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当时，支持李杰的只有掌握军权的宦官杨复恭。朝臣都想立吉王李保，因为吉王在诸王当中名声最好，年龄也比寿王要大。但自中唐之后，宦官掌握兵权，完全可以操纵皇帝的生杀废立。朝臣关于立嗣的意见根本得不到重视。
第二天，年仅二十七的僖宗病死在武德殿。僖宗在位十五年，实际上在京师长安的时间还不到八年，之间两次被迫逃离京师避难，“十五年来无一治，虚名天子老奔波”，可以说是狼狈之极的虚名天子。不过，对僖宗来说他还是幸运的，他是唐朝最后一位死在长安、葬在关中的皇帝，于当年十二月葬在靖陵。
李杰被立为皇太弟后，改名李敏。三日后即位为唐昭宗，又改名李晔。几次改名，代表着他身份和地位的变化。群臣见昭宗“体貌明粹，饶有英气，亦皆私庆得人”。
昭宗即位时二十一岁，和许多朝代的末代皇帝一样，他不是真正意义上的亡国之君。相反，他有振兴唐朝的志向，想挽救帝国于危难之中，即位之初，喜欢读书，注重儒术，整顿内政，很想有番作为。此时的昭宗胸怀大志，雄心勃勃，“以僖宗威令不振，朝廷日卑，有恢复前烈之志。尊礼大臣，梦想贤豪”，被人称为“有会昌之遗风”。
经过黄巢农民军起义后，本来在宪宗一朝有所缓解的藩镇割据势力重新滋长，以往在形式上听命于皇帝的节度使们，现在也公然无视朝廷的诏令。靠镇压黄巢农民军发家的各路新旧军阀乘机扩张实力，据地称雄，相互吞并。到昭宗即位时，北方出现了以宣武节度使朱温（因镇压农民起义有功被赐名“朱全忠”）、河东节度使李克用、风翔节度使李茂贞（原名宋文通，因镇压农民起义有功被赐名“李茂贞”）为首的三大强藩。
昭宗年轻气盛，聪明轻浮，具有皇室子弟逞能和任性的特质。他往往容易将事情想象得很假单，一即位就招募了十万大军，打算以强大的兵力来压制强藩。然而，此时唐朝积弱已久，宦官专权，藩镇跋扈，战乱不断，皇权衰微。尤其是各种势力盘根错节，宦官和权臣均勾结藩镇为外援，朝廷内部矛盾重重，往往牵一发而动全身，局势相当复杂。昭宗本人也是各种势力的猎物，势力集团都想通过控制他来号令天下。昭宗对此却浑然不觉，贸然对藩镇采取强硬姿态，企图挽回中央朝廷权力，结果反而引来更大的危机。
当时，宦官杨复恭自恃有拥立之功，不把昭宗放在眼里。他还仿照田令孜的办法，选勇士多人，都收为义子，号称“外宅郎君”。然后让这些义子分掌兵权。又养宦官六百人为义子，派到诸道当监军。宦官的势力比以前更为强大。昭宗憎恶杨复恭专权，想找机会除掉他。
大顺元年（890年），宣武节度使朱温为了个人利益，奏请唐朝廷下令讨伐河东节度使李克用。昭宗感觉这是个机会，想利用朱温的兵力来对付大宦官杨复恭，先除掉内忧，于是听从宰相张濬、孔纬的建议，下诏革去太原李克用的官爵，并命宰相张濬等领军，对河东用兵。各地藩镇对此都坐山观望，不积极出兵配合唐朝廷的军事行动。结果，朱温、张濬军均被以骁勇善战闻名的李克用打得大败，昭宗派往河东地区的官军几乎全军覆没。宦官杨复恭乘机反击，将支持昭宗的宰相张濬、孔纬罢免。
