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高考落榜后，他开始自学大学中文系的课程。从线装古书《史记》、《孙子兵法》到《新约》、《旧约》，他都去读。
1960年底，他响应政府号召，去京郊红星公社当了个农业工人。尽管那里条件艰苦，但他仍忘不了不断吸取知识。在集体宿舍里，自制的床头灯和土台灯出现了，新的探索也开始了。
1963年，他开始在报刊上发表处女作。其影评文章《蘑菇碉堡和菜花老人》、《评影片〈刘三姐〉》虽然只在报刊上占了很小一个位置，但他内心里的喜悦是难以言表的。多少次退稿后，现在终于有人开始赏识了，他为之一振。高考落榜的阴影渐渐消散，他似乎又看见了新生活的一缕阳光。
1964年，遇罗克从京郊农村返城，进工厂当了个学徒工。此时，他除了仍坚持学习马列主义理论外，还自修俄语和日语，在知识的领域中孜孜不倦地探求。
然而，无情的历史却在前方设置了更大的不幸，像只凶猛的野兽，正等待着这位二十多岁的戴眼镜的文弱书生。
1965年11月10日，姚文元抛出了《评吴晗的新编历史剧〈海瑞罢官〉》，得到了毛泽东的支持。毛泽东翘起大拇指，夸姚文元是“红秀才”。作为在北京工厂最底层当小学徒的遇罗克，当然不可能知晓其内幕和背景，仅仅凭直觉，他嗅出异常的味道，提笔写下了《从〈海瑞罢官〉谈到历史遗产继承》、《和机械论者进行斗争的时候到了》两篇文稿，分别寄给《红旗》杂志和《文汇报》。
《从〈海瑞罢官〉谈到历史遗产继承》被《红旗》杂志社退回来了。遇罗克在当天的日记中写道：“报纸上一些无聊文人大喊‘吴晗的拥护者们态度鲜明地站出来吧！’今天有一篇态度鲜明的文章又不敢发表。”
另一篇文稿《和机械论者进行斗争的时候到了》在1966年2月13日的《文汇报》上登了出来，然而，遇罗克很快发现，从版面的编排上对他很不利。他在日记中写道：“我的文章俨然是工人的农民的反面教材了。但是，真理是在我这一边的。”
随着时间的推移，文化大革命被逐渐发动起来，进入1966年5月以后，局势变得明朗了。遇罗克发现，他发表在《文汇报》上的那篇文章，已经将自己置到了文化大革命的对立面上。
到了1966年8月，破四旧兴起，北京市抄家风甚烈，遇罗克敏感地意识到，他平时记下的日记和读书笔记一旦落入抄家者手中，自己的厄运将可想而知，也许还会株连九族，牵累家人。经过一番痛苦的决择，他将自己心爱的日记和读书笔记全部付之一炬，只留下那本蓝皮的“北京日记”，舍不得烧。因为那是他近期思想的精华，是他思考得较成熟的那部分。
遇罗克想起了自己已懂事的小妹遇罗锦，他找来了小妹，告诉她自己的打算，希望她成为这些日记和读书笔记的唯一读者，成为最早了解自己思想的人，并希望她帮助藏匿那本蓝皮封面的“北京日记”。
然而在藏匿“北京日记”时却出现了痛心的失误。那天晚上，遇罗锦四处寻找，却找不到一个可以放心相托的人，天黑了下来，她情急之下将那裹着日记的花布包藏放在她从未见打开过的文化宫大门内侧，准备第二天来取走，转移到更安全的地方。
可是第二天，1966年8月31日，毛泽东在天安门第二次接见红卫兵，广场上人潮滚滚，水泄不通。北京市很多地方实行戒严。到下午戒严取消后，她赶到文化宫时，只见那打开着的大门空空荡荡的，像是张开的一张巨大的口，在无情地嘲笑着她。她遍地寻找，哪里还有什么花布包的影子？
遇罗锦回到家里，在父亲“愚蠢，真愚蠢！”的责骂声中，她轻声啜泣起来。她很清楚，自己犯了多么大的过错！“北京日记”中写着哥哥对姚文元、陈伯达等人的看法，写着哥哥对社会的种种批判。
她在惊恐万状之中，遇罗克走过来，只轻轻说了一句：“小妹，我不怪你。”说完，遇罗克默默走回房间去了。
那本蓝色封面的“北京日记”被一个红卫兵拾到了，他交给一家派出所。警察翻看日记内容，无异于爆炸了一枚重磅炸弹。让我们来看看其中的部分内容：
（1966年）1月23日
完成一篇约3000字的评论，《从马克思的一封信想到的》，借题批判近来报刊上显赫一时的姚文元的机械主义观点，他反对吴晗的《论海瑞》，认为历史上无所谓清官。
