历经逃难的各种艰辛，才到达湖南长沙，不久因战局关系，学校迁往云南。他们不顾路途的劳累，再度南下。到达香港的时候，唐筼身体抱病不能跟进南下，暂时留在香港。陈寅恪只好独自到西南联大任教。在此期间他时常患病，视力模糊，阅读、书写吃力。战火纷飞的时局，北京寄往长沙的书籍，在一场大火中付之一炬。在长途跋涉中，随身携带的珍藏的书籍又时有丢失，一些著述及未成之稿亦不复存在，这直接导致了日后很多著述难能完成，很多研究的心血付诸东流。陈寅恪可谓痛心疾首，目疾遂逐渐加剧。蒋天枢先生在记述的按语中写道：“先生离北平时，右眼视网膜已发现剥离现象，若得至英伦，眼疾当可医治痊复，不致终于失明。”蒋先生叹曰：“天欤，际遇之不幸欤？”凡此种种的不幸，陈寅恪的情绪极度低落。据当年同在昆明的俞启忠表兄相告，逢空袭警报来临，他常陪同陈寅恪去躲避轰炸，以防陈寅恪因视力缺陷发生意外，可见当时陈寅恪的视力下降得厉害。
在抗日战争的艰苦年月，辗转逃难、敌机轰炸、贫病交加，几近失明的陈先生授课不掇，著述不掇。备课从不懈怠，所授课业让许多后辈受益多年。经虎门抵达香港时，已经是1937年末。①初到香港，陈家暂时住在罗便臣道104号地下室。人地生疏，听不懂广东话，使用港币，生活费用昂贵，生活极其艰难。春节过后，陈寅恪必须赶赴西南联合大学上课，但是唐筼原患心脏病，旅途劳顿，体力不能支持，陈美延也得病，不能再走，陈寅恪决定只身取道安南、海防，到云南蒙自西南联合大学文学院授课。路上书籍的丢失，无疑增加了现在校读工作的繁杂和难度。陈寅恪校《新唐书》时，已远不如校《旧唐书》时的悠闲。流离西南，生活极不安定，现在他的眼睛视力已经大大不如以前了。传世的《唐代政治史略稿》、《元白诗笺证稿》的大部分文字是这一时间完成的。
战争带来了极大的灾难，导致万千人民流离失所，陈寅恪这个时期，接应牛津之聘的愿望也一再因为战争因素受阻隔，最终抱憾放弃。逃离沦陷区香港后，曾经逃难到桂林，暂时任教广西大学。之后由于时局紧张，又开始了漫长的辗转历程，陈家几经逃难，陈寅恪的体质愈加衰弱，唐筼及幼女时有病痛，终于在1943年底到达四川成都，执教于燕京大学。先住入学校租赁的民房内，此时正值抗战后期，物价飞涨。灯光昏暗，且常停电，陈寅恪用唯一高度近视的左眼视力，在极端简陋的条件下照旧备课并从事学术研究，完成多篇论著。寅恪的视力在那个时候已经日渐减退，那时他的手写字迹已较前明显增大，记得一次期末评卷后，陈寅恪因视力不济，已无法按校方要求将考分登录在细小的表格内，无奈之下只有叫陈流求协助完成这项费眼力的工作。
陈寅恪在燕京大学教书，一直到抗战胜利，在抗战胜利的前两三年间，通货膨胀严重，物价飞涨，生活极为困难。执教燕京大学的时候，陈家与李方桂教授家同住在陕西街燕大校本部宿舍，李家住楼下，陈家住楼上。所谓“宿舍”，不过是用篱笆隔成的极狭的小屋，陈寅恪一家５口挤住３间小屋，颇为简陋。那时物质条件很差，灯光昏暗，物价飞涨，间或还要躲警报，生活如此艰难，陈寅恪用唯一还有视力的左眼，仍然不断地从事着学术研究和著述。1944年秋，陈家迁入成都华西坝广益路宿舍。