后，郑亲王诘问陈之遴，陈之遴说：“李三巨恶，诛之则已，若不正法，之遴必被其害。”（《思益堂日札》）堂堂重臣，如此畏惧一平民，也可谓骇人听闻了。在顺治皇帝的干涉下，李三及其党羽最终被杀。因为之前陈之遴抢先提出要立即处死李三，引发了人们猜疑他是要杀人灭口。在面临郑亲王济尔哈朗调查的压力下，陈之遴终于承认自己与李三有牵连，由此被免除大学士之职，从此失去了顺治皇帝的信任。］
从明朝到清朝，冯铨、刘正宗均卷入了南北党争，经历了各种各样险恶的政治风波，对南方籍官员恨之入骨，因而传说是他们二人以乡试“本为遴选真才，以备任使，关系最重”为由，指使任克溥上书揭发李振邺等南方大臣，这种说法必然不是空穴来风，两人之后抱着幸灾乐祸的态度推波助澜便是明证。
在随后的调查中，之前风头最劲的李振邺也最先倒霉，并由此牵扯出一大批人来，他的二十五个关系考生一个都没有漏网，其中的祸根就在他亲笔写的那张名单上。当初，李振邺将关节考生写在字条上，交给亲随灵秀去查对。事情完结后，李振邺该当向灵秀要回字条销毁，但他一时忙碌，竟然忘记了。灵秀还是个少年，根本不知道轻重，将字条拿给了同伴冯元看。冯元也是李振邺的家仆，李振邺素来刻薄少恩，冯元一直怀恨在心。他看到字条后，立即如获至宝地夺了过来，据为己有，打算日后作为钳制要挟李振邺的凭据。结果，吏部、都察院调查刚一开始，冯元就拿出了这张条子，铁证如山，按图索骥，名单上的人物也被一网打尽。
李振邺的二十五名关节考生中，排在首位的是浙江云间秀才陆庆曾，但此人恰恰不是入贿者，关节也不是出钱买的，而是李振邺主动送上门的。陆庆曾是明朝礼部尚书陆树声（明朝嘉靖二十年状元）之孙，不但少有才名，且家境富裕，擅园亭之胜，享誉名士二十年，偏偏老来不甘寂寞，参加了北闱考试。他精通医术，曾经治愈过李振邺的怪病，李振邺为了感激，便打算借中试来酬医。但无论是买是送，总是通了关节，陆庆曾也照此被逮捕下狱。他本来家世贵显，是个高枕无忧的富足翁，却因一时功利之心，转瞬身陷囹圄。
当时满汉大臣会审，大学士兼吏部尚书王永吉参与会审此案，十分卖力。满人大学士图海和大臣科尔坤还不懂得什么叫关节，王永吉为了讨好满人，眉飞色舞地给他们解释。结果，李振邺的名单上第二名就是王永吉的亲侄子王树德。这位大老爷登时面如死灰，垂头丧气，不得不照例请求回避，并上疏请罪。顺治皇帝特意下了一旨，说：“王永吉乃朕破格擢用，受恩深厚，未见恪尽职守，实心为国，负朕简任之恩，王树德系其亲侄，岂不知情？着降五级调用。”王永吉被降职后，又惊又怕，很快就病死了。
初审时，同考官中只有李振邺一人查有实据。众同考官都有卖关节之事，却唯独他一人受罚，李振邺自然不甘心，于是检举揭发了张我朴、蔡元禧等人。这些人又检举出其他同考官。一时间，赃官互相攻击，互揭其短，贿赂关节暴露无遗。案情很快就调查清楚了，共审实有四名同考官卖了关节，为李振邺、张我朴、蔡元禧、项绍芳，科臣陆贻吉也作为中间人牵涉其中。
