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作为总书记，邓也一定发觉，要想避开毛所发动的反对“右倾机会主义”的斗争或第二次跃进，并不是一件容易的事情。但他并不是对这两项运动发表主要讲话的领导人之一，从他在天津的讲话中可以看出，1960年春，他的大部分时间是在外地度过的。很可能中苏关系也占用了他大量的时间，也许这也为他把大部分国内事务留给其他人提供了一个借口。毛在1960年1、2、3月召集的几次会议，讨论应如何应付中苏关系所发生的危机，邓一定出席了这几次会议。
50年代和60年代中苏之间的大论战，是共产主义世界内部及外部始料未及的，它的影响不断扩大并遍及全世界。它使1950年签订的两国同盟条约变成了一纸空文，它摧毁了“社会主义阵营”，分裂了国际共产主义运动，打破了当时的世界均势。它促使毛泽东作出了断绝同苏联社会一切来往的决定，这与他后来作出的使中国陷入“文化大革命”的决定有很大的关系。
这场论战始于1958年，是在两国两党关系度过了历史上较好的一段时期后不久发生的，中国人从1956年波兰和匈牙利的暴乱中得出了两个重要结论：俄国人已经认识到了非斯大林化的危险，对那些极力想摆脱莫斯科以获得更加独立地位的共产党，莫斯科方面在表示同情的同时又显得十分的谨慎；因为他们开始认识到，过分表示这种同情有可能助长“修正主义”，而通过修正主义可通向彻底的反革命，其后果与赫鲁晓夫最初所持的有关斯大林问题和议会夺取政权的道路的论题是相同的。因此，1957年，毛在莫斯科召开的各国党的领导人庆祝十月革命四十周年的会议上指出，社会主义阵营和国际共产主义运动都需要有个“头”，而这两个“头”就是苏联和苏联党。
毛还说，苏联成功地把两颗地球卫星——苏联最早的人造地球卫星——送入轨道和成功地发射了一枚洲际弹道导弹，表明“东风”已经压倒了“西风”。他主张，国际共产主义运动应当以中国共产党人在反对蒋介石的战争中所运用的在战略上藐视敌人，在战术上重视敌人的战略战术为榜样，决不向敌人屈服。他还谈到了核战争可能带来的后果。他宣称，人不会在这场战争中死绝的，一个勇敢的、新的共产主义世界将会在“帝国主义的废墟上”崛起。但他并没有预见到当中国面临苏联不友好的政治或军事态度时所应采取的行动。
俄国人一定感到毛有关核战争的观点使人感到不安。但他们已经决定，他们要满足中国人所提出的有关帮助他们建立制造和试验核武器设施的一切要求。10月中旬，在毛到达莫斯科之前，两国已在这里签署了一项秘密协定。这个协定按说一定会作出两国之间是信任和合作的关系这祥的承诺。但事实并非如此，它标志着两国两党之间的关系已经到了顶点，随后是走下坡路了。
不久，影响两国两党关系的台湾问题、印度问题和“大跃进”便出现了。在台湾问题上，中国的立场是十分鲜明的：台湾是中国领土不可分割的一部分，中国有权用任何手段收复台湾。苏联无论是在公开场合还是在私下里都并没有反驳中国的这一立场。但赫鲁晓夫认为，假如存在着美国帮助国民党保卫台湾这样一个正式承诺，而对苏联来说，它与美国之间的关系又是至关重要的，那么中国至少应该事先告知俄国人他们在台湾海峡使用武力的意图。而这正是中国人所不愿意做的。他们并不想进一步扩大台湾问题在国际社会的影响。因而当中国人在1958年8月底对离大陆仅有几公里之遥的国民党驻守的岛屿金门展开猛烈的炮击，并进而攻击国民党的补给船只时，便出现了中苏关系以及中美关系的危机。不久，赫鲁晓夫在写给艾森豪威尔总统的信中说，对中华人民共和国的进攻就是进攻苏联，苏联将“忠于职责”，采取一切必要的手段来保卫中国。但他对毛的做法非常生气，因为他8月初曾在北京同毛有过一次长谈，当时毛对他即将开始的这场炮击只字未提。
