能在草地上有一块刚够坐的地方就行到12月15日晚上，金陵学院难民营的人数已经达到3万多人。
第二天日军士兵冲击了该学院。12月16日上午10点钟100多名日本兵闯入校园到处搜查隐藏着的中国兵。他们命令打开每一扇门，如果有一把钥匙没有马上拿来，日本兵便站到一旁准备用斧子把门强行劈开。一想到日本人会发现藏在楼上地理系办公室里的几百件棉军服，沃特林的心立刻沉了下来，但庆幸的是，那间挤清了200名中国妇女和孩子的顶楼转移了日本兵的视线。（沃特林后来将军服全部埋藏起来以免被日军发现。）
那天日本人两次要抓走校园里的雇工。如果不是沃特林大叫着“他们不是士兵——是苦力”把他们救下来，肯定他们必死无疑。到后来沃特林才知道，日本人至少在校园里安置了六挺机关枪，外边还有更多的士兵把守着，随时准备射击任何企图逃跑的人。
那个晚上，沃特林在街上看到妇女们绝望地哀叫着，被日本兵用车拉走了。一辆装载了8…10名女孩的卡车从身旁驶过时，她听到女孩们尖叫着“救命！救命！”
第二天，即1937年12月17日，情况变得更糟了。日本兵大量涌入南京后，成群的越来越多的妇女躲进了金陵学院。“那情景实在太令人惊心动魄了！”沃特林写道，“疲劳的妇女，受惊的女孩子，她们带着孩子、被褥和小包衣服，步履蹒跚地走着。”她想，如果有人能有时间把每一位难民的经历记录下来该有多好——尤其是那些涂黑面庞，剪掉头发的女孩子的经历。当她在安置这群“样子凶暴的妇女”时，听说日本人强奸的女人年幼者仅12岁，年长者达60岁，他们甚至用刺刀强逼着怀了孕的妇女就范。沃特林整夭时间都为难民们寻找食物而苦恼，要求一部分中国男子到安全区其他的难民营中，还要跑去查看校园里被日本兵搜查过的地方。
那天晚上等待沃特林的冲突是她事先毫无准备的。两个日本兵正使劲地拉中央大楼的门，他们命令沃特林立刻把门打开，可她坚持说自己没有钥匙而且里面根本没有中国兵，一个日本兵打了她一记耳光后，还顺手打了她旁边的一个中国男子。随后她看见两个日本兵从学院里带走了3名被捆绑着的雇工。她跟着他们到了前门，日本人强迫一大群中国人跑在马路边上。日本人要求与院长说话，当得知沃特林便是时，他们命令她辨认每一个跪在地上的人。有个男子想帮助沃特林，替她求情，因此竟被狠狠地抽了个耳光。
在这次痛苦的经历中，国际委员会有3位成员被揪了出来，他们是：基督教青年会秘书乔治·菲奇；金陵大学社会学教授刘易斯·斯迈思和长老会传教士W·普卢默·米尔斯。日本人强迫他们3个站成一排并搜去他们的手枪。突然，传来一阵尖叫和哭喊声，他们看见日本人正在把妇女们从旁门拽出去。到了这时，沃特林才意识到，整个审问不过是一个阴谋，他们把外国人困在前门而其他日本人则在校园里搜寻妇女以供其发泄兽欲。“我永远都不会忘记那种场景，”她满怀愤怒与无助地写道，“人们跑在马路边，玛丽·特森夫人和我则站着，耳边是干枯树叶发出的沙沙声，凄风的呻吟声以及被拖出去的妇女们的哭喊声。”
以后的几个月里，沃特林时常发现自己竟是金陵学院难民营唯一的保护者，日本兵不断地骚扰难民，他们将男人围起来枪杀，或将妇女充作军妓。有时候他们的招募方法简直厚颜无耻。至少有一次日本兵开来一辆卡车要拉女孩子。不过大多数时候绑架妇女以供强奸之用是在暗地里进行的。夜里日本兵翻过竹子栅栏、撞开旁门或后门摸着黑随便抓女人——这种行动就像“抽奖”，开始被老百姓众所周知。
1938年新年那天，沃特林救下一名被日本兵拉进图书馆北面竹林中的少女。有好几次她的英雄行为差点要了她的命。许多日本兵对她“凶狠而无理”，还挥舞着被鲜血染红的刺刀。沃特林写道：“有些情况下他们对我充满挑衅并且怒目相视。”有一回，当她试图阻止日本兵抢劫时，其中的一个士兵竟拿枪瞄准了她。
在与日本人斡旋时，沃特林有时也犯错误。正如拉贝与国际委员会其他成员被日本人欺骗而交出些男人被他们处死一样，沃特林也曾被诱编将无辜的妇女交到了日本兵手中。12月24日，沃特林被召到她的办公室去见一位日本高级军官及一名年老的翻译。他们与她商量日本军队需要妓女的事。“他们要求准许从我们的1万名难民中挑出妓女，”沃特林后来在日记中记录了这次会面。“他们说需要100名。他们认为，如果他们能为士兵开一家正规的特许的妓院，那么这些士兵就不会再去骚扰无辜和正派的妇女了。”