十月二十五日，顺治皇帝谕旨下达：“贪赃坏法，屡有严谕禁饬，科场为取士大典，关系最重，况辇毂重地，系各省观瞻，岂可恣意贪墨行私，所审受贿用贿过付种种实情，目无三尺，若不重加惩处，何以警戒来兹？”（《东华录》）宣布对此案有关人员重加惩处：下令将李振邺、张我朴、蔡元禧、陆贻吉、项绍芳及行贿有据之举人田耜、邬作霖（《丁酉北闱大狱记略》作贺鸣郊）俱着立斩，家产籍没，父母、兄弟、妻子共一百零八人流徙关外的尚阳堡（今辽宁昌图）；主考官曹本荣、宋之绳因失察之罪，本该流徙，但因为日夕陪侍皇帝的缘故，特恩姑免之，只是各降五级调用。
此谕旨一下，朝野皆惊。科举作弊历代屡见不鲜，但从来没有处罚如此之重者。清朝之前，科场案的次数发生得不多，对涉案人员的处理无非是革职、流放。清朝史学家赵翼曾说：“唐时之科场处分本轻，至五代时，虽有科场处分，不过降秩而已，宋初因之。如宋真宗时，刘师道之弟刘幾道举进士，暗托考官陈尧咨，于卷中为识号，遂擢第。已而事泄，帝诏幾道落籍，永不予举；师道降忠武军行军司马，尧咨降单州团练使。此为五代及宋科场处分之大概。惟王钦若知贡举时，有任懿者，贿以白金二百五十两，遂得中。后事泄，钦若反委罪于同知举官洪湛，湛遂遭贬斥。赵翼叹道：“纳贿舞弊，仅至窜谪，科场之例，亦太弛纵矣！”（《廿二史札记卷二五》）
清朝立国后，恢复开科取士，科场积弊也沿袭下来。仅顺治一朝而言，自顺治二年（1645）乙酉清朝开科开始，几乎每科都有舞弊案发生。乙酉为清朝第一次举办科举，当年即发生一场大案，不过不是科场案，而是文字狱。河南乡试中，录内称“皇叔父”（指多尔衮）为“王叔父”，主考欧阳蒸、吕云藻均因此被革职，并交由刑部治罪。顺治四年（1647）丁亥会试，同考官袁襜如擅改朱卷，被革职处分。顺治十一年（1654）甲午乡试，顺天主考官范周、吴正治评阅试卷时，只有姓名，全无次第，给谏宋牧民亦称试录程文种种乖谬，并奉旨交刑部。尽管各案均有处罚，但十分轻微，大概正因为如此，所以才人人不以为意，到后来公然买卖关节，肆无忌惮。而顺治皇帝如此重视丁酉顺天科场舞弊案，不但大开杀戒，还株连亲属，视同谋反大逆，实在是出乎所有人的意料。也正自顺治皇帝开始，开了“科场作弊者死”之先例。
十月二十七日，李振邺等人被迅速处死。之前找李振邺通关节的尚有不少高官大臣，李振邺一直忍住没有揭发这些大臣，原是指望他们能出面相救。但直到上了刑场，才知道求生无望，立即大声呼叫怒骂，要揭发众大臣贿赂请托之事。不料刽子手没给他机会，手起刀落，终究含恨而死。
据《研堂见闻杂录》记载，下场最惨的是陆贻吉，他是江苏虞山人，崇祯十六年（1643）进士，为举子居间事发后，立即被逮捕入狱。因为他任职吏科给事中，名为监察之官，却作为中间人为举人和同考官牵线搭桥，所以处刑格外重，被腰斩于西市，情状至惨。陆贻吉的妻妾均有绝色美貌，一个儿子才四五岁，均受到牵连，被发配上阳堡为奴。娇妻少子，间关万里，匍匐道左，行人颇为同情，甚至有为之落泪者。
但此案还没有就此了结，顺治皇帝穷追到底，株连甚广，受牵连者达一百多人，以致“朝署半空，囹圄几满”。
