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1941年底，日军突袭珍珠港，发动太平洋战争，并攻占香港，学校停课，陈寅恪在家闲居约半年。这个时候，陈寅恪应牛津之聘的计划完全被打消，一直到1945年秋陈寅恪赴英国医治眼疾前夕，他对于赴任牛津还是抱着相当积极的态度。修中诚在一份于1945年8月25日提交的年度工作报告中还提到，他正在向大学提出一个由他和陈寅恪共同商拟的计划，陈寅恪教授如能早日到英国，将有助于为英国的汉学研究开拓一个新时代。可惜的是，虽然陈寅恪当年秋天就到达英国治疗眼疾，终因未能奏效，不得不放弃牛津的聘任。从牛津档案的其他部分可见，陈寅恪和牛津大学中文高级讲师修中诚最乐于花时间和精力探讨一些各自感兴趣的问题，特别是牛津大学的汉学发展。1942年至1943年间，修中诚访问中国，其间专程到桂林和当时任教于广西大学的陈寅恪相处了一个月，两人就牛津大学的汉学发展进行了详细而具体的讨论。这批档案保留下来的一些文件，映照出学者执着于学术追求的独立人格的光辉。
牛津大学档案中保留了一封当时在伦敦的联合国教科文组织中国代表、武汉大学教授陈源于1945年12月31日写给牛津大学校长的信件，信中写道：
我的朋友陈寅恪教授委托我转达以下事宜：陈教授请我感谢你友好的音信。他的眼睛已经动过两次手术，但尚未知道是否需要做第三次，亦未知他需要在医院留多久。事实上，他并不清楚自己是否能够完全恢复视力，不过，他相信即使有幸恢复视力，要在研究方面比较大量地阅读，还需要至少两至三年的时间。所以，他决定，一旦他的身体状况恢复到足以应付舟车劳顿，就会马上返回中国。故此，他不得不谢绝接受牛津大学中文教席的荣誉。他为把这个决定告知你而深感遗憾，并且希望你相信这是一个经过深思熟虑的决定。他觉得，只有尽快表明自己的想法，对大学，对各有关人士，以及对他自己，才是公平的做法。①
从这些通过第三者转达的话中，隐隐然可以感觉到陈寅恪先生为无情的命运捉弄而不能遂其志的无奈。1946年1月21日，牛津大学正式公布陈寅恪教授因健康不佳辞职。在中英两国学术史上令中英很多学人惋惜不已的这段“姻缘”，也至此终结了。
四、三所大学里的记忆（1）
受聘香港大学
1940年，欧洲战争局势紧张，滇越交通中断，飞机票价高昂，陈寅恪难以赴英，同时也无法返昆。唐筼身体抱恙不能远行，陈寅恪几陷于进退维谷之境。经济拮据，不能自给。时任中英文化协会领导人的杭立武及时与香港大学联系，加上时任香港大学中文系主任许地山的力荐，陈寅恪得以谋职港大，任香港大学的客座教授。这解决了全家在港的生计问题，使全家能暂时在香港居住，同时也利于陈寅恪学术研究的继续，于是他向西南联大请假一年，暂时留在香港讲授。
当时陈家住在九龙城的太子道，离着位于市区的香港大学较远，陈寅恪到港大上课需要车船倒换，来往上课，极其不易，当时他们一家在港的生活也是很艰难的。陈流求记录道：
值欧洲战起，地中海不能通航，父亲只有暂在香港大学任课，为客座教授。那时我们住在太子道，离九龙城不远，乘公共汽车到轮渡，渡海后再转电车到港大，单程需近两小时，条件是很艰苦的。
1941年春天，陈寅恪曾经由港飞往重庆出席中央研究院评议会。有诗《辛巳春由港飞渝用前韵》：
海鹤飞寻隔岁游，又披烟雾认神州。
江干柳色青仍好，梦里蓬瀛浅水流。
草长东南迷故国，云浮西北接高楼。
人间春尽头堪白，未到春归已白头。①
这首诗似是在飞机上即兴依前韵所作。吴宓按：“此诗乃寅恪一九四五年一月在存仁医院病床口授宓者。三四句末对未工，抄写恐有误。又按，寅恪两次飞渝，皆为中央研究院开评议会。［此诗一九四一年作。第六句似指某大国也。］”②出席会议后，陈寅恪飞回香港，继续在港大任职。
1941年8月4日，许地山逝世，陈寅恪深为悼念，为其作挽词，许地山的追悼会在9月21日举行，陈君葆说“挽联中以陈寅恪的一对为最亲切有味，可谓情文兼至”，挽联的内容如下：
人事极烦劳高斋延客萧寺属文心力暗殚浑未觉；
乱离相倚托娇女寄庑病妻求药年时回忆倍伤神。
