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洪秀全长年累月所做的这些事情，工作量之大，远远超过古代帝王的上朝拟旨，几乎耗尽了他被女人掏空后的虚弱身子内剩下的全部精力与心血。尽管洪秀全如此走火入魔地紧抓思想意识形态不放，但实际效果却并不佳，某些方面甚至适得其反。可就工作本身而论，说他是一个工作狂一点也不为过，这也足以证明洪秀全进入天京后直至病逝，并非一味贪图享乐、投机躲懒、无所事事，而是相当“敬业”，为他所想象、虚构的理想社会奋斗终生，完全可以称得上“鞠躬尽瘁，死而后已”。
太平天国奠都南京，铁板一块的古老帝国如火山爆发般突然涌出一大批力量强大、主动信奉《圣经》的“太平基督徒”，这一消息传到欧洲之时，西方人士喜不自禁，特别是欧洲教会，以为基督圣光普照中华大地的机会终于到来，立即着手教化的具体行动。1853年，英国基督徒便发起了一场旨在为中国印刷一百万册汉译《新约》全书的募捐活动。在华西方传教士更是跃跃欲试，他们不惜冒犯《南京条约》中只许在五个通商口岸传教的规定，偷偷潜入内地。然而，要突破清军防范严密的水陆禁区进入天京并非易事。尽管如此，仍有不少传教士通过乔装打扮，或是以翻译身份随同西方使团来到南京。在最初的好感之后，随着了解与认识不断深入，他们不禁失望了。
进入天京后的传教士认为，太平天国是一个半政治半宗教的混合体，政体中没有皇帝只有王，对外国几乎一无所知，自称是全世界的统治者；在宗教方面，没有教会（起义后宗教的成分逐渐淡化了），没有举行礼拜的专用场所，没有类似于牧师的神职人员，有洗礼而无圣餐……美国公理会的裨治文牧师说：“尽管他们的宗教信条或许多少承认《圣经》的全部教义或大部教义，但由于无知或曲解（或两者皆有）而带有谬误，变得一团糟。”最令西方人士难以接受的是，太平天国继承了传统的天朝意识，只承认西方是天国的一部分。“几乎全然不知世界上到底有哪些王国和国家，但他们统治全世界的要求却十分明确。”太平天国视洋人为“蛮夷”，但从上帝教教义出发，双方又是兄弟关系，便十分滑稽地称西人为“夷弟”。还从“天下一家”的角度强调洪秀全是上帝次子，乃万国之真主，因此“全世界人民必须服从并追随他”。在外交文书中，太平天国不是称“尔英人久已拜天，今来谒主”，就是“尔海外英民不远千里而来，归顺吾朝”，内容虽大同小异，但口吻始终一致。美国驻华公使麦莲率团访问镇江、南京、芜湖之后，在一份报告中写道：“不管对他们的政治权力制度做出怎样正确的判断，现在再也不能怀疑，我们不可能与他们在平等的条件下建立或维持交往。”
在所有来访教士中，罗孝全是最受礼遇的一位。鉴于他与天王此前的特殊关系，并且洪秀全一直惦记着他，再三念叨他是一个“好人”，不时打听他的行踪，因此，他是唯一受邀访问南京的西方传教士。即使这位曾是洪秀全老师的罗孝全，在天王府拜见时，也得按照天国礼制下跪。作为一名西方人士，罗孝全没有下跪的习惯，他拒绝向任何人下跪。可当他随文武百官进入大殿后，就在群臣向洪秀全行下跪礼的刹那间，一个声音突然大声喊道：“罗孝全敬拜上帝！”他稍一犹豫，双膝竟被行了魔法般不知不觉地弯曲在地，但他有意不看洪秀全，而是车转面孔瞥向他方。这场发生在太平天国，类似于马嘎尔尼朝觐乾隆的礼仪之争，虽然没有引起什么风波，但罗孝全此后一直耿耿于怀。