相比抗战以来的颠沛流离，陈寅恪在华西坝的生活，虽说仍不免清贫之困，却总体上说是平稳安宁，也是做学问难得的平静时光。除上课讲学，偶尔应酬交往，大部分时间，都是在舍中读书著述。尽管眼疾病痛困扰，陈寅恪在成都，共写就12篇论文，其中有9篇后来收入晚期名著《元白诗笺证稿》中。当时的华西坝，真算得上大师云集，盛况空前，顾颉刚、钱穆，萧公权，李方桂，许寿裳，吕叔湘……每个人都是其各自领域的领军人物。然而，陈寅恪却如众星捧月，成为其间翘楚。1944年5月6日，华西坝上的华西、燕京、齐鲁、金陵4所大学及金陵女子文理学院，５校中文系举行联谊大会，众学者公推陈寅恪为大会主席。陈寅恪众望所归地登台讲话，除阐明此会意义外，着重对５校中文系今后应着力方向做了详细阐述。遗憾的是陈寅恪这篇精彩深刻可列为珍贵文献的讲话，因其时未有详细纪录而流失。
有意思的是，陈寅恪因名气太大，学问精深，其授课时，台下听课者除学生外，竟时有林山腴先生，著名学者程千帆、沈祖棻（被朱自清誉为“现代李清照”）夫妇，以及诸多慕名而来的文化艺术人士。可见当时陈寅恪声名及影响之大。
然而，好景不长，也可谓乐极生悲，随着眼疾恶化，“天才学者”陈寅恪最终在成都华西坝失明。这个意义上说，抗战后期的成都，以及风光秀丽，人才荟萃的华西坝，就成了留在一代宗师陈寅恪眼中“最后的清晰世界”。也由此，成都及其华西坝，在陈寅恪脑际中，印象深刻难忘。以至1964年2月，已目盲近20年，偏居岭南“康乐园”的陈寅恪，忆起成都，还吟诗一首，曰：“昔年人日锦官城，曾访梅花冒雨行。岭南今朝头早白，疏枝冷蕊更关情。”表达了对当年成都岁月深深的怀念。
1944年11月中旬陈寅恪的左眼已经恶化，但未休息仍继续授课，石泉（刘适）、李涵（缪希相）先生在《追忆先师寅恪先生》文中提到，陈寅恪在课堂上对大家说：“我最近跌了一跤后，惟一的左眼也不行了，说不定会瞎。”1944年11月23日陈寅恪致函中央研究院李济、傅斯年二先生，谈到：弟前十日目甚昏花，深恐视网膜脱离，则成瞽废。后经检验，乃是目珠水内有沉淀质，非手术及药力所能奏效。其原因想是滋养缺少，血输不足（或其他原因，不能明了），衰老特先。终日苦昏眩而服药亦难见效，若忽然全瞽，岂不太苦，则生不如死矣。《吴宓日记》1944年12月10日记有与父亲同在燕京校楼晤面事，过两天后12月12日记：宓访寅恪于广益学舍宅，知寅恪左目今晨又不明，不能赴宴。
在这样一个寒冷的早晨，陈寅恪突然感到左眼失去光明，忙叫陈流求去通知学生：他当天不能上课。并即刻到存仁医院诊视。12月14日，因左眼视网膜脱离，住入该院治疗。入院后由陈耀真教授主持，于12月18日进行手术。唐筼给傅斯年先生的信中说：寅恪经手术后，今日为第九天，内部网膜究竟粘合成功否？尚看不清楚，又须平睡，不许稍动，极苦，而胃口大伤……
