。据统计，南京女馆中妇女人数最多时高达十四万，她们的生活起居受到严格管制，没有半点自由，生理遭到压抑，人性受到扭曲，不满与逃跑时有发生。
民众起初对太平天国抱以热忱欢迎的态度，曾有民谣颂道：“洪杨到，百姓笑，白发公公放鞭炮。三岁孩童扶马鞍，乡里大哥吹号角。”当太平天国不仅对将士及其家属实行分营制，对普通民众也按军营方式管理之后，老百姓实在难以忍受苛刻的天条约束，不由得成批逃亡。太平军进入南京时原有百姓八十万，九个月后，仅剩十五万，其中妇女十一万，老弱男子四万。也就是说，行动方便的男子差不多都跑了。
后来，男女分馆的负面作用越来越大，洪秀全不得不下令取消女馆制，准许男女配偶，并设立媒官专门管理。于是，新的规定“出台”了：凡男女十五岁以上至五十岁皆可“报名指配”，丞相许配女十人，国宗可配八人，其他职务“以次递减”，无职者也可配女一名，由媒官“掣签指婚”。在这一乱点鸳鸯谱的抽签制下，出现了“有老夫得女妻，童子获衰妇者”，且不准更换调配，于是，“贞女节妇自裁者，数千余辈，女馆遂空。”面对这种人为制造的婚姻悲剧，躲在深宫里的洪秀全很有可能并不知情；即使知之，恐怕也打动不了贵为天王的洪秀全的铁石心肠；即使打动，为时已晚，也于事无补。
太平天国的另一重大举措，就是实行圣库制，天下一切财物，“皆天父所有，全应解归圣库。”起义之初，大多会众就是冲着“公平”二字投奔而来，一切财物归公，然后平均分配。奠都南京后，圣库制更是得到了认真切实的贯彻执行，太平军士除大官外，士兵军佐藏银但凡超过五两，一律杀头；民间也不能私藏金银粮食，金银存在水西门灯笼巷的天朝圣库，粮食屯于丰备仓、复成仓、贡院三处。所有百姓都按太平军的军事化模式进行管理，按性别、年龄、特长、职业等分别编入诸匠营、百工营、女营、绣锦营、牌尾馆（或曰老民残废馆），然后一律实行不同等级，仅能够解决温饱的供给制度。
可普通军士百姓生产出来的物质，节衣缩食省下的财富，并没有成为天朝储备，而是供洪秀全、杨秀清、韦昌辉、石达开、李秀成等少数王侯挥霍享受。洪秀全刚刚进入南京，就开始大规模修建金碧辉煌的天王宫。不久被一场大火吞噬，又拆除明朝宫殿，利用其建材重新修造，竟比以前更加奢华。其他诸王也都建有王府，东王府周围六七里许，内有五层高楼。因太平天国没有设置中央政务机构，而由天王宫及诸王府分别行使权力，因此各王府的官员、杂役格外庞大。除洪秀全而外，杨秀清总揽行政军事大权，东王府的官员杂役多达3564人。北王韦昌辉、翼王石达开所修王府规模虽小于天王、东王，但府内均设有六部，只是官阶有所降低，人数相对减少而已。这些成百上千名官员，真正从事政务者极少，大多都是服侍的差役。比如杨秀清出门参加一个迎神赛会，前赴后涌的仪仗队伍就多达数千人。由此可见，圣库制的设立，就是榨取军士血汗，聚敛百姓财富，专为高层领导服务，正所谓“破万人之财，聚一人之财”。
严格实行圣库供给，自然得取消商业贸易。于是，南京城内，“既未看到商店，也无任何物品陈列求售，更不可能得到出租的船只、肩舆或马匹。”后来女馆取消，家庭团聚，军士、百姓除粮食等供应物质之外，一些无法统一配给的商品物件只有通过市场进行调节。在这种情况之下，太平天国不得不允许南京城外摆摊设点，从事小型小额商品交易活动，但烟酒仍属严厉禁售之物。
太平天国的所谓天条、戒律、忌讳简直多如牛毛，等级制度严厉，繁文缛礼空前。比如各王、各臣的服饰、仪仗都有严格规定，连使用的公文信袋，信封的大小、花边都有等级之别；天王轿夫六十四人，东王四十八人，以下各王递减；诸王出行时，军民人等都得回避，躲闪不及者得毕恭毕敬地跪在道旁，等候仪仗通过。稍有违犯，处罚也重，动不动就是“斩首不留”。