宗教是太平天国的立国之本与精神支柱，洪秀全自然不许他人染指，更不可能改弦更张信奉正统基督教。洪仁魑幻空幕酵剑毖圆换涞厮档溃骸按淌坎挥Φ钡秸饫锢矗蛭舜私桃宀煌焱醭俗约旱慕桃逋猓辉市碛斜鸬慕桃宕嬖凇！币虼耍缙诘摹懊墼隆币还系劢逃牖浇痰某逋辉谒衙狻Ｂ扌⑷芸炀头⑾至松系劢逃牖浇讨涞那穑鲂娜八堤焱酰跃勒庑按砦蟆庇搿捌睢薄Ｃ幌氲胶樾闳垂慈八德扌⑷男派系劢蹋⑾Ｍ晌幻碌男磐接氪淌浚系壑苯映适靖焱醯母Ｒ舸敕睢Ｕ蛭鲇谛湃危樾闳挂跃偈澜绲目谖窍纶馑ㄊ鹿倭煨洌ㄍ馕褙┫啵涸鹩胪夤概屑吧罄硗夤嗽谥泄乃蟹缸锸录Ｂ扌⑷源耸制眨匀患岽遣痪汀Ｋ婧笄那睦肟暇胩教旃茨课穑凇侗被荼ā贩⒈淼囊黄恼轮行吹溃骸霸谒侵屑渖钍甯鲈乱院螅业奶韧耆淞恕Ｎ蚁衷诜炊运堑某潭炔⒉谎怯诘背跷抑С炙堑某潭取淖诮套杂珊椭诙嗟慕烫贸闪四志纭坏曰浇毯廖抟娲Γ冶任抻酶怠Ｋ鼋鑫舜プ约旱恼巫诮獭！甭扌⑷怪赋夂樾闳笆歉隹袢耍静皇室俗鲆桓鐾持握摺薄Ｆ渌捶玫拇淌恳渤滞鄣悖缬⒐阑峁蘩砟潦υ徽爰刂赋觯骸拔曳⑾炙俏ㄒ坏哪苣途褪亲髡胶推苹担悦穹ê途衬诘拿裆还匦模怯衷趺茨芄怀晒Φ亟⑵鹨桓鐾醭兀课壹蛑蔽薹ㄏ胂蟆！�
罗孝全的离去与反目，成为太平天国与西方传教士、基督教彻底破裂的标志与象征。于是，过去曾持同情、观望态度的西方列强，将枪口对准了太平军将士。英、法两国除在上海外围与宁波地区直接出兵进攻太平军外，还准许戈登、日意格等现役或退役军官受雇于清廷，组织常胜军、定胜军、常捷军残酷围剿，给太平天国造成了极大的挫折与损失。
西方世界失去，国内百姓失望，令人扼腕的是，另一特殊而重要的阶层——传统文人、地方绅士，在太平天国与满清朝廷的殊死决斗中，不仅未能得到他们的同情、支持与拥护，反而成为不共戴天的死敌。
因科举失意导致对孔夫子的逆反，独尊上帝对其他教义的排斥，使得洪秀全极力排孔反孔。而传统士大夫阶层不仅从小浸淫在儒家典籍之中，对儒学有着一种透入骨髓的亲切与认同，而且因为科举考试以儒学为主要内容，士大夫们由此而获得功名利禄，从维护自己的利益出发，他们是孔学、孔教本能而天然的积极支持者与有力拥护者。洪秀全打着灭满兴汉的旗帜，使得四民纷纷归附，同时却又以前所未有的激进打倒孔家店，抽空自己的文化根基。太平天国因基督教而生，对西方文化茫然无知，而对汉文化象征的儒家孔学又激烈排斥，结果中西不靠，虚无悬空，也就难怪有人将其视为一个历史的“怪胎”了。
洪秀全敌视上帝教以外的一切人类文化，除极少数需加利用外，其余全在清除扫荡之列，可谓无像不灭，无书不焚，无庙不毁。如寺庙、书院、古迹、文物、书籍等，不是烧掉捣毁，就是改作兵营、仓库与屠场。营造天王府时，为了利用古建筑的部分建材，洪秀全几乎将南京城内六朝以来的古建筑全部拆光毁掉，举世闻名的大报恩寺塔、明代故宫，便毁于此时。