顺治十五年（1658）正月十五元宵节之时，顺治皇帝召集中试举人（除去已经因通关节被定罪者）在太和门复试，题目由皇帝亲定，每名考生身后均有一名满兵监视，考生难免惴惴不安。顺治皇帝为了安定人心，特意下谕说：“尽心构艺，不必畏惧。”并派专人为考生供给茶烟，照料甚周。两日后放榜，取中米汉雯等一百八十二名，均准许参加当年会试。只有丁霍某某等八人因文理不通，被革去举人。
四月，“三法司”会审顺天闱案终结，刑部议奏：“王树德、陆庆曾、潘隐如、唐彦曦、沈始然、孙旸、张天植、张恂俱应立斩，妻子父母兄弟流徙尚阳堡；孙伯龄、郁之章、李贵、陈经在、丘衡、赵瑞南、唐元迪、潘时升、盛树鸿、徐文龙、查学诗俱应立斩，家产籍没；张曼、孙兰茁、郁乔、李苏霖、张绣虎俱应立绞；余赞周应绞监候，秋后处决。”跟以往只是罢官、革去功名比起来，处分得很重，案内人犯一律被判了死刑，所不同的只是“立斩”、“立绞”、“绞监候”三种死法各有分别而已。
四月二十二日，已经被判处死刑的四十名案犯突然被提出大狱。按照惯例，朝廷若有斩决，镇抚司开南角门，刑部备绑索、口衔（用以禁止犯人喊叫出声），点刽子手，工部肃街道。案犯听说镇抚司已经打开了南角门，又听说刑部已经准备了四十副绳索、四十枚口衔、四十名刽子手，无不魂飞天外。哪知道出了南角门后，案犯未被五花大绑，被押解去的地方也并非宣武门外菜市口的刑场，而是太和门。原来顺治皇帝认为人命关天，担心其中或有冤情，决定再亲自审讯一遍罪犯。皇帝亲审非同小可，刑部、大理寺各方人马无不到场，一干刑具也应有尽有，摆在一旁，案犯中吓得便溺齐出者大有人在。
在刑具的威逼下，王树德等人均供认作弊事实。只有张天植一人不肯屈服，自陈说：“孤踪殊遇，臣男已蒙荫，富贵自有，不必中试。况又能文，可以面试。”（《清稗类钞》）
张天植，字次先，号蘧林，浙江秀水（今浙江嘉兴）人，顺治六年（1649）进士第三名（探花）。据说他曾馈送南方权臣陈名夏白银五百两，得以荐官为翰林院编修，由此被卷入了南北党争。但他依附弹劾陈名夏的宁完我，得以免祸，官至礼部右侍郎。他后来是如何卷入丁酉顺天科场案，名字竟然出现在李振邺的关节名单上，具体情由不得而知。说起来确实很不合道理，他本已经是富贵等身的探花，为何还要再参加乡试？但白纸黑字，有李振邺亲笔书写的纸条为凭，他无论如何辩解都脱不了干系。也有传闻说，张天植的倒霉与南北党争有关。种种迷雾，种种流言，一切都表明，丁酉顺天科场案已经超乎了一般的科场案。
顺治皇帝对张天植的态度很是恼火，下令用刑。校尉虾（侍卫，满语称“虾”）立即上前夹住张天植的一只脚。但张天植仍然不肯承认，说：“恩赐死，无曲辞。若欲屈招通关节，则必不承受。”顺治皇帝听了这句话后，“上回面向内久之”，显然内心大起波澜，但其真实想法到底如何，却是秘不可知。有传闻说顺治皇帝钟爱的董鄂妃在这时候派人劝慰了天子。从时间上推断，董鄂妃此时因操劳过度和丧子之痛，已经病倒在床，按理已经完全没有心情来关注宫外之事。不论真实情况如何，许久后，顺治皇帝终于派侍卫传话给张天植说：“朝廷待汝特厚，汝前被论出，朝廷特召内升，何负于汝？平日做官，亦不甚贪猥，奈何自罹于辜？今俱从轻，各拿送法司。”虽然驳斥了张天植的话，但已经清楚下令要对所有案犯从宽处理，免除死刑，各自在长安街责打四十板后，流徙尚阳堡。
