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故土难离，总使人割舍不下，即便，此刻漂流在大海上的只是一名少年国士的单纯心灵。然而，故国不可避免地衰落了。前文的叙述告诉我们，七年前的黄海，一度号称亚洲第一的北洋水师耻辱地败在了日本帝国海军的速度与火力之下。那是一场彻底改变远东国际格局的海战，明治以后的日本用战争的方式宣告了作为近代国家的日本在亚洲取得了老大的地位。一个崛起的岛国自信地挤入了瓜分中国的强盗行列。
陈氏兄弟到达日本时，留日的中国学生已达七八千人。鲁迅也在这一年3月24日以矿路学堂毕业生的身份在江南陆师学堂总办（即今之校长）俞明震（陈寅恪的舅父）的带领下，同22名陆师学堂毕业生和其他6名矿路学堂毕业生一同来到日本留学。鲁迅和陈氏兄弟同时进入了日本东京弘文学院学习。弘文学院是日本政府为教授中国留学生日语而开办的一所补习学校。鲁迅在这里学习了两年时间，取得了毕业文凭，并于1904年9月8日开始了在仙台医学专门学校的学习。同年夏天，陈寅恪趁暑假返回南京。回国后，与五兄隆恪一同考取了官费留日。这年冬初，散原老人亲自送两个儿子到吴淞口登船。并作诗云：“游队分明离两儿，扶桑初日照临之。送行余亦自厓返，海水浇胸吐与谁。”表达了父亲与两个儿子依依惜别的难舍之情。抵日后，隆恪初入庆应大学，后转入东京帝国大学财商系。而陈寅恪仍在弘文学院学习。
在弘文学院，陈氏兄弟与鲁迅关系十分密切。鲁迅与陈衡恪同住一舍，朝夕相处。1904年8月鲁迅还与陈衡恪等6人联名给已回国的弘文学院同学沈瓞民写信，介绍弘文学院及同学们的近况。据沈瓞民回忆：“求学时代的鲁迅，已认清沙俄和日本都是帝国主义，都是侵略中国的敌人，当时具有这样的意见，是令人敬佩的。陈师曾受到鲁迅的鼓励，也写了6封信，其中一封是给其父散原老人的，主要指出日本包藏祸心等语。”
后来在1915年春，陈寅恪曾出任新成立的经界局局长蔡锷的秘书，那时鲁迅和陈衡恪都在教育部任职。鲁迅在该年4月6日的日记中记载：“赠陈寅恪《域外小说》第一、二集，《炭画》各一册。”以后，鲁迅成为文学大师，陈寅恪却缄口不向人们谈及他们之间的友谊，所以人们对他们之间的交往了解甚少。
陈寅恪留学日本期间，主要把精力放在学习日文上。同时他还留心观察和体验日本的生活习俗，阅读日文学术著作，研究日本历史、文化以及中日文化交流的情况，这为他日后援引日文资料，进行隋唐史的研究打下了坚实的基础。例如，他在探讨隋唐时代的府兵制时就注意到，隋以前的资料比较少，不容易弄清楚，而当时日本的很多制度模仿唐制，其《养老令》之宫卫军防诸令条内容详细，两者相互参照，恰好可以弥补这一缺憾。他还注意到日本东京帝国大学冈崎文夫教授关于唐代府兵制、均田制和租庸调法的研究成果，认为“不失为学人审慎之态度”。又如他后来在考释白居易《长恨歌》“春寒赐浴华清池，温泉水滑洗凝脂”句中“温泉”之由来时，旁征博引，以说明温泉疗疾风气流传之广，称：“又今之日本所谓风吕者，原由中国古代输入，或与今欧洲所谓土耳其浴者，同为中亚故俗之遗。”这里的“风吕”便是日本人所说的沐浴，可见他对日本生活观察之细，体验之深。再如，陈寅恪在批阅《旧唐书》太宗纪下贞观十七年秋七月庚辰条“京城讹言云，上遣枨枨取人心肝，以祠天狗”时，不禁想起在日本见过的那种红面孔、高鼻梁，具有灵性和神通的怪物，于是写下这样的按语：“天狗，日本所传，当由唐代转入。”对于“风吕”和“天狗”一词的解释，可见他对日本文化的熟悉程度。①
1905年冬，陈寅恪因患脚气，不得不离开日本，回国疗养。
二、辗转欧洲（1）
陈寅恪回国后，在家调养了一年多，于1907年插班考入上海复旦公学，系高中文化程度，同班同学中有后来著名的气象科学家竺可桢和留学德国获海德堡大学史学博士的徐子明。徐氏是江苏宜兴人，戊戌变法时期赞助维新的徐致靖、徐仁铸父子，就是宜兴徐氏家族的人。徐仁铸曾在陈宝箴为巡抚时，任湖南学政，参预新政。创立于1905年的复旦公学，是清末公立新式学堂中颇具现代性的一所学校，该校招收国学功底较深的学生，用英文教授高等普通科学，以使其能直入欧洲专门大学作为办学宗旨。除了英文，该校还规定学生应兼习德文或法文两种外语中的任何一种。而校内所开设课程，除国文、史地等常规课程外，还包括了像拉丁文那样一般新式学堂并不教的西方古典语言课。陈寅恪在上海复旦公学孜孜不倦地学习着英、法、德等国语言，为他后来留学欧美各国打下了坚实的语言基础。