印度之所以成为影响两国关系的一个问题，是因为当中印两国军队在靠近尼泊尔、锡金和不丹的东西段边界上发生冲突时，苏联却开始谋求加强同印度的密切联系。在东段边界，冲突是由1959年春西藏叛乱（和随后不久达赖喇嘛逃亡印度）后，难民和游击队在西藏和印度之间的活动引起的。在西段边界，发生冲突的原因是：中国在印度已宣布为己有并不时有印度的巡逻队出没的领土上修建了一条公路。中国在公开的声明中对苏联不（中印边界冲突的实际情况是，1959年，印度总理尼赫鲁向中国提出领土要求，同年8月25日，印度武装部队向我边防军开火，挑起武装冲突，并不断升级。三年后，挑起全面冲突。中国政府对印度的无理要求和军事侵犯，进行了有理有节的斗争，1962年10月22日，中国军队被迫进行自卫还击。11月22日，主动停火、后撤。此后，中印在边界问题上没有再发生冲突，——译注）站在中国一边的行为提出了抗议，并指出，苏联宣布中立事实上是为了取悦印度。赫鲁晓夫在1959年10月为庆祝中华人民共和国成立十周年访问北京时，他和他的东道主中国人为这个问题发生了争吵。四个月后，苏联党（不是苏联政府）在给中国党的一封信中说，中国的行为是“狭隘的民族主义态度”的表现。在这封信中，俄国人想让中国人做到，要使民族的利益服从于他们把自己视为监护人的国际利益。
这两个问题是任何两个主权国家都有可能提出的问题。而第三个问题——“大跃进“，则只有在具有共同的意识形态的两个国家间才可能提出来。无论是在意识形态上还是在政治上，俄国人都有充分的理由对“跃进”表示反感。因为它否定了苏联的发展模式，并进而声称，中国，这个只有三年社会主义建设史的国家要比苏联更快地进入共产主义，并很可能比苏联更快地实现共产主义。实际上，它给负责向中国运送商品的苏联经销商造成了巨大的压力，并且给正在中国工作的一千五百名苏联顾问和技术人员带来了几乎难以忍受的工作条件。
同样，俄国人，尤其是赫鲁晓夫的行为也十分粗暴和过火。从1958年秋起，赫鲁晓夫开始以轻蔑的口吻向到莫斯科访问的人、包括西方的来访者谈论“跃进”。1959年夏，他首先中止了1957年10月签署的军事技术协议，接着便开始公开批评“跃进”。所有这一切都是为了向中国人暗示，就像20年代和30年代的共产国际那样，赫鲁晓夫要惩罚中国党在政治上和思想上一意孤行的行为。更为重要的是，赫鲁晓夫第一次公开攻击“跃进”几乎与彭德怀在庐山写给毛的那封有关公社的信发生在同一天。毛由此断定，赫鲁晓夫和彭已串通起来，而且他已就中国的事务同资深的中国党的成员达成了一致行动。实际上，并没有这些阴谋串通的确切的证据，而且与一个外国人串通，这也不符合彭的性格。根据彭的回忆，他最初并没有想上庐山，他只是到庐山呆了一段时间以后才决定给毛写信。然而，毛这位这方面的老手必然会看出其他的问题；不久，官方的决议称，彭的干扰有力地支持了“赫鲁晓夫的修正主义集团”。
这些问题一出现，便再次引发了一场有关赫著晓夫在1956年“二十大”的讲话中就已经提出的一些原则问题的争论，中国人率先开始了争论。1960年4月，他们在列宁诞辰的那一天同时在《人民日报》和中央委员会的理论刊物《红旗》杂志上发表了四篇长篇评论文章，它们的中心思想暗含在第一篇文章的标题《列宁主义万岁》中，这就是：他们比俄国人更信仰列宁主义。他们谴责俄国人提出的关于和平共处、战争是可以避免的、非共产党国家的共产党有可能通过和平道路夺取政权的新主张，认为俄国人已完全背弃了列宁主义。这使俄国人处于了守势；他们不得不辩解说，自列宁的时代以来，世界已发生了变化，因而有必要对他的一些学说进行修正，但他们在精神上并没有放弃列宁主义。所以，事实是，中国人已经展开了进攻；苏联人在开始反攻前要为自己的行为作出解释。
1960年夏，在北京召开的工会会议和在布加勒斯特召开的罗马尼亚党的代表大会上，中国人和俄国人发生了冲突。在布加勒斯特，赫鲁晓夫对毛本人进行攻击，称他为“极左分子”和“左倾修正主义分子”，并把他同斯大林的自我中心主义相提并论，从而引起了中国代表团团长彭真的反击。这次交锋在第三国的代表当中引起了极大的恐慌，他们纷纷以各自党的名义向双方施加压力，敦促他们达成一个一致的协议。这一做法果然奏效，并最终确定，同年秋天在莫斯科召开三个会议：俄国人和中国人之间的双边会议，二十六国党代表会议和八十一国党的领导人的首脑会议。