太平天国最为后世所称道向往的，就是洪秀全颁布的《天朝田亩制度》，这也是他“开创天朝”，建立“人间天堂”的总体蓝图与目标。其中最重要的一条，就是废除封建土地私有制，平均分配土地，不论男女老幼，人人都可得到一份田亩。然后建立人无私产、平均分配的公库制度，实行“兵农合一”，设立礼拜堂教化民众。这些制度规划，有的实验过，效果都不甚佳。有的根本没有条件，或者说来不及施行，只能永远停留在空想阶段。空想与幻想、理想仅一字之差，退一步可视为幻想，进一步可看作理想，便为后人的诠释留下了广阔空间。比如平分土地，太平天国区域之内无前线后方之分，硝烟弥漫的战场，遑论分田分地？其实，即使诞生了和平安定的环境，将田地划分九等，然后相互搭配分给个人，施行一种绝对的平均主义，恐怕也难以实现。即使分田授地可行，结果又会怎样？私有废除，所产纳入公库，与南京城内曾经实行过的圣库制又有什么区别？“兵农合一”，不就是全民皆兵么，与男女别营又有什么两样？而处处设置礼拜堂，时时拜上帝教，以信仰制约百姓，以宗教凌驾一切，这样神权合一的统治在中国历史上还从未有过。如果以上蓝图全部变成现实，那么一统天下的太平天国，将是一个真正意义上的集政治、宗教、军事于一体的特殊国度，严酷的统治肯定比集中营好不了多少。人们不仅看不到“人间天堂”的快乐与幸福，反而会产生“社会地狱”的恐怖与后怕。
1853年3月29日，洪秀全乘坐黄绸大轿，在文武官员的跪迎中踌躇满志、前呼后拥地进入南京，直到十一年后病逝，就再也没有迈出被他改名为天京的城门一步。大兴土木修建天王府后，洪秀全更是将自己的活动范围缩小在方圆十里的宫墙之内，唯一的一次走出宫门，就是乘坐六十四人抬的大轿，前往东王府探视卧病在床的杨秀清。他不仅自己足不出府，也不允许他人出入，只有东王杨秀清、北王韦昌辉、翼王石达开以及后来特批的燕王秦日纲四人，在获得他的批准之后，方可进入天王府金龙殿内。
洪秀全在天王府内的奢侈腐化令人叹为观止，“各种物品都是金制的”，王冠纯金制成，重八斤；金制项链一串，也重达八斤；绣金龙袍上的纽扣为金；在内宫升殿临朝，要乘坐金车，由美女手牵而前。据《天京游记》所述，天王进餐时，鼓声、钹声、锣声、炮声突然交作，直至膳毕方告停止。进膳之时，“圣门半开，好些软弱可怜的女子或进或出，各提盘碗筷子及其他用品，以侍候御膳用。”
过去几乎所有资料一致认为，洪秀全在进入南京之后变得意志消沉、腐化堕落了，便长年躲在深宫之内，玩物丧志、贪图享乐不已。洪秀全接受的传统教育及脚下这块土壤决定了他的骨子里不可能产生西方意义上的民主、平等、自由等思想，他参加科举的目的就是出人头地，这一目的没有达到，尔后通过立教传教、武力夺取政权等方式，使得昔日遭受严重压抑扭曲的心理得以转化、释放，不禁变本加厉。因此，暴殄天物、挥霍享受、腐化堕落难以避免。然而，若说他就此玩物丧志、意志消沉，那可真是冤枉了他。他自己就曾说过：“尔主哪得安乐在宫中？”进入南京之后，洪秀全比过去更忙了，工作量大得惊人，他得时刻设定规划，通盘考虑太平天国的国策、发展与未来。他所做的主要事情，就是狠抓意识形态不放松，完善自己的宗教理论体系，用以指导实践。他一天到晚深深陷入这些工作之中，将天国的一应大事、实事全部交付东王处理，正如时人所说的那样，“是事皆不过问，权柄应诿于军事（杨秀清）便宜行事。”既不露面也不管事，给人的印象就是躲在深宫“宜享天福”。长期没有他的情报信息，致使民间、清廷传说他早已死去，只是为了迷惑骗人，杨秀清才不得不制造一个木偶出来用以服众。
洪秀全躲在深宫不出，既可追求安宁清静以达专心致志之效，也可制造距离增强神秘感，使得笼罩着的光环变得更加炫目。他长年坚持不懈做的在他看来属于“悠悠万事，唯此唯大”的事情，可用三个字予以概括：删、改、写。
洪秀全通过《劝世良言》受到启发创立教会，而《劝世良言》不过《圣经》的中国“简写本”而已，因此，上帝教教义的主要依托与来源，就是《圣经》。洪秀全对《圣经》格外重视，定都南京后，很快下令出版管制，认为《圣经》与自己撰刊的书籍是“当今真道书”，并将《圣经》尊奉为上帝教经典大规模赶印，试图将之“颁行天下”；而对其他书刊，特别是儒家经典予以严厉查禁，“凡一切孔孟诸子百家妖书邪说尽行焚除，皆不准买卖藏读也，否则问罪也。”