1909年陈寅恪从
复旦公学毕业，在亲友的资助下，赴德国留学，于1910年考入了柏林大学学习语言文学。虽然远离故土，但陈寅恪的心中却时时牵挂着祖国的安危。1910年日本强行合并朝鲜，激起了他极大的义愤，挥笔写下“惊闻千载箕子地，十年两度遭屠剖。……兴亡今古郁孤怀，一放悲歌仰天吼”的诗句，表达了对朝鲜人民遭受奴役命运的愤慨和对祖国命运的担忧。
1911年春，陈寅恪因脚气病复发，需要易地疗养，于是在挪威旅游了二十多天。泛舟北海，挪威旖旎的风光收于眼底，迷人的景色令陈寅恪心旷神怡，但想起在故乡乘黄篾舫遨游的种种乐趣，淡淡的思乡之情又不禁涌上心头。
这年秋天，他又转入瑞士苏黎世大学学习。瑞士的冬景格外美丽，陈寅恪曾作《大雪后乘火车登瑞士恩加丁山顶》诗一首：
造物作画真奇恢，下笔不假丹与煤。
粉白一色具深意，似为俗眼揩尘埃。
车行蜿蜒上绝壁，苍龙翘首登银台。
杉松夹道戴冰雪，风过撞击鸣琼瑰。
碧泉喷沫流涧底，恍若新泻葡萄醅。
直须酌取供渴饮，惜我未办玻璃杯。
我生东南山水窟，亦涉弱水游蓬莱。
每逢雪景辄探赏，何曾见此千玉堆。
车窗凝望惊叹久，乡愁万里飞空来。
诗中描写了山顶雪景之美，同时抒发了他对祖国的深深眷念。
在苏黎世大学期间，陈寅恪认真钻研了德文原版《资本论》，可算得上中国人中阅读德文原版马克思经典著作的第一人。
辛亥革命爆发后，陈家从南京逃难到上海，陈寅恪一方面挂念着家人，另一方面由于留学的经费不足，不得不于1912年春天从瑞士返抵上海。回国后的陈寅恪切实感受到了国内政局的巨大变化。辛亥革命迫使宣统皇帝在1912年2月12日颁布了退位诏书，从而结束了中国两千多年的封建帝制。陈寅恪亲眼看到了清王朝被推翻后的社会变革，而深为中国传统文化浸染的他，加上家庭与清王朝的关系，其心情的复杂程度可想而知。他在一首答北京友人的诗中发问：“优游京洛为何世，转徙江湖接胜流。”接着又抒发出“西山亦有兴亡恨，写入新篇更见投”的世道沧桑的感慨和悲凉幽忧之情怀。
不久，陈寅恪筹足了学费、生活费、路费等各种留学的费用，再度前往欧洲，于1913年春考入了法国巴黎高等政治学校社会经济部学习。在这里他系统地学习了西方政治经济学的知识，初步形成了从政治、经济、文化等方面分析社会现象的思维方式，这为他后来在隋唐史的研究中取得超越前人的学术成就，奠定了基础。例如他研究佛教就很注意其与隋唐政治的密切关系。在1935年撰写的《武曌与佛教》一文中，陈寅恪指出了隋文帝、隋炀帝与佛教的深厚关系，以及僧徒藉武曌恢复自李唐开国后所丧失的权势，而武曌则转借佛教教义巩固其政治地位的史实，从而得出“宗教与政治终不能无所关涉”，“虽曰宗教史，未尝不可作政治史读也”的结论。又如，陈寅恪对于李唐王朝衰亡的原因也从政治、经济、阶级关系等多个角度进行了分析。首先，他认为关中本位政策被破坏后，唐代统治集团内部发生了明显变化，以科举入仕的寒门庶族和以武力起家的边疆藩镇逐渐控制了中央和地方的权利，形成两种对立的离心力。其次，安史之乱后，李唐王朝的经济依赖东南八道财税的供给，黄巢起义将东南区域的经济几乎全部破坏，又断绝了汴路、运河的交通，李唐政权遂土崩瓦解。①
陈寅恪在巴黎学习期间的另一收获则是通过王国维先生结识了20世纪欧洲著名的东方学家伯希和（Pelliot）。1909年伯希和为一睹敦煌文书真迹来到中国，得以在北京与王国维相识，王国维对伯希和的学术赞不绝口，两人遂得相互论学往来。伯希和早年毕业于法国国立东方语言学校，是著名汉学家沙畹的高足。沙畹，即Chavannes，是学术界公认的19世纪末20世纪初世界上最有成就的中国学大师，被誉为国际汉学巨擘。他毕业于法国高等师范学院，1893年任法兰西学院教授，1904年任法国学士院会员，欧洲权威东方学刊物《通报》主编之一。