2月6日
《人民公敌蒋介石》系陈伯达所作。……但陈亦不可称高明理论家。其颂毛为“智勇双全”、“弥天大勇”，足令人齿寒……依陈的推理，毛岂不成了“独裁者”了吗？人民的力量何在呢？当然，陈的这个错误是最起码的。由陈来主编《红旗》，诚大难矣！
2月7日
我为什么要读逻辑著作呢？因为姚文元等人的文章，之所以得出谬误的结论，其逻辑错误必为原因之一，故读此以批判之。
2月10日
寄去《红旗》的《从〈海瑞罢官〉谈到历史遗产继承》，给悄无声息地退回来了。报纸上一些无聊的文人大喊：“吴晗的拥护者们，态度鲜明地站出来吧！”今天有篇态度鲜明的文章，又不敢发表。上面划得满是大杠杠、小杠杠，我重读了一遍，又给日报寄去了。
2月15日
……买来《文汇报》（13日）一看，果然有我的文章。发表一篇文章真是难得很！……整个版面的安排对我也纯属不利。我的文章俨然成了工人和农民的反面教材了。……凭心而论，《文汇报》大部分删得也还不失本来面目，文笔依然犀利，论点也还清楚。敢道他人之不敢道，敢言他人之不敢言，足以使朋友们读了振奋，使认识我的人知道生活没有把我逼垮，难道我还有可顾虑的吗？天下之大，谁敢如我般全盘否定姚文元呢？那些折中的文章，名为否定实为肯定的作者，可有我的态度鲜明、立场坚定？
这时候，有一种自豪感油然而生。我甚至想，如是《北京日报》发表我那篇《从〈海瑞罢官〉谈到历史遗产继承》就更好了。……真理是在我这一边的，姚文元诸君只是跳梁小丑。“尔曹身与名俱灭”，在历史面前，正是他们在发抖。
5月10日
大力批判邓拓，必有更高级的人物倒了霉。
5月13日
文化大革命，闹得不可开交。都是“工农兵发言”，发出来的言又都一个调门。我想这次假如不是反对邓拓，反对的是姚文元，只要报纸上说姚是反革命，那么这些“工农兵发言”用不着修改，就可以用在姚文元身上了。
6月4日
市委易人……大家当然都拥护中央的决定。看来，要是中央易人，大家也同样会敲锣打鼓的——热情带有极大的盲目性。……学校大哗，每个学生都仿效北大七同学，给领导刷大字报。所谓北大七人的大字报，也无非骗局而已。
6月12日
晚上看到受批判的电影《红日》。这么一部深受束缚的片子所以受批判，就是因为里面有些东西是真实的。今天要求的是“革命的空想主义”。要一切死人活人给我们说假话。这确实能够蒙骗一部分没有实际经验的知识分子。……但是，在事实面前，当权者永远觉得会有压力。今天的文化大革命运动就这么不正常，即可以作为明证。
6月26日
读《中国散文选》，是五四诸家选本。……五四是出人才的时代，而今天的文化大革命是没法比拟的。
7月18日
读完《五四小说选讲》。能够自由地阐述自己思想的作品是有出息的作品。非如此就不能真实地刻划一个时代的面貌。由此看来，今天的所谓文化大革命，较之五四时代，真是相形见绌了。
8月5日
近来听说“红卫兵”！亦即中学生，身穿军人服，戴袖章……都是革干子弟。今天给我们送来一张大字报，“资产阶级狗崽子”等词出现了好几处。说有人对他们行凶了。谁敢呢？这都是流氓把戏罢了……实在太嚣张了。
8月21日
这个星期着力与出身方面的论文，改名为《略论家庭出身的几个问题》，这几天所以搁笔，是因为毛都戴上了红卫兵袖章，过份攻击红卫兵的话只得不说了。
8月23日
去王府井，果然不成样子，各种纸条贴满了墙壁，门面完全被砸了。据说，红卫兵砸了人的家，理由是没有主席像，或在像后面放了别人的像，他们翻到翻译小说就烧掉，好一个焚书坑儒……。
从今天的角度看，遇罗克的这些日记无非是说出了一点内心里的秘密，可是在长期残酷政治斗争的挤压下，人们的内心世界变形了，能说点真实想法的人太少。而且，从常识上说，日记是写给自己看的，是作者自己同自己的谈心，别人无权干涉。
但是在政治并非修明的时代，阳光被强行垄断，真理成了某些人的专利。在经历了1957年反右那样大规模的政治运动后，绝大多数知识分子成了缩头乌龟，小心翼翼倦缩在一个并不坚硬的“硬壳”里。到了1966年，文化大革命全面发动起来，一场大风暴在即，习惯于缩头的中国人更是将头死死埋下，并美其名曰：以静制动。
