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对于在逃的举人程度渊，顺治皇帝也不能容忍有漏网之鱼，责成两江总督郎廷佐和漕运总督亢得时尽快抓捕程度渊，倘若抓不到，郎廷佐和亢得时二人就有受贿作弊、有意买放的嫌疑，必须受罚。此谕一下，郎廷佐、亢得时后悔不该报上在逃的程度渊之名，但事已至此，只得出动兵马，全力缉捕了。程度渊后来被抓获，也一样被流放。
顺治皇帝突然一反常态，如此苛刻严厉，这其中自然有深刻的背景。其时，抗清势力郑成功在厦门大练水军，活动频繁，隐隐有北上之意。而江南不少反清志士闻风而动，大有里应外合之势。这还只是外忧。其内，红颜知己董鄂妃一病不起，尽管顺治皇帝多方抚慰，承诺一旦董鄂妃再生一子，一定立其为太子，但董鄂妃的病情还是一日一日地沉重。而最令顺治皇帝烦躁的还是宫中四处充满了幸灾乐祸且不怀好意的目光，包括他的母亲孝庄太后在内。在内外交困的处境下，内心虚弱的顺治皇帝决意大开杀戒，拿江南科考案来立威。不仅相关案犯受到了严厉处罚，刑部尚书图海、白元谦，侍郎吴喇禅、杜立德等人也被顺治皇帝迁怒，被认为审理江南科考案玩忽职守，冠以“谳狱疏忽”的罪名，予以革职或降级的处分。
至此，这桩轰动一时的江南科场案，在涉及南北党争、江南社事之争、清廷有意打压江南士子兼之宫廷内部争斗的复杂背景下，最终以许多人的家破人亡落下了帷幕。
但丁酉科场案还没有就此结束，南北闱科考案案发后，弹劾考官成了时髦之举。刑科给事中朱绍凤弹劾河南正、副主考黄、丁澎用墨笔填改考生笔迹，违反了考场规定，礼部也发现山东同考官袁英等人违犯成例而提出纠举，另有举报陕西考官唐赓尧批改试卷时也有违法行为。对这些官员，顺治皇帝只是给以了革职的处理，没有牵连其家属，更足以说明其在江南科场案中大举屠刀，是刻意针对江南士子。
顺治十六年（1659）闰三月初三，吴兆骞、方章钺以及方章钺的父亲方拱乾、兄长方玄成等一干人被同时押送起行，踏上了前往流放地宁古塔的艰难历程。
宁古塔比之前顺天科考案犯的流放地尚阳堡更远。尚阳堡（一作上阳堡）在今辽宁开原县东四十里，满语称为台尼堪（“尼堪”是满人对汉人的称谓）。宁古塔在今黑龙江宁安县内，清初其地尚未开化，行人皆视为畏途。罪犯徙居尚阳堡，犹有屋宇可居，至者尚得活命。而徙居宁古塔的罪犯，有的走至半路即被虎狼所食，或被野人所吃，得生者甚少。当时，只有谋逆大罪中的相关人犯才流徙宁古塔。可以说，被判流放宁古塔，就相当于被判了死刑。正因为如此，江南士林魁首吴伟业听说吴兆骞被流放宁古塔后，自知再无相见之日，写下了一首堪称绝唱的《悲歌赠吴季子》：
人生千里与万里，黯然魂销别而已；君独何为至于此？山非山兮水非水，生非生兮死非死！十三学经并学史，生在江南长纨绮，辞赋翩翩众莫比，白璧青蝇见排觚。一朝束缚去，上书难自理，绝塞千山断行李，送吏泪不止。流人复何倚！彼尚愁不归，我行定已矣！七月龙沙雪花起，橐驼腰垂马没耳，白骨皑皑经战垒。黑河无船渡者几？前忧猛虎后苍兕，土穴偷生若蝼蚁。大鱼如山不见尾，张譬为风沫为雨，日月倒行入海底，白昼相逢半人鬼。噫嘻乎悲哉！生男聪明慎勿喜，仓颉夜哭良有以，受患只从读书始！君不见，吴季子。