太平天国虚无过激的文化政策将天下读书人推向了自己的反面，至少是使他们心存畏忌，望而却步。曾国藩正是以捍卫儒家道统之名，号召士大夫与太平天国为敌，他在《讨粤匪檄》中以充满激情与鼓动的文字写道：“士不以诵孔子之经，而有所谓耶稣之说、《新约》之书，举中国数千年礼义人伦诗书典则，一旦扫地荡尽。此岂独我大清之变，乃开辟以来名教之奇变，我孔子孟子之所痛哭于九泉！凡读书识字者，又乌可袖手安坐，不思一为之所也！”太平天国与满清朝廷之争，就此演变为一场汉人与汉人之间你死我活的血腥大屠杀，仿佛当年清军入关夺取天下时的一幕重现。
当然，太平天国也对知识分子采取了一定的招诱举措，如开科取士、征求人才等。但开科取士首先看重的是考生的政治态度，文化程度则在其次，标准也十分宽松。太平军打下南京城不久，百姓大量逃跑，读书人所剩不多，即使那些留在城中者，大多也不愿获取太平天国的功名，参考者更是寥寥无几，因此，“大约应考之人无不中试者”。太平天国官员升迁主要凭军功大小，且十分看重地缘、血缘关系，即使高中状元，也难受重用，仅被授予指挥一职，不能参与机要或跻身领导决策层。作为一个连秀才都没有考上的落第书生，洪秀全表面敬重读书人，但骨子里透出的，却是对天下士人的轻蔑与反感，使用但不重用知识分子，仅让他们做一些辅助性的文字工作而已。
而太平天国的劲敌曾国藩则与洪秀全完全相反，他自己就是进士出身，对天下士人的文韬武略与广泛号召力极其重视，尽可能地将他们纳入自己麾下，进入幕府，参与机要决策，放手重用。曾国藩幕府中四百九十七位幕僚，其中进士七十四人，举人七十三人，贡监生员一百五十四人，士人占幕僚总数的60％。他们之中，除饱读四书五经的传统士人外，还有李善兰、徐寿、华蘅芳等通晓西洋之学的人才。据罗尔纲先生统计，湘军将领中书生出身的比例为58％，统领一路乃至多路人马的高级将领则达67％。
太平天国的主要领导人洪秀全、冯云山、杨秀清、萧朝贵等人不是落第秀才，就是大字不识的穷苦农民。读书少，见识与谋略自然短浅。自己没有文化，只要真正重视天下读书之人，为我所用，也可弥补高层领导缺少文化之缺憾。可太平天国阵营中读书人极少，《武昌纪事》对此写道：“贼中无读书练达之人，故所见诸笔墨者，非怪诞不经，即粗鄙俚俗。此贼一大缺陷，盖天之所不与也。”不仅如此，哪怕太平天国统治区域的百姓之中，也“唯读书人最难度日”。
由此可见，太平天国与清廷的较量，也可视为一群农民与一批士人之间的交锋。时间一长，战局的结果与天平的砝码逐渐失衡，渐渐偏向代表清廷利益的曾国藩一方，也就势所难免了。
外部各种反对势力层层围剿、步步紧逼，而太平天国高层内部，又出现了兄弟失和、内讧倾轧的严重失控局面——这就是人所共知的天京事变。