唐筼昼夜在病榻旁，又急又累，旧病复发。此刻燕京大学的师友、学生非常关心，轮流在床边守护如同家人，此情此谊，感人至深。陈流求、小彭正念初中，每日午后由家里送汤水到医院，但陈寅恪进食很少，体质更加下降，对伤口愈合殊为不利。术后一月，医生告知第一次手术未成功，准备再施二次手术。陈寅恪夫妇甚为踌躇，唐筼曾向亲友征询意见，最后陈寅恪自己定夺暂不再进行手术。因感到第一次开刀不但未粘上，并弄出新毛病；若二次再开刀，医言又无把握，他们决定先静养一月看看有没有进步，如果将来忽然又变坏，然后再开刀进行手术。基于病变性质，当年的医疗技术设备条件及身体基础状况等原因，陈寅恪在旧历除夕前出院，以后陈家与陈耀真、毛文书教授家仍互有往来。
陈寅恪虽然归来与家人共度旧历乙酉元旦，而面对如此打击，家人情绪极为低沉，陈寅恪心境也着实悲凉。不久刘适兼任助教，每日来家协助陈寅恪工作。1945陈寅恪于是年生日作诗云：“去年病目实已死，虽号为人与鬼同。可笑家人作生日，宛如设祭奠亡翁。”
1945年8月抗日战争胜利，9月陈寅恪应英国皇家学会及牛津大学之约，去伦敦疗治眼疾。陈寅恪抱着最后希望，祈盼恢复一定视力，决定远涉重洋。这时他双目不明，身体虚弱，唐筼又不能同行，困难可以想见。幸有西南联合大学邵循正等四位教授赴英之便，结伴同行。成都至昆明一程，原定吴宓陪同，因病改请刘适护送，9月14日陈寅恪离家远行。寅恪有诗记此行：
乙酉秋赴英疗治目疾自印度乘水上飞机至伦敦途中作
眼暗犹思得复明，强扶衰病试飞行。
还家魂梦穿云断，去国衣装入海轻。
异域岂能医异疾，前游真已隔前生。
三洲四日匆匆过，多少伤今念昔情。
陈寅恪抵达伦敦后，由著名眼科专家Sir Steward Duke…Elder负责诊治，经英医诊治开刀，因耽搁太久，不仅无效，目疾反而加剧，最后下了双目失明已成定局的诊断书。从代笔的家书中简述了自己的感受，第一次手术后有进步，但眼睛吸收光线尚无好转，仍模糊；第二次手术想粘上脱离之部分，失败。但总的比出国时好，医生告勿须再施手术。陈寅恪尚存最后一线希望，请熊式一教授把英伦医生所写的诊断书寄给时在美国的老友胡适先生，经托人往哥伦比亚眼科学院咨询，亦无良策。胡适在1946年4月16日的日记中写道：寅恪遗传甚厚，读书甚细心，工力甚精，为我国史学界一大重镇，今两目都废，真是学术界一大损失。陈寅恪在英期间，乃以一盲者，于牛津大学讲演东方汉学，彼时全欧汉学家如云而集，然除却伯希和、斯文、赫定、沙畹等数人外，皆难明晓。因眼睛没能复明，陈寅恪怀着失望的心情，辞去牛津大学的聘约。①
陈寅恪于1946年春结伴买棹归来，途经纽约，数位旧友特登船看望，他对赵元任夫人说：“赵太太，我眼虽看不见你，但是你的样子还像在眼前一样。”可知陈寅恪当时的视力情况。轮抵上海，由新午登舟接到南京暂住，于10月返回北平清华大学为教授。此时陈寅恪虽然双目失明，仍期望在同事及友人协助下继续从事教学与研究工作。开“隋唐史”、“元白诗证史”诸科。兼燕京大学导师，且当选为中央研究院第一任院士。因时事日非，又目盲不见，遂名书斋为“不见为净之室”。清华校方出于对陈寅恪的关心与照顾，曾建议他停止讲课，在家专心从事治学研究，但被陈坚决拒绝。在助手协助下，陈寅恪每周坚持为历史系、中文系各开一门课程，成为全国高校教坛著名的盲人教授。