吴季子即吴兆骞。吴伟业为人谨小慎微，一向很少出言过激，但此诗不但对吴兆骞寄予了深切的同情，还饱含悲愤之情，寓意极深——可以说，吴伟业已经看清了清廷大兴科场案的真正用意。
按照顺治皇帝的谕旨，吴兆骞的父母、兄弟、妻子都该受到牵连，被一同流放。但朝中尚有不少人同情吴兆骞的遭遇，设法为他开脱，因而他的父母和两个哥哥都得以留在关内，其妻葛采真也被允许暂缓出关。这也算不幸中的大幸了。而方章钺一家数十口人（方章钺出塞时，幼弟方奕箴因年少免于出塞，三哥方育盛与四哥方膏茂则于次年夏始抵宁古塔）均受到牵连，一同被流放。
吴兆骞因“审无情弊”遭此大罪，可谓“前无古人，后无来者”。平白遭此大祸的他心情奇差，这可以从他《出关》一诗中窥出一斑：
边楼回首削嶙峋，筚篥喧喧驿骑尘。
敢望余生还故国，独怜多难累衰亲。
云阴不散黄龙雪，柳色初开紫塞春。
姜女石前频驻马，傍关犹是汉家人。
［清兵入关后，对它的“龙兴之地”辽东地区（今东北）实行了特殊的保护政策——“封禁”，即以山海关为限，严禁关内人出关进入辽东。这种“封禁”政策大约持续了二百年左右。但自清廷定鼎于北京后，大部分丁壮人口都跟随八旗官兵移驻京师，造成了关外地区人烟稀少，土地大量荒芜，因而被流配到关外的人生活都十分艰苦。］
一行人三月出发，当年七月十一日才抵达极北苦寒之地宁古塔。有种说法，此地即为昔日宋徽宗、宋钦宗被囚禁的五国城。这里没有房屋庐舍，当地人都是掘地为屋居住。且天气极为严寒，寒风如刀，一直要到五月，地面才解冻可锄，须立即种下蔬菜，六七月便要采食，不然一到白露即枯，到寒露时节，根都要烂腐。
刚到宁古塔之时，吴兆骞身无分文，生活异常艰辛。他经常独坐柴门，用斧子敲击冰块，然后用冰水煮稗子而食。幸好得到难友方拱乾的关照，“解衣推食，得免饥寒”。吴兆骞由此与方拱乾父子成为患难之交，经常“商榷图史，酬唱诗歌”，“谈诗论史，每至夜分”。这些所谓的流人写下了大量诗歌，成为黑龙江地区最早的诗集之一。
就在吴兆骞、方章钺被押往宁古塔之时，南方时局发生了重大变化。顺治十六年（1659）六月，郑成功称招讨大元帅，率十七万水路大军在崇明岛登陆，开始北伐。一路上清兵不堪一击，望风瓦解。在内地反清志士的引导和帮助下，郑成功军很快攻破瓜州，并攻克了长江的重要门户镇江及其所属诸县。六月二十六日，郑成功部前锋已至南京。七月十二日，郑成功亲自率领十余万大军，连营八十三处，将南京团团围困。
消息传到北京，顺治皇帝吓得六神无主，打算退位逃回关外，外厉内荏的本性暴露无遗。被母亲孝庄太后指着鼻子一番痛骂后，歇斯底里的顺治皇帝一怒之下拔剑砍碎御座，下令要御驾亲征。孝庄太后急忙派众大臣谏阻，顺治皇帝这才没有再闹。
十分可惜的是，郑成功围住南京后，自以为破城只在旦夕，没有积极进取，而是释戈开宴，纵情娱乐，致使战机延误，战事拖延了一月之久。而困守南京的两江总督郎廷佐一面假意向郑成功表示要投降，暗中却积极备战。七月二十三日，郑军将士上下张乐歌舞，饮酒卸甲，为郑成功庆祝生日。郎廷佐趁机派军出击，大败郑军。郑军溃退，郑成功立脚不稳，仓促退出长江，返回厦门。
