1938年9月参加中央扩大会议（他还不是中央委员），另一次是1939年7月参加中央政治局（扩大）会议。会后不久，他第三次结婚。他的新婚妻子叫浦琼英（后来改名卓琳），云南火腿大王的女儿。1937年她作为北平的一名学生从北平来到延安。她比邓小平小十二岁。现在他们相伴已经五十四年。她年轻时身材苗条，有着一张瓜子脸，中年就发福了。在中国共产党领导人的婚姻中，他们的婚姻比其他人的时间要长，而且是最幸福的婚姻之一。
就在邓小平留在山区这段时期，毛泽东从集体领导中的一员变成了党的领袖。1945年4月至6月在延安召开的党的七大上，他当选为中央委员会主席，中央政治局主席和中央书记处书记。藉此，中央委员会的领导核心作出了许多重要的决定。他的“思想”，被尊奉为党的指导一切工作的新的准绳。他既获得了一个正式的权位同时又获得了思想上的祟高地位，这连斯大林也是望尘莫及的。
毛的正式崛起只不过是扩大了他的权力和声望。早在1936年初，他在书记处排在洛甫、博古、周恩来之后时，他的权力就比他们任何人都大。他作为党的实际领导人会见了埃德加·斯诺。但是在当时的条件下，中国共产党只是共产国际的一个支部，没有得到国际的认可，他不可能走得很远。因此，1937年7月王稼祥从莫斯科返回延安对毛来说是一个非常重要的时刻。王稼祥曾在遵义第一个表态支持毛泽东，后来他去了莫斯科治病。1937年7月王回到延安，带来了共产国际执行委员会主席季米特洛夫的指示，称毛为“中国人民的领袖”⑦。
虽然季米特洛夫肯定了毛的地位，但在1937年11月到1938年11月这一年里，毛的日子并不好过。1937年11月在莫斯科的三个政治局委员王明、康生、陈云回到了中国，1938年11月延安第一次召开的中央全会所通过的决议，主要反映了他在政治和军事战略上的主张。通过这一年毛发现他和王明在一些重大问题上一直存在分歧。即在新的抗日民族统一战线中共产党是应保持相对独立性呢？还是一味地妥协退让？王明的口号是“一切经过统一战线”。
王明能说会道而且狂妄自负。1931年在上海时，他撰写和散发了一本小册子《两条路线——为中共更加布尔什维克化而斗争》，表明了留苏派的完整的政治纲领，并且成为当时控制中央局的博古和洛甫的参考手册。他作为中国共产党驻共产国际的首席代表回到莫斯科后，成为共产国际执行委员会委员。他认为完全有权力以党的名义发表1935年的八一宣言，号召建立一个新的统一战线。
由于这一原因，在王回来后大约半年时间内，毛成为“少数派，有时完全被孤立”⑧，后来形势变化主要因为王的政治幼稚。他不是呆在延安，这儿他既可以影响其他领导人又可以和莫斯科保持联系，而时选择了1938年夏去武汉，卷入和国民党将领以及政客们辩论关于能不能组织民众像西班牙共和国保卫马德里那样保卫城市问题。当他回到延安后，发觉政治局中已没有他发言的权利了。政治局请他在随即召开的中央委员会会议上作主旨报告，但是后又拒绝他的草稿而由毛替代他作报告。
这样，王明这颗明星很快暗淡了。在随后召开的纠正抗战初期王明的右倾投降主义错误的中央委员会上⑨，他继续担任了一段时间的中央统战部部长，撰写了许多文章在党报上发表。但是这一职务后又以适当理由为周恩来所替代。后来他成为非常活跃的自由撰稿人。在1945年和1956年党的代表大会上，他重新入选中央委员会，但其地位已经很低了。60年代他受到文化大革命的公开批判。可能是得到俄国人的帮助，他逃往苏联，饱受背井离乡之苦，70年代死在那里。
毛在合法性和政治权力牢固之后，着手加强理论地位。在这个领域，此时他在党内的影响仍然很大，也给邓小平留下了很深的烙印。
按照后来的情况，毛的最重要的一个分析是关于中国革命进程的阶段和共产党与社会的关系。毛把中国革命的前社会主义时期分为两个阶段：第一个阶段至1918年属于旧的资产阶级民主革命范畴；第二个阶段其社会待征仍然是资产阶级民主革命，但已经成为世界无产阶级革命的一个组成部分，并且要求建立“包括无产阶级和农民在内的”、“几个革命阶级联合专政”的政治制度，他称第二个时期为新民主主义时期，并着手给其政治、经济、文化纲领下了恰如其分的定义。正是在这个框架内，后来制定了进一步的政策建议，特别是在1945年他建议成立一个民主联合政府和1949年建立由共产党领导的多党合作的政府。
在谈到党和社会的问题时，毛协调了民主与专政的关系。他的这一理论框架的核心是群众路线，正如他所写的： 在我们党的一切实际工作中，凡属正确的领导，必须是从群众中来到群众中去。这就是说，将群众的意见（分散的无系统的意见）集中起来（经过研究，化为集中的系统的意见），又到群众中去作宣传解释，化为群众的意见，使群众坚持下去，见之