奇怪的是，沃特林答应了他们的请求。或许她别无选择，或者也许她真的相信日本人的话。一旦日本人为其士兵设立了妓院，他们便会停止骚扰难民营中的未婚女子和正派的己婚妇女了。无论这一决定的背后隐藏着什么原因，可以确定的一种设想是，沃特林是迫于压力而作出这一决定的。当日本人找寻妓女时她在一旁等候着，过了很长一段时间后，他们终于挑到21名妇女。沃特林没有说起日本人如何能分辩出这些妇女是妓女，但她的确提到，日本人对这一结果并不满意，因为他们确信有更多的妓女藏在安全区的某个地方。“一群接着一群的女孩子问我，日本人是否要从正派的女孩子中挑出另外的79人——而我所能回答的仅仅是，只要我有能力阻止的话，他们不会这样做的。
南京城陷落一周后，日本人开始有计划地管理安全区的活动。日军宪兵司令发表了一份公告，从12月24日起生效，命令全体市民要从日军发证办公室领取身份证（也叫“良民证”）。禁止任何人替他人代办身份证，禁止没有身份证的人居住在南京城墙以内。日军在街道上张贴告示，通知市民去登记，否则便面临被处决的危险。
12月28日，登记男人的工作开始进行。他们在金陵学院排成四行，领到表格后，便走到位于校园东北角的一幢房子内，在日本人这里登记他们的姓名、年龄以及职业。沃特林注意到，来登记的男人主要是老人或残疾人，因为大多数年轻男子已逃离了南京或是已经被杀掉了。在登记的那些人当中，更多的人被认为从前当过兵而被拉了出来，剩下老人和妇女们跑在安全区领导人面前哭泣，乞求他们为释放他们儿子或丈夫作保。有几项安全区领导人达到了目的，但他们也注意到，日本人对其千涉表示出愈来愈强烈的不满。
日本人对来登记的人数很失望，便试图恐吓老百姓胁迫他们顺从。12月30日，他们宣布所有第二天下午2点之前仍未登记的人将被枪毙。“事实证明这不过是虚张声势，”一名传教士记录了这个事件，“但是它令人们非常害怕。”第二天早晨，大批男子顺从地出现在登记地点，他们中许多人凌晨3点便起床以确保能排上队。“日本人的严厉苛刻的威胁引起如此之恐慌以至于到1月14日日本当局成功地登记了至少16万人。
接着，妇女的登记工作开始进行。12月31日上午9点，数千名中国妇女聚集在金陵学院的中央大楼前面，一名日本军官在那里向她们训话。先是用日语、然后由一名翻译译为汉语：“你们必须遵从古老的婚姻习俗，”沃特林记得他这样说，“你们不应学英语或者去看戏。中国和日本应该是一个国家。”随后妇女们排成两列纵队，通过为出售大米而准备的架子，在那儿发给她们证件。沃特林看到日本兵像放牲畜一样驱赶这些妇女，有时还把印章盖在她们的面颊上，似乎这令他们非常开心。日本兵还强迫妇女们微笑和做出高兴的样子以供日本记者和摄影师拍照，即便只不过是一次登记，却实在是把一些妇女吓病了。
在沃特林看来，日本人登记中国妇女不过是想全面地挑选出最富吸引力的女子发作为供其强奸候选人而已。就在妇女登记的第一天，日本人仔细检查了安全区的某些妇女并企图将他们带走。他们挑出了20名女孩，无疑是作妓女之用，因为她们的头发是卷曲的，或者穿得太好了。但这20人都被释放了。沃特林后来写道：“因为有一位母亲或其他的什么人替她们担保。”
登记结束后，日本便试图取缔安全区。1月底，日本人宣布他们要求所有人在月底前回到各人住处。2月4日是撤离安全区的最后限期。限期一到，日军开始搜查金陵学院，并命令剩下的女孩子及妇女离开。沃特林告诉检查者，这些女于不能离开、因为她们都来自其他城市，有的家园已被烧毁，日本人便宣布日本宪兵将承担责任保护他们。沃特林很提防这些许诺，甚至跟随日本人回来，替他们传达命令的中国翻译也悄声告诉她，他认为这些年轻妇女并不安全，她们应当继续留在安全区不动。
然而庞大的难民人数终归还是使沃特林非常不安。数百名妇女拥挤在走席里，她们头对脚地塞满了过道，还有更多的妇女躺在外面的草地上过夜。金陵学院的科学会堂容纳了1000多名妇女，沃特林的一位朋友写道，那些妇女在这寒冷的冬日里一连几夭都并肩睡在水泥地面上！大楼里的每一节水泥台阶都是一名妇女的栖身之地——而那些台阶的长度不超过4英尺！有些人为能在化学实验室的桌子上有一块休息的地方而高兴，甚至连水管子和其他设备上也毫不例外地坐满了人。”