郑成功败出江南后，江南士民再一次受到清廷的荼毒。清廷出动人马，在扬州、镇江、苏州、绍兴等地大肆逮捕曾经拥护和支持郑成功的人，数千人受到了牵连。这就是清初历史上十分有名的“通海案”。被逮捕的江南士绅，情节严重的被斩首，如清苏松常镇提督马进宝曾多次与郑成功私通信息，被处死。又如浙江慈溪儒士魏耕在郑成功退出江南、张煌言孤军无援而陷入仓皇失措时，亲到张煌言军中劝其再接再厉、不要气馁，也被清廷杀害。情节轻的，也被发配宁古塔为流人。
可叹的是，正是这些流人一手创建的“流人文化”代表了清朝的关东文化。宁古塔是清朝入关前后黑龙江一带的政治和经济中心，但文化贫乏落后，到顺治十二年（1655）时，此地依然汉人稀少，也很少能看到书籍。后来清廷大量发配汉人到此为奴，流人带来了大量书籍和中原文化，一度沉寂而荒凉的宁古塔变得活跃起来。在流人中，文学成就最高的公推为吴兆骞。他的《秋笳集》、《归来草堂尺牍》等，在流人文化中占有主要地位。
流人还留下了大量珍贵文献。吴兆骞到宁古塔不久，便与方拱乾联袂同游“东京城”（渤海国上京龙泉府遗址）。吴兆骞曾写《天东小纪》一文，方拱乾则写有《游东京旧址》等诗，记述宁古塔风物、古迹以及所闻所见，成为宝贵的史料。方拱乾后来根据其在宁古塔的见闻，写成《宁古塔志》（又名《绝域纪略》）一书。其中分流传、天时、土地、宫室、树畜、风俗、饮食等部分，是黑龙江第一部风物志。
顺治十七年（1660）八月十九日，正值清廷在江南大兴“海狱”之时，董鄂妃病死。顺治皇帝痛不欲生，开始沉迷于释道。当年九月，他请僧人茆溪森为其净发，决心披缁山林。孝庄太后屡劝不止，以烧死茆溪森为威胁，才迫使顺治皇帝打消了出家的念头。一场闹剧就此收场。但顺治皇帝出家之心依然不死，又改派亲信太监吴良辅代替自己出家。三个月后，顺治十八年（1661）正月初七，顺治皇帝因染上天花病死于养心殿。因事出突然，民间多怀疑皇帝并没有死，而是到五台山出了家。时年八岁的皇三子玄烨即位，是为康熙皇帝，并颁诏大赦天下。大赦令下后，被流放的盐商之子程度渊由于在京师认捐钟鼓楼，获准返回了江南。方拱乾也设法筹集了一笔钱，认修京师前门城楼工程，于是一家人就此赎归赦还。
［不过，方家人的悲惨命运并没有就此结束，继方拱乾举家流放后，其孙与曾孙两代又因文字之祸再次被流放宁古塔。方氏赦归后，方拱乾长子方玄成曾到云南、贵州游历，刚好遇到吴三桂反清，因拒绝接受吴三桂所授官职，被黔抚曹申吉拘留。方玄成假装癫狂发疯，才找机会逃掉。返回江南后，追记在滇黔所见所闻，撰成《滇黔纪闻》一书，内记南明诸多史事。后来方玄成同乡——著名学者戴名世著《南山集》一书，书中关于南明永历朝事多引自《滇黔纪闻》。康熙五十年（1711），左都御史赵申乔弹劾翰林院编修戴名世妄窃文名，恃才放荡，私刻文集，肆口游谈，倒置是非，语多狂悖。康熙皇帝下令有司严查审明，结果发现《南山集》中用了南明年号，清廷由此大兴文字狱。戴名世被斩首；方玄成当时已死，也被开棺戮尸，方孝标之子方登峰并其妻、子方式济一齐发配卜奎（今黑龙江齐齐哈尔）；为《南山集》作序的方苞等人免予治罪，入旗；出钱刊刻《南山集》的龙云锷、方正玉也被流放。方式济所著《龙沙纪略》一书，后被收入《四库全书》，是《方舆书》中很有名的一本著作。方式济的儿子方观承每年都徒步出关探望父亲、祖父，因此而亲历山川险要，饱阅人情世故，后来竟然因为阅历官至直隶总督，成为乾隆一朝不经科第、不由军功而官至封疆大吏的极少数汉人之一。］