陈寅恪曾经对别人提到，他当年研究佛道之学的时候，对于道教他只是取来作为史学研究的补充材料，对于佛教往往只是比较原文与诸译本字句间的异同。至于其中的微言大义，都没有发掘出来。后来，是通过读了许地山先生所写的佛道两教史的论文，文章中对于教义本体有精深的评述，这令陈寅恪深受启发和为之佩服，同时也有为以前研究方法的惭愧之意。③
之后，陈寅恪继为中文系主任。在港大任教的时候，陈寅恪曾作公开学术演讲，曾经讲授韦庄《秦妇吟》一诗，虽然仅仅一首诗，他竟然绵延讲了两个月，每讲一点内容，往往旁征博引，深刻剖析，足可见他的博大精深处。此外，在香港大学还有过一次用英文作学术性的公开讲演，讲题是《武则天与佛教》。
是年12月8日，太平洋战争又起，社会秩序混乱，交通阻塞。日本人占领香港，学校停课，先生离开香港大学闲居半年。他一家生活十分艰难，将衣物换食物，生活物资极端缺乏。香港之战初起，重庆曾经派飞机到港抢救要人，但要人如许崇智、陈济棠以下都未接出，只接出一大家族，“箱笼累累，还有好些条狗。”消息传到昆明，几千学生大游行，口号是打倒孔某。陈寅恪一家自然是挤不上飞机，困居在港。①日寇入港曾经觊觎陈寅恪所居之楼房，勒令他们搬迁，陈寅恪以日语斥之，避免了一次祸端。由于陈寅恪懂日文，日军对他还算客气。军部行文香港占领军司令，司令派宪兵队照顾陈家，送出好多袋面粉，但宪兵往屋里搬，陈寅恪、唐筼硬是往外拖，就是不吃敌人的面粉。他们甚至用官职利诱，面对这一切陈寅恪宠辱不惊，拒不接受，生活虽然艰难，但宁可以典当衣物来过活。陈隆恪也曾听闻，“日寇馈米二袋，拒不受”，并寄“正气狂吞贼”之句以慰勉乃弟。陈氏一家宁可挨饿而坚持气节，与散原老人为保持民族精神绝食而死，同样难能可贵。他们的高风亮节，令人钦佩，永留青史。
香港沦陷后，陈寅恪立即辞职闲居，日本当局持日金四十万元委任他办东方文学院，他坚决予以拒绝。1942年春，有人奉日方之命，专程请他到已被日军侵占的沦陷区上海授课。他又一次拒绝，随即出走香港，取道广州湾至桂林，出任广西大学教授，不久移居燕京大学任教。当时，面对民族危亡，国民党政府腐败无能，消极抗日积极反共，陈寅恪感到痛心，而桂林某些御用文人，竟发起向蒋介石献九鼎的无聊活动，劝他参加，他作《癸未春日感赋》：“九鼎铭辞争讼德，百年粗粝总伤贫”，以示讽刺，表示自己的无奈和愤慨。这一时期，在繁忙的教学中，他仍致力于学术研究，先后发表了不少著述。
1941年，陈寅恪在香港完成《唐代政治史略稿》一书，后来印行时改名字为《唐代政治史述论稿》。原稿序末署“辛巳元旦陈寅恪书于九龙英皇太子道三百六十九号寓庐”。书稿成时，太平洋战争爆发，第二年陈寅恪携稿子到桂林，钞改后交商务印行。钞改后的手写稿，本名《唐代政治史略稿》，写成后寄往上海。这些存下的稿子，是陈寅恪居港时候最完整的墨笔直行手稿。《唐代政治史述论稿》从民族升降，党派关系，外族盛衰及外患与内政关系三处落笔，深入剖析了一代政治，建立了以氏族门阀兴衰为背景，认识魏晋南北朝史的理论框架。这一理论框架的创新深刻影响了近现代学者，对日后这方面的研究起了引航灯的作用。比如关陇集团问题，大概是近现代史学界争论最久，卷入知名学者最多的问题之一，唐长孺《魏晋南北朝隋唐史三论》中进一步提出唐朝的南朝化，田余庆《东晋门阀政治》等名作，都是陈寅恪学术领域的不同程度地延伸。
杨遇夫（树达）先生1942年赠陈先生诗云，“朋交独畏陈夫子，万卷罗胸不肯忘”。①陈寅恪研究领域极为广泛，并在中国比较语言学研究各个方面都深有造诣。他致力于汉、中古和六朝的历史，而他的著述表面上以微不足道的枝节为基础，但成果的影响却相当深远，堪称学术界真正的贡献。他在西方比较语言学方面受过的训练是一流的。他曾经学过梵文、藏文及蒙古文，尤其精于藏文。他不但能够同时使用中国和西方历史学家的方法和文献，并且善于在自己的研究领域中利用。由于历史研究的领域非常广泛，要结出最好的硕果，必须具备深厚的知识和批判的态度。在现代中国，历史研究真正的进展，是透过运用批判性的方法达致的，唯应用范围一般仍十分狭窄。近来，研究领域已有所扩展，但方法一般仍欠严密。欧洲正统比较语言学的影响，只是在最近的历史著述中才开始感觉得到。陈寅恪能够掌握其他人忽略的某些事实的真正意义，利用一些看来是微不足道的事实论证意义极为重大的事件。以前的中国历史学家，要么就是对细微的事实感兴趣，故他们的成绩不免支离破碎；要么就是对通史有兴趣，因此过于理论化和太具想像力。