这时候，昭宗任命王瓖（昭宗亲舅）为黔南节度使。王瓖到达利州（今四川广元）时，杨复恭派人将王瓖乘坐的船弄沉，王瓖及随从全部淹死。昭宗知道是杨复恭主使后，便任杨复恭为凤翔监军，打算将他派到凤翔节度使李茂贞那里，隐有借刀杀人之意。杨复恭立即借口生病，请求致仕退休，暗中却图谋作乱。昭宗当机立断，亲自发兵攻打杨复恭私宅。宰相刘崇望鼓励士兵进攻，杨复恭兵败，率义子杨守信等人逃往兴元（今陕西汉中）。杨复恭失败后，西门君遂成为宦官的首领。昭宗此举，大概是他一生中惟一值得一提的事，虽然没有彻底改变宦官的拥兵地位，但也在一定程度上打击了宦官。
昭宗驱逐杨复恭后，杨复恭逃到养子兴元节度使杨守亮那里。凤翔节度使李茂贞一直想扩充地盘，正待机而动，便趁机想朝廷请求出兵讨伐杨复恭。但皇宫中的宦官们有兔死狐悲之感，拦住昭宗，不让他下诏。李茂贞没有得到朝廷的诏书，就自行出兵攻下兴元，俘杀了杨复恭父子，且将兴元收归己有。
李茂贞势力有了很大发展，他的辖区离长安很近，昭宗由此对他产生了警觉。昭宗下诏要李茂贞让出凤翔节度使，专任山南西道兼武定节度使。李茂贞不但不从，还上书辱骂昭宗，公然指责昭宗“只看强弱，不计是非”。
昭宗看完后勃然大怒，决定出兵讨伐李茂贞。宰相杜让能进谏说：“陛下初登大宝，国难未平，茂贞近在国门，不宜与他构怨，万一不克，后悔难追。”他认为李茂贞就在京畿地区，万一又意外，后果难以预料，劝昭宗谨慎行事。但昭宗正怒火冲天，坚决不听，还大骂宰相杜让能说：“王室日卑，号令不出国门，这正志士愤痛的时候，朕不能坐视陵夷，卿但为朕调兵输饷，朕自委诸王用兵，成败与卿无干。”
昭宗派出的禁军大多是刚刚招募的市井少年，不懂兵事，而李茂贞一方则是身经百战的边兵。三万禁军还没有进入凤翔就被打败。李茂贞乘胜进逼京师。昭宗无可奈何，只好跟臣子讲和，杀死西门君遂等三个宦官首领，又杀了筹划军事的宰相杜让能，李茂贞才肯退兵。
此后，大臣们也和昭宗走得远了。昭宗胸怀大志，却无力回天。他的雄心壮志逐渐开始黯淡。
李茂贞大败禁军后，兼凤翔、山南西道、武定、天雄四镇节度使，占有十五个州，成为关中最强大的藩镇。此外，还有王建据四川、杨行密据淮南、钱鏐据吴越、王潮据福建。
乾宁二年（895年），河中节度使王重盈死后，其子王珙与其兄王重荣之子王珂争夺节度使之位。实力强大的河东节度使李克用支持王珂，昭宗便将节度使给了王珂。李茂贞支持王珙，由此大为不满，联合邠宁节度使王行瑜、华州节度使韩建，一起发兵到长安问罪，打算逼迫昭宗改换河中节度使的人选。昭宗逃往终南山。李茂贞便杀死了宰相李谿（刚被任为宰相）和韦昭度。
之后，李茂贞让养子李继鹏留在京城守卫，自己率军回到凤翔。河东节度使李克用闻讯后，自然不甘示弱，领兵来攻，杀了邠宁节度使王行瑜。李茂贞知道打不过李克用的沙陀军队，便杀掉养子李继鹏，向昭宗谢罪，以此来息事宁人。
李克用好战，还准备进攻凤翔，彻底铲除李茂贞的势力。昭宗却怕除掉李茂贞后，李克用势大无法节制，想保存李茂贞来牵制李克用。于是不许李克用进兵，封他为晋王，让他领兵回太原。因国库空虚，昭宗也拿不出更多的赏赐给李克用，只好把后宫的绝色美女送出。李克用带着美女走的时候，还怨恨地甩下了一句话：“不杀李茂贞，京师一带便无宁日！”