早在广西紫荆山传教时期，洪秀全、冯云山与杨秀清、萧朝贵之间，就存在着十分微妙而复杂的关系。其转折点在于冯云山被捕、洪秀全营救，上帝会最高权力出现真空之时，杨秀清与萧朝贵乘虚而入。后又有韦昌辉、石达开二人，以实力、忠诚、勤勉脱颖而出。起义前夕，由洪秀全、冯云山、萧朝贵、杨秀清、韦昌辉、石达开等六名客家人共同构成上帝会核心领导阶层，并按上帝教解释，由耶稣与他们六人组成兄弟关系，耶稣为上帝长子，其余则以年龄为序分别为第二子到第七子。金田起义后，洪秀全与其他五人既是君臣关系，又是兄弟关系。起义前冯云山一直位列洪秀全之后，因他不仅与洪秀全一同创建了上帝会，而且以一己之力打开了广西传教的艰难局面。而当杨秀清、萧朝贵代天父天兄传言的资格被确定之后，冯云山的地位下降了。建国之初分封五军主将时，杨秀清为中军主将，萧朝贵为前军主将，冯云山为后军主将，韦昌辉为右军主将，石达开为左军主将，冯云山已位居杨秀清与萧朝贵之后。永安封王时，洪秀全更是发布诏令，明确宣布西王萧朝贵、南王冯云山、北王韦昌辉、翼王石达开俱受东王杨秀清“节制”。
表面看来，杨秀清与萧朝贵的崛起只是导致了冯云山地位的下降，事实上则削弱了洪秀全至高无上的领袖地位。太平天国集宗教、军事、政治于一体，作为最高领导人，洪秀全自然也是集宗教教主、军事统帅、天国之王于一身。而当杨秀清、萧朝贵托天父、天兄下凡之时，一种相当奇特的现象出现了，作为上帝次子、耶稣胞弟的洪秀全不得不俯首于杨秀清、萧朝贵两人，恭听由他们口中转述的所谓上帝、天兄之言。
洪秀全的最高权力受到了严重挑战！
起义之初，因洪秀全、杨秀清、萧朝贵三人之间的相互制衡，加之忠诚厚道的冯云山居中调停，并未形成明显冲突。随着冯云山在蓑衣渡遇袭中炮身亡，萧朝贵攻打长沙遇难，权力平衡的态势就此打破。定都南京后，六王只剩四王，而韦昌辉、石达开资历较浅，于是，权力之争便聚焦在洪秀全与杨秀清两人身上。
定都天京后，洪秀全沉迷于意识形态的把握与主持，除重大事务的最终决策权外，一般不过问军事、政事，统筹全局的实际大权由杨秀清一人执掌。
洪秀全与杨秀清之间，纠缠着一些无法厘清的关系与难以解决的矛盾：洪秀全为宗教之主，杨秀清却时不时地代天父下凡干涉干扰；洪秀全是主掌政权的天王，而所有世俗大权却归于杨秀清一人；洪秀全是公认的太平军最高首领，可他却将军权完全下放，规定所有军队全归东王节制，弄得自己没有一支亲自掌控的武装力量可供驱驰，最后平叛之时，也不得不假韦昌辉之手。
杨秀清从小生长于闭塞的深山之中，五岁失去父母，由伯父抚养成人，真可谓“零丁孤苦，困厄难堪”。在受尽至贫至苦之磨难的同时，也培养了杨秀清坚韧独立的不屈精神。他虽“失学不识字”，但才智过人，天赋极高，据他自己所言，诗书典籍“但缓读给我听，我自懂得”。在与清军的多次殊死搏斗之中，杨秀清的实践经验、指挥才能得到了较好的发挥，说他是一位军事天才、政治天才一点也不为过，有时仅凭一股本能与直觉，就能在具体的取舍中选优弃劣。由广西转战天京，杨秀清指挥作战，无往而不胜。除洪秀全之外的所有太平军将士，他都有权指挥调遣，并握有生杀予夺之权。于是，昔日压抑自卑的心理不仅得到了有力的补偿，而身为孤儿所独有的无羁无绊、我行我素、缺少温