方家人走后，吴兆骞的生活更加孤苦艰难。他感慨自己的身世，写下“寄羁臣之幽愤，写逐客之飘零”之句，由此更加思念江南的故乡，殊不知江南已经今非昔比，物是人非。鳌拜等顾命大臣崇尚武治，对江南士民的态度较之顺治皇帝更为激烈。
先是顺治十八年（1661）春，庄廷私著明史案发。庄廷，浙江乌程（今湖州市）南浔镇人，出身一个巨富而知书的家庭。入清以后，庄廷趁明天启朝大学士朱国桢一门败落之际，以银千两将朱国桢生前所撰明史稿本购得，并广聘名士，增补天启、崇祯两朝史事，辑成《明史辑略》，未及刻印，庄廷就于顺治十二年病故。其父庄允城费时五年，于顺治十七年冬将书刻成，刊行于世。由于书中有诋毁贬斥清朝的文字，如称清太祖为建州都督，直呼努尔哈赤；再如自天命至崇德皆不书其年号，相反，于南明隆武、永历则大书特书等等，因而书刊行后，不断有好事之徒前来恐吓，借以勒索钱财。当时归安县知县吴之荣罢官居家，欲通过索诈而偿还八万两赃款以复官。事情不成后，他便指使前任浙江粮道李廷枢向湖州知府陈永命告发此事。不料，陈永命早已接受了庄允城数千金的贿赂，拒不审理。吴之荣恼羞成怒下，将购得的初刊本呈交法司。清廷得悉消息后，遂兴大狱。凡刊刻、参校、藏书、售书者，以及失职之官吏，均株连治罪。此案牵连极广，直至康熙二年（1663）才最后了结。
一波未平，一波又起。顺治十八年（1661）六月初三日，江南“奏销案”起。清军南下时，在江南遭到过激烈的抵抗，是以对江南之地征收的赋税格外重，以苏州、松江等府为最。即使是鱼米之乡，也经不起苛捐杂税的反复折腾，因此往往是旧赋未清，而新赋已近。仅两江总督郎廷佐上任后，在校阅赋籍时，发现江南自顺治八年至十三年积欠钱粮已经多达四百余万。但清朝廷因战事频仍，财政窘急，多次严颁催征积欠之令。江宁巡抚朱国治为了逃避责任，造了一份名册，上面列着苏州、松江、常州、镇江四府和溧阳县绅钤之“抗粮”不交者一万三千五百余人，衙役人等二百五十四名，要求朝廷按名单严提究拟。清朝廷看到名册后，批示道：“绅钤抗粮，殊为可恶。”经刑部察议后，决定现任官降二级调用，士绅黜革，衙役照章治罪。于是，四府一县之士绅被黜籍者达万余人，被逮者也有三千人，得免者寥寥无几。整个江南为之震动。顺治十六年（1659）的进士第三名（探花）叶方霭，仅因欠银一厘即被黜免，因此民间有“探花不值一文钱”的说法。
［叶方霭，江苏苏州昆山人，与吴兆骞同科中举。之后也被押到北京参加了瀛台复试，不过他顺利通过了考试。］
但久居关外的吴兆骞并不知道这些。他久戍思归，也渴望能够像方家人一样用钱赎归，但一来赎归要等机会，二来他被流放前，家产已经全被抄没，彻底破产，要筹到巨金，实在是难事