陈寅恪对魏晋南北朝的民族问题，唐代的关陇集团与山东集团、庶族地主与士族地主的关系问题，隋唐制度之渊源等问题的研究，无不持之有故，言之成理，严谨精邃，自成一家。因此，从治学方法论的层面来说，陈寅恪的史学方法是对历史唯物主义方法论的重要补充。陈寅恪虽然未能运用历史唯物主义的立场、观点和方法进行研究，但他并不缺少历史主义的史识和朴素的辩证观点。他治史视野开阔，从大处着眼，小处着手，钩稽史料，抉幽阐微，因小见大，长于在别人不注意处发现问题，找出内在联系，揭示出带有规律性的重大历史现象，言人之所未言。
陈寅恪治史以中古史为先，他曾经不止一次说过：“上古去今太远，无文字记载，有之亦仅三言两语，语焉不详，无从印证。加之地下考古发掘不多，遽难据以定案。画人画鬼，见仁见智，曰朱曰墨，言人人殊，证据不足，孰能定之？中古以降则反是，文献足征，地面地下实物见证时有发见，足资考订，易于著笔，不难有所发明前进。至于近现代史，文献档册，汗牛充栋，虽皓首穷经，迄无终了之一日，加以地下地面历史遗物，日有新发现，史料过于繁多，几无所措手足。”由是可以看出，陈寅恪治史以中古史为易于见功力之微旨，非以上古与近现代史为不可专攻也。①
1941年12月14日，校读《新唐书》第二卷，书后附自记。次年正月，陈寅恪仍然校读《新唐书》。这年冬天，在坊肆中购得商务国学基本丛书本宋李心传《建炎以来系年要录》十二册，排印字既小，且多双行注，字尤小，陈寅恪现在的眼疾已经厉害，做这些研究非常吃力。第十二册末的跋中提到，他是在无意中于书肆廉价卖到了这本书。不过几天世界大战起，在万国兵戈饥寒疾病之中，研读此书也有利于消磨时光，于是匆匆读了一遍。以前家藏的殿本及学校所藏的本子都要远胜于这个本子。②以前陈寅恪读这本书的时候是在太平之世，而现在读的本子时值乱世，反而给人一种亲切熟悉的感觉，身逢乱世，能坐下来安静地读一本自己喜欢的书也许已经是很大的享受了，而对于那段时间长期辗转奔波的陈寅恪似乎更是难得和珍贵。
动荡岁月的纷乱，阻挡不住为学的热情，这一年，陈寅恪还著有《读东城老父传》、《读莺莺传》、《魏书司马睿传江东民族条释证及推论》诸文。
1942年春，陈寅恪一家仍然困居在香港。有《壬午元旦对盆花感赋》诗，末联：“劫灰满眼看愁绝，坐守寒灰更可哀”，由此可深刻的感知到陈寅恪当时困居香港的苦闷心情。这个时候，艰难的生活中却出现了另外的不尽人意的插曲。据陈流求笔记记录，这年春节过后不久，陈寅恪旧时的学生来访，说是奉命请他到当时沦陷区的上海或广州任教。陈寅恪对于日本人，身负国耻家仇，岂肯为侵略国家的敌人服务，他坚决地拒绝了。吴雨僧《答寅恪》诗自注有言：“闻香港日人以日金四十万圆强付寅恪办东方文化学院，寅恪力拒之，获免。”③日本人三番两次的骚扰利诱，这个时候陈寅恪想到的是，香港不是久留的地方，应该想办法尽快逃脱，离开这个是非之地。
5月5日，有船到广州湾（即湛江），陈寅恪一家带了简单的行李乘坐海轮由香港取道广州湾准备返回内地。途中，遇到风浪，一叶扁舟，惊险万状，但为了归死故丘，毫不犹豫。好不容易到达湛江，住进了一个嘈杂拥挤的旅社，与内地取得联系后，又由旱路经过赤坎、廉江、郁林、贵县，在贵县换船到桂平，换拖轮到柳州，在1942年六月末抵达桂林市。
陈寅恪在桂林留一年多，并任教于广西大学。
驻足广西大学
陈寅恪一家成功逃离香港抵达桂林后，他的亲朋好友都非常高兴。其兄陈隆恪有《闻六弟携眷自香港脱险至桂林》一诗：
蝉雀相乘劫，恢恢食报才。
穷愁羁我在，辛苦识君来。
正气吞狂贼，余生息祸胎。
危邦占剥复，未许后人哀。
吴宓听到老友脱险，亦有《答寅恪》诗：
喜闻辛苦贼中回，天为神州惜此才。
心事早从诗句解，德名不与世尘灰。
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