纵观陈寅恪眼睛的悲剧，与半个多世纪前外敌入侵我国紧密相关，陈寅恪及祖辈素来视国家兴亡、民族气节为至上，为此而颠沛流离、生计困窘、营养匮乏，这些均促使悲剧过早发生。然而陈寅恪并未因双目失明而停止教书及研究工作。在助手帮助下，以耳代目，以口代笔，迄至晚年骨折卧床依然顽强坚持著述创作。这种精神感人至深。
患难情深
陈寅恪的生活中有一位善解人意的妻子，他的夫人唐筼（字晓莹）不仅是他的生活伴侣，更是他的精神依托。唐筼对陈寅恪的照顾无微不至，对陈寅恪的学生也很关心，慈霭可亲，学生们也都愿意接近她。
很多人觉得私生活对一个陈寅恪式的学者来说无足轻重，似乎了不起的学者可以舍弃一切琐事而专注于学问。其实，对于一个学者尤其是对于一个像陈寅恪这样一生负气半世凄凉又衰残眼枯的人来说，这也许是他平安地活下来的重要条件，一个思想上极端理性化而心灵中极端感情化的人常常不能自我调节情绪，因而心底郁积的情怀往往成为一个解不开的死疙瘩，这时身边的妻子就成了平衡他心理的重要因素。早年陈寅恪发牢骚云：“人间从古伤离别，真信人间不自由。”她便化解道：“秋星若解兴亡意，应解人间不自由。”似乎平和得多。
也许不好说陈寅恪和唐筼的结合是自由恋爱，但也决非父母包办。笼统地讲，陈先生的婚姻就是我们常常为之感动的某种传统：先结婚，再相爱，然后相濡以沫，风雨同舟。陈寅恪先生绝对是学品和人品相一致的人。对于婚姻和家庭，陈先生更看重的是责任，这个责任也包含着，一个有着光荣历史的家族对这个国家的深厚感情。无论是陈先生的婚姻，还是他的学术，都值得后人好好尊敬。唐筼，这位饱读诗书的名门闺秀，对丈夫的学术思路，自然了如指掌，且不说她的毛笔字连公公大诗人陈散原老人也爱不释手，就算是诗歌的唱和，典籍的检点，她也是陈寅恪不可多得的得力助手，陈的许多诗篇都是她一笔一划地笔录下来的，因此，不轻易许人的丈夫，也有“织素心情还置酒，然脂功状可封侯”之句相赠。以“可封侯”来表其功，可见唐在陈心中地位之高。而唐筼既为自己能拥有这样的丈夫而感到自豪，也为自己能助其一臂之力而感到欣慰，所以她也有“斋中脂墨助高才”的“自许”①。当然，奉献的背后是巨大的牺牲，为了成就丈夫的学术成就，或保持其心态的平稳，唐筼以多疾之躯，默默地承受着无数的压力，而她都默然承之，且静若秋水。
对于爱情，陈寅恪有自己的真知灼见。他把爱情分为几个不同的层次：最伟大最纯洁的爱情应当是完全出于理想“情之最上者，世无其人。悬空设想，而甘为之死，如《牡丹亭》之杜丽娘是也。”这样的爱情现实中是没有的，只有在文艺作品中才能发现。第二个层次的爱情是若真心爱上某人，即便不能结合，也忠贞不渝，矢志不变。例如贾宝玉与林黛玉以及古代那些未嫁的贞女等。第三个层次是“曾一度枕席，而永久纪念不忘，如司棋与潘又安，及中国之寡妇是也。”而第四个层次，才是人们平常最多见也最为推崇给常人的，即终身为夫妇而终身无外遇者，但这种状况下是否夫妇一直有着真正的爱情呢？最后，还有一个层次，不过这其实已经不是爱情，只是贪图欲望的满足而已，已不足论也不必论。有鉴于此，陈寅恪对如何选择婚姻爱情有自己的立场，他说：“学德不如人，此实吾大耻。娶妻不如人