精研中国历史，译注了大量中国史籍，如《大唐西域求法高僧传》、《西突厥史料》及《补编》、《后汉书？西域传》等。在敦煌学研究方面的成果有《斯坦因在东突厥斯坦沙漠中发现的汉文文书》等。其佛学造诣颇深，著有《大唐西域求法高僧传法译》、与莱维合译《悟空入竺记》、《比尔英译宋云使西域记之法译》、《法译五百譬喻选集之法译》、与莱维合编《护法十六罗汉》等。1917年曾到中国调查雕刻碑铭，著有《北中国访古志》、《泰山志》。在《北中国访古志》第二部佛像雕刻篇中，收录了云冈、龙门、巩县石窟的图版解说。伯氏精通汉、藏、蒙、突厥等14种语言，主攻方向是中亚研究，在其所写的汉学论文中有一半是关于西北史地的。他对于中亚地区的各种古代语文也有较深的研究，并借助这些语言工具，研究所见到的各种东方典籍和文物，在当时的东方学界有很高的声誉，并被“全世界治汉学者奉为祭酒”。1908年2月，伯希和从敦煌莫高窟千佛洞里取走了六千余卷极其珍贵的五至十一世纪的手抄卷子，以此为基础在法兰西学院获得了一个以讲授敦煌文献为主要内容的教授席位。陈寅恪少时即受家庭影响，对以沈增植为代表的晚清经世致用派十分推崇。沈氏痛感边疆领土主权遭受列强威胁，便注重探究边疆史地，以开发边地，巩固国防。这种风气对陈寅恪也有所感染。但国人研究西北史地，由于欠缺必要的语言知识，对汉文文献以外的丰富材料一直不能很好地利用，从而极大地限制了这门学问的进一步发展。而西方学者的东方学研究正好可以在这方面弥补国内西北史地之学的缺失。与伯希和结识以后，陈寅恪第一次有机会大量接触到以敦煌文献为主的各种新发现的材料，学术眼界大为拓宽，而伯希和利用其广博语言知识处理各种新材料的本领，更是给陈寅恪留下了极其深刻的印象，引发了他探索西北史地之学的欲望。
作为一个掠夺者，伯希和的强盗行径无疑是卑劣可耻的。但作为一个研究东方文化的专家，伯希和的治学方法和研究兴趣对陈寅恪的影响是十分巨大的。陈寅恪在学成回国后执教清华国学研究院的近十年间，其治学路数在很大程度上沿袭了伯氏。具体来说：
第一，在敦煌学研究方面，伯希和著有《摩尼教流行中国考》等篇，因此有“中国摩尼教研究的先驱”之称。而陈寅恪有感于当时中国敦煌研究的落后，叹为“吾国学术之伤心史也”，来唤醒和激发国人自强不息，“勉作敦煌学之预流”，“襄进世界之学术于将来”，为祖国争得荣誉。他不仅首创“敦煌学”一词，而且指明了包括摩尼教在内的研究方向，并预言敦煌学将成为世界显学。敦煌遗书中份量最多的是佛经卷子，并有部分讲唱佛经和佛经故事的变文。陈寅恪不仅发现了宋明小说、宝卷弹词等文学与佛教经典之间的源流，还具体研究了佛经故事在传布过程中的变化形态，他指出，寺院讲经多引故事，而故事一经演讲，便会随其说者听者本身之程度及环境而生变易。他曾以《西游记》为例，对孙悟空、猪八戒、沙僧的原型进行了考证。
此外，陈寅恪还常以敦煌经卷证史，用敦煌资料释诗。他曾利用写经题记年代最多的隋朝和唐高宗、武则天时期来求证史书，结果发现与史籍关于当时佛教盛行、佛经广为流传的记载是完全相符的，这就为史书记载的可信程度提供了依据。陈寅恪还运用《敦煌本心王投陀经及法句经跋》解释了白居易的“身委逍遥篇，心付头陀经”和“法句与心王，期君日三复”等诗句。
另外，他还注意运用史书记载来解决敦煌资料中提出的问题，以史解经、以史考诗，以及将佛经典籍与变文故事、民俗小说结合起来进行比较研究，以考察中国文学的源流变化，这些治学的方法都为后来的敦煌学研究树立了榜样。
第二，在藏学研究方面，伯希和著有考证汉文吐蕃名称由来等藏学名篇，而陈寅恪回国后的第一篇学术论文《大乘稻芊经随听疏跋》就是藏学论文，考证出此文的译者为吐蕃僧人法成。1930年，陈寅恪发表了《吐蕃赞普名号年代考》一文，考证出吐蕃彝泰赞普的名号与年代，是其当时的得意之作。陈寅恪对于伯希和曾用功的唐蕃会盟碑研究亦作了译释，推动了藏学研究的深化，所以有“唐德宗与吐蕃之唐蕃会盟碑，许多学者，如法国之沙畹、伯希和等人均无法解决，陈先生之翻译也使国际学者满意”之说。
第三，在蒙元史和中亚史研究方面，伯希和研究蒙元史及中亚史的论著宏富，如《蒙古与教廷》、评注俄