一干犯人死里逃生，转瞬又被押到刑部在长安街临时设下的公案，要当众杖打。轮到五十多岁的老名士陆庆曾时，监视的刑部堂官见他白发苍苍，不禁起了怜悯之心，相顾惋惜嗟叹。刑部皂役刚刚恶狠狠地打了两板子下去，陆庆曾已是血迹斑斑，说不出话来。刑部侍郎杜立德便忍不住了，拍案而起，呵斥道：“皇上以天恩特赐宽宥，你们却欲置之死地，这不是有意辜负上意吗？虽然是打四十大板，皇上的意思不过是示辱而已。如果我理解错了，我自己一个人承担。但你们不听我的话，我现在就踢死你们。”皂役被吓住了，于是下手轻了很多。于是，自陆庆曾起，后面的案犯均少了不少皮肉之苦。
案犯中的孙旸被判流刑，其父母、兄弟、妻子也该流配尚阳堡。孙旸的亲哥哥孙承恩在顺治十一年（1654）以太学生参加顺天府应试，居首荐，次年参加会试，中副榜。但孙旸遭殃时，孙承恩意外逃脱了牵连，而且参加了顺治十五年（1658）的会试。顺治皇帝在殿试阅卷中，看到孙承恩的名字后，突然一时心血来潮，怀疑他与顺天科场案中孙旸是兄弟，于是派遣学士王熙前去询问。孙承恩坦然承认自己是孙旸的亲兄长，表示不能为避祸而欺君。顺治皇帝很赏识他不欺君主的品德，不但免其连坐流徙之罪，还定他为一甲进士第一名（状元）。
之后，顺治皇帝还特意下了一道谕旨，警告说：“自今以后，凡考官士子，须当恪遵功令，痛改积习，持廉秉公。不得以此案偶从宽典，遂视常例，妄存幸免之心，如再有犯此等情罪者，必不姑宥。”
至此，轰动一时的丁酉顺天科场舞弊案宣告结束。这件案子是清朝开国以来第一件科场大案，从案发到结案，前后有半年之久，处分之重，牵连之广，足以震惊全国上下。但人们稍后才发现，与稍晚的江南案比起来，顺天案不过是小巫见大巫，更惊人的一幕还在后头。
贰、江南丁酉科场案
江南地杰人灵，素来为人文荟萃之地，才子名士层出不穷。明末清初之际，如号称“江左三大家”的钱谦益（娶秦淮名妓柳如是）、龚鼎孳（娶秦淮名妓顾眉）、吴伟业（字梅村，与秦淮名妓卞玉京有一段旷世情缘），复社公子侯方域（字朝宗，娶秦淮名妓李香君）、冒襄（字辟疆，娶秦淮名妓董小宛）、方以智、陈贞慧等，无一不是声动天下的名士。吴门诗人吴兆骞就出生在这样一个文风炽盛的地方。
吴兆骞，字汉槎，号季子，江苏吴江（今江苏吴江）人。他少有隽才，成名很早，九岁时就写出了数千字的《胆赋》，十岁时写出《京都赋》，声震文坛。才气纵横，又才名远播，养成了吴兆骞高傲狂放、愤世嫉俗的性情。他小时候在私塾读书，经常将同学的帽子拿来当溺器小便。当先生责问时，他竟然回答说：“与其放在俗人头上，还不如拿来盛小便。”先生由此叹息道：“此子将来必以名大惹祸。”吴兆骞却毫不以为然，非常自负地告诉好友汪钝说：“江东无我，卿当独秀。”非凡的自信和狂傲一览无遗。正因为他自少年时期起，便“为人简傲自负，不拘理法，不谐与俗”，因此乡里有不少人对他又嫉又恨。
吴兆骞曾随父亲宦游楚地四年，后因张献忠农民军起义烽火所及，奉母回到故乡。明朝灭亡后，吴兆骞归隐乡里，与江南士大夫互相唱和。大名士吴伟业对少年吴兆骞非常赏识，二人曾一同游历。