但《圣经》的某些教义与洪秀全的上帝教之间，存在着尖锐的矛盾与冲突。比如按《圣经》所言，耶稣是上帝的独子，那么作为上帝次子、耶稣胞弟的洪秀全以及杨秀清等其他儿子又当作何解释？比如《圣经》持上帝纯灵论，“我们既看不见他的形象，也不能听见他的声音”，而洪秀全在梦中不仅看到上帝，还经常与他对话，更是难以自圆其说。为此，洪秀全不得不亲自捉刀上阵，对《圣经》进行大量批注删改，凡符合他本意的，予以保留，稍不顺心如意的词句，不是批注、删除，就是修改，使其与上帝教内容相互吻合、印证。这一工作看似简单，其实难度非常之大。以当时的印行为准，《圣经》合计七百二十多页，约三十四万八千字，仅认真阅读一遍，就要花费大量时间，而要揣摩理解，逐字逐句删改，其工作量之大可想而知。据有关资料统计，洪秀全批注《圣经》，以注释的方式给《圣经》定下基调，共有八十二条，篇幅长短不一；删改之处多得不可胜数，凡避讳字要改，比如太平天国将上帝名号列为避讳字禁止使用，那么所有《圣经》中僭皇称帝处一律改用“侯”字代替。而天国的避讳字又相当之多，稍不留意，就有所遗漏，作为全军全民奉读的经典读物，不得不慎之又慎；此外，《圣经》中与“十款天条”不符要改，故事与天国法令不符要改，原先翻译中所有使用清朝职官名要统一改为太平天国的职官名称，西方的一些说法要改为太平天国的文献习用语……
所有修订、编纂工作全由洪秀全一人完成，耗费了他大量的时间精力，使得视力严重减退。经洪秀全脱胎换骨彻底修改之后的《圣经》，由《旧约》、《前约》、《真约》三部分构成，常常出现文理欠通顺，结构不完整，内容不连贯的情况，个别地方，意思与原著甚至完全相反。它们大量印行之时，封面图案也没有以十字架作为宗教标志，而是采用中国传统的双凤朝阳或二龙捧日。
《圣经》在基督徒眼里是不容改动的真理，洪秀全修订《圣经》，被西方传教士视大逆不道之举，在南京逗留的西方传教士就此提出质疑与抗议，洪秀全回复说，他是尊奉上帝旨意，才这么做的。
删改《圣经》，只不过是洪秀全工作的一个部分而已。此外，他还管理后宫，发布诏令，创作大量的宫闱诗词，删改修订释道儒等其他书籍。
俗话说，三个女人一台戏，几千名女子齐集天王府，可以想见，会出现一种怎样的闹哄哄乱糟糟的无序情形。洪秀全虽不管外事，可眼皮子底下的宫闱内事还是要管的，且经常陷入女人之间纠缠不清的一些麻烦之中。一次杨秀清假托天父下凡，内容就是斥责、管束洪秀全对宫内女人打骂不断、处罚过严。1857年末，太平天国刊印《天父诗》五百首，除辑录天父天兄圣旨的政治诗十首外，其余四百九十首反映宫廷生活的宗教伦理诗全为洪秀全所作，目的就在于规范嫔妃行动准则，便于指挥调教，并要她们认真背诵以作为行动指南。如第十七首写道：“服事不虔诚，一该打；硬颈不听教，二该打；起眼看丈夫，三该打；问王不虔诚，四该打；躁气不纯静，五该打。”第十八首曰：“讲话有大声，六该打；有喙不应声，七该打；面情不欢喜，八打该；眼左望右望，九该打。”这些所谓的天父诗文辞浅白，类似民俗口谣，全无诗歌美感意蕴，算不上严格意义的诗歌。但作为努力将宗教伦理、宫廷生活与诗歌艺术结合在一起的创作者洪秀全来说，这活儿干起来并不轻松，肯定要煞费苦心、绞尽脑汁。
洪秀全对待诸子百家严厉查禁，就连秦始皇手下留情的巫筮占卜之类的书籍也在焚毁之列。他这样做的目的，旨在广大民众与传统文化之间造成一种割裂，完成上帝教文化的传播与深入。但洪秀全早期接受的全是传统教育，儒家思想已深入骨髓，“但四书、十三经，其中阐发天情性理者甚多，宣明齐家治国孝亲忠君之道亦复不少”。在大举焚书的同时，洪秀全刊行了《太平诏书》修订本，其中便引用了不少儒家思想文字。无法完全禁绝诸子经典学说，洪秀全便改禁书、焚书、毁书为删书，专门成立删书衙，宣布所有经书只要经过删改，便可刊行诵习。这项工作又是洪秀全亲自上阵，他将早年所写《原道救世歌》、《原道醒世训》、《原道觉世训》及《太平天日》等重新审阅，进行修订刊印，文中所有袭用儒家经典语句，由他全部改写或删除。他还重写《三字经》、《千字文》、《幼学库》等通俗通物下发给太平军将士及少儿启蒙之用。随着年岁增加，洪秀全的视力越来越差，要将所有儒家经典全部改过，实在是心有余而为不足，于是，他便专门删改《诗经》一书，发与删书衙，作为删改其他儒教典籍的样板。凡是不能亲自动手删改之书，不论厚薄与否，都得经过洪秀全严格把关，一字一句审读，哪怕出版诏旨、布告之类的汇编本，最后也得由洪秀全亲自拍板