南京的暴行使沃特林身体非常疲乏，但她每天都要经受的精神折磨远比其休力上的消耗更为糟糕。“唉，上帝，请扼制今晚南京城日本兵的残酷兽行……”她在日记中写道“如果日本妇女知道了这些可怕故事的真相，她们将会多么地羞耻和惭愧。”
在如此之大的压力下，沃特林仍然打起精神去安慰别人，并争取重新唤起他们的爱国主义情感。这是多么的不寻常啊。当一个老太太到金陵学院的红十字会食堂要一碗米粥时，得知粥已经没有，沃特林立刻把自己正在喝的粥给了她并对她说：“你们不要担心，日本会失败的。中国将不会灭亡。”另一次，当她看见一个男孩戴着一个标有日本象征的图案——正在升起的太阳的袖章以保证安全时，沃特林指责他说：“你不需要戴这个有太阳图案的袖章。你是一个中国人，而且你的国家还没亡。你应该记住戴这个袖章的日子，你永远也不应该忘记。”沃特林一而再地鼓励校园内的中国难民千万不要对未来失去信心。“中国还没有灭亡，”她告诉他们，“中国将永远不会灭亡。而日本注定最终将失败。”
她工作时的勤奋努力是有目共睹的。“她从早到晚都不睡觉，”一个幸存的中国人回忆说，“她一直守候着，看日本人来没来……她会竭尽全力把他们赶出去，还跑出去找他们的军官请求他们不要对中国妇女和孩子犯下如此邪恶的罪行。”据说，有一次她被残暴的日本兵打了几个耳光，另一个人在他的南京大屠杀见闻中写道，“所有人都为她担心．所有人都尽力抚慰她。自始至终，她都以极大的勇气和决心为保护中国妇女而斗争。”
管理安全区的工作不仅耗费休力，而且心理上也备受摧残。国际委员会的一名纳粹成员，克里斯蒂安·克勒格尔说，他在街上看到了太多的尸体以至于很快便被恶梦所困扰。但是即使在这种令人难以置信的环境下，安全区最终还是拯救了许多生命下面便是一些令人震惊的事例：
——抢劫和纵火造成食品极端匮乏，以至一些中国难民只能吃金陵学院校园里野生的紫菀及小黄花，或以找到的蘑菇为生。甚至连安全区的领导人也因食品缺乏而挨饿。他们不仅通过施粥所向难民免费供应大米，而且直接将米分发到难民住地，因为安全区的许多中国难民太惊恐了以至于不敢离开住地。
——大多数安全区的领导都是知书达礼、温文尔雅的，他们对于如何应付这样一群强奸犯、杀人犯及大街上的吵闹者毫无经验。可是他们竟还为中国警察充当保镖，并且像战士一样，鼓起身体力量以及异乎寻常的勇气投身到火线当中——奋力搏斗将中国男人从死刑场上救下，打败中国女人身上的日本兵，甚至还跳到大炮和机关枪前去阻止日本人开火。
——在整个过程中，许多安全区领导人几乎被枪杀，有些人还遭到挥舞着刺刀和利刃的日本兵的打击或砍杀。例如：金陵大学农业工程教授查尔斯·里格斯在试图阻止一名日本军官将被其误认为士兵的中国平民带走时，遭到了毒打。那个狂怒的日本军官“3次用刀威胁里格斯，最后朝他的心脏部位狠狠扣了两拳。”一名日本士兵则用手枪恐吓迈纳·瑟尔·贝茨教授。还有一名日本兵则是在罗伯特·威尔逊要将一个爬上一张躺着3个女孩的床的士兵踢出医院时，拔出枪对准了他。另有一名士兵向詹姆斯·麦卡勤姆和C·S·特里默开枪，但没打中。当迈纳·瑟尔·贝茨去日本宪兵司令部打听一个被日军捆绑押走的大学附属中学学生的下落时，日本人竟将他从一段楼梯上猛推了下去。就连被纳粹们当作护身符的袖章有时也不能保护他们免遭袭击。12月22日，约翰·拉贝写道，克里斯蒂安·克勒格尔和一位名叫哈茨的德国人试图解救一个被喝醉酒的日本兵刺伤喉咙的中国人时，他们自己也遭到了攻击。哈茨用椅子进行了自卫，但是克勒洛尔则显然是被捆住了后遭到殴打。
——安全区最终安置了20万到30万名难民——几乎占了留在城里的人口的一半。
根据后来南京大屠杀的研究，可看出这是一个令人发指的统计数字。有一半的原南京居民在屠杀前离开了南京。而大约一半留下的人（南京陷落时，60万到70万中国难民、当地居民和士兵中的35万人）被杀。
“如果说在大屠杀最猖狂时有一半南京人口逃入了安全区，那么另一半人——几乎是每一个未能进入安全区的人——大概