昭宗从终南山回长安后，心情难过之极，痛定思痛，决定建立自己的武装力量。他募兵数万人，全部交给宗室子弟统率。昭宗想不到的是，他这一项措施不但没有解决任何问题，还给宗室诸王带来了灭顶之灾。
李克用退兵后，李茂贞又卷土重来，借口朝廷对凤翔用兵，率兵进逼京师。昭宗仓促离开长安，打算逃去太原投奔李克用，不料途中被华州节度使韩建劫持。韩建恐吓昭宗说：“车驾渡河，无复还期。”之后，昭宗完全失去了人身自由，被强行滞留在华州两年有余。
乾宁四年（897年），华州节度使韩建逼唐昭宗解散诸王所率全部禁兵。随后，韩建又和宦官刘季述合谋，发兵包围了十六座宗室诸王的宅第。宗室诸王惊恐万分，大多披发逃命，沿着城垣大呼：“官家（宫中对皇帝的称呼）救儿命。”有的惊慌下爬到屋顶上，大声呼救。韩建捕获诸王十一人及其侍卫，无论老少，统统当场杀死。而事后，韩建仅以诸王“谋逆”告诉昭宗，草草了事。昭宗心中的怨恨和恐惧可想而知。
即使这样，昭宗还被迫封韩建为守太傅、中书令、兴德尹，封颍川郡王，赐铁券，并赏赐御笔亲书的“忠贞”二字。这时候的昭宗，因为朝不保夕，已经完全失去先前进取的锐气。
华州节度使韩建在当时实力不算强大，竟然挟天子以令诸侯，自然令其他强藩不平，其中反应最强烈的就是朱温。朱温当时在众藩镇中实力最强，地盘最大，只有他敢于与彪悍勇武的李克用争锋。韩建与李茂贞商议后，也害怕朱温出兵来抢夺昭宗，于是将昭宗主动送回长安。
经过两年多形如囚徒的生活，昭宗已经完全变了一个人，不但不思进取，还开始自暴自弃。他性情愈加暴躁，经常酗酒麻痹自己。因复兴无望，变得喜怒无常，动不动就杀死左右侍奉的人来排泄愤怒。此时的昭宗，已经是一个凶狠暴虐的人物，行为不可预知。这引起了宦官们的恐惧，生怕哪一天不小心就被昭宗已杀死。宦官刘季述、王仲先，枢密使王彦范、薛齐屋四大宦官暗中合谋，打算废黜昭宗。
光化三年（900年）十一月的一天，昭宗在禁苑中打猎，大醉而归。当天夜间，昭宗突然发怒，趁酒兴亲手杀死身边宦官、侍女数人，宫人大为恐慌。第二天上午，昭宗还宿醉未醒，宫门不开。宦官刘季述、王仲先借机要挟宰相崔胤召集百官。崔胤怕死，率领群臣在同意“废昏立明”的文书上签了字。宦官们随即率领禁兵入宫。此时，昭宗刚刚酒醒，突然看见有兵士进来，“惊坠床下”，爬起来刚要逃跑，却被刘季述、王仲先拉住，左右挟持着坐下。
［崔胤，字昌遐，乾宁二年（895年）进士。王重荣为河中节度使时，曾辟请他为从事。后进入中央朝廷做官，不断得到升迁。唐大顺年间，崔胤历任兵部、吏部侍郎，不久又以本官任平章事，这是崔胤第一次拜相。唐末王室衰微，大权旁落，宦官与朝臣南北二司互相争权倾轧。双方都暗结朋党，结纳外镇的藩帅。崔胤为人阴险狡诈，工于心计，又善于阿谀附合，外表看上去老成持重，实则内心险恶。凤翔节度使李茂贞杀进长安时，宰相杜让能、韦昭度、李谿先后被杀，崔胤却幸免遇难，由此可见他善于在乱世中生存。昭宗回长安后，罢免了崔胤的相位，出为岭南东道节度诸使。崔胤立即秘密写信给朱温求援。在朱温的要挟下，昭宗无奈，只好召回崔胤任平章事，再度拜相。崔胤先后四次拜相，时人称其为“崔四人”。］