在这三个会议上，邓小平一直都是中国的主要发言人。他的（许多）声明和讲话的原文一直没有公开发表。但从一些引文和参考资料中可以得知，他是坚决支持纪念列宁周年的文章中提出的那些观点的。他对和平共处的看法是，这只不过是社会主义和资本帝国主义间的武装停战而已；关于战争，他认为，发生新的世界战争的可能性不大（因为苏联拥有的核武器能够阻止美国发动或引起世界战争），但局部战争是不可避免的；关于社会主义的路线，他指出，资本主义国家和它们的殖民地必然要发生暴力革命。在实际策略上，他主张社会主义阵营一定要提高警惕，加强武装。他认为，对于社会主义阵营和个别的社会主义国家来说，积极支持民族解放运动才是正确的（和安全的），而鼓励阵营以外的共产党减少战斗力则是错误的。目前还不能以充分的书面材料证明，邓曾经在关于全球性的核战争可能会带来的后果问题上采用了毛的观点——即核战争最坏的结果是导致帝国主义的毁灭，而不是全人类的毁灭。从表面上来看，他很可能已经预感到，在为期八周的争论期间，要想回避这个问题是不容易做到的。而如果他真的提及这个问题，他一定会引用毛泽东的这个说法。在其他任何记录中，也没有看到过他曾在这个问题上支持过毛。看来，邓对毛关于核战争的看法是持怀疑态度的。
第三个会议最终形成了一个涵盖一切有争议的问题并由所有参加者一致同意并签署的宣言。用第一位研究中苏冲突并深刻剖析了这场冲突的西方学者唐纳德·赞格瑞尔教授的话来说，它实际上是俄国人的胜利④。它不但充满了所谓苏联的基本立场和观点，而且还是含糊不清和模棱两可的。只是由于从北京监督着这些活动的毛接受了中国代表团团长刘少奇的建议，才使这篇宣（他和朝鲜的金日成是唯一两个没有出席会议的共产党领袖。——译注）言得以顺利发表。当时摆在中国代表面前的有两种选择：妥协和破裂。然而，正如后来发生的事件所表明的那样，刘在宣言上签名绝没有使毛改变他的以下观点或判断，即赫鲁晓夫和苏联国内外的其他许多人已经变质为“现代修正主义分子”。
1963年7月，邓又一次，也是最后一次出访莫斯科。他率领一个小型的党的代表团同以苏斯洛夫——意识形态方面的专家——为首的苏联党代表团就莫斯科宣言中包含的一切理论问题再次举行会谈，而且自从1960年前后重新开始会谈以来，在关于态度问题上，一方总是认为另一方的行为是十分恶劣的。中国人特别在两个问题上对俄国人表示了不满：后者在1961年至1962年冬天期间允许五万多人从新疆逃亡到苏联境内，以及在1962年的中印边境战争前后，赫鲁晓夫对中国的态度公开进行批评。至于俄国人，他们对中国人公然把他们在1962年10月古巴导弹危机期间的行为先是说成“冒险主义”，后来又说成是投降主义的说法，也极为愤懑。在会谈开始前，双方各自发表长篇的文件和声明，充分地和有针对性地陈述了各自的立场和观点。这成为一个不祥的预兆。俄国人还明确表示，对于他们来说，同邓的代表团的会谈远没有同时在莫斯科同美国和英国进行的有关部分禁止核试验条约的谈判重要（实际上，这个会议的主题本身就是向中国的挑衅）。虽然赫鲁晓夫亲自为邓和他的代表团举行了宴会，但那是在会谈举行了五天而任何一方都没有改变自己的立场和观点之后。双方没有确定进一步会谈的日期。这就发出了破裂的信号，而且正如其结果所表明的，这标志着两党间长达二十六年的正式交往的结束。
在“文化大革命”期间，流传着一个故事，说毛否决了邓起草的这份中国人在会议前公布的文件，也许其中有一定的真实性。但即使是有的话，也并不意味着毛已不再信任邓了。毛经常对其他人起草的文件感到不满，而且如果他对给他留下很好印象的邓的能力有什么怀疑的话，他就不可能派邓去同苏斯洛夫或者是同赫鲁晓夫本人较量。无论如何，在这次事件后，他曾表示，对邓的表现感到满意。更为不寻常的是，他亲自到机场迎接返回北京的邓，随后，他又指定邓担任一个写作小组的组长。这个小组是为了准备写作关于这场论战的起因和经过的详细的、公开的报告而成立的。这个报告在1963年和1964年间分九个部分［简称“九评”］发表，而且颇具说服力。
在国内，从1961年到1965年，邓主要活跃在两个领域：制定经济恢复的计划，组织一场旨在处理在“大跃进”之后普遍存在于党内的腐败、缺乏纪律性和道德败坏等现象的运动。
恢复经济计划主要由四个人负责：刘少奇、周恩来