遇罗克这时候出头，无异于飞蛾扑火。飞蛾扑火是为追求光明，却只能落得个烧得焦糊的下场，这是中国人一场永远的悲剧。
日记事件发生后，遇罗克被他本厂的一帮红卫兵带走，在学习班里检讨批评。
风波渐渐平息，如果遇罗克就此放弃他的探索，那么他完全可以活下来，在中国后来兴起的思想解放浪潮中充当一名勇敢的冲浪者。但是他没有停下来，即使前面是带血的刺刀，他也迎着寒光闪闪的刀尖勇敢地走上前去。
随着运动的升级，红色恐怖之风越刮越猛，一些饱受岐视的狗崽子们，连最基本的自下而上权也被剥夺。当遇罗克听说北京大兴县对黑五类及其子女大开杀戒，甚至连出生才38天的婴儿也惨遭杀害的消息时，他震惊，他愤怒。
闪烁的眼镜镜片后面，他的眼睛因痛苦而微微闭上，心在抽搐，滚过一次次阵痛。小时候他看电影《流浪者》时，为拉兹的不公正命运掉过眼泪，如今他为自己国家千百万拉兹掉眼泪了。难道说“法官的儿子永远是法官，贼的儿子永远是贼”？
“鬼见愁”对联的出笼和“血统论”的全面泛滥，促使遇罗克迅速站到了斗争的最前列。他把自己的生活费用压缩到最低限度，从每月的18元学徒工资中节约出钱来，买蜡纸、钢板、铁笔和白纸，将洋洋万余言的《出身论》刻印出100多份，署名为“家庭问题研究小组”，分头寄给党中央、中央文革小组，然后大量张贴在北京街头。在传单贴出的地方，总是围着大群的人群，议论纷纷。
《出身论》指出，“鬼见愁”对联不是真理，是绝对的错误。“它的错误在于：认为家庭影响超过了社会影响。说穿了，看不到社会影响的决定性作用，认为老子超过一切。实践恰好得出完全相反的结论：社会影响远远超过了家庭影响，家庭影响服从社会影响。”因为，每个人都是“稍懂事就步入学校大门，老师的话比家长的话更具有权威性，集体受教育比单独受教育共鸣性更强”，“领导的教导，报纸、书藉、文学、艺术的宣传，习俗的薰染，工作的陶冶等等，都会给一个人不可磨灭的影响，这些统称社会影响。这都是家庭影响无法抗衡的。”如果按照对联的观点，“老子反动，儿子就混蛋，一代一代混蛋下去，人类永远不能解放。”相反，“人是能够选择自己前进的方向的。这是因为真理总是更强大，更有感召力。你真的相信马克思列宁主义是无比正确的吗？你真的承认内因起决定作用吗？那么，你就不应该认为老子的影响比什么都强大。”遇罗克在文章中呼吁：“一切革命青年，不管你是什么出身，都应受到同等的政治待遇。”
《出身论》还列举了大量事实，说明了“血统论”对青年的影响和伤害，特别是对出身不好的青年的压抑和打击。“不少大学几乎不招黑七类”，社会上有“禁止黑七类串连的，有用出身问题攻击敢于写大字报的同学的，有不许出身不好的青年参加各种战斗组织的，有借出身问题挑动群众斗群众折……这些大家都不感到意外，可见出身不好的青年受迫害历来是常事……在工厂，凡是近三四年提升的行政干部，几乎无一例外是出身好的……农村中，出身不好，便不能做财会、行政、保管等各项工作，也不能外调……”文章希望大家行动起来，努力“填平这人为的鸿沟”。
用《出身论》来抨击“血统论”，对于那些生下来就低着头的狗崽子们来说，无异于一声惊雷。他们在一望无边的沙漠中跋涉，忽然看见了一丛绿树、一口清水井，他们多么欣喜！然而心里头也隐隐有一丝担忧，担忧暴虐的烈日会毁掉那丛绿树、那口清水井。
《出身论》的文章出现后，人们争相传抄，纷纷议论，影响迅速波及开来。北京四中学生牟志京、王建复等人，为《出身论》的观点和论证深深折服，按照油印稿上的联络地址，他们找到了作者本人。
遇罗克和他们握了握手，然后请入陋室就坐。遇罗克说，他开始《出身论》方面的思考，源于他的出身和个人不平静的经历，也源于他对各个学科知识的不断汲取。他之所以取名“家庭问题研究小组”，是因为他不喜欢战斗队之类的名字，而启用这个名称，是希望能启发全国亿万个家庭，愿每一个家庭都能认真思考，研究一下出身问题。
一番交谈，牟志京、王建复等人对遇罗克的崇敬之情又添了几分。经过商议，决定对《出身论》稍作修改，删掉某些太露锋芒的言论，以“首都中学生革命造反司令部宣传部”的名义，向全社会推出。