昭宗皇后何氏颇为见识，见大势不妙，立即站出来周旋：“军容长官本是护卫官家的，你们不要吓着他，有事请各位做主就是了。”宦官刘季述立即拿出有百官签名的文书说：“陛下厌倦了这个宝位，大家的意思是要太子监国，请陛下颐养于东宫。”昭宗却不想让位，自己辩解说：“我昨日与卿等欢饮，不觉过了点，何至于此呢！”何皇后立即说：“圣人就依他们的意思吧！”随后，何皇后当着昭宗的面，取出传国宝玺交给刘季述，表示昭宗同意退位。
昭宗和何皇后及侍从十余人随后被关进东宫少阳院内。刘季述还以银杖画地，当面历数昭宗罪过：“某时某事，汝不从我，其罪一也……”如此数十不止。之后，刘季述亲自给少阳院院门上锁，门上的大锁也用铁水熔固，防止有人进出。昭宗等人的饮食就从一个墙洞中送进去。
同一天，宦官假传昭宗之命，立昭宗子李裕为皇帝。
宰相崔胤曾劝昭宗诛杀了宦官宋道弼、景务修等，令宦官们对他十分畏惧，不胜忿恨。刘季述虽然痛恨崔胤，但却因为畏惧朱温而不敢杀他，只是罢免了他的相位。崔胤立即告难于朱温，请他发兵相救。刘季述也派使者去见朱温，表示愿意奉上大唐社稷。朱温虽然有当皇帝的野心，但感觉此时还不到时机，他还需要昭宗这张牌。权衡利益下，朱温囚禁了刘季述的使者，派亲信蒋玄晖秘密进入长安，与崔胤秘密策划，打算铲除宦官，迎昭宗复位，挟天子以令诸侯。
天复元年（901年）正月，崔胤联合神策军将领孙德昭、董彦弼、周承诲三人，发动神策军（禁军）打败了刘季述，迎昭宗复位。昭宗在群臣的朝贺中“反正”，黜太子李裕为德王，杀刘季述党羽宦官数十人，刘季述被乱棒打死，暴尸于市。这场宦官发动的宫廷政变，不到两个月就失败了。神策军将领孙德昭、董彦弼、周承诲得到重赏，时人称为“三使相”。
昭宗复位以后，鉴于刘季述之乱，迫不及待地要尽除宦官，便命崔胤和陆宸分掌左右神策军，尽夺宦官兵权。但神策军将领都是宦官心腹，大力反对，昭宗的诏令不能施行，只得任宦官韩全诲为神策军中尉。
崔胤急于铲除宦官，病急乱投医，居然想利用凤翔节度使李茂贞来制宦官，就暗中邀请他遣兵三千进驻长安，以为援助。谁知韩全诲做过凤翔监军，与李茂贞私交极好，二人早有勾结。凤翔兵进驻长安，反而助长了宦官的气势。崔胤便催朱温速到长安，从宦官手中夺取昭宗。这正中朱温下怀，他立即带兵出发，到河东时，先上书请昭宗去东都洛阳。
宦官韩全诲等人闻讯后大惊，干脆先下手为强，劫持昭宗及其家属到凤翔投靠李茂贞。朱温率兵入关中后，首先打败华州节度使韩建，取得华州，随后进入长安城。宰相崔胤率文武百官在渭桥迎接，并设宴接风。其间，崔胤举酒杯为朱温祝寿，丑态百出。
天复二年（902年），朱温带兵围困凤翔，与凤翔李茂贞为争夺昭宗展开了激战。凤翔孤立无援，城中粮食断绝，又遇严寒大雪，城中军民大量冻饿而死。昭宗也不得不在行宫自磨粮食，每天磨豆麦喝粥，以求生存。凤翔百姓更惨，吃人的现象普遍发生，“人肉每斤值百钱，犬肉值五百钱，每日进奉御膳，就把此肉